BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G55540.1
Length=4269
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495640 jgi|Araly1|495640|fgenesh2_kg.8__1456__AT5G55540.1 6931 0.0
> Ahg495640 jgi|Araly1|495640|fgenesh2_kg.8__1456__AT5G55540.1
Length=4294
Score = 6931 bits (3753), Expect = 0.0
Identities = 4122/4298 (96%), Gaps = 33/4298 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGTCAGAGCCAGACCAAAGCTTCAAAGACCTCTCATGGTTTCTTCAAGCAATCAAA 60
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAATCAGAGCCAGACCAAAGCTTCAAAGACCTCTCATGGTTTCTTCAAGCAATCAAA 60
Query 61 GACCCACAACAAACTTTCTTCAATCTTCAAACCCTATCTTTCTCCTCTTCCGGAAACACC 120
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||
Sbjct 61 GACCCACAACAAACTTGCTTCAATCTTCAAACCCTATCTTTCTCCTCGTACGGAAAAACC 120
Query 121 ACGCATTGTCAGCTAATAACAGAGAGCTCCATGAACATCAACGTCACTAGAGACAACCTC 180
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACGCATTGTCAGTTAATAACAGAGAGCTCCATGAACATCAACGTCACTAGAGACAACCTC 180
Query 181 ACTTCACTTTCCCAGATCTTCATCGAGCTAGCAACATCCTTAGAGACGCAGACGTCTCTC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 ACTTCACTTTCCCAGATCTTCATCGAGCTAGCAACATCCTTAGAGACGCAGACATCTCTC 240
Query 241 AGGAACTTGGAATTCGAAGGAATCTTTTGGGAAATCGAGCTGTTGCAGAGCTTGGGTTTG 300
|||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 241 AGGAACCTGGAATTCGAAGGAATCTCTTGGGAAATCGAGCTGTTGCAGAGCCTGGGTTTG 300
Query 301 TTGTTAGACAACACCTCGAAGATAAAGCAGCTTGCTTTCAGAAAGAACAGGTTCAGTGAA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 301 TTGTTAGACAACACCTCGAAGATAAAGCAGCTTGCTTTCAGAAAGAACAGGTTTAGTGAA 360
Query 361 CAATGTCTCAACGAGCTCTCAGAGATTCTGAAAAGAAACAGGTTTTTGAAAGAGGTTATG 420
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAATGTCTCAACGAGCTCTCAGAGATTTTGAAAAGAAACAGTTTTTTGAAAGAGGTTATG 420
Query 421 TTCTTAGAGTCGAGTATTGGATACAGAGGAGCTACGCTTCTCGGGTCGGCTCTCCAAGTT 480
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 421 TTCTCAGAGTCGAGAATTGGATACAGAGGAGCTACGCTTCTTGGATCGGCTCTCCAAGTT 480
Query 481 AACGATTCGTTAGAGGAATTGCAGATTTGGGAAGATTCGATTGGGTCAAAAGGAGCTGAA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AACGATTCGTTAGAGGAATTGCAGATTTGGGAAGACTCAATTGGGTCAAAAGGAGCTGAA 540
Query 541 GAGCTTTCGAGGATGATTGAAATGAACTCAAGTTTGAAACTTTTCTCCATTTTCGACTCG 600
|| || || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GAACTCTCCAAGATGATTGAAGTGAACTCAAGTTTGAAACTTTTCTCCATTTTCGACTCG 600
Query 601 AGCCCTTTCACTGCTACGCCATTGATATCTGCTGTTTTGGGTATGAACAGAGAAATGGAG 660
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AGTCCTTTCACTGCCACGCCATTGATATCTGCTGTTTTGGGTATGAACAGAGAAATGGAG 660
Query 661 GTTCATATGTGGAGTGGAGATCACAAACGAGACAGAAGC-CTAAAGCTTGTTGAGTTCTT 719
|||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTTCATGTTTGGAGTGGAGATCACAAACGAGATAGAAGCAC-AAAGCTTGTTGAGTTCTT 719
Query 720 GCCTGAGAGCAAAACTCTGAGGATTTACCAGATTGACATTTCTGGTTCTTGCAGAGTCGC 779
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GCCTGAGAGCAACACTCTGAGGATTTACCAGATTGACATTTCTGGTTCTTGCAGAGTCGC 779
