BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G52820.1
Length=1678
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949843 jgi|Araly1|949843|scaffold_801730.1 2462 0.0
> Ahg949843 jgi|Araly1|949843|scaffold_801730.1
Length=1464
Score = 2462 bits (1333), Expect = 0.0
Identities = 1423/1467 (97%), Gaps = 3/1467 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 51 TCTTTGCGAAGCTCATCGTCGACGATGACCATGATGGATACAGACGAAGGGAAGACAGTG 110
|||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 TCTTTGCGAAACTCATCGTCGACGATGAGC---ATGGATACAGACGAAGGGAAGACGGTG 57
Query 111 ATGTGTCTGTTAACAGACCCAGAAGGAACTCATTTAGGTTCTGCCATGTATATTCCTCAA 170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 58 ATGTGTCTGTTAACAGACCCAGAAGGAACTCATTTAGGTTCTGCCATGTATATTCCTCAA 117
Query 171 AAGGCTGGTCCTTTGCAACTTACTCAGCTCGTCAATAGGTTCCTTGACAACGAGGAGATG 230
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 118 AATGCTGGTCCTTTGCAACTTACTCAGCTCGTCAATAGGTTCCTCGACAACGAGGAGATG 177
Query 231 TTACCTTACAGTTTCTATGTATCAGACGAAGAGCTTCTTGTACCAGTTGGAACGTACTTG 290
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 178 TTACCTTACAGTTTCTATGTATCAGACGAAGAGCTTCTTGTACCTGTTGGAACTTACTTA 237
Query 291 GAGAAAAACAAAGTGTCTGTGGAGAAGGTTTTGACGATTGTTTATCAACAACAAGCTGTT 350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GAGAAAAACAAAGTGTCTGTGGAGAAGGTTTTGACGATTGTTTATCAACAACAAGCTGTT 297
Query 351 TTTCGAATTCGTCCTGTTAACCGTTGCTCACAGACAATTGCTGGTCACGCGGAAGCTGTT 410
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 TTTCGAATTCGTCCAGTTAACCGTTGCTCACAGACAATTGCTGGTCACGCGGAAGCTGTT 357
Query 411 CTTTGTGTTTCGTTTAGTCCTGATGGAAAGCAATTAGCTAGTGGTTCAGGTGATACTACT 470
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 CTTTGTGTTTCGTTTAGTCCTGATGGTAAGCAGTTAGCTAGTGGTTCAGGTGATACTACT 417
Query 471 GTCAGGCTTTGGGATCTCTACACTGAAACTCCATTGTTTACTTGCAAAGGCCACAAGAAT 530
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 418 GTCAGGCTTTGGGATCTCTACACTGAAACTCCATTGTTTACTTGCAAAGGGCACAAGAAT 477
Query 531 TGGGTTCTCACAGTTGCGTGGTCTCCTGATGGTAAGCATCTTGTGAGTGGTAGTAAATCC 590
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TGGGTTCTCACAGTTGCGTGGTCTCCGGATGGTAAGCATCTTGTGAGTGGTAGTAAATCC 537
Query 591 GGTGAAATCTGTTGTTGGAATCCAAAGAAAGGAGAACTAGAAGGCAGCCCACTTACGGGT 650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 538 GGTGAAATCTGTTGTTGGAATCCAAAGAAAGGAGAACTAGAAGGCAGTCCACTTACAGGT 597
Query 651 CACAAGAAATGGATTACTGGTATCTCGTGGGAACCAGTCCACCTTAGTTCTCCATGCCGT 710
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 CATAAGAAATGGATTACTGGTATCTCGTGGGAACCAGTCCACCTTAGTTCTCCATGCCGT 657
Query 711 CGATTTGTGACTTCTAGTAAAGATGGGGATGCAAGGATTTGGGATATTACACTGAAAAAA 770
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CGATTTGTAACTTCTAGTAAAGATGGGGATGCAAGGATTTGGGATATTACACTGAAAAAA 717
