BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G54830.1
Length=3136
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg950134 jgi|Araly1|950134|scaffold_802021.1 4421 0.0
> Ahg950134 jgi|Araly1|950134|scaffold_802021.1
Length=2745
Score = 4421 bits (2394), Expect = 0.0
Identities = 2644/2762 (96%), Gaps = 27/2762 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 208 GTAAATCTCTCACCCAACACCATGTGTGATCAAAGACCAAATCTTTTAGGGTCTCTCGTG 267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GTAAATCTCTCACCCAACACCATGTGTGATCAAAGACCAAATCTTTTAGGGTCTCTCGTG 60
Query 268 TTGTTGGGTTTCTTCATCTTCTTTGTAAATGGAGAAGAATGCTCTAATTCGAGCTCATTG 327
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||
Sbjct 61 TTGTTGGGTTTCTTCATCTTCTTTGTTAATGGAGAAGAATGCTCAAACTCGAGCTCTTTG 120
Query 328 ATTGGGCATGAGTCTGAGTTCAAGATGTTGCAACATCAGCTTCGTGGGGTTTTCACTGTT 387
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATTGGGCACGAGTCTGAGTTCAAGATGTTGCAACACCAGCTTCGTGGGGTTTTCACTGTT 180
Query 388 GTCGATGATTGTTCGTTTAGGGTTTCTCGTTTTGATATGCTCTCTGGTTCCGAGGTTCAT 447
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 181 GTTGATGATTGTTCGTTTAGGGTTTCTCGTTTCGATATGCTCTCTGGTTCTGATGTTCAT 240
Query 448 TGGTGGGGTGCTATGTCTTCTGATTTTGATAATATGACTAATGATGGCTTTGTTATCTCT 507
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TGGTGGGGTGCTATGACTTCTGATTTTGATAATATGACTAATGATGGCTTTGTTATCTCT 300
Query 508 GATCAGAAGCTTAATCAAACATTCAAAAACTCATCTTTTATTGTTCGGTTGTTGGGTAAT 567
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||
Sbjct 301 GATCAGAAGCTTAATCAAACATTCAAAAACGCATCTTTTATTGTTCGTTTGATAGGTAAT 360
Query 568 GTTACTTGGGATAAGTTAGGTGTGGTTTCGGTTTGGGACTTACCTACTGCTTCTGATTTT 627
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTTACTTGGGATAAGTTAGGTGTGGTTTCTGTGTGGGACTTACCTACTGCTTCTGATTTT 420
Query 628 GGGCATGTTCTACTCTCTAATGCGACGGAATCAGATACTTCAAAAGCTGAATCTCCTCCT 687
||||||||||| || | | | |||| | | | | ||||| ||||||
Sbjct 421 GGGCATGTTCTGCT-T-T--T------GAAT--G------C--GA-CGGAATCACCTCCT 459
Query 688 TCAGAGAGCAATGATGTTGCTCCAGGGAAATCGAATAACAGTGAGCCTTTTAAGGCTCCT 747
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 460 TCAGAGGGCAATGATGTTGCTCCAGGGAAATCGAATAACACTGAGCCTTTTAAGGCTCCA 519
Query 748 ACTATGTTTGATAATTGTAAGAAACTTTCGGATAAGTATAGGCTTAGGTGGAGCTTGAAT 807
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 520 ACCATGTTTGATAATTGTAAGAAACTTTCCGATAAGTATAGGCACAGGTGGAGCTTGAAT 579
Query 808 GCAGAGAAAGGTTATGTTGATATTGGTTTAGAGGCTACTACTGGTTTATTGAACTACATG 867
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 580 GCAGAGAAAGGTTATGTTGATATTGGTCTAGAGGCTACTACTGGTTTATTGAACTACATG 639
Query 868 GCGTTTGGTTGGGCTAAACCGAATTCTACATCGAACT-TGATGTTGAATGCTGATGTTGT 926
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 640 GCGTTTGGTTGGGCTAAACCGAATTCTACATCGAA-TCTGATGTTGAATGCTGATGTTGT 698
Query 927 GGTTACTGGGATTAGAGAGGATGGCTTCCCGTTTGCTGATGATTTTTATATCACGGAGTC 986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 699 GGTTACTGGGATTAGAGAGGATGGCTTCCCGTTTGCTGATGATTTTTATATCACGGAGTC 758
Query 987 TAGTGTGTGTTCTGTGAAGGAAGGTACAGCTACTGGGGTTTGTCCTGATACTGTGTATGA 1046
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 759 TAGTGTGTGCTCTGTGAAGGAAGGTACAGCTACTGGGGTTTGTCCTGACACTGTGTATGA 818
Query 1047 AGAGGCAGATTCAGTTGGTTCTTCGGTGAATAATACAAAACTGGTTTACGGGCATAGGAT 1106
