BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G51660.1
Length=4523
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495232 jgi|Araly1|495232|fgenesh2_kg.8__1048__AT5G51660.1 7396 0.0
> Ahg495232 jgi|Araly1|495232|fgenesh2_kg.8__1048__AT5G51660.1
Length=4519
Score = 7396 bits (4005), Expect = 0.0
Identities = 4355/4525 (96%), Gaps = 19/4525 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 GAATCTCTGAATCCCAGATTCCGGTAGAGAAGATGAGTTTCGCGGCCTATAAGATGATGC 63
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 GAATCTCTGAATCCCAGATTCCGGTGGAGAAGATGAGTTTCGCGGCCTTTAAGATGATGC 60
Query 64 ATTGGCCTACCGGCGTCGAGAACTGTGCTTCCGGCTATATCACCCACTCTCTCTCCGATT 123
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATTGGCCGACCGGCGTTGAGAACTGTGCTTCCGGCTATATCACCCACTCTCTCTCCGATT 120
Query 124 CAACGCTACAGATTCCGATTGTTTCCGTTC-ATGATGATATTGAAGCTGAGTGGCCTAAT 182
|||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||| || |||||||||
Sbjct 121 CAACGCTACAGATTCCAATTGTTTCCG-GCGATGATGATATGGAAGCCGAATGGCCTAAT 179
Query 183 CCTAAACGAGGTATTGGTCCTTTGCCCAACGTCGTTATAACCGCCGCAAATATCCTTGAG 242
| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 180 CATAAACGAGGTATCGGTCCATTGCCTAACGTCGTTATAACCGCCGGAAATATCCTTGAG 239
Query 243 GTGTACATCGTTAGGGCTCAAGAGGAAGGGAATACTCAGGAGCTGAGGAATCCGAAGCTT 302
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 240 GTGTACATCGTTAGGGCTCAAGAGGAAGGGAATACTCAGGAGTTGAGGATTCCGAAGCTT 299
Query 303 GCTAAGCGTGGTGGAGTTATGGATGGTGTCTATGGTGTTTCTCTCGAGCTCGTGTGCCAT 362
| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 300 GTTAAGCGCGGTGGAGTTATGGATGGTGTCTCTGGTGTTTCTCTCGAGCTTGTGTGCCAT 359
Query 363 TATAGGTTGCACGGTAATGTTGAGTCAATTGCGGTTCTTCCTATGGGAGGTGGTAATTCT 422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TATAGGTTGCACGGTAATGTTGAGTCAATTGCGGTTCTACCTATGGGAGGTGGTAATTCT 419
Query 423 TCTAAGGGAAGAGATTCGATTATATTGACATTTCGCGACGCCAAAATTTCAGTTCTTGAG 482
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 420 TCTAAGGGAAGAGATTCGATTATACTGACATTTCGCGACGCCAAAATTTCGGTTCTTGAG 479
Query 483 TTTGATGATTCAATTCACAGCCTTAGGATGACTTCGATGCATTGTTTTGAGGGTCCAGAT 542
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TTTGATGATTCAATTCACAGCCTTAGAATGACTTCGATGCATTGTTTTGAGGGTCCAGAT 539
Query 543 TGGCTTCATCTGAAAAGAGGAAGAGAGTCTTTTCCAAGAGGCCCTTTGGTAAAAGTGGAT 602
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TGGCTTCATCTGAAAAGAGGAAGAGAGTCTTTTCCAAGTGGCCCTTTGGTAAAAGTGGAT 599
Query 603 CCTCAAGGCAGATGTGGCGGCGTTCTTGTTTATGGTTTGCAGATGATCATACTCAAGACT 662
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 600 CCTCAAGGTAGGTGTGGCGGCGTTCTTGTTTATGGTTTGCAGATGATCATACTCAAGGCT 659
