BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G53480.1
Length=3811
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495420 jgi|Araly1|495420|fgenesh2_kg.8__1236__AT5G53480.1 6076 0.0
> Ahg495420 jgi|Araly1|495420|fgenesh2_kg.8__1236__AT5G53480.1
Length=3768
Score = 6076 bits (3290), Expect = 0.0
Identities = 3645/3808 (96%), Gaps = 58/3808 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 tctctctctctctctctctTCCTTCTGGGCTTCTAGGGTTTGTCCTCT-CCAGTCCCCGA 79
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2 TCTCTCTCTCTCTGTCTCTTCCTTCTGGGCTTCTAGGGTTTGTCCTCTCCCAGTCCCCGA 61
Query 80 TTTCCGCTTTATCCGATCGGCCGCCGCCGAGATTCTAGATAAACCTATGGCAATGGAGGT 139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 62 TTTCCGCTTTATCCGATCGGCCGCCGCCGAGATTCTAGATATACCTATGGCAATGGAGGT 121
Query 140 TACGCAGTTGCTCATTAATGCTCAGTCGATTGATGGAACTGTACGTAAGCACGCGGAAGA 199
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 122 TACCCAGTTGCTCATTAATGCTCAGTCGATTGATGGAACTGTACGTAAGCACGCTGAAGA 181
Query 200 AAGTCTTAAGCAGTTTCAGGAGCAAAACCTTGCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTGCTGGAGA 259
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 GAGTCTTAAGCAGTTTCAGGAGCAAAACCTTGCAGGTTTCTTGTTGTCGCTTGCTGGAGA 241
Query 260 GCTTGCGAATGATGAGAAGCCAGTAGATAGCAGGAAATTAGCTGGTTTAGTCCTTAAAAA 319
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 242 GCTTGCGAACGATGAGAAGCCAGTAGATAGCAGGAAATTAGCCGGTTTAGTCCTTAAAAA 301
Query 320 TGCTCTTGATGCTAAGGAACAACACAGGAAGTATGAGCTTGTTCAGAGATGGTTGGCTCT 379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 302 TGCTCTTGATGCTAAGGAACAACACAGGAAGTATGAGCTTGTTCAGAGATGGCTGGCTCT 361
Query 380 AGACATGTCAACAAAGTCGCAGATCAGAGCTTTCTTGTTGAAGACACTGTCGGCACCTGT 439
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 362 AGACATGTCAACAAAGTCGCAGATCAGAGCATTCTTGTTGAAGACACTATCGGCACCTGT 421
Query 440 GCCTGATGTTCGTTCGACTGCATCTCAGGTCATTGCTAAGGTTGCAGGTATTGAGTTACC 499
||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 GCCCGATGTTCGTTCGACAGCATCCCAGGTTATTGCCAAGGTTGCAGGTATTGAGTTACC 481
Query 500 ACAGAAGCAGTGGCCTGAGCTCATAGTGTCTCTTCTCTCAAATATTCACCAGTTACCTGC 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 482 ACAGAAGCAGTGGCCTGAGCTCATAGTGTCTCTTCTCTCAAATATTCACCAGTTACCAGC 541
Query 560 TCATGTCAAGCAAGCCACTTTGGAGACTCTTGGATACCTATGTGAAGAAGTGTCACCTGA 619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 TCATGTCAAGCAAGCCACTTTGGAGACTCTTGGATACCTATGTGAAGAAGTGTCACCTGA 601
Query 620 TGTTGTTGAACAGGAGCATGTAAATAAGATACTCACAGCTGTTGTTCAGGGTATGAATGC 679
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 TGTTGTTGAACAGGAGCATGTAAATAAGATTCTCACAGCTGTTGTTCAGGGTATGAATGC 661
Query 680 TGCTGAAGGTAATACTGATGTTAGACTTGCTGCAACCCGTGCTTTATACATGGCTCTCGG 739