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 819 AGAAGCAGATTCAGTTGGTTCTTCGGTGAATAACACAAAACTGGTTTACGGGCATAGGAT 878
Query 1107 AGATGGAGTTTCGTTTGTTAGGTATAGGAGACCGTTGAATGATAGTGATAATAAGTTTGA 1166
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 879 AGATGGAGTTTCGTTTGTTAGGTATAGGAGACCGTTGAATGATAGTGATAATAAGTTTGA 938
Query 1167 TTTTCCTGTGAATTCAACTGAAAGCCTGACAGTTATTTGGGCACTTGGGGTGATAAAACC 1226
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 939 TTTTCCTGTGAATTCAACTGAAAATCTGACAGTTATTTGGGCACTTGGGGTGATAAAACC 998
Query 1227 CCCAGATGTTATTAATCCTTACTATC-TCCCTGTGAATCATGGCGGTGTGGAATCAGAAA 1285
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 999 ACCAGATGTTATTAATCCTTACTATCTTCCC-GTGAATCACGGCGGTGTGGAATCAGAAA 1057
Query 1286 ACTTTGGACATTTTTCGCTTAATCTTTCGGATCATGTGGATGAATGTTTGGGACCATTGG 1345
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1058 ACTTTGGGCATTTTTCGCTTAATCTTTCGGATCATGTGGATGAATGTTTGGGACCATTGG 1117
Query 1346 ATGCAGACAACAAGTATGATCAAGATGTGATCATTGCTGATGCCCACGCGCCTCTTGTTG 1405
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1118 ATGCAGAAAACAAGTATGATCAAGATGTGATCATTGCTGATGCCCACGCACCTCTTGTTG 1177
Query 1406 TCACGGCTGGACCTTCTGTGCATTATCCGAACCCTCCTAATCCTTCAAAGGTTCTGTATA 1465
||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1178 TCACGGCCGGACCATCTGTGCATTATCCAAACCCTCCAAATCCTTCAAAGGTTCTGTATA 1237
Query 1466 TTAACAAGAAAGAAGCGCCGGTATTGAAAGTGGAAAGAGGGGTTCCTGTGAAGTTTTCAA 1525
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1238 TTAACAAGAAAGAAGCGCCGGTACTGAAAGTGGAAAGAGGGGTTCCTGTTAAGTTTTCAA 1297
Query 1526 TAGAAGCAGGACACGACGTTTCTTTCTACATAACTTCAGATTTTCTTGGTGGGAATGCTT 1585
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1298 TAGAAGCAGGACATGACGTTTCTTTCTACATAACTTCAGATTTTCTTGGTGGGAATGCTT 1357
Query 1586 CTCTAAGGAACAGAACTGAGACAATCTATGCGGGTGGGCAAGAAACTCATGGAGTACTAT 1645
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1358 CTTTAAGGAACAGAACTGAGACAATCTATGCGGGTGGGCAAGAAACTCATGGAGTACTGT 1417
Query 1646 CGAGTCCGTCAGAGCTGGTTTGGGCTCCTAATAGAAATACACCTGACCAACTGTATTATC 1705
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1418 CGAGTCCATTGGAGCTGGTTTGGGCTCCTAATAGAAATACACCTGACCAACTGTATTATC 1477
Query 1706 ACTCGATTTTTCAAGAGAAAATGGGTTGGAAGGTTCAGGTTGTTGACGGGGGACTTTCAG 1765
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1478 ACTCAATTTTTCAAGAGAAAATGGGTTGGAAGGTTCAGGTTGTTGACGGTGGACTTTCGG 1537
Query 1766 ATATGTACAACAACAGTGTTAATCTAGATGATCAGCAAGTTAAGTTCTTTTGGACCATAG 1825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538 ATATGTACAACAACAGTGTTAATCTAGATGATCAGCAAGTTAAGTTCTTTTGGACCATAG 1597
Query 1826 TAGGGGATTCAATATCGATTGCGGCTCGTGGTGAGAAGAAAAGTGGCTATCTTGCAATTG 1885
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1598 TAGGGGATTCAATATCGATTGCAGCTCGTGGTGAGAAGAAAAGTGGGTATCTTGCAATTG 1657
Query 1886 GTTTTGGTAGCGAAATGACAAACAGTTATGCTTATATTGGTTGGTTTGATAGAAATGGAA 1945
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1658 GTTTCGGTAGTGAAATGACAAACAGTTATGCTTATGTTGGTTGGTTTGATAGAAATGGAA 1717
Query 1946 CAGGGCATGTAAATACTTACTGGATCGATGGAGAATCCGCTTCCGCTGTGCATCCTACAA 2005
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1718 CAGGGCATGTAAATACTTACTGGATTGATGGAGAATCCGCTTCGGCTGTGCATCCTACAA 1777
Query 2006 CCGAAAATATGACATACGTGAGATGCAAATCCGAAGAGGGAATCATCACACTGGAATTTA 2065
