BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G51600.1
Length=2550
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495230 jgi|Araly1|495230|fgenesh2_kg.8__1046__AT5G51600.1 3648 0.0
> Ahg495230 jgi|Araly1|495230|fgenesh2_kg.8__1046__AT5G51600.1
Length=2506
Score = 3648 bits (1975), Expect = 0.0
Identities = 2251/2382 (95%), Gaps = 28/2382 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 176 TCTCGCGAAGTTTCAGTGACAGATTCAATCAAACTTCAAAATCATCATCAGTTCTGGAAA 235
||||||||||||||||||| ||| | || || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 145 TCTCGCGAAGTTTCAGTGATAGA-T---TC-AA--TC---ATCATCATCAGTTCTGGAAA 194
Query 236 ATTTACGAGAAATCTCCCGTTTCAGGCTT-AAGCATTTCGAAATGGCAAGTGTTCAAAAA 294
|| | ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 195 ATCTCCGAGAAATCTCCCGTTTCAGG-TTAAAGCATTTCGAAATGGCTAGTATTCAAAAA 253
Query 295 GATCCGATTCTTCAAGTAGAGACAACTTGTGGATCTCTTTTATTCGAACTCCAGATTATT 354
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 254 GATCCGATTCTTCAAGTAGAGACAACTTGTGGATCTCTTCTATACGAACTCCAGATTATT 313
Query 355 TGGGATGAAGTTGGAGAAACAGAAACTGATAGAGATCAA-ATGTTGCTTGAGCTTGAACG 413
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 314 TGGGATGAAGTTGGAGAAACTGAAACTGATAGAGAT-AAGATGTTGCTTGAGCTTGAACG 372
Query 414 TGAATGTTTGGAAGTTTATAGAAGAAAAGTTGATCAAGCTAATCGATGTAGAGCTCAGCT 473
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 373 TGAATGTTTGGAAGTGTATAGAAGAAAAGTTGATCAAGCTAATCGATGTAGAGCTCA-AT 431
Query 474 TA-GACAAGCAATAGCTGATGCTGAAGCACAATTAGCTGCAATTTGTTCTGCTATGGGAG 532
|| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 432 TACGACAAGCGATAGCTGATGCTGAAGCAGAATTAGCTGCCATTTGTTCTGCTATGGGAG 491
Query 533 AGCGTCCTGTGCATATTAGACAGTCTGATCAAAGCGTTGGGAGCTTGAAGCAAGAGCTTG 592
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 492 AGCGTCCTGTGCATATTAGACAGACTGATCAAAGCGTCGGGAGCTTGAAGCAAGAGCTTG 551
Query 593 GGAGGATTCTTCCTGAACTGGAAGAGATGCAAAAGAGGAAAGTTGAAAGAAGAAACCAGT 652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 552 GGAGGATTCTTCCTGAACTGGAAGAGATGCAAAAGAGGAAAATTGAAAGAAGAAACCAGT 611
Query 653 TCATTGTTGTCATGGAGCAAATAGATAGTATTACTAATGATATTAAAGGTCAAGGAGAAC 712
|| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 612 TCGTTGTTGTCCTGGAGGAAATAGATAGTATTACTAATGATATTAGAGGTCAAGGAGAAC 671
Query 713 TTGTTCATTCCGAACCTCTTATCGATGAGACTAACTTGTCTATGAGAAAGCTTGAAGAGT 772
| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 672 TCGTTCATTCCAAACCACTTATCGATGAGACTGACTTGTCTATGAGAAAGCTTGAAGAGT 731
Query 773 TACACTGCCAGCTGCAAGTACTTCAGAAGGAGAAGATTGATCGTGTGGAGACGATTCGGA 832
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 732 TACACTGCCAGCTGCAAGCACTTCAGAAGGAGAAGATTGATCGTGTGGAGACGATTAGGA 791
Query 833 AGCACCTGTGTACTCTGTATTCCCATTGTTCAGTACTTGGAATGGATTTTAATGAGGTTG 892
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 792 AGCACCTGTGTACTTTGTATTCCCATTGTTCAGTACTTGGAATGGATTTTAATGAGGTTG 851
Query 893 TTGGCCAAGTGAATCCCACATTGAGTGATCCAGAAGGACCAAGAAGTTTAAGTGATCATA 952
