BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G53350.1
Length=2106
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949926 jgi|Araly1|949926|scaffold_801813.1 2850 0.0
> Ahg949926 jgi|Araly1|949926|scaffold_801813.1
Length=1765
Score = 2850 bits (1543), Expect = 0.0
Identities = 1710/1787 (96%), Gaps = 25/1787 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 138 TTCTTCTACTTCTTCGCAATCCGCCATGGCCGCAGCTTTAAGGTCGAATACGTCAAGAGA 197
||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 TTCTTCTTCTTCTTCGAAATCCGCCATGGCCGCGGCTTTAAGGTCGAATACGTCAAGAGA 61
Query 198 AACCGCTTCTCTTACACTTTCTCATTTTAGATACTT-TATCTTCAACCGTATCCACACCG 256
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 62 AACCGCTTCTCTCACACTTTCTCAGTTTAGATACTTCT-TCTTCAACCGTATCCACACCG 120
Query 257 CTCGAACCGCCACAAGTCCTCCTCACTGTAATCACCGTTCTAAATCCGATGAGAAATTCC 316
||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 121 CTCGAACCGCCACGAG---TCCTCAGTGTAATCACCGTTCTAAAT-C-----------CC 165
Query 317 CCTATAAAATTTCCTCTCTTGGAACGAGTTTCTTGGATAATCGAGGAGGAGGAGAGAGAC 376
|| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 166 CCAATAAAATTTCCTCGCTTGGAACGAGTTTCTTGGATAATC---GAGGAGGAGAGAGAC 222
Query 377 GTAATTCGACTAAGTGTTATGCTGCTCAGAAGAAGCTCAGCGGTGTTGGTTCTTCTGTTG 436
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 223 GTAATTCGACTAAGTGTTATGCT--TCA-CAGAAGCTGAACGGTGTTGGTTCTTCTGTTG 279
Query 437 TTATTCTGAGCTCACAAGGAGACCCACCGGATCTATGGCAGCCTCCTGGTGATGGAGTTT 496
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 280 TTATGCTGAGCTCACAAGGAGACCCACCGGATCTATGGCAGCCTCCGGGTGATGGAGTTT 339
Query 497 CCGTTAGGGTTAATGGGTCCAGTGTTAATCTCGGTCgtggtggtggtggtggtggAAGTA 556
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 340 CTGTTAGGGTTAATGGGTCCAGTGTTAATCTGGGTCGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGTA 399
Query 557 GTCCTGGTGGTCCTGGTAACGGAACAGGGTCGAATTCGAAAGAAGATTGTTGGGGTGGAT 616
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 400 GTCCTGGTGGTCCTGGTAACGGAACTGGGTCGAATTCGAAAGAAGATTGTTGGGGTGGAT 459
Query 617 CCAATCTTGGGTCTGATTTTCCGACACCAAAGGAGATATGTAAGGGTTTGAACAAGTTCG 676
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 460 CTAATCTTGGGTCTGATTTTCCGACACCAAAGGAGATATGTAAAGGTTTGAACAAGTTCG 519
Query 677 TGATTGGTCAGGAAAGAGCCAAAAAGGTACTTTCAGTGGCAGTTTACAATCACTACAAGA 736
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 520 TGATTGGTCAAGAGAGAGCCAAAAAGGTACTTTCAGTGGCAGTTTACAATCACTACAAGA 579
Query 737 GGATATATCACGAATCATCACAGAAACGGTCTGCGGGAGAAACAGATAGCACTGCAGCGA 796
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 580 GGATACATCACGAATCATCACAGAAACGGTCTGCGGGAGAAACCGATAGCACTGCAGTGA 639
Query 797 AACCAGCAGATGATGATATGGTAGAACTAGAGAAGAGTAACATTCTCCTGATGGGACCAA 856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 640 AACCAGCAGATGATGATATGGTAGAACTAGAGAAGAGTAACATTCTCCTGATGGGACCAA 699
Query 857 CTGGGTCAGGGAAGACACTACTTGCGAAAACCTTGGCACGATTTGTAAATGTTCCTTTTG 916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 700 CTGGGTCAGGGAAGACACTACTTGCGAAAACCTTGGCACGGTTTGTGAATGTTCCTTTTG 759
Query 917 TCATTGCGGATGCAACCACCCTGACTCAGGCTGGTTATGTGGGAGAGGACGTCGAGTCTA 976
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 760 TCATTGCGGATGCAACCACACTGACTCAGGCTGGTTATGTGGGAGAGGACGTCGAGTCTA 819
Query 977 TATTATACAAACTTCTCACAGTTGCAGATTATAATGTTGCAGCTGCACAGCAAGGGATTG 1036
