BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G52920.1
Length=2150
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495356 jgi|Araly1|495356|fgenesh2_kg.8__1172__AT5G52920.1 3040 0.0
> Ahg495356 jgi|Araly1|495356|fgenesh2_kg.8__1172__AT5G52920.1
Length=1920
Score = 3040 bits (1646), Expect = 0.0
Identities = 1853/1948 (95%), Gaps = 33/1948 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 122 TCCTTCTCTTCAAAATCAGAAATGGCTCAAGTGGTTGCTACCAGGTCAATTCAAGGCTCG 181
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCCTTCTCTTCAAAAACAGAAATGGCTCAAGTGGTTGCTACCAGGTCAATTCAAGGCTCG 60
Query 182 ATGTTATCTCCCAACGGTGGATCTGTGTCTACAAGATCCGAGAAGCTATTGAAA-CCAGC 240
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 61 ATGTTGTGTCCCAACGGTGGATCTGTGTCTACAAGATCCGAGAAGCTATT-AAAGCCAGC 119
Query 241 GAGTTTTGCAGTGAAGGTTCTTGGCAACGAAGCAAAGAGAAGTGGAAGAGTCTCTGTAAG 300
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 120 GAGTTTTGCAGTGAAGGTTCTTGGAAACGAAGCAAAGAGAAGTGGACGAGTCTCTGTTAG 179
Query 301 AAGCAGAAGAGTGGTTGATACTACTGTGAGATCCGCTCGTGTTGAGACTGAAGTCATTCC 360
|| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 180 AAACAGAAGAGTGGTTGATACTACAGTGAGATCTGCTCGTGTTGAGACTGAAGTGATTCC 239
Query 361 TGTTTCTCCTGAAGATGTGCCTAACAGAGAGGAGCAGCTTGAGAGGTTGTTGGAAATGCA 420
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 240 AGTTTCTCCTGAAGATGTACCTAACAGAGAGGAGCAGCTTGAGAGGTTGTTGGAGATGCA 299
Query 421 GCAGTTTGGTGATACATCGGTAGGGATGTGGTCGAAGCCGACAGTGAGGAGGAAGACAAA 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 300 GCAGTTTGGTGATACATCGGTAGGGATGTGGTCGAAACCGACAGTGCGGAGGAAGACAAA 359
Query 481 GATTGTTTGCACCGTTGGTCCGTCGACCAACACACGAGAAATGATATGGAAATTGGCTGA 540
||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GATCGTATGCACCGTTGGTCCGTCGACGAACACACGAGAAATGATATGGAAATTGGCTGA 419
Query 541 AGCTGGGATGAATGTTGCTAGGATGAATATGTCTCATGGAGATCATGCTTCACATAAGAA 600
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AGCTGGGATGAATGTTGCTAGGATGAACATGTCTCATGGAGATCATGCTTCACATAAGAA 479
Query 601 GGTTATTGATTTGGTTAAAGAATACAATGCACAAACTAAAGACAACACTATTGCTATCAT 660
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 480 GGTTATTGATTTGGTTAAAGAGTACAATGCACAAACTAAAGACAACACCATTGCTATCAT 539
Query 661 GCTTGACACCAAGGGTCCGGAAGTTAGGAGTGGAGATTTACCTCAGCCAATTATGTTAGA 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 540 GCTTGACACCAAGGGTCCGGAAGTTAGGAGTGGAGATTTACCCCAACCAATTATGTTAGA 599
Query 721 TCCTGGTCAAGAGTTTACCTTTACAATTGAGAGAGGAGTCAGCACACCAAGTTGTGTCAG 780
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCCAGGTCAAGAGTTTACTTTTACAATTGAGAGAGGAGTCAGCACACCAAGTTGTGTCAG 659
Query 781 TGTTAACTATGATGATTTCGTTAATGACGTGGAAGCGGGTGACATGCTTCTTGTTGATGG 840
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TGTTAACTATGATGATTTCGTCAATGACGTGGAAGCGGGTGACATGCTTCTTGTTGATGG 719
Query 841 TGGTATGATGTCGTTTATGGTGAAGTCAAAGACCAAAGACTCTGTCAAATGTGAAGTTGT 900
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGGTATGATGTCGTTTATGGTGAAGTCTAAGACCAAAGACTCTGTCAAATGTGAAGTTGT 779
Query 901 TGATGGTGGAGAACTTAAGTCAAGGAGACACCTGAATGTCCGAGGAAAGAGTGCAACTTT 960
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 780 TGATGGTGGAGAACTTAAGTCAAGGAGACATTTGAATGTCCGAGGAAAGAGTGCAACATT 839
Query 961 ACCTTCAATCACTGAGAAGGACTGGGAGGATATTAAATTTGGAGTGGAGAACAAAGTTGA 1020
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ACCTTCAATCACTGAGAAGGATTGGGAAGATATTAAATTTGGAGTGGAGAACAAAGTTGA 899
Query 1021 CTTTTATGCAGTTTCCTTTGTCAAAGATGCTCAAGTTGTACACGAGTTGAAGAAATACCT 1080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 900 CTTTTATGCAGTTTCCTTTGTCAAAGATGCTCAAGTGGTACACGAATTGAAGAAATACCT 959