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1778 CCGAAAATATGACATACGTGAGATGCAAATCTGAAGAGGGAATCATCACACTGGAGTTTA 1837
Query 2066 CCCGTCCTTTAAAACCATCATGCAGTCATCGAGATAGACCAGAATGTAAGAATATGATTG 2125
||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1838 CCCGTCCCTTGAAACCGTCATGCAGTCATCGAGATAGACCAGAATGTAAGAATATGATAG 1897
Query 2126 ATCCCACAACTCCTCTTAAAGTGATATGGGCAATGGGTGCTAAATGGACAGATGGTCAGT 2185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1898 ATCCCACAACTCCTCTTAAAGTGATATGGGCAATGGGTGCTAAATGGACAGATGGTCAGT 1957
Query 2186 TGACTGAGAGAAACATGCACTCGGTTACAAGTCAGAGACCTGTCCGTGTAATGTTAACAC 2245
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1958 TGACTGAGAGAAATATGCACTCGGTTACAAGTCAGAGACCTGTCCGTGTAATGTTAACAC 2017
Query 2246 GTGGATCCGCAGAAGCAGATCAAGATCTAAGACCGGTCCTGGGGGTTCATGGATTTATGA 2305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2018 GTGGATCCGCAGAAGCAGATCAAGATCTAAGACCGGTCCTGGGGGTTCATGGATTTATGA 2077
Query 2306 TGTTCCTTGCTTGGGGAATTCTGCTTCCAGGTGGAATATTATCCGCTAGATACCTGAAAC 2365
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2078 TGTTCCTTGCTTGGGGAATTCTGCTTCCCGGTGGAATATTATCTGCTAGATACCTGAAAC 2137
Query 2366 ACATAAAAGGTGATGGCTGGTTCAAGATTCATATGTATCTTCAATGTTCTGGACTAGCCA 2425
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2138 ACATAAAAGGCGATGGCTGGTTCAAGATTCATATGTATCTTCAATGTTCTGGACTAGCCA 2197
Query 2426 TTGTCTTCCTAGGCCTCCTCTTCGCAGTAGCTGAGCTCAACGGTTTCAGCTTCAGTTCAA 2485
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2198 TTGTCTTCCTCGGCCTCCTCTTCGCAGTAGCTGAGCTTAATGGTTTCAGCTTCAGTTCAA 2257
Query 2486 CCCACGTAAAGTTCGGTTTCACAGCCATAGTTTTAGCTTGCGCTCAGCCCGTGAACGCTT 2545
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2258 CCCACGTCAAGTTCGGTTTCACAGCTATAGTTTTAGCTTGCGCTCAGCCCGTGAACGCTT 2317
Query 2546 GGCTAAGACCTGCGAAACCTGCTCAAGGAGAATTAATCTCTTCGAAGCGGTTAATCTGGG 2605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2318 GGCTAAGACCTGCGAAACCTGCTCAAGGAGAATTAATCTCTTCAAAGCGGTTAATCTGGG 2377
Query 2606 AGTATTCTCATTCGATTGTCGGTCAATCAGCTGTTGTAGTTGGAGTTGTGGCGCTTTTCA 2665
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 2378 AGTATTCTCATTCGATCATCGGTCAATCAGCTGTTGTAATTGGAGTTGTCGCGCTTTTCA 2437
Query 2666 CGGGAATGAAACATCTGGGAGAAAGGAATGGAACTGAGAACGTGGACGGGCTTAACTTGG 2725
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2438 CGGGAATGAAACATCTAGGAGAAAGGAATGGAACTGAAAACGTGGACGGGCTTAACTTGG 2497
Query 2726 CCCTCGGGTTATGGGTCTTCCTCTGTGTGGTTACTGTTGCGTATTTGGAGTACCGGGAAA 2785
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498 CCCTGGGGTTATGGGTCTTCCTCTGTGTGGTTACTGTTGCGTATTTGGAGTACCGGGAAC 2557
Query 2786 GAGGAAGAAGAAGAGCGAGGAATCTAAGCAGAGGAAATTGGGTTTTGGGGAATGTGGAAG 2845
|| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2558 GAAGAAGAAGAAAAGCGAGGAATCTAAGCAGAGGGAATTGGGTTTTGGGGAATGTTGAAG 2617
Query 2846 AAGATGATTCCATTGATCTAATAGACTCAAGAGGAGGTTTCAGAGATAAAGATGATGAAG 2905
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2618 AAGATGATTCGATTGATCTAATAGACTCAAGAGGAGGTTTCAGAGATAAAGATGATGAAG 2677
Query 2906 ATAGAAATGGAGGGAGGATGGAAATTCAGTTAGAGCCGTTGAAATAATAGTAACtttttt 2965
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2678 ATAGAAATGGAGGGAGGATGGAAATTCAGTTAGAGCCGTTGAAATAATAGTA--TTTTTT 2735
Query 2966 tt 2967
||
Sbjct 2736 TT 2737
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118460661950
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5