Query 780 TGCAGCCTTGGGGATGAATACAACAGTCAGGTCTCTAGATATGACGGGTGCGAAGCTAAA 839
|||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 780 TGCAGCCTTGGGGATGAACACAACCGTGAGGGCTCTAGACATGACGGGTGCGAAGCTGAA 839
Query 840 CTCTCGGTGGGCGAAGGAGTTTAGATGGGTTTTGGAACAGAACAAGACTCTGAGAGAAGT 899
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 840 TTCGCGGTGGGCGAAGGAGTTTAGATGGGTTTTGGAACAGAACAAGACTCTTAGAGAAGT 899
Query 900 GAAACTTTCGAAAACAGGTCTTAAAGACAAAGCTGTTGTTTATATTGCAGCTGGACTATT 959
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 900 GAAACTTTCGAAAACCGGTCTTAAAGACAAAGCGGTTGTTTATGTTGCAGCTGGACTTTT 959
Query 960 CAAGAACAAGAGCTTGCAGAGTTTGTATGTTGATGGAAATCGGTTTGGGAGCGTTGGTGT 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 960 CAAGAACAAGAGCTTGCAGAGTTTGTATGTTGATGGAAATCGGTTTGGAAGCGTTGGTGT 1019
Query 1020 TGAGGATTTGCTTTGTCCATTGAGTAGATTCTCTGCTCTGCAATTACAAGCTAACATCAC 1079
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CGAGGATTTGCTTTGTCCATTGAGTAGATTCTCTGCTCTGCAATTACAAGCTAACATCAC 1079
Query 1080 ATTGCGGTCAATTGTGTTTGGAGGTTCCAATACAAAGATTGGAAGAGATGGACTTACAGC 1139
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1080 ATTGCGGTCAATTGTGTTTGGAGGTTCCAAGACAAAGATTGGAAGAGATGGACTTACCGC 1139
Query 1140 AGTTTTAAAGATGGTGACAACAAATGAGACTGTGGTTCATCTTGGGATTCATGACGATGC 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1140 GGTTTTAAAGATGGTGACAACAAATGAGACTGTGGTTCATCTTGGGATTCACGACGATGC 1199
Query 1200 GAGTTTGGGACCTGATGATTTCATACATATCTTCAAGAGCTTGCAGAAGAACGCGTCTTT 1259
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1200 GAGTCTGGGACCTGATGATTTCATACATATCTTCAAGACCTTGCAGAAGAACTCGTCTAT 1259
Query 1260 AAGACGGTTTTCGTTACAAGGCTGCAAAGGGGTAAGAGGTGATAGAGTATTGGAGGCAAT 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AAGACGGTTTTCGTTACAAGGCTGCAAAGGGGTAAGAGGTGATAGAGTATTGGAGGCAAT 1319
Query 1320 CACTGAGACATTGCAGATTAATCCATTGATTGAAGAAATTGATTTAGCGAGAACTCCGCT 1379
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CACAGAGACATTGCAGATTAATCCATTGATTGAGGAAATTGATTTAGCGAGAACTCCGCT 1379
Query 1380 TCAAGATTCAGGGAAAGCAGATGAGATTTATCAGAAACTGGGACACAATGGTAGGAAGAT 1439
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TCAAGATTCAGGGAAGGCAGATGAGATTTATCAGAAGCTGGGACACAATGGTAGGAAGAT 1439
Query 1440 AGATGAAGCAGAGACGGATGATTCACTCAAGGATATGCCACTTACTGAGCCAAAGAGCGT 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1440 AGATGAAGCAGAGACGGATGATTCACTCAAGGATATGCCACTTACTGAGCCAAAGAGCAT 1499
Query 1500 TAGAGCTTTCCTCTGTGGACAAAACTATGCAGGAAAGACAACACTCTGCAACTCTATACT 1559
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TAGAGCTTTCCTCTGTGGACAAGACTATGCAGGAAAGACAACACTCTGCAACTCTATACT 1559
Query 1560 GCAAAGTTCGTCTGCTTCCGGTTTTCCTTATGTGGAGAATGTGAGAAATTTGATGAATCC 1619
||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1560 GCAAAGTTCCTCTTCTTCGGGTTTTCCGTATGTGGAGAATGTGAGAACTTTGATGAATCC 1619
Query 1620 TGTGGAGCAAGTGGTTAAAACAGTTGGTGGGATGAAAATAAAGACATTCAAGGACGAGGA 1679
| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TATGGAGCAAGCGGTTAAAACAGTTGGTGGGATGAAAATAAAGACATTCAAGGACGAGGA 1679
