BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G52910.1
Length=3573
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg331651 jgi|Araly1|331651|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000994 5371 0.0
Ahg916919 jgi|Araly1|916919|Al_scaffold_0008_1670 84.2 6e-15
> Ahg331651 jgi|Araly1|331651|fgenesh1_pm.C_scaffold_8000994
Length=3438
Score = 5371 bits (2908), Expect = 0.0
Identities = 3270/3443 (95%), Gaps = 32/3443 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGTGGAGGAGAGAATCTCAACGAAGAAGAAGATAGATTTGGAAGGATTATCAGTA 60
||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATGTGGAAGAGAGAATCTCAACGAAAAAAAAGATGGATTTAGAGGGATTATCAGTA 60
Query 61 ATCTGCAGCGATCTGGGTCTTCCCGAGGAAGACGAAGACAGAAGAAGAATTGGGTACTCG 120
||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATCTGCAGCGACCTGGGAGTTCCCGAGGAAGACGACGATGGAAGAAGAATTGGGTACTCG 120
Query 121 AAAAGCGAGTACTGTCTCGACAATTTGAAAGATTTACTGAGATTTCTGAGACGCGACGAT 180
||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AAAAGTGATTACTGCCTCGACAATTTAAAAGATTTACTGAGATTTCTGAGACGCGACGAT 180
Query 181 CCTGAGAGCAGAGAAGTTTTCAAACAAGTCTGTGCGTGGAATATAGTCT-CTAAAGATTT 239
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||
Sbjct 181 CCCGAGAGCAGAGAAGTTTTCAAACAAGTCTGTGCGTGGAATATAGT-TGCCAAAGATTT 239
Query 240 GATTCCGATCATTGAGCATTACCAAGATGAACATAACTTAGTTTTAAATGCAGTTAAAGT 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 240 GATTCCGATCATTGAGCATTACCAAGATGAACATAACTTAGTTTTAAACGCAGTTAAAGT 299
Query 300 GTTGGTGTTTCTTACAATGCCTATAGAGCCTTCTTCAGATGATATTCCTCAGCAGTTAGA 359
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GTTGGTGTTTCTCACTATGCCTATAGAGCCTTCTTCAGATGATATTCCTCAGCAGTTAGA 359
Query 360 GTATCTATGGGGATTGAAATCTGCAATTACTTTTAGTAATATTGTTGCAGTGATTGTGTC 419
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GTATTTATGGGGATTGAAATCTGCAATTACTTTTAGTAATATTGTTGCAGTGATTGTGTC 419
Query 420 TTTGCTTGAAGCTCCTCTTGAGAACTTAGAATTAGATGTATTCAATGAGGAAGATTGGAA 479
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTTGCTTGAAGCGCCTCTCGAGAACTTAGAATTAGATGTATTCAATGAGGAAGATTGGAA 479
Query 480 ATTGGTTCAGCTTGTGCTTACTTTATTCAGGAATTTACTTGCTATTCATGATGTATCTCC 539
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 480 ATTGGTTCAGCTTGTGCTCACTTTATTCCGGAATTTACTTGCTATTCATGATATATCTCC 539
Query 540 GATTCAGAAA-GCTGGAGAGTCTACTTGTTACTTTTTGTCGT-TGAGGGATCAGTTTCTC 597
|||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 540 GATTCA-AAAGGCTGGAGAATCAACTTGTTACTTTTTGTC-TCTGAGGGATCAGTTTCTC 597
Query 598 GAAGTTCTGTCTCGTGAGAATGTGATGGATATAGTTCTTGTGATAACTCAGACTATTGAG 657
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GAAGTTCTGTCTCGTGAGAATGTGATGGACATAATTCTTGTGATAACTCAGACTATTGAG 657
Query 658 GGTTTCAATAGTTTGTTGAGGCATGACAACTTACTTCTGCTTGAGATTTATCATTATATT 717
|||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 AGTTTTAATAGTTTGTTGAGACATGATAACTTACTTCTGCTTGAGATTTATCATTATATT 717
Query 718 CTCTTGGGTCAAGACATGGAGCTCGTTGCAAAGGCTCCTGAGAAGTTGGATCAGGGGAAA 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||
Sbjct 718 CTCTTGGGTCAAGACATGGAGCTCGTTGCAAAGGCTCCTGACAAGTTGGATCAAAGAAAA 777
