BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G54160.1
Length=1367
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495497 jgi|Araly1|495497|fgenesh2_kg.8__1313__AT5G54160.1 1999 0.0
Ahg950041 jgi|Araly1|950041|scaffold_801928.1 1823 0.0
> Ahg495497 jgi|Araly1|495497|fgenesh2_kg.8__1313__AT5G54160.1
Length=1302
Score = 1999 bits (1082), Expect = 0.0
Identities = 1252/1329 (94%), Gaps = 31/1329 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CACCCATCACACAATCCTCAAAACAGAGTAACCCAAAAAACAGAGCAATCTCT-AAAAAA 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 CACCCATCACACAATCCTCAAAACAGAGTAACCCAAAAAACAGAGCAATCTCTAAAAAAA 60
Query 60 -TCTCAAGAAACCTCACTAAAATGGGTTCAACGGCAGAGACACAATTAACTCCGGTGCAA 118
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 GTCTCAAGAAACCTCACTAAAATGGGTTCAACGGCGGAGACACAATTAACCCCGGTGCAA 120
Query 119 GTCACCGACGACGAAGCTGCCCTCTTCGCCATGCAACTAGCCAGTGCTTCCGTTCTTCCG 178
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 GTCACCGACGAAGAAGCTGCCCTCTTCGCCATGCAACTAGCCAGTGCCTCCGTTCTTCCG 180
Query 179 ATGGCTTTAAAATCCGCCTTAGAGCTTGACCTTCTTGAGATTATGGCCAAGAATGGTTCT 238
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 181 ATGGCTTTAAAATCGGCTTTAGAGCTCGACCTTCTTGAGATCATGGCCAAGAACGGTTCT 240
Query 239 CCCATGTCTCCTACCGAGATCGCTTCTAAACTTCCGACCAAAAATCCTGAAGCTCCGGTC 298
||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 CCCATGTCTCCGACCGAGATCGCTTCTCATCTTCCGACCAAAAACCCTGAAGCTCCGGTC 300
Query 299 ATGCTCGACCGTATCCTCCGTCTTCTTACGTCTTACTCCG-TCTTAACCTGCTCCAACCG 357
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||
Sbjct 301 ATGCTCGACCGTATCCTCCGTCTTCTTACGTCTTACTCCGTTC-TCACCTGCTCCAACCG 359
Query 358 TAAACTTTCCGGTGATGGCGTTGAACGGATTTACGGGCTTGGTCCGGTTTGCAAGTATTT 417
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TAAACTTTCCGGTGACGGCGTTGAACGGATTTACGGGCTTGGTCCGGTTTGCAAGTATTT 419
Query 418 GACCAAGAACGAAGATGGTGTTTCCATTGCTGCTCTTTGTCTTATGAACCAAGACAAGGT 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GACCAAGAACGAAGATGGTGTTTCCATTGCTGCTCTTTGTCTTATGAACCAAGACAAGGT 479
Query 478 TCTCATGGAAAGCTGGTACCATTTGAAGGATGCAATTCTTGATGGTGGGATTCCATTCAA 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TCTCATGGAAAGCTGGTACCATTTGAAGGATGCAATTCTTGATGGTGGGATTCCATTCAA 539
Query 538 CAAGGCTTATGGAATGAGCGCGTTCGAGTACCACGGGACTGACCCTAGATTCAACAAGGT 597
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CAAGGCTTATGGAATGAGCGCGTTTGAGTACCACGGAACTGACCCTAGATTCAACAAGGT 599
Query 598 CTTTAACAATGGAATGTCTAACCATTCCACAATCACCATGAAGAAGATTCTTGAGACCTA 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CTTTAACAATGGAATGTCTAACCATTCCACAATCACCATGAAGAAGATTCTTGAGACCTA 659
Query 658 TAAGGGTTTTGAAGGATTGACTTCTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGCATTGGTGCTACACT 717
|||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 660 CAAGGGTTTCGAGGGCTTGACTTCTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGCATTGGTGCTACTCT 719
Query 718 CAAAATGATTGTCTCCAAGTACCCTAATCTTAAAGGCATCAACTTTGATCTCCCACATGT 777
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TAAAATGATTGTCTCCAAGTACCCTAACCTTAAAGGCATCAACTTTGATCTCCCACATGT 779