Query 771 TCTATTATTTGTCTCAGTGGGCACACACTTGCTGTGACTTGTGTCAAATGGGGCGGAGAT 830
||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TCTATAATTTGTCTCAGTGGACACACTCTTGCTGTGACTTGTGTCAAATGGGGCGGAGAT 777
Query 831 GGAATTATTTATACAGGTTCGCAAGATTGTACGATTAAGATGTGGGAGACTACTCAGGGG 890
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GGAATTATTTATACAGGTTCCCAAGATTGTACGATAAAGATGTGGGAGACTACTCAGGGG 837
Query 891 AAGCTTATTCGTGAATTGAAGGGGCATGGGCATTGGATTAACTCCCTTGCGTTGAGCACA 950
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 838 AAGCTCATTCGTGAATTGAAGGGGCATGGGCATTGGATTAACTCCCTTGCATTGAGCACA 897
Query 951 GAATATGTTCTTCGAACAGGAGCTTTTGACCACACTGGAAGACAATATCCTCCAAATGAA 1010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 GAATATGTTCTTCGAACAGGAGCTTTTGACCACACTGGAAGACAATATCCTCCAAATGAA 957
Query 1011 GAAAAGCAAAAGGCGCTCGAAAGATACAACAAAACAAAAGGGGATTCCCCTGAAAGATTA 1070
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 GAAAAGCAAAAGGCGCTCGAAAGATACAACCAAACAAAAGGGGATTCCCCTGAAAGATTA 1017
Query 1071 GTCTCAGGTTCTGATGATTTCACTATGTTCCTTTGGGAACCATCTGTTAGCAAACAACCT 1130
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GTTTCAGGTTCTGATGATTTCACTATGTTCCTTTGGGAACCATCTGTTAGCAAACAACCT 1077
Query 1131 AAAAAGCGCTTAACCGGTCATCAACAGCTTGTAAATCATGTCTATTTCTCACCTGATGGG 1190
||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 AAAAAGCGCTTGACCGGCCATCAACAACTTGTAAATCATGTCTATTTCTCACCTGATGGG 1137
Query 1191 AAATGGATTGCAAGTGCATCGTTCGATAAATCAGTTAGGCTATGGAATGGTATCACAGGA 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 AAATGGATTGCAAGTGCATCGTTCGATAAATCAGTTAGGCTATGGAATGGTATCACAGGA 1197
Query 1251 CAATTTGTTACAGTTTTCCGGGGACATGTTGGACCTGTTTATCAGGTCAGTTGGTCCGCA 1310
||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 CAATTCGTTACAACTTTCCGGGGCCATGTTGGACCTGTGTATCAGGTCAGTTGGTCCGCA 1257
Query 1311 GACAGTAGATTGCTTTTGAGTGGCAGTAAAGACTCTACTCTCAAGATATGGGAAATTAGG 1370
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GACAGTAGATTGCTATTGAGTGGCAGTAAAGACTCTACTCTCAAGATATGGGAAATTAGG 1317
Query 1371 ACGAAAAAGTTAAAACAAGATCTTCCTGGTCATGCAGATGAGGTTTTTGCGGTGGATTGG 1430
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1318 ACTAAAAAGTTAAAACAAGATCTTCCTGGTCATGCAGATGAGGTTTTCGCGGTGGATTGG 1377
Query 1431 AGTCCAGATGGAGAGAAAGTAGTTTCTGGTGGTAAAGATAGAGTGTTGAAGCTATGGAAG 1490
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1378 AGTCCAGATGGTGAGAAAGTAGTTTCTGGTGGTAAAGATAGAGTTTTGAAGCTATGGAAG 1437
Query 1491 GGTTAAAATGGAAGACCATTTTGGAGT 1517
||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1438 GGTTAAAATGGAACATCATTTTGGAGT 1464
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62925084740
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5