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 820 TATTATACAAACTTCTCACAGTTGCAGATTATAATGTTGCAGCTGCACAGCAGGGGATTG 879
Query 1037 TTTACATTGATGAAGTCGACAAGATAACAAAGAAGGCAGAAAGCCTTAACATCAGCAGAG 1096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 880 TTTACATTGATGAAGTCGACAAGATAACAAAGAAGGCAGAAAGCCTTAACATCAGCAGAG 939
Query 1097 ATGTATCAGGAGAAGGTGTTCAACAAGCATTGCTAAAAATGCTGGAAGGAACAATTGTAA 1156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 940 ATGTATCAGGAGAAGGTGTTCAACAAGCATTGCTAAAAATGCTGGAAGGAACAATTGTAA 999
Query 1157 ATGTACCTGAGAAAGG-CGCTAGGAAACACCCTAGAGGTGACAATATCCAGATAGACACA 1215
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1000 ATGTACCTGA-AAAGGGCGCTAGGAAACACCCTAGAGGTGACAATATCCAGATAGACACA 1058
Query 1216 AAGGACATACTCTTCATATGTGGTGGTGCTTTTGTAGACATTGAAAAGACTATCTCAGAG 1275
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059 AAGGACATACTCTTTATATGTGGTGGTGCTTTTGTAGACATTGAAAAGACTATCTCAGAG 1118
Query 1276 AGGCGCCATGATTCTTCAATAGGGTTTGGTGCTCCTGTACGTGCCAACATGAGGGCTGGT 1335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1119 AGGCGCCATGATTCTTCAATAGGGTTTGGTGCTCCTGTACGTGCTAACATGAGGGCTGGT 1178
Query 1336 GGTGTTACAAACGCCGCTGTTGCATCAAACCTAATGGAAACTGTGGAAAGCAGTGACCTG 1395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 GGTGTTACAAACGCCGCTGTTGCATCAAACCTAATGGAAACTGTGGAAAGCAGTGACCTG 1238
Query 1396 ATTGCTTATGGTTTGATTCCTGAATTTGTTGGACGATTTCCAGTTCTCGTCAGTTTGTCT 1455
|||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 ATTGCTTATGGTTTAATACCTGAATTTGTTGGAAGATTTCCAGTTCTCGTCAGTTTGTCT 1298
Query 1456 GCTTTGACTGAGAACCAGCTTATGCAGGTGTTGACAGAACCCAAGAACGCTCTTGGAAAG 1515
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 GCTTTGACTGAGAACCAACTTATGCAGGTGTTGACAGAACCCAAGAACGCTCTTGGAAAG 1358
Query 1516 CAATACAAAAAGATGTACCAGATGAATAGTGTAAAGCTGCATTTCACAGAAAGCGCACTG 1575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1359 CAATACAAAAAGATGTACCAGATGAATAGTGTAAAGCTGCATTTCACGGAAAGCGCACTG 1418
Query 1576 CGGCTTATAGCTAGAAAAGCAATAACGAAAAACACGGGTGCTCGTGGCTTAAGAGCTCTT 1635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 CGGCTTATAGCTAGAAAAGCAATAACGAAAAACACGGGTGCTCGTGGCTTAAGAGCTCTT 1478
Query 1636 CTAGAAAGCATCCTCATGGACTCTATGTACGAGATTCCGGACGAGGGTACAGGCAGCGAT 1695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1479 CTAGAAAGCATCCTCATGGACTCTATGTACGAGATTCCGGACGAGAGTACAGGCAGCGAC 1538
Query 1696 ATGATAGAAGCGGTTGTGGTGGATGAAGAAGCAGTTGAAGGAGAAGGGCGTCGAGGCTCT 1755
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1539 ATGATAGAGGCGGTTGTGGTGGATGAAGAAGCAGTTGAAGGAGAAGGGCGTAGAGGCTCT 1598
Query 1756 GGAGCTAAGATTCTCCGTGGTAAAGGAGCATTGGCTCGGTATCTCTCTGAAACCAATTCC 1815
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1599 GGAGCTAAGATTCTCCGTGGTAAAGGAGCATTGGGTCGGTATCTCTCCGAAACCAAATCC 1658
Query 1816 AAAGATTCCCCACAGACGACAAAGGAGGGATCGGATGGAGAAACTGAAGTGGAGGCAGAG 1875
|| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||
Sbjct 1659 AAGGATTCCCCACAGACGACAAAGGACGGATCAGATGGAGAAACGGAGGTGGAGGCGGAG 1718
Query 1876 ATTCCATCTGTTGTAGCAAGTATGTAATGATCACCACcatcatcatc 1922
|||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||
Sbjct 1719 ATTCCATCTGTTGTAGCAAGTATGTAATAATGATCACCATCATCATC 1765
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79227709600
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5