Query 1680 GACAAAGATCTCGATGTGGAATCTTGCGGGGCAGCACGAGTTCTTTGCTCTTCATGATCT 1739
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1680 GACAAAGATTTTGATGTGGAATCTTGCGGGGCAGCACGAGTTCTTTGCCCTTCATGATCT 1739
Query 1740 TATGTTCCCAAGCCCGTGCT-TCTTCTTGATCGTATTGAGCTTGTTTAGGAAACCGAGCA 1798
|||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TATGTTTCCAAGCCCAT-CTCTCTTCTTGATCGTATTGAGCTTGTTTAGGAAACCGAGCA 1798
Query 1799 ATAAAGAACCCAAAACACCAGCAGAAGTAGAGGAAGAGCTTGAATACTGGCTTAGATTCA 1858
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1799 ATAAAGAACCCAAAACACCAGCAGAAGTAGAAGAAGAGCTTCAATACTGGCTTAGATTCA 1858
Query 1859 TCGTTTCCAACTCGAGAAAAGCGATCCAACAATGCATGAAACCAAATGTCACAATTGTTC 1918
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1859 TCGTTTCCAACTCGAGAAAAGCGGTCCAACAATGCATGAAACCGAATGTCACAATTGTTC 1918
Query 1919 TCACACATTCCGAAAAAATCAATCTACAATCTGAAAGCTTTCAGGCAACTGTGGGTTGCA 1978
|||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TCACGCATTCCGACAAAATCAATCTGCAATCTGAAAGCTTTCAGGCAACTGTGGGTTGCA 1978
Query 1979 TTCAGAGACTGAGAGATAAGTTTCAGGCTTTAGTGGAATTTTATCCGACTGTATTCACAG 2038
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TTCAGAGACTGAGAGATAAGTTTCAAGCTTTAGTGGAATTTTATCCGACTGTATTCACAG 2038
Query 2039 TTGATGCAAGATCATCTCCTTCGGTTAGTAAACTCACACATCATATTCGGATGACTAGCA 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TTGATGCAAGATCATCTCCTTCGGTTAGTAAACTCACACATCATATTCGGATGACTAGCA 2098
Query 2099 AAGCCATCCTTCAAAGAGTTCCTCGGGTTTATCAGCTCTGCAATGATATAGTACAGCTCT 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2099 AAGCCATCCTTCAAAGAGTTCCTCGGGTTTATCAGCTCTGCAATGATATGGTACAGCTCT 2158
Query 2159 TATCAGACTGGAGATCAGAGAATTCGAACAAACCTATTATGAGATGGAAAGCCTTTGCAG 2218
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TATCAGACTGGAGATCAGAGAATTCAAACAAACCTATTATGAGATGGAAAGCCTTTGCAG 2218
Query 2219 ACCTCTGCCAGTTTAAGGTTCCTTCCCTGAGAATAAAGTCTCGCAACGAGAACATTCAGA 2278
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 2219 ATCTCTGCCAGTTTAAGGTTCCTTCCCTGAGAATAAAGTCCCGCAACGAGAACATTGAGA 2278
Query 2279 TTGTGGAGACAAGACGGCATGCTATAGCCACATGCCTCCACCAAATGGGAGAGGTGATTT 2338
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2279 TTGTGGAGACAAGACGGCAAGCTATAGCCACATGCCTCCACCAAATAGGAGAGGTGATTT 2338
Query 2339 ACTTTGATGACTTGGGCTTTTTGATACTAGACTATGAATGGTTTTGTGGGGAGGTTCTTA 2398
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 ACTTTGATGACTTGGGCTTTTTGATACTAGACTACGAATGGTTTTGTGGGGAGGTTCTTA 2398
Query 2399 CTCAGTTGATAAAGCTTGATGTAAGAAAGCAAAGCACTGGGGAAAGAAATGGGTTTGTGA 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 CTCAGTTGATAAAGCTTGATGTAAGAAAGCAAAGCACCGGGGAAAGAAATGGGTTTGTGA 2458
Query 2459 GCAGGAAAGAGCTAGAGAAGACTTTGAGAAGTAGTTTACAGAGTCCAATTCCAGGGATGA 2518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 GCAGGAAAGAGCTAGAGAAGACTTTGAGAAGTAGTTTACAGAGTCCAATTCCAGGGATGA 2518
Query 2519 CCTCAAAGGTACTTGAGCACTTTGATGCGTGTGACCTTGTGAAGATGATGAAGAAAGTAG 2578
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 CCTCAAAGGTACTTGAGCACTTTGATGTGTGTGACCTTGTGAAGATGATGAAGAAAGTAG 2578