Query 663 TCCCAGGTTGGTTCTGGACTAGTTGGAGATGATGATGCGTTCAGTTCTGGAGGGACAGTT 722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TCCCAGGTTGGTTCTGGACTAGTTGGAGATGATGATGCGTTCAGTTCTGGAGGGACAGTT 719
Query 723 TCTGCTCGAGTTGAATCATCTTACATAATTAACTTGCGTGATCTGGAAATGAAACACGTC 782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TCTGCTCGAGTTGAATCATCTTACATAATTAACTTGCGTGATCTGGAAATGAAACACGTC 779
Query 783 AAAGATTTTGTTTTTCTACATGGTTATATTGAGCCTGTAATTGTCATCCTTCAGGAAGAA 842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AAAGATTTTGTTTTTCTACATGGTTATATTGAGCCTGTAATTGTCATCCTTCAGGAAGAA 839
Query 843 GAGCATACTTGGGCTGGGCGAGTTTCATGGAAGCACCATACTTGCGTGCTTTCTGCCCTT 902
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 840 GAGCATACTTGGGCTGGGCGAGTTTCATGGAAGCACCATACTTGCGTGCTATCTGCCCTT 899
Query 903 AGTATCAATTCGACATTAAAACAACACCCAGTCATCTGGTCAGCTATTAATCTGCCCCAT 962
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AGTATCAATACAACATTAAAACAACACCCAGTCATCTGGTCAGCTATTAATCTGCCCCAT 959
Query 963 GATGCCTACAAACTACTTGCAGTACCATCTCCGATCGGAGGTGTTCTTGTGTTGTGTGCA 1022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GATGCCTACAAACTACTTGCAGTACCATCTCCGATCGGAGGTGTTCTTGTGTTGTGTGCA 1019
Query 1023 AATACAATCCATTATCATAGTCAGTCAGCCTCCTGTGCTCTGGCACTGAACAATTATGCC 1082
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AATACAATCCATTATCATAGTCAGTCAGCCTCCTGTGCGCTGGCACTGAACAATTATGCC 1079
Query 1083 TCCTCAGCTGATAGCAGTCAAGAACTGCCTGCATCAAATTTCAGTGTGGAGCTTGATGCT 1142
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1080 TCCTCAGCTGATAGCAGTCAAGAAATGCCTGCATCAAATTTCAGTGTGGAACTCGATGCT 1139
Query 1143 GCCCATGGAACCTGGATATCGAACGATGTGGCCCTATTGTCGACAAAATCTGGGGAATTG 1202
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1140 GCCCATGGAACCTGGATATCGAACGATGTTGCCCTATTGTCAACGAAATCTGGGGAATTG 1199
Query 1203 TTGCTGCTGACTCTTATATATGATGGGCGTGCTGTACAGAGACTTGATCTTTCCAAATCA 1262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TTGCTGCTGACTCTTATATATGATGGGCGTGCTGTACAGAGACTTGATCTTTCCAAATCA 1259
Query 1263 AAAGCCTCTGTGCTTGCTTCGGACATTACTAGTGTTGGAAATTCCCTTTTCTTTTTAGGT 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AAAGCCTCTGTGCTTGCTTCGGACATTACTAGTGTTGGAAATTCCCTTTTCTTTTTAGGT 1319
Query 1323 AGCCGGTTGGGAGACAGTTTACTGGTGCAATTTTCCTGTAGATCTGGGCCTGCAGCATCA 1382
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 AGCCGGTTGGGAGACAGTTTACTGGTGCAATTTTCTTGTAGATCTGGGCCTGCAGCATCA 1379
Query 1383 TTACCTGGCTTGAGAGATGAGGATGAAGACATTGAAGGTGAGGGTCATCAAGCAAAACGT 1442
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TTACCTGGGTTGAGGGATGAGGATGAAGACATTGAAGGTGAGGGTCATCAAGCAAAACGT 1439
Query 1443 TTGAGGATGA-CTTCTGATACTTTCCAAGATACAATTGGAAATGAGGAGCTTTCATTGTT 1501
