BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G55390.1
Length=4258
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495622 jgi|Araly1|495622|fgenesh2_kg.8__1438__AT5G55390.1 6479 0.0
> Ahg495622 jgi|Araly1|495622|fgenesh2_kg.8__1438__AT5G55390.1
Length=4070
Score = 6479 bits (3508), Expect = 0.0
Identities = 3901/4090 (95%), Gaps = 30/4090 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 179 ATGACGTTCGTTGACGATGATGAAGAGGAAGACTTCTCTGTTCCTCAATCAGCTTCCAAT 238
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGGCGTTCGTTGACGATGATGAAGAGGAAGACTTCTCTGTTCCTCAATCAGCTTCGAAT 60
Query 239 TATTATTTCGAAGATGATGATAAAGAGCCTGTTTCGTTTGCTCGTCTCCCAATTCAATGG 298
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TATTATTTCGAAGATGACGATAAAGAGCCTGTTTCGTTTGCTCGTCTCCCAATTCAATGG 120
Query 299 AGCGTG-GAGGAGAAAGTTGATGGTAGTGGTTTAGGTTTTTACTTGCGAGGAAGATCTGA 357
|||| | |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGCG-GCAAGGACAAAGTTGATGGAAGTGGTTTAGGTTTTTACTTGCGAGGAAGATCTGA 179
Query 358 TAACGGCCTTTTGCCTCTGCATAAGCTTGTTAAGGCTTGGAGATACGATCTTTCGAACTT 417
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 180 TAATGGGCTTTTGCCTCTGCATAAGCTTGTTAAGGCTTGGAGATTCGATCTTTCGAACTT 239
Query 418 CCAG-CCTGAGATTTCTGTTCTTACGAAGGATAATATATGGATTAAGCTTGAGGAACCGA 476
|| || ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 -TAGACCAGAGGTTTCTGTTCTTACAAAGGATAATATCTGGATTAAGCTTGAGGAACCGA 298
Query 477 GGAAAAGCTATGGGGAATTGATTAGAACTGTTTTGGTCACGTTGCATTCCATTCAGTTTC 536
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||
Sbjct 299 GGAAAAGCTATGGGGAATTGATAAGAACTGTTTTTGTAACGTTGCACTCCATTCAGTTTC 358
Query 537 TTAGGAGGAATCCCCAAGCGTCCGAGAAAGCTCTCTGGGAGAAATTAACTAGAAGTTTGA 596
||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 359 TTAGGAGGAATCCCCAAGCCTCGGAGAAATCTCTCTGGGAGAAATTAACTAAAAGTTTGA 418
Query 597 GGTCATATGATGTGAAGCCATCGCAGAATGATTTGGTGGATCATATTGGTTTAATCGCTG 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||
Sbjct 419 GGTCATATGATGTGAAGCCATCGCAGAATGATTTGGTGGATCACATTGATTTAATTTCTG 478
Query 657 AAGCTGCGA-AAAGAGATAG-AAATTTGGCGAATTCGAAGTTTATACTTGCATTTCTCAC 714
||||||| | |||||||| | |||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AAGCTGC-AGAAAGAGAT-GTAAATTTGGGGAAATCAAAGTTTATACTTGCATTTCTCAC 536
Query 715 AAAAAAGCCTACCAAAAGGAGATTACCTGACGAGGACAATGCAAAAGATGATTTCATAGT 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 537 AAAAAAGCCTACCAAAAGGAGATTACCTGACGAGGACAATGCAAAGGATGATTTCATAGT 596
Query 775 TGGAGATGAGGACACTTATGTAGCTTCCGATGAAGATGAATTGGATGATGAAGACGATGA 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 TGGAGATGAGGACACTTATGTAGCTTCCGATGAAGATGAATTGGATGATGAAGACGATGA 656
Query 835 tttttttGAGTCTGTTTGTGCAATATGTGACAATGGTGGCGAGATTTTGTGTTGTGAAGG 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 657 TTTTTTTGAGTCTGTTTGTGCAATATGTGACAATGGTGGCGAGCTTTTGTGTTGTGAAGG 716