Query 2579 AACTTTGCTATGAGCAAGACCCTTCCAGTCCAGACTCTTCATTGTTAGTCCCATCGATTC 2638
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 AACTTTGCTATGAACAAGACCCTTCCTGTCCAGACTCTTCATTGTTAGTCCCATCGATTC 2638
Query 2639 TCGAAGAAGGCAGAGGAAAGACACAGAAATGGCAGATAAACACACATGACTGTGTTTATT 2698
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2639 TCGAAGAAGGCAGAGGAAAGACACAGAAATGGCAGGTAAACACACACGACTGTGTTTATT 2698
Query 2699 CAGGCCGTCATCTTCAGTGCGATGATTCAAGTCACATGTTTCTCACAGCTGGATTCTTCC 2758
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2699 CAGGCCGGCATCTCCAGTGCGATGATTCAAGTCACATGTTTCTCACAGCTGGTTTCTTCC 2758
Query 2759 CTCGTTTACAGG-------T-----GCAT----CT-T-CA-C---A-A-CAGAATCATGG 2794
|||||||||||| | |||| || | || | | | |||||||||||
Sbjct 2759 CTCGTTTACAGGCAAGGGATCAAAAGCATTTTTCTGTACATCTTCACAACAGAATCATGG 2818
Query 2795 AACTGAAGAACCAACACGGGGCGACTTATAGTCTTGAGAAGTACCTCAT-TGCTATAACG 2853
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2819 AACTGAAGAACCAACACGGGGCGACTTATAATCTTGAGAAGTACCTCATCT-CTATAACG 2877
Query 2854 ATCCATGGTATTAACATTAGAGTGGAACTTGGAGGACAGTTGGGAAATTACATTGATGTT 2913
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2878 ATCCATGGCATTAACATTAGAGTGGAGCTTGGAGGACAGTTGGGAAATTACATTGATATT 2937
Query 2914 CTGGCTTGTTC-ATCAAAGAGCTTGACAGAAACTCTGAGGCTCATTCACCAGCTAATCAT 2972
|| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 CTTGCTTGCTCGA-CAAAGAGCTTGACAGAAACTCTGAGGCTCATTCACCAGCTAATCAT 2996
Query 2973 TCCGGCTATCCAGAGCAGCTGCCGAGGTGTAATCCTCCTTGAGCACATCATAAGACCACA 3032
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 TCCGGCTATCCAGAGCAGCTGCCAAGGTGTAATCCTCCTTGAGCACATCATAAGACCACA 3056
Query 3033 ATGCGTCCAGGACTTGACTCCACCGCGATTCCGACAAAGCCAGTTTGTTTCCCTCCACAG 3092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3057 ATGCGTCCAGGACTTGACTCCACCGCGATTCCGACAAAGTCAGTTTGTTTCCCTCCACAG 3116
Query 3093 ACTAAAAGAAGCATTATCATCAGTTCCTGCAGAGACTATGTATGACTATCAACACACATG 3152
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3117 ACTAAAAGAAGCATTGTCATCAGTTCCTGCAGAAACTATGTATGACTATCAACACACATG 3176
Query 3153 GGACTCTGTTCTAGATTCAGGTAAGACTGTTCTAAGAGCCGGATTTGATTTAGCCCGCAA 3212
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3177 GGACTCTGTCCTAGATTCAGGTAAGACTGTTCTAAGAGCCGGATTTGATTTAGCCCGCAA 3236
Query 3213 CCTCCTCTCTGATGATGATTTCAGAGAAGTCCTGCAAAGAAGGTACCATGATCTGCACAA 3272
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3237 CCTCCTCTCTGATGATGATTTCAGAGAAGTATTGCAAAGAAGGTACCATGATCTGCACAA 3296
Query 3273 CTTAGCACAAGAACTACAAGTTCCAACAGACGAAAACCCCGAAGCAGATAATCATGTACC 3332
|||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3297 CTTAGCTCAAGAACTACAAGTTCCCACCGACGAAAACCCCGAAGCAGATAATCATGTTCC 3356
Query 3333 GGTGACCAATGAGCTGGAAAAAGTTGATCCTAGCTTCGGTGGAATTGCTAAAGGAGTAGA 3392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 3357 GGTGACCAATGAGCTGGAAAAAGTTGATCCTAGCTTCGGTGGAATCGCTAAGGGAGTAGA 3416
Query 3393 AGCAGTACTTCAGAGACTGAAGATTATTGAGCAAGAGATACGCGACCTGAAACAAGAGAT 3452
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 3417 AGCAGTACTTCAGAGACTGAAGATTATCGAGCAAGAGATACGAGACCTGAAACAAGAAAT 3476