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 852 TTGGCCAAGTGAATCCCACATTGAGTGATCCAGAAGGACCAAGAAGCTTGAGTGATCATA 911
Query 953 CAATTGAGAAATTGGGGGCTGCAGTTCAGAAGCTGATGGAGGTCAAGATACAGAGAATGC 1012
| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 912 CGATAGAGAAATTGGGGGCTGCAGTTCAGAAGCTGAGGGAGGTCAAGATACAGAGAATGC 971
Query 1013 AGA-GGCTTCAAGATCTAGCAACAACCATGTTGGAGCTCTGGAATTTGATGGATACACCC 1071
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 972 A-ACGGCTTCAAGATCTAGCAACAACCATGTTGGAGCTCTGGAATTTGATGGATACACCC 1030
Query 1072 ATAGAAGAGCAGCAAGAGTATCAGCATATTACCTGCAATATAGCTGCATCAGAACATGAA 1131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 ATAGAAGAGCAGCAAGAGTATCAGCATATTACCTGCAATATAGCTGCATCAGAACATGAA 1090
Query 1132 ATAACTGAAGCCAATAGTCTCTCTGAAGACTTCATTAAATACGTTGAGGCAGAAGTTGTC 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1091 ATAACTGAAGCCAATAGTCTCTCTGAAGACTTCATTAAATACGTTGAAGCAGAAGTTGTC 1150
Query 1192 CGATTGGACGAGGTAAAAGCAAGCAAAATGAAAGAACTTGTGTTGAAGAAAAGGTCAGAA 1251
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1151 CGATTGGATGAGGTAAAAGCAAGCAAAATGAAAGAACTTGTTTTGAAGAAAAGGTCAGAA 1210
Query 1252 CTAGAGGAGATATGTAGGAAAACCCACTTGTTGCCAGTGTCAGACAGTGCTATAGATCAG 1311
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1211 CTAGAGGACATATGTAGGAAAACCCACTTGTTGCCAGTGTCAGACAGTGCTATAGATCAA 1270
Query 1312 ACTATCGTGGCGATAGAATCTGGTATTGTGGATGCTACAATGGTCCTGGAGCATCTTGAG 1371
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 ACTATAGCAGCGATAGAATCTGGTATTGTGGATGCTACAATGGTCCTGGAGCATCTTGAG 1330
Query 1372 CAACATATATCTAAGATCAAAGAGGAAGCACTAAGCCGAAAAGAGATACTTGAAAGGGTT 1431
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1331 CAACATATATCTAAGATCAAAGAGGAAGCTTTAAGCCGAAAAGATATACTTGAAAGGGTT 1390
Query 1432 GAGAAATGGTTATCTGCCTGCGATGAAGAAAGTTGGCTTGAAGAATACAACAGGGATGAT 1491
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 GAGAAATGGTTATCTGCCTGCGATGAAGAAAGTTGGCTTGAAGAATACAACAGGGATGAT 1450
Query 1492 AACCGATACAATGCTGGGCGTGGAGCTCATCTTACTCTCAAGCGCGCTGAAAAAGCTCGT 1551
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1451 AACCGATACAATGCTGGGAGAGGAGCTCATCTTACTCTCAAGCGTGCTGAGAAAGCTCGT 1510
Query 1552 AATCTTGTTACCAAGCTCCCAGGTATGGTTGAAGCACTGGCCTCGAAGACAATAGTTTGG 1611
|||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1511 AATCTTGTTAACAAGCTTCCAGGAATGGTTGAAGCACTGGCCTCGAAGACTATAGTTTGG 1570
Query 1612 GAACAAGAAAACGGGATTGAATTTCTCTATGATGGTATCCGTCTCCTTTCTATGCTTGAG 1671
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 GAACAAGAAAAGGGGATTGAATTTCTCTATGATGGTATCCGTCTCCTTTCTATGCTTGAG 1630
Query 1672 GAGTATAACATACTCAGGCAGGAAAGAGAAGAAGAACACCGTCGGCAACGGGATCAGAAA 1731
||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1631 GAGTACAACTTGCTCAGGCAGGAAAGAGAAGAGGAACACCGTCGCCAACGGGATCAGAAG 1690
Query 1732 AAGCTTCAAGGACAGCTCATAGCAGAACAAGAGGCACTTTACGGGTCCAAACCCAGCCCA 1791
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||