Query 895 AAGCTGCCTGAGATCATTTCATGCTACCAAAAAAGATGGTGAAGATTCACTTTGTGATTC 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 AAGCTGCCTGAGATCATTTCATGCTACCAAAAAAGATGGTGAAGATTCACTTTGTGATTC 776
Query 955 TCTTGGCTTTAACAAGATGCAAGTGGAAGCAATTCAGAAATACTTTTGCCCAAACTGTGA 1014
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TCTTGGCTTAAACAAGATGCAAGTGGAAGCAATTCAGAAATACTTTTGCCCAAACTGTGA 836
Query 1015 GCATAAGATACATCAATGCTTCATTTGCAAGAACCTTGGCTCTTCTGATAACTCTTCTGG 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 837 GCATAAGATACATCAATGCTTCATTTGCAAGAACCTTGGCTCTTCTGATAACTCCACTGG 896
Query 1075 AGCAGCAGAGGTTTTCCAATGCGTGTCAGCCACCTGTGGCTACTTTTACCATCCTCACTG 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 897 GGCAGCAGAGGTTTTCCAATGCGTGTCAGCCACCTGCGGCTACTTTTACCATCCTCGTTG 956
Query 1135 TGTCACAAGACGGCTACGTTTAGGAAATAAAGAAGAGTCTGAAGCACTAGAAAGACAAAT 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 957 TGTCACAAGACGGCTACGTTTAGGAAATAAAGATGACTCTGAAGCACTAGAGAGACAAAT 1016
Query 1195 CATTGCTGGAGAGTATACATGCCCATTGCACAAATGCAGTGTCTGTGAAAACGGAGAGGT 1254
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 CATTGCTGGAGAGTATACATGCCCACTGCACAAATGCAGTGTCTGTGAAAACGGAGAGGT 1076
Query 1255 TAAGACAGACTCTAATTTGCAATTTGCTGTTTGCCGGCGTTGTCCAAAGTCCTACCATAG 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TAAGACAGACTCTAATTTGCAATTTGCTGTTTGCCGGCGTTGTCCAAAGTCCTACCATAG 1136
Query 1315 AAAATGCCTACCGCGGGAAATTTCTTTTGAAGATATTGAGGACGAGGATATATTAACTAG 1374
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 1137 AAAATGCCTGCCGCGGGAAATTTCTTTTGAAGATATTGCGGACGAGGATATATTTACTAG 1196
Query 1375 GGCATGGGACGGACTCTTGCACAACCGTGTACTCATATATTGCCAAGAACATGAGATAGA 1434
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GGCATGGGACGGACTCTTGCACAACCGTGTTCTCATATATTGCCAAGAACATGAGATAGA 1256
Query 1435 TGAAGAACTTCTGACACCAGTTAGAGACCATGTTAAGTTTCCTTTCACGGAAGAGCAGAA 1494
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||
Sbjct 1257 TGAAGAACTCCTGACACCACTTAGAGACCATGTTAAGTTCCCTTTCACCGAAGAGAAGAA 1316
Query 1495 GGTCTTCGTGAAAGAGCAAAGAAGGATACTGGAATCACATGTGGGACGAGATAAAGCAAG 1554
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 GGTCTTCATAAAAGAGCAAAGAAGGATACTGGAATCACATGTGGGACGAGATAAAGCAAG 1376
Query 1555 ACTTAAGGTTAAGGATCCTGCCTTACAAGATACTTGTGGAAAAGCTTCTAAGAATTCCTT 1614
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||
Sbjct 1377 ACCTAAGGTTAAGGATCCTGCCTTACAAGATACTTGTGGAAAAGCTTCTGATAAATCCTT 1436
Query 1615 TAGAAGTTCGTTTCCTTCTTCAAAAGATGGTTTCTCCACAAAGAAGCATGGATTAGTTTC 1674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TAGAAGTTCGTTTCCTTCTTCAAAAGATGGTTTCTCCACAAAGAAGCATGGATTAGTTTC 1496
Query 1675 ATCCGTACCAGATCATTCGAGGAAACGTAAGGATATTGATCCATCCATAAAGCATAAAAT 1734
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ATCCGTACCAGACCATTCGAGGAAACGAAAGGATATTGATCCATCCATAAAGCATAAAAT 1556
Query 1735 GGTTCCACAAAAATCCCAGAAGATGATGGAAGACTCCCGTGAAGCTGGCAAAAACAAGCT 1794
