BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G53580.1
Length=1340
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495434 jgi|Araly1|495434|fgenesh2_kg.8__1250__AT5G53580.1 1877 0.0
> Ahg495434 jgi|Araly1|495434|fgenesh2_kg.8__1250__AT5G53580.1
Length=1259
Score = 1877 bits (1016), Expect = 0.0
Identities = 1199/1283 (93%), Gaps = 30/1283 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 TTTATCTTCAAAAACATCCACACACTGAGAAACAGCAGAAGAAAGGCTTGAGAGCCTTCT 66
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1 TTTATCTCCAAAAACATCCACACACTGAGAAACAGCAGAAGAAAGGCTAGAGAGCCTTC- 59
Query 67 TCTCCACTATTTTCAATGGCTTTAACATTGTCAACCACAAAGACCTTCACTAACATAAAC 126
| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 60 T-T---C-----TCAATGGCTTTAACATTGTCAACCACAAAGACTTTCACTAATATAAAC 110
Query 127 TGCTCAAACAATACTTCCAACATAACCACCTTTAAGCCTCTCAAGCTTCCTCTTTTCTGG 186
|||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 111 TGCT----C---A-----AACATAACCACCTTTAAGCCTCTCAAGCTTCCTCTTTTCTGG 158
Query 187 CCATGGCAAAAGGTCAAAATGGGTCCTTTAAGTGTTTCTCCTATGGGTTTTGGGACATGG 246
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 159 CCATGGCAAAAGGTCAAAATGGGTCCTTTGAGTGTTTCTCCAATGGGTTTTGGGACATGG 218
Query 247 GCTTGGGGTAATCAGCTTCTTTGGGGTTATCAGACTTCCATGGATGATCAGCTTCAACAA 306
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 219 GCTTGGGGCAATCAGCTTCTTTGGGGTTATCAGACTTCCATGGATGATCAGCTTCAAGAA 278
Query 307 GCTTTTGAATTGGCTTTGGAAAATGGAATCAATTTGTTTGATACTGCTGATTCTTATGGC 366
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 279 GCTTTTAAATTGGCTTTGGAAAATGGAATCAATTTGTTTGATACTGCTGATTCTTATGGC 338
Query 367 ACTGGTAGGCTTAATGGCCAAAGTGAGAGACTTTTGGGGAAATTCATTAAAGAATCTCAA 426
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 339 ACTGGTAGGCTTAATGGTCAAAGTGAGAGACTTTTGGGGAAATTCATTAAAGAATCTCAA 398
Query 427 G-GACTTAAAGGGAAACAAAATGAAGTAGTGGTAGCTACAAAGTTTGCAGCTTATCCATG 485
| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 399 GTG-CTAAAAGGGAAACAAAATGAAGTAGTGGTAGCTACAAAGTTTGCAGCTTATCCATG 457
Query 486 GAGGTTAACTTCAGGACAGTTTGTGAATGCCTGCAGAGCTTCTTTAGACCGGCTTCAGAT 545
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 458 GAGGTTAACCTCTGGACAGTTTGTGAATGCCTGCAGAGCTTCTTTAGACCGACTTCAGAT 517
Query 546 AGACCAGCTCGGGATTGGACAGCTTCACTGGTCAACTGCAAGCTACGCGCCTCTACAAGA 605
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 518 AGACCAGCTCGGGATCGGACAGCTTCACTGGTCGACTGCAAACTACGCGCCTCTACAAGA 577
Query 606 GCTTGTTCTTTGGGATGGTCTAGTGCAAATGTACGAAAAGGGTTTAGTTAGAGCCGTTGG 665
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||
Sbjct 578 GCTTGTTCTTTGGGATGGTCTAGCGCAAATGTATGAAAAGGGCCTAGTTCGAGCGGTTGG 637
Query 666 AGTTAGTAACTATGGACCTCAACAGCTTGTGAAGATTCATGATTACCTTAAAACTCGAGG 725
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 638 AGTCAGTAACTATGGACCTCAACAGCTTGTGAAGATTCATGATTACCTTAAAACTCGAGG 697
Query 726 GGTTCCTTTATGTTCTGCCCAAGTGCAATTCTCATTGCTAAGCATGGGAAAAGAGCAACT 785
|||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 698 GGTTCCTTTATGCTCTGCTCAAGTGCAGTTCTCATTGCTAAGCATGGGGAAAGAGCAACT 757
Query 786 AGAGATCAAGAGTATATGCGACGAGCTCGGGATTCGTTTAATCTCTTATAGTCCTCTTGG 845
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 758 AGAGATCAAGAGTATATGTGACGAGCTCGGGATTTGTTTAATCTCTTATAGTCCTCTTGG 817
Query 846 GCTAGGAATGCTAACTGGGAAATACTCCTCTTCAAAACTTCCCACTGGTCCACGATCATT 905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 818 TCTAGGAATGCTAACTGGGAAATACTCCTCTTCAAAACTTCCCACTGGTCCTCGATCATT 877
Query 906 GCTGTTCCGACAAATTCTTCCTGGATTAGAACCTCTTCTTTTAGCACTGAGCGAGATTGC 965
|||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||
Sbjct 878 GCTGTTTCGACAAATTCTACCTGGATTAGAGCCTCTGCTTCTAGCACTGAGTAAGATTGC 937
Query 966 AAAGAAACGAGGAAAGACTATGCCTCAGGTTGCAATAAACTGGTGCATATGCAAAGGGAC 1025
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 938 AAAGAAACGAGGAAAGACTATGCCTCAGGTCGCAATAAACTGGTGTATATGCAAAGGGAC 997
Query 1026 AGTACCGATACCGGGAATCAAGTCGGTAAGACATGTTGAAGATAATTTGGGTGCTCTGGG 1085
|||||||||||| || ||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||
Sbjct 998 AGTACCGATACCCGGTATCAAGTCGGTAAAACATGTAGAGGATAATTTAGGTGCTCTGGG 1057
Query 1086 ATGGAAACTTACAAATGATGAACAGCTTCAGTTAGAATATGCAGCTAAAGAATCACCAAA 1145
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1058 ATGGAAACTTACAAATGATGAACAGCTGCAGTTAGAATATGCAGCAAAAGAATCACCGAA 1117
Query 1146 GTCAATGATTCAGAATATTTTTCAGACAAGATGATAGGATAAGAGAAGATGCTTATACAC 1205
||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1118 GTCGATGATTCAGAACATTTTTCAAACAAGATGATATGATAAGAGAAGATGCTTATACA- 1176
Query 1206 ATCTAGACCACAAA-TGAGAACAATGTGTATAAGTAGAAGT-TTTAATCTACTTCT-T-T 1261
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |
Sbjct 1177 -TCTAGACCACAAAATGAGAACAATGTGTATAAGTAGAAGTGTTTAATCTACTTCTATAT 1235
Query 1262 ATATATGCACATATTGTGAAGAA 1284
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1236 ATATATGCACATATTGTGAAGAA 1258
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 50131635855
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5