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 662 TGCTGAAGGTAATAATGATGTTAGACTTGCTGCAACCCGTGCTTTATACATGGCTCTTGG 721
Query 740 ATTCGCCCAAGCAAATTTCAACAACGACATGGAGCGTGATTATATCATGAGAGTTGTGTG 799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 722 ATTCGCCCAAGCAAATTTCAACAACGACATGGAGCGTGATTATATCATGAGAGTCGTGTG 781
Query 800 TGAAGCAACCCTGTCCCCTGAGGTGAAAATTAGGCAGGCAGCTTTTGAGTGTTTGGTATC 859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 782 TGAAGCAACCCTGTCCCCTGAGGTGAAAATTAGGCAGGCGGCTTTTGAGTGTTTGGTATC 841
Query 860 TATCGCTTCCACATACTATGAGAAGTTGGCGCATTACATGCAAGATATATTCAACATCAC 919
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 TATTGCTTCCACATACTATGAGAAGTTGGCGCATTATATGCAAGATATATTCAACATCAC 901
Query 920 AGCTAAGGCTGTAAGAGAAGATGACGAGTCTGTTGCTCTACAGGCAATTGAGTTCTGGAG 979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 AGCTAAGGCTGTAAGAGAAGATGACGAGTCTGTTGCTCTACAGGCAATTGAGTTCTGGAG 961
Query 980 TTCTATTTGTGACGAAGAGATTGACATCTTAGAAGAATATGGTGGTGAGTTCGCTGGGGA 1039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 TTCTATTTGTGACGAAGAGATTGACATCTTAGAAGAATATGGTGGTGAGTTCGCTGGGGA 1021
Query 1040 TTCTGATGTTCCATGCTTTTATTTTACTAAGCAGGCTCTCCCTGGTCTTGTGCCTCTACT 1099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1022 TTCTGATGTTCCATGCTTTTATTTTACTAAGCAGGCTCTTCCTGGGCTTGTGCCTCTGCT 1081
Query 1100 GCTGGAGACTCTTCTGAAGCAAGAAGAAGATCAAGATTTGGATGAAGGGGCTTGGAATAT 1159
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1082 GCTGGAGACTCTTCTTAAGCAAGAAGAAGATCAAGATTTGGATGAAGGAGCTTGGAATAT 1141
Query 1160 TGCAATGGCAGGTGGGACATGCCTCGGTTTGGTTGCTAGGGCAGTTGGAGATGACATTGT 1219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 TGCAATGGCAGGTGGGACATGCCTCGGTTTGGTTGCTAGGGCAGTTGGAGATGACATTGT 1201
Query 1220 TCCACATGTCATGCCGTTTATTGAAGAGAAAATATCAAAGCCTGATTGGAGAGAGCGAGA 1279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1202 ACCACATGTCATGCCGTTTATTGAAGAGAAAATATCAAAGCCTGATTGGAGAGAACGAGA 1261
Query 1280 AGCTGCAACTTATGCTTTTGGTTCCATTTTGGAAGGCCCTTCTGCCGATAAGTTGATGGC 1339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1262 AGCTGCAACTTATGCTTTTGGTTCCATTTTGGAAGGCCCTTCTGCAGATAAGTTGATGGC 1321
Query 1340 AATTGTTAACGCAGCGTTAACATTTATGCTCAATGCTCTAACAAATGACCCAAGCAACCA 1399
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 AATCGTTAACGCAGCGTTAACATTTATGCTCAATGCTCTAACAAATGACCCAAGCAACCA 1381
Query 1400 TGTGAAAGACACAACCGCATGGACCCTTGGTCGGATATTTGAGTTCCTTCATGGTTCAAC 1459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 TGTGAAAGACACAACCGCATGGACCCTTGGTCGGATATTTGAGTTCCTTCATGGTTCAAC 1441
Query 1460 AATCGAGACACCTATTATTAATCAGGCAAACTGCCAGCAGATAATCACAGTACTCATCCA 1519
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1442 AATCGAGACACCAATTATTACTCAGGCAAACTGCCAGCAGATTATCACAGTACTGATCCA 1501