|||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1557 GGTTCCACAAAAATCCCACAAGATGATGGAAAACTCCCGTGAAGCTGGCAAAAACAGGCT 1616
Query 1795 GGGAGTAAAAGAAGCC-CGTGA-TGCTGGTAAAAGCAAGATTTCACTGGGTGAGAGGTTG 1852
|||||||||||| | | ||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 GGGAGTAAAAGA-GACACGTGAAT-CTGGTAAAAGCAAGGTTTCACTGGGTGAGAGGTTG 1674
Query 1853 TTTAGTTATACCCAGGAACCTAATCC-AGTAAAACCTGGGCGCGTGATTCCTGTTGATAG 1911
|||| ||||| |||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 TTTAATTATATCCAGGAACCTAA-CCTAGTAAAGCCTGGGCGCGTGATTCCTGTTGATAG 1733
Query 1912 CAAGCACAATAAGACTGACTCAATTGCCTCCAAGGAGCCAGGAAGTGAAATTCCTACATT 1971
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 CAAGCACAATAAGACTGACTCAATTGCTTCCAAGGAGCCAGGAAGTGAAATTCCTACATT 1793
Query 1972 AGACAACGACTCTCAAAGGAGGCTCTTGGCAGTGATGAAAAAAGCTACGGAAGAAATAAC 2031
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 AGACAACGACTCTCAAAGGAGGCTCTTGGCGGTGATGAAAAAAGCTACGGAAGAAATAAC 1853
Query 2032 TATGGGTACTATTTTAAAGAAATTCAAAATTCAATCTACTATGAGTACACACTCCACAAG 2091
|||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1854 TATGGGTACTATGTTAAAGAAATTTAAAGTTCAATCTACTATGAATACAAACTCCACAAG 1913
Query 2092 GAATGTTGTGGACAAGACAATCACTATGGGGAAGGTAGAGGGATCAGTCCAGGCTATCAG 2151
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||
Sbjct 1914 GAATGTTGTGGACAAGACAATCACTATGGGGAAGGTAGAGGGCTCAGTTCAGGCTGTCAG 1973
Query 2152 AACAGCACTAAAAAAGCTTGAGGAAGGAGGAAACATTGAGGATGCAAAAGCAGTTTGTGA 2211
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 AACAGCGCTAAAAAAGCTTGAGGAAGGAGGAAACATTGAGGATGCAAAAGCAGTTTGTGA 2033
Query 2212 GCCAGAGGTTCTGAGCCAAATCCTCAAGTGGAAGGATAAGCTCAAAGTTTATCTTGCTCC 2271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2034 GCCAGAGGTTCTGAGCCAAATCCTCAAGTGGAAGGATAAGCTCAAAGTTTACCTTGCTCC 2093
Query 2272 TTTTCTCCATGGTGCACGCTATACCTCATTTGGTCGTCATTTTACTAATCCTGAAAAACT 2331
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2094 TTTTCTCCATGGTGCACGCTACACCTCCTTTGGTCGTCATTTTACTAATCCTGAAAAACT 2153
Query 2332 TCAACAGATTGTTGATAGGCTGCATTGGTATGCAGATGATGGTGATATGATTGTCGACTT 2391
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 TCAACAGATTGTTGATAGGCTGCATTGGTATGCAGAAGATGGTGATATGATTGTCGACTT 2213
Query 2392 CTGTTGTGGTTCTAATGACTTTAGCTGTCTGATGAACGCGAAGCTTGAAGAAACGGGGAA 2451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214 CTGTTGTGGTTCTAATGACTTTAGCTGTCTGATGAACACGAAGCTTGAAGAAACGGGGAA 2273
Query 2452 GAAGTGCTTATATAAAAATTACGATCTTTTTCCAGCGAAGAATAATTTCAATTTTGAGAG 2511
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 GAAGTGCTTATATAAAAATTACGATCTTTTTCAAGCAAAGAATAATTTCAATTTTGAGAG 2333
Query 2512 AAAGGATTGGATGACTGTAAGTAAAGATGAGTTGGAACCAGGTTCAAAGCTGATTATGGG 2571
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2334 AAAGGATTGGATGACTGTAAGCAAAGATGAGTTGGAACCAGGTTCAAAGCTGATTATGGG 2393
Query 2572 GCTAAATCCACCATTTGGAGTCAATGCTTCTCTTGCAAACAAGTTTATTACCAAGGCTCT 2631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 GCTAAATCCACCATTTGGAGTCAATGCTTCTCTTGCAAACAAGTTTATTACCAAGGCTCT 2453