||| |||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TTGCGGAT-ATCTTCTGACACTTTTCAAGATACAATTGGAAATGAGGAGCTTTCATTGTT 1498
Query 1502 TGGTTCAACTCCAAATAACTCTGATTCAGCACAGAAATCGTTTTCATTTGCAGTGAGAGA 1561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TGGTTCAACTCCAAATAACTCTGATTCAGCACAGAAATCGTTTTCATTTGCAGTGAGAGA 1558
Query 1562 TTCACTAGTTAATGTTGGCCCAGTGAAAGATTTTGCGTATGGCTTAAGGATTAATGCTGA 1621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTCACTAGTTAATGTTGGCCCAGTGAAAGATTTTGCGTATGGCTTAAGGATTAATGCTGA 1618
Query 1622 TGCAAACGCCACTGGGGTTTCCAAACAGAGCAACTATGAATTGGTGTGCTGTTCTGGTCA 1681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TGCAAACGCCACTGGGGTTTCCAAACAGAGCAACTATGAATTGGTGTGCTGTTCTGGTCA 1678
Query 1682 TGGGAAGAATGGTGCTTTATGTGTTCTTCGGCAGTCAATTAGACCGGAAATGATTACTGA 1741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TGGGAAGAATGGTGCTTTATGTGTTCTTCGGCAGTCAATTAGACCGGAAATGATTACTGA 1738
Query 1742 GGTTGAACTTCCAGGGTGCAAAGGAATATGGACAGTTTATCACAAGAGCTCCCGTGGTCA 1801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GGTTGAACTTCCAGGGTGCAAAGGAATATGGACAGTTTATCACAAGAGCTCCCGTGGTCA 1798
Query 1802 TAATGCTGATTCTTCTAAAATGGCTGCTGATGAAGATGAATATCATGCCTATTTGATTAT 1861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TAATGCTGATTCTTCTAAAATGGCTGCTGATGAAGATGAATATCATGCCTATTTGATTAT 1858
Query 1862 CAGTTTGGAGGCTCGCACAATGGTACTTGAAACTGCTGACCTTCTCACAGAAGTCACTGA 1921
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 AAGTTTGGAGGCTCGCACGATGGTCCTTGAAACTGCTGACCTTCTCACAGAAGTCACTGA 1918
Query 1922 GAGTGTTGACTATTATGTTCAGGGAAGAACAATTGCTGCTGGAAATCTATTTGGAAGGCG 1981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1919 GAGTGTTGACTATTATGTTCAGGGAAGAACAATTGCTGCTGGAAATCTATTTGGAAGACG 1978
Query 1982 TCGGGTAATCCAGGTGTTTGAGCATGGTGCCCGTATTCTGGATGGTTCTTTTATGAATCA 2041
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TCGGGTAATCCAGGTGTTTGAGCATGGCGCCCGTATTCTGGATGGTTCTTTTATGAATCA 2038
Query 2042 AGAATTAAGCTTTGGAGCCTC-TAATTCAGAATCCAATTCCGGTTCTGAAAGTTCCACTG 2100
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 AGAATTAAGCTTTGGAGC-TCCTAATTCAGAATCCAATTCCGGTTCTGAAAGTTCCACTG 2097
Query 2101 TGTCATCTGTTTCAATCGCTGATCCATATGTTTTACTTAGAATGACAGATGACAGTATTC 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 TGTCATCTGTTTCAATCGCTGATCCATATGTTTTACTTAGAATGACAGATGACAGTATTC 2157
Query 2161 GTCTGCTTGTTGGAGATCCTTCCACTTGCACAGTTTCCATAAGTAGCCCATCTGTACTTG 2220
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2158 GTCTGCTTGTTGGAGATCCTTCGACTTGCACAGTTTCCATAAGTAGTCCATCTGTACTTG 2217
Query 2221 AAGGCTCTAAAA-GAAAGATATCAGCCTGTACTTTGTACCATGATAAAGGACCAGAACCA 2279
||||||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 AAGGCTCCAAAAAGAA-GATATCAGCGTGTACCTTGTACCATGATAAAGGACCAGAACCA 2276