Query 1520 GAGCATGAATGATGCGCCTAATGTTGCCGAGAAGGCTTGTGGGGCTCTGTACTTCCTTGC 1579
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1502 GAGCATGAACGATGCGCCTAATGTTGCCGAGAAGGCTTGTGGGGCTCTATACTTCCTTGC 1561
Query 1580 TCAAGGCTATGAGGATATCGGTCCCAGTTCTCCGTTAACACCCTTCTTCCAGGAAATTAT 1639
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 TCAAGGCTATGAGGATATCGGTCCCAATTCTCCGTTAACACCCTTCTTCCAGGAAATTAT 1621
Query 1640 TAAGTCACTTTTAGCTGTTGCACACAGAGAGGATGCAACTGAATCACGCTTGCGGACTGC 1699
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 TCAGTCACTTTTAGCTGTTGCACACAGAGAGGATGCAACTGAATCACGCTTGCGGACTGC 1681
Query 1700 AGCATATGAGGCATTGAATGAAGTTGTCAGGTGTTCAACTGATGAAACGTCTACCATGGT 1759
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1682 AGCATATGAGGCATTGAATGAAGTTGTCAGGTGTTCGACTGATGAAACGTCGACCATGGT 1741
Query 1760 TCTGCAATTAGTACCAGTGATAATGATGGAGCTTCACAATACTTTGGAAGGGGAAAAGCT 1819
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 TTTGCAATTAGTACCAGTGATAATGTTGGAGCTTCACAATACTTTGGAAGGGGAAAAGCT 1801
Query 1820 TTCATTGGATGAGAGGGAGAAACAAAACGAGTTGCAGGGACTTCTATGTGGATGCTTGCA 1879
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 ATCATTGGATGAGAGGGAGAAACAAAACGAGTTGCAGGGACTTCTATGTGGATGCTTGCA 1861
Query 1880 GGTCATCATACAGAAATTAGGATCTGAACCAACCAAGTCTAAGTTCATGGAGTATGCAGA 1939
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1862 GGTCATCATACAGAAATTAGGATCTGAACCAACCAAGTCTGCTTTCATGCAGTATGCAGA 1921
Query 1940 CCAAATGATGGGACTTTTCCTGAGGGTGTTTGGTTGTAGAAGTGCAACTGCACATGAGGA 1999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922 CCAAATGATGGGACTTTTCCTGAGGGTGTTTGGTTGTAGAAGTGCAACTGCACATGAGGA 1981
Query 2000 AGCCATGCTTGCCATTGGTGCTCTTGCTTATGCAGCAGGTCCCAATTTTGCCAAATACAT 2059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 AGCCATGCTTGCCATTGGTGCTCTTGCTTATGCAGCAGGTCCCAATTTTGCCAAATACAT 2041
Query 2060 GCCTGAGTTTTATAAGTACTTGGAGATGGGTCTTCAAAACTTTGAAGAATACCAAGTGTG 2119
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042 GCCTGAGTTTTACAAGTACTTGGAAATGGGTCTTCAAAACTTTGAAGAATACCAAGTGTG 2101
Query 2120 TGCTGTTACTGTTGGTGTTGTTGGGGATGTCTGCAGAGCATTGGAGGACAAGATTTTACC 2179
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2102 TGCTGTTACTGTGGGTGTTGTTGGGGATATCTGCAGAGCATTGGAGGACAAGATTTTACC 2161
Query 2180 TTATTGCGATGGGATTATGACACAGCTTCTGAAAGATTTGTCGAGCAACCAATTGCACCG 2239
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2162 TTATTGCGATGGGATTATGACGCAGCTTCTGAAAGATTTGTCGAGCAACCAGTTGCACCG 2221
Query 2240 ATCAGTGAAGCCACCGATATTCTCCTGTTTTGGTGACATAGCACTTGCTATCGGTGAGGA 2299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2222 ATCAGTGAAGCCACCGATATTCTCCTGTTTTGGTGACATAGCACTTGCCATTGGTGAGGA 2281