Query 2632 TGAGTTCCGCCCAAAGATTCTCATTCTCATTGTTCCTCCCGAGACTGAAAGGTTAGATAA 2691
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2454 TGAGTTTCGCCCAAAGATTCTCATCCTCATTGTTCCTCCCGAGACTGAAAGGTTGGATAA 2513
Query 2692 AAAGAAGTCATCATATGTGCTTATATGGGAGGATAAGACGTTCCTATCTGGAAATTCATT 2751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514 AAAGAAGTCATCATATGTGCTTATATGGGAGGATAAGACGTTCCTATCTGGAAATTCATT 2573
Query 2752 TTACCTGCCTGGTTCTGTCAATGAAGAAGACAAGCAATTGGAAGACTGGAACCTTGTTCC 2811
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2574 TTACCTGCCTGGTTCTGTCAATGAAGAAGATAAGCAATTGGAAGACTGGAACATTGTTCC 2633
Query 2812 TCCGCCACTTTCTCTCTGGAGTCGGTCCGACTTTGCAGCCAAGCACAAGAAAATAGCGGA 2871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2634 TCCGCCACTTTCTCTCTGGAGTCGGTCCGACTTTGCAGCCAAGCACAAGAAAATAGCGGA 2693
Query 2872 GAAGCATTGCCATTTGTCTAGGGATGTGGGGAGCTCAAAGTTAAAGATAGTGGAAGAAGA 2931
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2694 AAAGCATTGCCATTTGTCTAGGGATGTGGGGAGCTCAAAGTTAAAGATAGTTGAAGAAGA 2753
Query 2932 AGCAAACGCATCTTTGCATCCACTTGGAGCTTCTGATGGCATGTGTGATGATATTCCTAT 2991
|||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2754 AGCAAAAGCATCTTTGCATCCTCTTGGACCTTCTGATGGCATGTGTGATGATATTCCTGT 2813
Query 2992 GGAAAAGGATGAACTTGAGGTAGCTGAATGCGTTAATAAAATCTTAGTCTCTGAGAAAAT 3051
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2814 GGAAAAGGATGAACTTGAGGTAGCTGAATGTGTTCATAAAATTTTACTCTCTGAGAAAAT 2873
Query 3052 CGACACAGTAGAAACTGTAGCACGTGTACATCAGTCAGATCACTTGTCACGGAGAAGTCA 3111
||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2874 CGAAACACCGGAAGCTGTAGCACGTGTACATCAGTCAGATCACTTGTTACAGAGAAGTCA 2933
Query 3112 GCTGAAAAAGGAGGGAAA-GACCAAAGACTACTCTGGTAGGAAGCTTGGGAAATCTATGG 3170
|||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||
Sbjct 2934 GCTGAAAA-GGAAGGAAAAGACCAAAGACTACTCCGGTAGGAAGCGTGGGAAGTCTGTGG 2992
Query 3171 ATTCTAATAATGTGGATTGGAAGAGCAATGACATGGAAGAGGATCAAGGAGAGTTGAGTA 3230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2993 ATTCTAATAATGTGGATTGGAAGAGCAATGACATGGAAGAGGATCGAGGAGAGTTGACTA 3052
Query 3231 GAGCACCAGAGAGCATCAAAGTAAAAATTCCCGAAATGACATCTGATTGGCAGAGTCCTG 3290
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3053 GAGCACCGGAGAGCATCAAAGTAAAAGTTCCCGAAATGACATCTGATTGGCAGAGTCCTG 3112
Query 3291 TTAGGTCTTCCCCAGATGATATATATGCTGTCTGCACATCAATTTCCACTACAACACCTC 3350
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3113 TTAGGTCTTCCCCAGATGATATATATGCTGTCTGCACATCAATTTCCAATACAACACCTC 3172
Query 3351 AAAGATCTCACGAGGCTGTAGAAGCATCTCTGCCTGCAATAACAAGGACAAAAAGTAACT 3410
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3173 AAAGATCTCACGAGTCTGTAGAAGCATCTCTGCCTGCAATAACAAGGACAAAAAGTAACT 3232
Query 3411 TGGGAAAGAATATTAGAGAACATGGTTGTAAAGTGCAGGGCACTGGAAAACCTGAAGTGA 3470
|||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3233 TGGGAAAGGATATTAGAGAACCTGATTGTAAAGTGCAGGGCAGTGGAAAACCTGAAGTGA 3292
