BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G51970.1
Length=1589
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949748 jgi|Araly1|949748|scaffold_801635.1 1842 0.0
> Ahg949748 jgi|Araly1|949748|scaffold_801635.1
Length=1136
Score = 1842 bits (997), Expect = 0.0
Identities = 1090/1136 (96%), Gaps = 1/1136 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 356 GAGCATAGCAGAGAAGAGTTATGGGGAAAGGAGGGATGTCTCAAGGAGAAGGCTCAAAGG 415
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 GAGCATAGTAGAGAAGAGTTATGGGGAAAGGAGGGATGTCTCATGGAGAAGGCTCAAAGG 60
Query 416 TTGAAGAAGAAAACATGGCTGCTTGGTTGGTTGGTATCAATACCCTCAAGATCCAACCTT 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTGAAGAAGAAAACATGGCTGCTTGGTTGGTTGGTCTCAATACCCTCAAGATCCAACCTT 120
Query 476 TTCTTCTTCCTTCCGTTGGTCCTCATGATGTGAGAGTTAGGATGAAAGCTGTTGGTATTT 535
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTCTTCTTCCTTCAGTTGGTCCTCATGATGTGAGAGTTAGGATGAAAGCTGTTGGTATTT 180
Query 536 GTGGAAGTGATGTTCATTACCTTAAGACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGC 595
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 181 GTGGAAGTGATGTTCATTACCTAAAGACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAAC 240
Query 596 CGATGGTGATTGGACATGAATGTGCTGGGATCATTGAAGAAGTAGGTGAAGAAGTGAAAC 655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CGATGGTGATTGGACATGAATGTGCTGGGATCATTGAAGAAGTAGGTGAAGAAGTGAAAC 300
Query 656 ATTTAGTGGTTGGTGACCGTGTAGCTCTTGAACCTGGGATTAGTTGTTGGAGATGCAATC 715
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATTTAGTGGTTGGTGACCGTGTGGCTCTTGAACCTGGGATTAGTTGTTGGAGATGCAATC 360
Query 716 TCTGCAGGGAAGGACGATACAACCTTTGTCCAGAAATGAAGTTCTTTGCAACTCCACCGG 775
||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TCTGCAGAGAAGGGCGATACAACCTTTGTCCAGAGATGAAGTTCTTTGCAACTCCACCGG 420
Query 776 TTCATGGCTCTTTAGCTAACCAAGTGGTACACCCTGCGGACCTATGCTTCAAATTGCCTG 835
|||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTCACGGCTCTTTAGCTAACCAGGTAGTTCACCCTGCGGATCTATGCTTCAAATTGCCTG 480
Query 836 AGAATGTGAGTTTGGAGGAAGGAGCAATGTGTGAACCACTTAGTGTTGGTGTCCATGCTT 895
| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 481 ATAATGTGAGTTTGGAGGAAGGAGCAATGTGTGAGCCACTTAGTGTTGGTGTTCATGCGT 540
Query 896 GTCGCCGAGCTGAGGTTGGTCCTGAAACAAACGTTTTGGTAATGGGAGCTGGACCTATTG 955
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 541 GTCGCCGAGCTGAGGTTGGTCCTGAAACAAGCGTTTTGGTAATGGGAGCTGGACCAATTG 600
Query 956 GCCTTGTTACAATGTTGGCTGCTCGGGCTTTCAGTGTGCCTAGAATTGTTATTGTGGATG 1015
||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCCTTGTCACCATGTTAGCTGCTCGGGCTTTCGGTGTGCCTAGAATTGTTATTGTGGATG 660
Query 1016 TTGATGAGAACCGTTTAGCCGTAGCAAAACAGCTCGGCGCAGATGAGATTGTACAAGTGA 1075
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||
Sbjct 661 TTGATGAGAACCGTTTAGCCGTAGCAAAACAGCTTGGTGCAGATGGGATTGTTCAAGTGA 720
Query 1076 CAACAAACTTAGAGGATGTTGGTTCTGAGGTTGAACAGATTCAGAAAGCTATGGGGTCAA 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 721 CAACAAACTTAGAGGATGTTGGTTCTGAGGTTGAACAAATTCAGAAAACTATGGGCTCAA 780
Query 1136 ACATCGATGTAACATTCGACTGTGCGGGTTTTAACAAAACCATGTCGACAGCATTAGCAG 1195
|| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ACGTCGATGTGACATTCGATTGTGCGGGTTTTAACAAAACCATGTCGACAGCATTAGCAG 840
Query 1196 CCACTCGTTGTGGCGGTAAAGTCTGTCTTGTCGGAATGGGTCACGGTATAATGACTGTCC 1255
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CCACTCGATGTGGTGGTAAAGTCTGTCTTGTCGGAATGGGTCACGGTATAATGACTGTCC 900
Query 1256 CTCTCACTCCTGCAGCTGCAAGGGAGGTAGATGTGGTGGGTGTGTTCAGGTACAAGAACA 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTCTCACTCCTGCAGCTGCAAGGGAGGTAGATGTGGTAGGTGTGTTCAGGTACAAGAACA 960
Query 1316 CATGGCCATTGTGTCTTGAGTTCCTGACAAGTGGTAAGATTGATGTAAAGCCACTCATAA 1375
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CATGGCCTTTGTGTCTTGAGTTCCTAACAAGTGGTAAGATTGATGTAAAGCCACTCATAA 1020
Query 1376 CCCACAGATTCGGTTTCTCTCAAAAGGAAGTGGAAGATGCCTTTGAAACCAGTGCTCGTG 1435
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1021 CCCACAGATTCGGTTTCTCTCAGAAGGAAGTGGAAGATGCCTTTGAAACCAGTGCCCGTG 1080
Query 1436 GGAGCAATGCCATCAAAGTTATGTTCAATCTCTGAAAACAA-TCTTTGCTTTTCTA 1490
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||
Sbjct 1081 GGAGCAATGCCATCAAAGTTATGTTCAATCTGTGAAAAAAAATCTTCGCTTTTCTA 1136
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 59535052935
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5