Query 2300 TTTTGATAAGTACTGGAGGTATTCAATGCCGATGCTTCAGAGTGCCGCAGAGTTATCTGC 2359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2282 TTTTGATAAGTACTGGAGGTATTCAATGCCGATGCTTCAGAGCGCCGCAGAGTTATCTGC 2341
Query 2360 TCACTCGGCTGGAGCTGATGATGAAATGACGGAGTACACAAACTCATTGAGAAACGGAAT 2419
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2342 TCACTCGTCTGGAGCCGATGATGAAATGACGGAGTACACAAACTCATTGAGAAACGGAAT 2401
Query 2420 CCTTGAGGCTTATTCAGGCATATTTCAAGGTTTCAAGAACTCCGCCAAAACCCAGCTCCT 2479
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2402 CCTTGAGGCTTATTCAGGCATCTTTCAAGGTTTCAAGAACTCCCCCAAAACCCAGCTCCT 2461
Query 2480 GATTCCTTTCGCACCCCATATCCTCCAGTTTTTGGACAGTATATACATGGAGAAAGACAT 2539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2462 GATTCCTTTCGCACCCCATATCCTCCAGTTTTTGGACAGTATATACATGGAGAAGGACAT 2521
Query 2540 GGACGAGGTGGTGATGAAGACAGCGATTGGGGTCTTAGGAGATTTAGCAGATACACTAGG 2599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2522 GGACGAGGTGGTGATGAAGACAGCGATTGGGGTCTTAGGAGATTTAGCAGATACACTAGG 2581
Query 2600 GAGTCATGTGGGTGGTTTGATACAACAGTCAGTGTCAAGTAAAGAGTTCTTAAACGAATG 2659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2582 GAGTCATGTGGGTGGTTTGATACAACAGTCAGTGTCAAGTAAAGAGTTCTTAAACGAATG 2641
Query 2660 TTTGTCTTCTGAAGACCACACAATTAAAGAAGCAGCCGAATGGGCGAAGCATGCCATAAC 2719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2642 TTTGTCTTCTGAAGACCACACAATTAAAGAAGCAGCCGAATGGGCGAAGCATGCCATTAC 2701
Query 2720 CCGTGCCATATCTGTTTGAAGGCTCTTCTTTTGCCTATAAGAAAGAAAA-TTCCTTTTGC 2778
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2702 CCGTGCCATATCTGTTTGAAGGCTCTTCTTT-GCCTAAAAGAAAGAAAAATTCGTTTTGC 2760
Query 2779 TTTTTAGTAAAGTCTGCATGCATCTCTGGGTGGGTTGAGTCGGTCGGGGGGAGGGGTAGA 2838
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2761 TTTTTAGTAAAGTCTGCATGCATCTCTGGGTGGGTTGAGTCGGTCGGGGG-AGGGGTAGA 2819
Query 2839 GCTGCAACATCCGAGtcacatcagcatcatcag-catcagtttcatttgcatcatcagca 2897
||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 GCTGCAACAGCCGAGTCACATCAGCATCATC-GTCATCAGTTTCATTTGCATCATCAGCA 2878
Query 2898 tAACTGGGGTCAGTCAGGGAATCGTTGAGTCGTGGATGTGGGGAATGATGAGTTTTGGGG 2957
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 TTACTGGGGTCAGTCAGGGAATCATTGAGTCGTGGATG-GGGGAATGATGAGTTTTGGG- 2936
Query 2958 TAAATAATGAAACTGGAAGAGTCACGGGTGAAAGTTTCCCGGGTAAGGTTAAATCCCCGG 3017
||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2937 TAAATAATGAAACTGGAGGAGTCGCGGGTGAAACTTTCCCGGGTGAGGTTAAAACCCCGG 2996
Query 3018 GAGTAGAAAGAGGAGGAAGTGAGTCATGGTCGTTTTCTGGTGGGTTTTGGG-ACAAAGTT 3076
|||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||
Sbjct 2997 GAGTAGGAAGAGGAGGAAG--AGTTGTGGTCGTTTTCTGGTGG-TTTTGGGGATAAAGTT 3053
Query 3077 ATACCaaaaaaaaaaa----GGTTTCATGGAACATCTCATAATACATTCTTGTTTTTTCT 3132