Query 778 CAAGCTTCTGTAGATAGTTTGAAGACATTAATGAAGGAGGAGGAAGTTAAAAGAAAGCTT 837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AAAGCTTCTGTAGATAGTTTGAAGACATTAATGAAGGAGGAGGAAGTTAAAAGAAAGCTT 837
Query 838 GCAAGACTCAATAATATGAATCAGCGTCATTCACAATTTGGTGGGACATTCACCCGGGTT 897
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GCTAGATTCAATAATATGAATCAGCGTCATTCACAATTTGGTGGGACATTCACCCGGGTT 897
Query 898 ACCATGGATGGCACTAAAGCTGTACTAAAGGGAATACCTTCTACTACGGAAAGCACAATG 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 898 ACCATGGATGGCACTAAAGCTGTACTAAAGGGAATACCTTCTACTACGGAGAGCACAATG 957
Query 958 CTTAAGCCTCAGCAAGGTCGTGGAGCCACCGAAAAGATTGTCTGGGAACATGGACCAATG 1017
|| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 CTAAAGCCTCAGCAAGGTCGTGGAGCCACAGATAAGATTGTCTGGGAACATGGACCAATG 1017
Query 1018 TCTGTGACAAATGACAAATCATTATGTGAAGATATTGAAAAGGAGCATCCCTCCATTCAA 1077
||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1018 TCTGTAACAAATGACAATTCAGTATGTGAAGATATTGAAAAGGAGCATCCTTCCATTCAA 1077
Query 1078 AATAGCGACATTGTTACTTTCTTCCAAGTTGCTCAGTCCATCACCTCTTTTCAGTTTCAC 1137
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1078 AATAGTGACATTGTTACTTTCTTCCAAGTTGCTCAGTCCATCACCTCTTTCCAGTTTCAC 1137
Query 1138 AAGTCTTCGGCTTCTAGTCCAGCAATAGAAACAGAGGAAACCTCTGAACTCACTACCAAC 1197
||||||| |||||||| |||||||| || |||||| ||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1138 AAGTCTTTGGCTTCTAATCCAGCAACAGGAACAGAAGAAACTTCTGAACTCTCTACCAAC 1197
Query 1198 CAGAAGGCTGGAGTAAACTTTTCCAAGAGTGACATTTGTGCGCCGATTGCAGCAACAATT 1257
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 CAGAAAGCTGGAGTAAACTTTTCCAAGAGTGACATTTGTGCGCCGATTGCAGCAACAATT 1257
Query 1258 AACGACAGAATGTTTTTGCTTGTCATTTCAAAATGGCGCTGTGCATTTGATGGTCTGAAA 1317
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 AATGACAGAATGTTTTCGCTTGTCATTTCAAAATGGCGCTGTGCATTTGATGGTCTGAAA 1317
Query 1318 GAAACTAAAGATTTTAAGTTTCTATCTGCAGCAAGCTCTCTTGTGAAAACCATGCTTTGC 1377
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1318 GAAACTAAAGATTTTAAGTTTCTATATGCAGCAGGCTCTCTAGTGAAAACCATGCTGTGC 1377
Query 1378 TTACTAGATCTGGTGATCAAATTGCTACCTGAAGACTCTAAGGAAGCTTTTACTGTCCGC 1437
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1378 TTGTTAGATCTGGTGATCAAATTGCTACCTGAAGACTCTAGGGAAGCTTTTACTGTCCGC 1437
Query 1438 ATCTTGCTGTATAAGTTGTTTTATGACCAGACTGATCAAGGGATGTGTCAGTTCATCCTG 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 ATCTTGCTGTATAAGTTGTTTTATGACCAGACTGATCAAGGGATGTGTCAGTTCATCCTG 1497
Query 1498 AATCTGGTGAGAAGTTTTGACACGCACAAGCAACCTAAGAGTGAGCTTGGAGATCTGGTG 1557
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 AATCTGGTGAGAAGTTTTGACACACACAAGCAACCTAAGAGTGAGCTTGGAGATCTGGTA 1557
Query 1558 GAAAGCATCCATATAATTGTAGGCCTTATGGAAAACCTTCAAGGGCGTGGAACTTTGAGG 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GAAAGCATCCATATAATTGTAGGCCTTATGGAAAACCTTCAAGGGCGTGGAACTTTGAGG 1617
Query 1618 GTTTCaaaaaaatcaaggaaagcaagaaagaaaaaaCCCA-AGGGAAATAAGGAGGCCAC 1676
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1618 GTTTCAAAAAAATCAAGGAAAGCAAGAAAGAAAAAACCCATA-GGAAATAAGGAGGCCAC 1676
Query 1677 AGTGCATAAACTGTCTGAAAATCATCCAAGTACTTCAAACGAAGCTAGCACAGCAAAAAG 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1677 AGTGCATAAACTGTCTGAAAATCATCCAAGTACTTCAAACGAAGCTAGCACAGAAAAAAG 1736