Query 3471 -GTCGGGATAGGCCTAGCTCTGTGAGAACTTCTAGAGAGGACATCTACACTGTTCGTCCA 3529
| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3293 CG-CGGAATAGGTCTAGCTCTGTAAGAACTTCTAGAGAGGACATCTACACTGTTCGTCCA 3351
Query 3530 TCGCCAGAAAATACGGGTCAGAAACCGTTTGAAGCTTTTGAACCATCTTATGGTGCAAGT 3589
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3352 TCGCCAGAAAATACGGCTCAGAAACCGTTTGAAGCTTTTGAACCATCTTATGGTGCAGGT 3411
Query 3590 TTGTCCCATTTCGACGATGGTCTTGCTGCTAAGTATGGTGGTTTCGGTGGAGGCTATAGA 3649
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||
Sbjct 3412 TTGTCCCATTTCGACGATGGTCTTGCTGCTAGGTATGGT--TTT-GGTGGAGGCTACAGA 3468
Query 3650 ATGCCGGATCCTCCTTTCCTACCGGATCAGTTTCCATTGAGAAATGGTCCTAACGAGATG 3709
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3469 ATGCCAGATCCTCCTTTCCTACCGGATCAGTTTCCATTGAGAAATGGTCCTAACGAGATG 3528
Query 3710 TTTGATTTCCGAGGATATTCAGACCTTGATAGAGGGATTGGTCAAAGAGAATATCCACAG 3769
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3529 TTTGATTTCCGAGGATATTCAGACCTCGATAGAGGGGTTGGTCAAAGAGAGTATCCACAG 3588
Query 3770 CAGTACGGTGGGCACTTGGACCCCATGTTAGCTCCTCCTCCTCCTCCAAATCTGATGGAC 3829
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3589 CAGTACGGTGGGCACTTGGACCCCATGTTAGCTCCTCCTCC------AAATCTGATGGAC 3642
Query 3830 AATGCATTCCCATTGCAACAACGTTATGCGCCTCATTTCGATCAAATGAATTACCAGAGG 3889
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3643 AATGCATTCCCATTGCAACAACGTTATGCGTCTCATTTCGATCAAATGAATTACCAGAGG 3702
Query 3890 ATGAGCTCTTTCCCACCTCAGCCTCCATTGCAACCTAGCGGACATAATCTCTTAAATCCT 3949
||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 3703 ATGAGCTCTTTCCCACCTCCGCCTCCAATGCAACCTAGCGGACACAATCTCCTAAATCCT 3762
Query 3950 CATGACTTTCCACTGCCACCGCCACCACCTAGTGACTTCGAAATGAGTCCAAGGGGTTTT 4009
|||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3763 CATGGTTTTTCACTGCAACCGCCACCACCTAGTGACTTCGAAATGAGTCCGCTGGGTTTT 3822
Query 4010 GCCCCTGGCCCGAACCCGAACTACCCTTATATGAGTCGATCTGGCGGTTGGATTAATGAC 4069
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3823 GCCCCTGGGCCGAACCCGAACTACCCTTATATGAGTCGATCTGGCGGTTGGATTAATGAC 3882
Query 4070 TAGATCAGCACTCATTATCCTTGTAGTTGCAACATTAGTAGTTTGATTGATCTTTTGTGT 4129
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3883 TAGACCAGCAGTCATTATCCTTGTAGTTGCAACATTAGTAGTTCGATTGATCTTTTGTGT 3942
Query 4130 CTCACTCTACGAAAGTGTAGGAAGAATAGAAGAAATCTATAACTTTTCTCTGCCACTCAC 4189
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3943 CTGACTCTACGAAATTGTAGGAAGAATAGAAGAAATCTAGAACTTTTCTCTGCCACTCA- 4001
Query 4190 ATGTGTAGCTAGTGGGCCTTTTAGCTGTTTAAT-AATATAAAAGAAAAAGAAGCCAGCTT 4248
|| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4002 -TGCCTAGCTAGTGGGCCTTTTGGCTGTTTAATTAATATAAAAGAAAAAGAAGCCAGCAT 4060
Query 4249 CTATTGTCTT 4258
|| || ||||
Sbjct 4061 CTTTTCTCTT 4070
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161021591363
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5