Query 778 CATCGAAGATGCTCCTTCTCATCCTGGTATTGAGCATGTTGGAGGAGATATGTTTGTAAG 837
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 780 CATCGAAGATGCTCCTTCTCATCCCGGTATTGAGCATGTTGGAGGAGATATGTTCGTAAG 839
Query 838 TGTCCCTAAAGGTGATGCCATATTCATGAAGTGGATATGTCATGACTGGAGTGACGAACA 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 840 TGTCCCTAAAGGTGATGCCATATTCATGAAGTGGATATGTCATGACTGGAGCGACGAACA 899
Query 898 TTGCGTGAAATTCTTGAAGAACTGCTACGAGTCACTTCCAGAGGATGGAAAAGTGATATT 957
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TTGCGTGAAATTCTTGAAGAACTGCTACGAGGCGCTTCCAGAGGATGGAAAAGTGATATT 959
Query 958 AGCAGAGTGTATACTTCCAGAGACACCAGACTCAAGCCTCTCAACCAAACAAGTAGTCCA 1017
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AGCAGAATGTATACTTCCAGAGACACCAGACTCAAGCCTCTCAACCAAACAAGTAGTCCA 1019
Query 1018 TGTCGATTGCATTATGTTGGCTCACAATCCCGGAGGCAAAGAACGAACCGAGAAAGAGTT 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1020 TGTCGATTGCATTATGTTGGCTCACAATCCCGGAGGCAAAGAACGAACCGAGAAAGAATT 1079
Query 1078 TGAGGCATTAGCCAAAGCATCAGGCTTCAAGGGCATCAAAGTTGTCTGCGACGCTTTTGG 1137
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CGAGGCATTAGCCAAAGCATCAGGCTTCAAGGGCATCAAAGTTGTCTGCGACGCTTTTGG 1139
Query 1138 TGTTAACCTTATTGAGTTACTCAAGAAGCTCTAAAAACAAACAATGTTCCTATGAAGATG 1197
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || || | ||
Sbjct 1140 TGTTAACCTTATTGAGTTGCTCAAGAAGCTCTAAAA--------T-TT---AT-A---TG 1183
Query 1198 ATTTATATGTAAACATTATCTCATATCTCCTTCCACGGTTCCAAAACTATGCTGTTTAAT 1257
| | | | ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1184 -T--A-A---A--CATTATCTCATATCTACTTGGACGGTTTTAAAACTATCCTGTTTAAT 1234
Query 1258 AATGGTTTTTACAAGAATTT-GATTATGAGTTTGTATTTTTGTTTGTTTGGAACAAAATT 1316
||||| | ||| |||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1235 AATGGATCTTATAAGAATTTCGTTTA-GAGTTTGTGTTTTTGTTTGTTTGTAACAAAATT 1293
Query 1317 ATGTGATTA 1325
|||| ||||
Sbjct 1294 ATGTAATTA 1302
> Ahg950041 jgi|Araly1|950041|scaffold_801928.1
Length=1130
Score = 1823 bits (987), Expect = 0.0
Identities = 1086/1133 (96%), Gaps = 9/1133 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 60 TCTCAAGAAACCTCACTAAAATGGGTTCAACGGCAGAGACACAATTAACTCCGGTGCAAG 119
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 TCTCAAGAAACCTCACTAAAATGGGTTCAACGGCGGAGACACAATTAACTCCGGTGCAAG 61
Query 120 TCACCGACGACGAAGCTGCCCTCTTCGCCATGCAACTAGCCAGTGCTTCCGTTCTTCCGA 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 62 TCACCGACGACGAAGCTGCCCTCTTCGCCATGCAACTAGCCAGTGCCTCCGTTCTTCCGA 121
Query 180 TGGCTTTAAAATCCGCCTTAGAGCTTGACCTTCTTGAGATTATGGCCAAGAATGGTTCTC 239
||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 122 TGGCTCTAAAATCTGCTTTAGAGCTCGACCTTCTTGAGATCATGGCCAAGAACGGTTCTC 181
Query 240 CCATGTCTCCTACCGAGATCGCTTCTAAACTTCCGACCAAAAATCCTGAAGCTCCGGTCA 299
|||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 182 CCATGTCTCCGACCGAGATCGCTTCTCATCTTCCGACCAAAAACCCTGAAGCTCCGGTCA 241
Query 300 TGCTCGACCGTATCCTCCGTCTTCTTACGTCTTACTCCG-TCTTAACCTGCTCCAACCGT 358
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||||||||||