Query 1737 CATACCGATGGTTGATTCAACAGTTTCAACAGAGGATGGACCAATGGATGTGCCTCCCAA 1796
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CATACCGATGGTTGATTCAACAGTTTCAACGGAGGATGGACCAATGGATGTGCCTCCCAA 1796
Query 1797 TAAACCAGAGGCATCGAACCTAGAGACTGAAACTGATGAAACTCAACAAATGCACAGCCC 1856
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TAAACCAGAGGCAACGAACCTAGAGACTGAAACTGATGAGACTCAACAAATGCACAGCCC 1856
Query 1857 GAAGTCAAATAATGTGGTTGATGATCTGTCTAGCGGCAGTGATGATTCTTCTGATGGCGA 1916
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GAAGTCAAATAATGTGGTCGATGATCTGTCTAGCGGCAGTGATGATTCTTCTGATGGCGA 1916
Query 1917 AGAGCAAACTGCAACAGATGAAGTTGATTTTAAGGTTTCCACATTTATTTCTGCTTTTGC 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 AGAGCAAACTGCAACAGATGAAGTTGATTTTAAGGTTTCCACATTTATTTCTGCTTTTGC 1976
Query 1977 CAGCAACAGCATTATTCAAAACCTATGCTGGTTGCTTAAGTTTTACAAAAGCAATCCAAA 2036
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1977 CAGCAACAGCATTATTCAAAACCTATGCTGGTTGCTTAAGTTTTACAAAAGCAACCCAAA 2036
Query 2037 ACAGACGAATCACCACGTAATAAGCATTTTACGAAGGATTACAGAAGACTTGGAGCTCGC 2096
|||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2037 ACAGACAAATCACCACGTAATAAGCATTTTGCGGAGGATTACAGAAGACTTGGAGCTCTC 2096
Query 2097 TCCCATGTTGTATCAGCTGTCACTTCTAATAACATTCCATAAGATCCTTGATGAGCAGAA 2156
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 TCCCATGTTGTATCAGCTGTCACTGCTAATAACATTCCATAAGATCCTTGATGAGCAGAA 2156
Query 2157 AGTTTGTCCCTGCAAAGACTATGAGAACATAGTTACCTTCCTGACAGATCTGGTTAGAAA 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2157 AGTTTGTCCCTGCAAAGACTATGAGAACATAGTTACCTTCCTGACAGATCTTGTTAGAAA 2216
Query 2217 TATGTTGAAGAAAATGAAGTCACAGCCTCTTCTCTTTGTGGAAATTCTCTTCTCAAAGAC 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 TATGTTGAAGAAAATGAAGTCACAGCCTCTTCTCTTTGTGGAAATTCTCTTCTCAAAGAC 2276
Query 2277 TCGCAAAGAATGCCATTACATAAATGCTGAATATATGTTGCATGAGCTTGGCCATCTAAG 2336
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2277 GCGCAAAGAATGCCATTACATAAATGCTGAATATATGTTGCATGAGCTTGGCCATTTAAG 2336
Query 2337 AAAACAAATGGGTAATCAAGAAAAGTTCTCAGGAACTGAGGAATTTGGTACATCATCAGA 2396
|||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2337 AAAACAAATGGGAAATCAAGAAAAGGTCTCAGGAACTGAGGAATATGGTACATCATCAGA 2396
Query 2397 CAAAGGATGGGCTCACAGAAGCTTAGCAGATGCTCTAGGTGATGATGAAGCTGATGTCGT 2456
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 GAAAGGATGGGCTCGCAGAAGCTTAGCAGATGCCCTAGGTGATGATGAAGCTGATGTCGT 2456
Query 2457 AATTTCTTATGATCAAGGATTTCAAAATGAGGATGATGACATGGTGGAAGATAAATCTGC 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2457 GATTTCTTATGATCAAGGATTTCAAAATGAGGATGATGGCATGGTGGAAGATATATCTGC 2516
Query 2517 AGGACCATCTAAAAGAAAGCGAAGACTTGTTCTTGATGGTGATATGGATATAAAAATTAA 2576
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2517 AGGGCCATCTAAAAGAAAGCGAAGACTTGTTCTTGATGGTGATATGGAGATAAAAATTAA 2576
Query 2577 AGACCTATATGACAGGTACAAAGATGATAAAAATTGCAGCCGGCTTATTGCTGAAAATTT 2636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 AGACCTATATGACAGGTACAAAGATGATAAAAATTGCAGCCGGCTTATTGCTGAAAATTT 2636
Query 2637 GGTTCCTGATGGTGGAATTTCTGCTGCACAAGTAACCAACAAGCTTAAACAGCTAGGTCT 2696