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3054 ATACCAAAAAAAAAAAAAAAGGTTTCATCGAACATCTCATAATACATTCTTGTTTTT-CT 3112
Query 3133 TTTCTCTCATATGTTCTTCAACCCCTTGAGGAGGGAGAGGTCTCAGGTTTTTATCAAGTG 3192
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3113 TTTCTCTCATATGTTCTTCAACCCCTTGAGGAGGGA-AGGTCTCAGGTTTTTATCAAGTG 3171
Query 3193 GGGGCATTATTAGAGGACAATCCCTTGAttttttcttttgtt-tt----cttttattatt 3247
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||||||||||
Sbjct 3172 GGGGCATTATTAGAGGACAATCCCTTGATTTTTTTTTTTCTTCTTTTTTCTTTTATTATT 3231
Query 3248 tggttagttgcagtctttgcatcatcattttgtcttttgggggggTTTGTATGTTTGATT 3307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3232 TGGTTAGTTGCAGTCTTTGCATCATCATTTTGTCTTTTGGGGGG-TTTGTATGTTTGATT 3290
Query 3308 AAAAGCATTATTCACATTTTTATTTTTATATAAAGAAGTTTCACATGTCTGTCTATCTTC 3367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3291 AAAAGCATTATTCACATTTTTATTTTTATATAAAGAAGTTTCACATGTCTGTCTATCTTC 3350
Query 3368 TCTTTGCTATGATGCAGTTTAGGGGGTTTTGCATATATACTTGTGTTTTGTTTGCAATCA 3427
||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 3351 TCTTTGCTATG---CAGTTTTGGGGTTTTTGCATATATACTTGTGTTTTGTTT--A-T-- 3402
Query 3428 AGTTTCAAATGTCACATACAGGAACATTTTTATTATATGGTGTCATGTCTTAGGGTCTT- 3486
|| || || ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||
Sbjct 3403 -GT--CA-----CA--TACAGGAACATTT--AT-AT--GGTGTCATGTCTTAGGGTCTTG 3447
Query 3487 AAAGAGGTCCACATCTATTCATTTTACTATGGAACTGTTTACAATCGTTTAGAATCCATT 3546
||| |||||||| |||||| |||||| ||| |||||||| |||| |||||| ||||||
Sbjct 3448 AAA-AGGTCCACGTCTATTTATTTTAGAATGAAACTGTTTTTAATCTTTTAGATTCCATT 3506
Query 3547 ATTTGATTTGGCTCGAACTATATGGGAAAGGGCACATGTTAATAGGAGAAAACGTCCTGC 3606
||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3507 ATTTGATTTGGCTCGAATTATATGGGAAAGGTCACATGTTAATAGGAGAAAACGCCCTGC 3566
Query 3607 CTTACTCTGCTTCCAAAGAGTCAAGTTAAGAGATCGAAGAACATTTCACATTCACGCT-G 3665
| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || |
Sbjct 3567 CGTGCTCTGCTTCCAAAGAGTCAAGTTAAGAGAA-GAAGAACATTTCACAT-CAC-CTCG 3623
Query 3666 TTTATGGAA--ACCTCAATTTTGATTGTATGTGTTGCttttttttGGTTTTCCAAACGCC 3723
|||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 3624 TTTATG-AATTACCTCAATTTTGATTGTTTGTGTTGCTTTTTTT-GGTTTTCCAAATGCC 3681
Query 3724 AAATGCAACTGATACCGAACCTATATTTTGAAAAATGTTTTCATGTGTATTTGAAACATT 3783
||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3682 AAATGTAACCGATACAGAACCTATATTTTGAAAA-TGTTTTCATGTGTTTTTGAAACATT 3740
Query 3784 CTAGACCATTCAAGTTATGGTTTAAATT 3811
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3741 CTAGACCATTCAAGTTATGGTTTAAATT 3768
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144009856232
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5