Sbjct 242 TGCTCGACCGTATCCTCCGTCTTCTTACGTCTCACTCCGTTC-TCACCTGCTCCAACCGT 300
Query 359 AAACTTTCCGGTGATGGCGTTGAACGGATTTACGGGCTTGGTCCGGTTTGCAAGTATTTG 418
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAACTTTCCGGTGACGGCGTTGAACGGATATACGGGCTTGGTCCGGTTTGCAAGTATTTG 360
Query 419 ACCAAGAACGAAGATGGTGTTTCCATTGCTGCTCTTTGTCTTATGAACCAAGACAAGGTT 478
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 361 ACCAAGAACGAAGATGGTGTTTCCATTGCTGGTCTTTGTCTTACGAGCCAAGACAAGGTT 420
Query 479 CTCATGGAAAGCTGGTACCATTTGAAGGATGCAATTCTTGATGGTGGGATTCCATTCAAC 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CTCATGGAAAGCTGGTACCATTTGAAGGATGCAATTCTTGATGGTGGGATTCCATTCAAC 480
Query 539 AAGGCTTATGGAATGAGCGCGTTCGAGTACCACGGGACTGACCCTAGATTCAACAAGGTC 598
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AAGGCTTATGGAATGAGCGCGTTTGAGTACCACGGAACTGACCCTAGATTCAACAAGGTC 540
Query 599 TTTAACAATGGAATGTCTAACCATTCCACAATCACCATGAAGAAGATTCTTGAGACCTAT 658
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TTTAACAATGGAATGTCTAACCATTCCACAATCACCATGAAGAAGATTCTTGAGACCTAC 600
Query 659 AAGGGTTTTGAAGGATTGACTTCTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGCATTGGTGCTACACTC 718
|||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 601 AAGGGTTTCGAGGGCTTGACTTCTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGCATTGGTGCTACTCTT 660
Query 719 AAAATGATTGTCTCCAAGTACCCTAATCTTAAAGGCATCAACTTTGATCTCCCACATGTC 778
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAAATGATTGTCTCCAAGTACCCTAACCTTAAAGGCATCAATTTTGATCTCCCACATGTC 720
Query 779 ATCGAAGATGCTCCTTCTCATCCTGGTATTGAGCATGTTGGAGGAGATATGTTTGTAAGT 838
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATCGAAGATGCTCCTTCTCATCCCGGTATTGAGCATGTTGGAGGAGATATGTTTGTAAGT 780
Query 839 GTCCCTAAAGGTGATGCCATATTCATGAAGTGGATATGTCATGACTGGAGTGACGAACAT 898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 781 GTCCCTAAAGGTGATGCCATATTCATGAAGTGGATATGTCATGACTGGAGCGACGAACAT 840
Query 899 TGCGTGAAATTCTTGAAGAACTGCTACGAGTCACTTCCAGAGGATGGAAAAGTGATATTA 958
|||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TGCGTGAAATTCTTGAAGAACTGCTACGAGGCGCTTTCAGAGGATGGAAAAGTGATATTA 900
Query 959 GCAGAGTGTATACTTCCAGAGACACCAGACTCAAGCCTCTCAACCAAACAAGTAGTCCAT 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GCAGAGTGTATACTTCCAGAGACACCAGACTCAAGCCTCTCAACCAAACAAGTAGTCCAT 960
Query 1019 GTCGATTGCATTATGTTGGCTCACAATCCCGGAGGCAAAGAACGAACCGAGAAAGAGTTT 1078
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GTCGATTGCATTATGTTGGCTCATTAT---GGAGGCAAAGAACGAACCGAGAAAGAGTTT 1017
Query 1079 GAGGCATTAGCCAAAGCATCAGGCTTCAAGGGCATCAAAGTTGTCTGCGACGCTTTTGGT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GAGGCATTAGCCAAAGCATCAGGCTTCAAGGGCATCAAAGTTGTCTGCGACGCTTTTGGT 1077
Query 1139 GTTAACCTTATTGAGTTACTCAAGAAGCTCTAAAA-AC-A-AACAATGTTCCT 1188
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | || ||||| |||
Sbjct 1078 GTTAACCTTATTGAGTTGCTCAAGAAGCTCTAAAAGACCATAA-AATGTCCCT 1129
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 51160954614
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5