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 GGATCCGGATGGTGGAATTTCTGCTGCACAAGTAACCAACAAGCTTAAACAGCTAGGTCT 2696
Query 2697 AGAAACAAGGAAAAGGCTTCGGCGTGGAGGTACTGATCACCTGGATGCAACATCGTTAGC 2756
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2697 AGAAACAAGGAAAAGGCTTCGGCGTGGTGATACTGATCACCTGGATGCAACATCATTTGT 2756
Query 2757 ACAACCTTCAAACACCAGAAAGAGAGTGAGCTCCTTTAGCAAAGAACAAGAAACGCTTAT 2816
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2757 ACAACCTTCAAACACCAGAAAGAGAGTGAGTTCCTTTAGCAAAGAACAAGAAGCTCTTAT 2816
Query 2817 TAAGGAATTATACAAGAAGTTCAAGGACGAAAAGCGCTGTTGTTATTTGATTGCCAGTGA 2876
||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2817 TAAGGAACTATACGAGAAGTTCAAGGACCAAAAGCGCTGTTGTTATTTGATTGCCAATGA 2876
Query 2877 ATTGGGCTCTGAAAATACATATACTACTGCCCAGGTTTCACGTAAATTAAAGCAACTTGG 2936
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 ATTGGGCTCTGAAAATACATATACTAGTACCCAGGTTTCACGTAAATTAAAGCAACTTGG 2936
Query 2937 TCTCCGTCTTCCCCGTGGTAAGAAGTCTGAAGCTGGCATGATGCTGAAAGATGACCATGA 2996
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2937 TCTCCGTCTTCCCCGTGGCAAGAAGTCTGAAGCTCGCATGATGCTGAAAGATGACCATGA 2996
Query 2997 TGATTCTTCAGCAGATGAATCCGAGGATGAAACATTACTAGCCTTCAAGAACAGGAAGAG 3056
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 TGATTCTTCAGCAGATAAATCCGACGATGAAACATTACTAGCCTTCAAGAACAGGAAGAG 3056
Query 3057 CAGGAAAAATCAGAAGAACAAGCAGCAAACAGGATCAATCAATGAGATCACTCCAGGAGG 3116
||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3057 CAGGAAAAATCAGAAGAACAAGCAGCACACAAGATCAAGCAATGAGATCACTCCAGGAGA 3116
Query 3117 TTCTGAAGACAACACAGAAAGGAATGAAACTAGTCTGCATGAGCCTACCGCTGGGGAAGA 3176
||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||
Sbjct 3117 TTCTGAACACAATACAGAAAGGAATGAAACTAGTCAGCATGTGCCTACCACTGGCGAAGA 3176
Query 3177 AGAGGACAATGATCAAAGCTACATCACCAGGGAAAGTAGACAATCTGAAACAGACGTTCA 3236
|||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 3177 AGAGGATAATGATCAAAACTACATCACCCGGGAAAGTAGAGAATCCGAAACAGACGTTCA 3236
Query 3237 CATCAGCGACAATGGTCCTTCAACTTCAT-TGCCAGAAGATCCAAACCTTTCATCAGATA 3295
||||||| |||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3237 CATCAGCAACAATGCTCCTTCTACTTCATCT-CCAGAAGATCCAAATCTTTCATCAGATC 3295
Query 3296 ATGAACTAGAGGATGACGAGTTAGCAGATT--GG-G--G--T--G-A--T---G---A-- 3335
|||||||||||||||| ||||||||||||| || | | | | | | | |
Sbjct 3296 ATGAACTAGAGGATGATGAGTTAGCAGATTCCGGTGATGAATTAGCAGATTCCGGTGATG 3355
Query 3336 -CTCTGCAGCTGGTGGTGCCTCCCTCACTCAAAGCCCGCTTAGTAGAAGGAAACTGAAGA 3394
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3356 ACTCTGCAGCTGGTGGTGCCTCCCTGACTCAAAGCCCGCTTAGTAGAAGGAAACTGAAGA 3415
Query 3395 TGGTACTTGATAAGGACGA-TGA 3416
|||| |||||| |||| || |||
Sbjct 3416 TGGTGCTTGATGAGGATGACTGA 3438
> Ahg916919 jgi|Araly1|916919|Al_scaffold_0008_1670
Length=621
Score = 84.2 bits (45), Expect = 6e-15
Identities = 51/54 (94%), Gaps = 0/54 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3048 CAGGAAGAGCAGGAAAAATCAGAAGAACAAGCAGCAAACAGGATCAATCAATGA 3101
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||
Sbjct 568 CAGGAAGAGCAGGAAAAATCAGAAGAACAAGCAGCACACAAGATCAAGCAATGA 621
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134952153858
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5