Query 2280 TGGCTAAGGAAAGCTAGCACTGATGCGTGGCTTTCGTCAGGAGTTGGAGAGGCTGTTGAT 2339
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 TGGCTAAGGAAAGCTAGCACTGATGCATGGCTTTCATCAGGAGTTGGAGAGGCTGTTGAT 2336
Query 2340 AGTGTTGATGGTGGACCTCAAGATCAGGGTGACATATACTGTGTGGTCTGTTACGAAAGT 2399
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2337 AGTACTGATGGTGGACCTCAAGACCAGGGTGACATATACTGTGTGCTCTGTTACGAAAGT 2396
Query 2400 GGTGCCCTTGAGATATTTGATGTGCCTAGTTTCAATTGTGTTTTCTCTGTTGATAAATTT 2459
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 GGTGCCCTTGAGATATTTGATGTGCCTAGTTTTAATTGTGTTTTCTCTGTTGATAAATTT 2456
Query 2460 GCCTCTGGAAGACGCCACCTCTCTGATATGCCTATTCATGAGCTAGAGTATGAACTCAAC 2519
|| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2457 GCGTCTGGAAGACGCCACCTCTCTGATATGCCTACTCATGAGTTAGAGTATGAACTCAAC 2516
Query 2520 AAAAATTCCGAGGATAATACTTCGTCAA--AA-GA-GA--TAAAGAATACAAGGGTTGTT 2573
||||| |||||||||||| ||||||||| || || || |||||||||||| ||| |||
Sbjct 2517 AAAAACTCCGAGGATAATGCTTCGTCAAGGAATGAAGAGATAAAGAATACAAAGGTCGTT 2576
Query 2574 GAGTTAGCTATGCAAAGATGGTCTGGGCATCATACACGCCCATTTCTCTTTGCAGTATTG 2633
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 GAGCTAGCTATGCAAAGATGGTCTGGGCCTCATACACGCCCATTTCTCTTTGCAGTATTG 2636
Query 2634 GCTGATGGGACAATTCTTTGTTACCATGCTTACCTATTTGATGGTGTTGATAGTACCAAA 2693
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2637 GCTGATGGCACAATTCTTTGTTACCATGCTTATCTATTTGAGGGTGTTGATAATACCAAA 2696
Query 2694 GCAGAGAATAGTTTATCTTCAGAAAATCCTGCTGCTTTAAATTCCTCTGGTAGTTCTAAG 2753
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 GCAGAAAATAGTGTATCTTCAGAAAATCCTGCTGCTTTAAATTCCTCTGGTAGTTCTAAG 2756
Query 2754 CTTAGGAATCTGAAATTTCTACGTATCCCCTTGGACACGTCTACGAGAGAGGGGACTTCA 2813
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 CTTAGGAATCTGAAATTTCTACGCATCCCCTTTGACACGTCTACGAGAGAGGGGACTTCA 2816
Query 2814 GATGGAGTTGCATCTCAAAGAATTACCATGTTCAAGAATATTAGTGGCCACCAGGGATTT 2873
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 2817 GATGGAGTTGCATCTCAAAGAATTACCATGTTCAAGAATATTAGTGGTCACCAGGGGTTT 2876
Query 2874 TTTCTTTCTGGCTCAAGGCCGGGGTGGTGTATGTTGTTCAGAGAGCGACTACGATTTCAT 2933
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2877 TTTCTTTCTGGCTCAAGGCCGGGTTGGTGTATGTTGTTCAGAGAGCGACTCCGATTTCAT 2936
Query 2934 TCACAGCTGTGCGACGGATCAATTGCGGCCTTTACTGTTCTTCACAATGTGAATTGCAAT 2993
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2937 TCACAGCTGTGCGATGGATCAATTGCGGCCTTTACTGTTCTTCACAATGTGAATTGCAAT 2996
Query 2994 CACGGGTTCATATATGTCACAGCACAGGGAGTTTTGAAGATTTGCCAATTACCTTCAGCA 3053
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 CACGGGTTCATATATGTCACATCACAGGGAGTTTTGAAGATTTGCCAATTACCTTCAGCA 3056