Sbjct 1691 AAGCTTCAAGGACAGCTCATAGCAGAACAAGAGGCGCTATACGGGTCCAAGCCGAGCCCA 1750
Query 1792 TCTAAACCCCTTGGTGGTAAAAAGGCTCCAAGAATGTCGACCGGTGGTGCATCTAACAGA 1851
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||
Sbjct 1751 TCTAAACCCCTTGGTGGTAAAAAGGCTCCAAGAATGTCAACCGGTGGTGCAACCAACCGA 1810
Query 1852 AGACTTTCCTTAGGAGCAGCAATGCATCAGACTCCTAAGCCTAACAAGAAAGCAGATCAC 1911
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 AGACTCTCCTTAGGAGCAGCAATGCATCAGACTCCTAAGCCTAACAAGAAAGCAGATCAC 1870
Query 1912 CGACATAATGATGGAGCTTTATCAAATGGAAGAAGAGGGCTTGACATTGCAGGACTACCC 1971
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1871 CGACAGAATGATGGAGCTTTATCTAATGGAAGAAGAGGGCTTGATATTGCAGGACTTCCC 1930
Query 1972 TCAAGGAAACAATCAATGAATCCTTCTGAAATGTTGCAATCCCCATTAGTTCGCAAACCG 2031
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1931 TCGAGGAAACAATCAATGAATCCTTCTGAAATGTTGCAATCTCCATTAGTTCGCAAACCA 1990
Query 2032 TTTTCCCCCATATCGACCACGGTGGTTGCATCAAAGGCCAACATAGcaacaacaacaaca 2091
|| || ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1991 TTCTCGCCCATTTCAACCACGGTGATTGCATCAAAGGCCAACATAGCAACAACAACA-CA 2049
Query 2092 -caacaacTTCCGAAAAACAACGCAGTGAATGAGATCTCATCATTTGCAACTCCTATCAA 2150
||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2050 ACAACAGCTTCCGAAAATCAACGCAGTGAATGAGATCTCATCATTTGCAACTCCTGTCAA 2109
Query 2151 GAACAACAACATTCTCAGGAACTTGGAAGAAGAGAAGATGATGACTATGATGATGCAAAC 2210
||||| ||||| | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2110 GAACATCAACAGTATTAGGAACTTGGAAGAAGAGAAAATGATGACTATGATGATGCAAAC 2169
Query 2211 ACCGAAAAATGTTGCTGCAATGATTCCAATCCCGTCGACACCAGCAACAGTCTCTGTCCC 2270
||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2170 ACCTAAGAATGTTGCTGCAATGATTCCAATCCCATCGACACCAGCAACAGTCTCTGTCCC 2229
Query 2271 AATGCACACCGCACCAACACCATTCACCAACAATGCAAGATTGATGTCTGAAAAGCCTGA 2330
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2230 AATGCACACTGCACCAACACCATTCACCGACAATGCAAGATTGATGTCTGAAAAGCCTGA 2289
Query 2331 AGTTGTTGAGTACTCGTTTGAGGAACGAAGACTCGCCTTCATGCTACAGTCTGAATGTCG 2390
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2290 AGTTGTTGAGTACTCGTTTGAGGAACGAAGGCTCGCCTTCATGCTACAGGCTGAATGTGG 2349
Query 2391 TTTGGTTTGATCATCAATCCGTTGGAT-TCAA-CTTAAGTTCTTTT-ATTTGTAAAACTC 2447
|||||||||||||| ||||| |||| | ||| |||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 2350 TTTGGTTTGATCATTAATCCTTTGG-TCTCACTCTTAAGTT-TTTTCATTTGTAAAACTC 2407
Query 2448 AAATTGAATGTGGTTTGGTTTGTAAAAGGTCAATTATATGATTGGCtttttttttttttt 2507
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2408 AAATTGAATGTGGTTTGGTTTGCAAAAGGTCAATTATATGATTGGCTTTTTTTTTCTTTA 2467
Query 2508 ttGAGTAATCATTTTTACACGTATGGTTTATTCTGAGACTGA 2549
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2468 ---AGTAAGCATTTTTACACGTATGGTTTCTTCTGAGACTGA 2506
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96139778380
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5