Query 3453 CCAAGGACTGAGATACTATGAGCACAGACTTCTGATCCAGCTTCATCACAAAGTGAATTA 3512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3477 CCAAGGACTGAGATACTATGAGCACAGACTTCTGATCCAGCTTCATCACAAAGTGAATTA 3536
Query 3513 CCTTGTCAACTATAATGTCCAGATGGATGAAAGAAAAGTTCCAAACATGTTTTACTTCAT 3572
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3537 CCTTGTCAACTATAATGTCCAGATGGATGAAAGACAAGTTCCAAACATGTTTTACTTCAT 3596
Query 3573 CAGAGCAGAGAACTACGGGAGACGACTGATCACATCTATGGTTCCTGGCATGGTCGCTCT 3632
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3597 CAGAGCAGAGAACTACGGGAGACGACTGATCACATCTATGGTTCCTGGCATGGTTGCTCT 3656
Query 3633 AAGGATACACATGTTATGCGAATTTAGGCGGGAAATGCACGTCGTAGAGGATCAGCTTGG 3692
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3657 AAGGATACACATGTTATGCGAATTTAGACGGGAAATGCACGTCGTAGAAGATCAGCTTGG 3716
Query 3693 TTGTGACGTAATGCAGATAGACAACCAAGCTGTGAAGTGCTTGGCTCCATACATGACAAA 3752
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3717 GTGTGACGTGATGCAGATAGACAACCAAGCTGTGAAGTGCTTGGCTCCATACATGACAAA 3776
Query 3753 CTTCATGAAACTGGTGACTTTTGCATTGAGGATAGGAGCAAACTGGGCAGCTGGGATGGG 3812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3777 CTTCATGAAACTGGTGACTTTTGCATTGAGGATAGGAGCAAACTGGGCAGCTGGGATGGG 3836
Query 3813 ACACATGATACCTGACTTGAGCCATACTATCGCTCACCTAGCCAACCCAGCTGTCATGAC 3872
||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3837 ACACATGATACCTGACTTGGGCCACGCTATCGCTCACCTAGCCAACCCAGCTGTCATGAC 3896
Query 3873 TGGAGCGGCCGGAGCTGCAGGAGCCATAGGGGTCGCTGCTGCATTGGGTAGGAACCGAGG 3932
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3897 TGGAGCGGCCGGAGCTGCAGGAGCCATGGGGGTCGCTGTTGCATTGGGTAGGAACCGAGG 3956
Query 3933 CAGAGATAGAGATATTCAGGAACAAGAACAAAGAGCAGCTCAACAGTGGCTCATCGATTA 3992
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3957 CAGAGATAGAGATATTCAGGAACAAGACCAAAGAGCAGCTCAACAGTGGCTCATTGATTA 4016
Query 3993 CTTGAGGGAACAGACTTGCTCAACCGGGAGGGATATTGCAGAAAAATTTGGCCTCTGGCG 4052
|||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4017 CTTGAGGGAACAGAATTGCTCAACAGGAAGGGATATTGCAGAAAAATTTGGCCTGTGGCG 4076
Query 4053 AGTTAGATACAGAGACGATGGGTCCATCGCCTGGATTTGCAAACGGCATATGATCACCAG 4112
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4077 AGTTAGATACAGAGACGATGGGTCCATCGCCTGGATCTGCAAACGGCATATGATCACCAG 4136
Query 4113 AGCCCATGAAGTGATCCAAGTTCCTCTCTAATGGTTGCTAGCTAGCTACAAATAAACAGT 4172
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4137 AGCCAATGAAGTGATCCAAGTTCCTCTCTAATGGTTGCTAGCTAGCTACAAATGAACAGT 4196
Query 4173 AAGAGAAAGTAGTTTAAT-AGGCAAAACCATTTTCATTAAATTATGTTGCATTACGATAA 4231
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||
Sbjct 4197 AAGAGAAAGTAGTTTAATTAGGCAAAACCATTTTCATTAAATTCTGTTGCCTTATGATAA 4256
Query 4232 TGTTTTGAATCTTTTACTTACTTACTGTTGAATCCCTT 4269
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4257 TGCTTTGAATCTTTTACTTATTTACTGTTGAATCCCTT 4294
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161440224666
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5