Query 3054 TCAATCTATGATAATTATTGGCCAGTGCAGAAGATTCCTCTAAAGGCCACACCTCACCAA 3113
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 3057 TCAATCTACGATAATTATTGGCCAGTGCAGAAGATTCCTCTGAAGGCCACGCCTCACCAA 3116
Query 3114 GTTACTTACTACGCGGAGAAGAACTTGTACCCGCTGATAGTATCATATCCGGTCAGCAAG 3173
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 3117 GTTACCTACTACGCGGAGAAGAACTTGTACCCGCTGATTGTATCATATCCAGTCAGCAAG 3176
Query 3174 CCGTTAAATCAAGTTCTTTCTTCACTAGTTGATCAAGAAGCTGGCCAGCAGCTTGACAAC 3233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3177 CCGTTAAATCAAGTTCTTTCTTCACTAGTTGATCAAGAAGCTGGCCAGCAGATTGACAAC 3236
Query 3234 CACAATATGAGCTCAGATGATCTCCAACGGACATACACCGTAGAGGAATTTGAAATTCAA 3293
|||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 3237 CACAATCTGACCTCAGATGATCTCCAACGAACATACACTGTAGAGGAATTTGAAATCCAA 3296
Query 3294 ATTTTGGAACCAGAAAGATCTGGTGGCCCCTGGGAAACTAAAGCCAAAATCCCAATGCAG 3353
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3297 ATTTTGGAACCAGAAAGATCTGGTGGCCCCTGGGAAACTAAAGCCACTATCCCAATGCAG 3356
Query 3354 ACCTCAGAACATGCACTGACTGTGCGAGTTGTCACGCTTCTGAATGCAAGCACAGGGGAG 3413
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3357 AGCTCAGAACATGCACTGACTGTGCGAGTTGTCACACTTCTTAATGCAAGCACAGGGGAG 3416
Query 3414 AATGAAACACTTCTTGCTGTTGGGACTGCGTATGTCCAAGGGGAGGATGTTGCTGCAAGG 3473
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3417 AATGAAACACTTCTTGCTGTTGGAACTGCCTATGTCCAAGGGGAGGATGTTGCTGCAAGG 3476
Query 3474 GGCCGTGTGCTTCTTTTCTCTTTTGGAAAAAATGGCGACAATTCTCAAAACGTGGTTACT 3533
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3477 GGCCGTGTGCTTCTTTTCTCTTTTGGAAAAAATGGCGATAATTCTCAAAACGTGGTTACT 3536
Query 3534 GAAGTCTACTCAAGGGAGCTAAAAGGTGCTATATCAGCTGTAGCCTCCATTCAGGGTCAT 3593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3537 GAAGTCTACTCAAGGGAGCTAAAAGGTGCTATATCAGCTGTAGCCTCCATTCAGGGTCAT 3596
Query 3594 CTTCTAATATCATCTGGTCCTAAAATCATCTTGCACAAATGGAATGGCACCGAATTAAAT 3653
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3597 CTTCTAATATCATCTGGTCCTAAAATTATCTTGCACAAATGGAATGGCACCGAATTAAAT 3656
Query 3654 GGTGTTGCCTTCTTTGATGCTCCGCCGCTCTATGTAGTCAGCATGAATGTTGTTAAGAGT 3713
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 3657 GGTGTTGCCTTCTTTGATGCTCCACCGCTCTATGTAGTCAGCATGAATGTTGTAAAGACT 3716
Query 3714 TTCATCCTTCTTGGTGATGTTCACAAAAGCATATACTTTCTTAGCTGGAAGGAACAAGGG 3773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3717 TTCATCCTTCTTGGTGATGTTCACAAAAGCATATACTTTCTTAGCTGGAAGGAACAAGGG 3776
Query 3774 TCCCAACTTAGCTTACTAGCCAAAGATTTTGAATCCCTTGATTGTTTTGCTACAGAGTTC 3833