Query 1081 TCAAAATAGTGGTGCTGATATACACGTGATAGTGAAAATTGAGAGTGCAGACTCCATACC 1140
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 960 TCAAAATTCTGGTGCTGATATACATGTGATAGTGAAAATTGAAAGTGCAGACTCCATACC 1019
Query 1141 TAACTTGCACTCCATTATCACAGCATCAGATGGGGCAATGGTTGCAAGAGGTGATCTTGG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TAACTTGCACTCCATTATCACAGCATCAGATGGGGCAATGGTTGCAAGAGGTGATCTTGG 1079
Query 1201 TGCAGAGCTTCCAATTGAAGAAGTCCCCATTCTTCAGGAGGAGATCATTAACCTGTGCCG 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1080 TGCAGAGCTTCCAATTGAAGAAGTCCCCATTCTTCAGGAGGAGATCATTAACCTATGCCG 1139
Query 1261 TAGTATGGGAAAAGCTGTTATTGTTGCGACTAACATGCTTGAGAGTATGATAGTTCATCC 1320
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TAGCATGGGAAAAGCTGTTATTGTTGCGACTAACATGCTTGAGAGTATGATAGTTCATCC 1199
Query 1321 AACTCCAACCCGGGCAGAGGTCTCAGACATTGCTATCGCTGTTAGAGAAGGTGCTGATGC 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AACTCCAACCCGGGCAGAGGTCTCAGACATTGCTATCGCTGTTAGAGAAGGTGCTGATGC 1259
Query 1381 GGTAATGCTTTCAGGAGAAACTGCTCACGGAAAGTTCCCATTGAAAGCTGCTGGAGTGAT 1440
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1260 AGTTATGCTTTCAGGAGAAACTGCTCACGGAAAGTTCCCATTGAAAGCTGCTGGGGTGAT 1319
Query 1441 GCACACTGTTGCATTGCGAACAGAAGCAACCATTACTAGCGGTGAAATGCCACCTAATCT 1500
|||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GCACACGGTTGCATTGCGAACAGAAGCCACCATTGCTAGCGGTGAAATGCCACCTAATCT 1379
Query 1501 TGGTCAAGCCTTCAAGAACCATATGAGTGAGATGTTTGCATACCATGCAACCATGATGTC 1560
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TGGTCAAGCCTTCAAGAACCATATGAGCGAGATGTTTGCATACCATGCAACCATGATGTC 1439
Query 1561 AAACACACTTGGAACTTCAACTGTTGTCTTCACCAGAACCGGTTTCATGGCCATAT-TGT 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||
Sbjct 1440 AAACACACTTGGAACTTCAACTGTTGTCTTCACCAGAACTGGTTTCATGGCCAT-TCTGC 1498
Query 1620 TAAGTCACTATCGTCCTTCCGGCACAATCTATGCCTTCACAAATGAGaaaaaaaTACAAC 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TAAGTCACTATCGTCCTTCCGGCACAATCTATGCCTTCACAAATGAGAAAAAAATACAAC 1558
Query 1680 AAAGATTAGCTTTGTATCAAGGTGTATGCCCCATATATATGGAGTTCACAGATGATGCAG 1739
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1559 AAAGATTAGCATTGTATCAAGGTGTATGCCCCATATATATGGAGTTTTCAGATGATGCAG 1618
Query 1740 AAGAAACTTTTGCTAATGCTTTGGCTACATTACTGAAACAAGGAATGGTGAAGAAGGGAG 1799
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AAGAGACTTTTGCTAATGCTTTGGCTACATTACTGAAACAAGGAATGGTGAAGAAGGGAG 1678
Query 1800 AGGAAATAGCAATCGTACAGAGCGGTACACAGCCAATCTGGCGATCTCAATCGACACATA 1859
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1679 AGGAAATAGCGATCGTACAGAGCGGTACACAGCCAATCTGGCGATCTCAATCGACGCATA 1738
Query 1860 ACATCCAAGTCCGCAAGGTTTAAAGCTTCTTTTAAGATGGGATGTCTTTAATATGTAGAA 1919
|||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||||||||
Sbjct 1739 ACATCCAAGTCCGCAAGGTTTAAAGCTT-TT----G-T-------CTTTAATATGTAGAA 1785
Query 1920 CC-TCGTTTTTGGTTATAATTTTCGTTGCATGTCTCTCTTCTCTTGTACTATTCACACTT 1978
|| | ||||| ||||| | |||||||||||||| | |||| ||||| || | ||||
Sbjct 1786 CCGTGGTTTT-GGTTA-A-TTTTCGTTGCATGT-T-TCTT-----GTACTCTTAAAACTT 1835
Query 1979 GTTGTTTGCTGTATCTTCTTCTTCAGTTTGCTTTGCTACGATTGTG-GTTTTTGGAGACA 2037
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1836 GTTGTTTGCTGTATCTTCTTC---AGTTTGCTTTACTACGATTATGTGTTTTTGGAGACA 1892
Query 2038 TTAT-AGCTCATTAACTGTTTGTGAGAC 2064
|||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1893 TTATTAGCTCAGTAACTGTTTGTGAGAC 1920
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80903680380
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5