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3777 TCCCAACTTAGCTTACTAGCCAAAGATTTTGGATCCCTCGATTGTTTTGCTACAGAGTTC 3836
Query 3834 TTGATTGATGGAAGTACGCTTAGCCTGGCTGTCTCCGATGAACAAAAGAATATCCAGGTA 3893
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3837 TTGATTGATGGAAGTACACTTAGCCTGGCTGTCTCCGATGAACAAAAGAATATCCAGGTA 3896
Query 3894 TTTTATTATGCACCAAAGATGATTGAGAGCTGGAAGGGTCTGAAACTTCTTTCAAGGGCG 3953
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3897 TTCTATTATGCACCAAAGATGGCTGAGAGCTGGAAGGGTCAGAAACTTCTTTCAAGGGCG 3956
Query 3954 GAATTTCACGTTGGTGCCCATGTGTCAAAGTTCCTACGTCTGCAGATGGTTTCTTCTGGA 4013
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3957 GAATTTCACGTTGGTGCCCATGTGACAAAGTTCCTACGTCTGCAGATGGTTACTTCTGGT 4016
Query 4014 GCAGATAAAATAAATCGATTTGCTTTGTTATTTGGTACTCTAGACGGCAGTTTTGGTTGC 4073
|| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4017 GCGGATAAAACAAATCGATTTGCTTTGTTATTTGGTACTCTAGATGGCAGTTTTGGTTGC 4076
Query 4074 ATTGCTCCACTGGATGAGGTCACATTCCGGAGGTTACAGTCTCTCCAGAAAAAGCTAGTG 4133
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4077 ATTGCTCCACTCGATGAGGTCACATTCCGGAGGTTACAGTCTCTCCAGAAAAAGCTAGTG 4136
Query 4134 GATGCTGTTCCTCATGTTGCGGGTCTGAACCCACTCGCTTTCCGTCAATTTCGCTCAAGT 4193
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || ||| |||||
Sbjct 4137 GATGCTGTTCCTCATGTTGCGGGTCTGAACCCACACTCTTTCCGTCAGTTCCGCACAAGT 4196
Query 4194 GGGAAGGCTCGACGATCTGGGCCTGACAGCATAGTTGACTGCGAGTTACTATGCCATTAC 4253
||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4197 GGGAAGGCTAGACGATCTGGGCCTGACAGCATAATCGACTGCGAGTTACTATGCCATTAC 4256
Query 4254 GAGATGCTTCCATTGGAGGAACAGCTTGAACTTGCTCACCAGATTGGGACAACCCGATAT 4313
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 4257 GAGATGCTTCCATTGGAGGAACAGCTTGAACTTGCTCACCAGATTGGGACAACCCGGTCT 4316
Query 4314 -TCGATTCTCAAGGATTTAGTTGATCTCTCTGTCGGAACCAGCTTCTTGTGAAAGATCAA 4372
| |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4317 GTA-ATTCTCTTGAATTTAGTTGAGCTCTCTGTCGGAACCAGCTTCTTGTAAAAGATCAA 4375
Query 4373 AGAAAAAGGCAGATCGTAATGCGTTGTTCACCCGCCGACAAAAATA-GGCAGAGTCGCTT 4431
|||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||| | |||||||| ||||
Sbjct 4376 AGAAAAAGGCAGATTGTAATGCGTTGTTCATCCGA-GAGAAAAAAAAGGCAGAGTTGCTT 4434
Query 4432 AATATGTTGTAAAAAATGCTGTAACAGTAGACAATCGTATGAACTTTGATGTTTAGTGGC 4491
||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| | ||||
Sbjct 4435 AATATGTTGTACAAA-TGCTGTAACAGTACACAATTATATGAAATTTGATGTTCAATGGC 4493
Query 4492 ATTTAGATTATGTTAAGATTCTTCT 4516
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4494 ATTTAGATTATGTTAAGATTCTTCT 4518
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171106848208
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5