BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G55740.1
Length=2493
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg950230 jgi|Araly1|950230|scaffold_802117.1 3797 0.0
> Ahg950230 jgi|Araly1|950230|scaffold_802117.1
Length=2530
Score = 3797 bits (2056), Expect = 0.0
Identities = 2343/2482 (94%), Gaps = 17/2482 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTCTCTTCCTTTCAACACTATCCCGAATAAAGTTCCATTTTCAGTATCATCGAAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 21 ATGGCTTCTCTTCCTTTCAACACTATCCCGATTAATCTTCCATTTTCAGTATCATCAAAA 80
Query 61 CCTTCTTCTAAACACCACGATGAACAAGCTCATT-CTCCTTCTTCCACATCTTACTTTCA 119
|||||||||||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 CCTTCTTCTAAACAGCACGATGACCAAGCTC-TTAATCCTTCTTCCACATCTTACTTTCA 139
Query 120 TCGCGTTTCGTCTCTTTGTAAGAACGGTGAGATCAAAGAAGCTCTGAGTTTAGTTACAGA 179
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 140 CCGCGTTTCGTCTCTATGTAAGAACGGTGAGATCAAAGAAGCTCTGAGTTTAGTTACAGA 199
Query 180 GATGGATTTCAGAAACTTACGCATTGGTCCTGAGATATACGGTGAAATCCTCCAAGGATG 239
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 200 GATGGATTTCAGAAACCTACGCATTGGTCCAGAGATATACGGTGAAATCCTCCAAGGATG 259
Query 240 CGTTTACGAGAGAGATTTAAGTACAGGGAAGCAAATTCATGCTCGGATTTTAAAGAACGG 299
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 260 CGTTTACGAGAGAGATTTATGTACAGGGAAGCAAATTCATGCTCGGATTTTGAAGAATGG 319
Query 300 TGATTTCTACGCGAGGAATGAGTACATCGAGACTAAATTGGTGATATTCTACGCCAAGTG 359
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 320 TGATTTCTACGCCAAAAATGAGTACATCGAGACTAAATTGGTGATATTCTACGCAAAGTG 379
Query 360 CGATGCTTTGGAGATTGCTGAAGTTCTTTTCTCGAAATTGAGGGTTCGTAATGTTTTCTC 419
|||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 CGATGCTTTGGATATAGCTGAAGTTCTTTTCACGAAATTGAGGGTTCGTAATGTTTTCTC 439
Query 420 TTGGGCAGCTATTATTGGTGTGAAATGTAGGATTGGGTTATGTGAAGGAGCTTTAATGGG 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 TTGGGCAGCTATTATTGGTGTGAAATGTAGGATTGGGTTATGTGAAGGAGCTTTAATGGG 499
Query 480 TTTTGTTGAGATGCTTGAAAATGAGATTTTTCCTGATAATTTTGTGGTTCCGAATGTTTG 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 TTTTGTTGAGATGCTTGAAAATGAGATTTTTCCTGATAATTTTGTGGTTCCGAATGTTTG 559
Query 540 TAAAGCGTGTGGTGCGTTGAAATGGAGTAGATTTGGGAGAGGGGTTCATGGGTATGTGGT 599
||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 560 TAAGGCTTGTGGTGCGTTGCAATGGAGTAGATTTGGGAGAGGTGTTCATGGGTATGTGGT 619
Query 600 AAAATCTGGTCTTGAGGATTGTGTGTTTGTGGCTAGTAGTTTAGCTGATATGTATGGGAA 659
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 AAAATCTGGTCTTGAAGATTGTGTGTTTGTGGCTAGTAGTTTAGCTGATATGTATGGGAA 679
Query 660 ATGTGGTGTTTTGGATGATGCGAGTAAGGTGTTTGATGAAATTCCTGACAGAAATGCTGT 719
|||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 680 ATGTGGGGTTTTGGATGATGCGAGGAAGGTGTTCGATGAAATTCCTGAGAGAAATGTTGT 739
Query 720 TGCTTGGAATGCGTTGATGGTTGGTTATGTACAAAATGGTAAGAATGAGGAAGCGATTCG 779
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 740 TGCCTGGAATGCGTTGATGGTTGGTTATGTACAAAATGGGATGAATGAGGAAGCGATTCG 799
Query 780 GCTTTTTTCTGATATGAGGAAGCAAGGTGTTGAGCCTACTCGTGTCACTGTCTCGACTTG 839
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 800 GCTTTTTTCTGATATGAGGAAGGAAGGTGTTGAGCCTACTCGTGTCACTGTCTCGACTTG 859
Query 840 CTTATCTGCTTCTGCTAATATGGGTGGGGTTGAAGAGGGGAAACAGTCGCATGCCATTGC 899
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 860 CTTATCTGCTTCGGCTAATATGGGTGGGGTTGAAGAGGGGAAACAGTCTCATGCCATTGC 919
Query 900 TATTGTAAATGGAATGGAGCTGGATAATATCTTGGGGACATCTTTATTGAATTTCTATTG 959
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 TATTGTAAATGGACTGGAGCTGGATAATATCCTGGGGACATCTTTATTGAATTTCTATTG 979
Query 960 CAAAGTGGGTTTGATAGAGTATGCTGAGATGGTTTTTGATCGGATGTTTGA-AAAGGATG 1018
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||
Sbjct 980 CAAAGTTGGTTTGATAGAGTATGCTGAGATGGTTTTTGATCGGATGATTGATAAAG-ATG 1038
Query 1019 TGGTTACATGGAATCTGATTATTTCTGGGTATGTTCAACAAGGGCTAGTTGAAGATGCTA 1078
|||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1039 TGGTAACATGGAATCTGATTATCTCCGGGTATGTTCAACAAGGGCTAGTTGAAAATGCTA 1098
Query 1079 TCTACATGTGTCAATTAATGAGACTAGAGAAGCTGAAATATGATTGTGTCACTTTAGCGA 1138
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 TATACATGTGTCAATTAATGAGACGAGAGAAGCTGAAATATGATTGTGTCACTTTAGCGA 1158
Query 1139 CATTAATGTCTGCTGCTGCACGTACTGA-GAATCTAAAGCTCGGGAAAGAGGTGCAGTGT 1197
| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1159 CGTTAATGTCGGCAGCTGCACGTAC-GAAGAATCTAAAACTTGGGAAAGAGGTGCAGTGT 1217
Query 1198 TATTGCATTAGACATAGTTTTGAATCTGATATCGTTTTAGCCAGCACTGTGATGGATATG 1257
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1218 TATTGCATTAGACACAGTTTTGAATCTGATATCGTTTTAGCCAGCACTGTGATGGATATG 1277
Query 1258 TATGCCAAGTGTGGCAGCATTGTTGATGCTAAGAAAGTGTTTGATTCTACAGTAGAGAAA 1317
||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 1278 TATACCAAGTGTGGTAGCATCGTTGATGCTAAGAAAGTGTTTGATTCCACAGTAGAGAGA 1337
Query 1318 GACTTGATACTGTGGAATACGTTACTTGCAGCCTATGCAGAATCTGGTCTTAGTGGAGAG 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1338 GACTTGATACTGTGGAATACGTTACTTGCAGCCTATGCAGAGTCTGGTCTTAGTGGAGAG 1397
Query 1378 G-CTTTGAGATTGTTCTATGGGATGCAGCTAGAAGGTGTACCTCCAAATGTGATAACATG 1436
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1398 GGCTT-GAGATTGTTCTATGGGATGCAGCTAGAAGGTGTACCACCAAATCTGATAACATG 1456
Query 1437 GAATTTGATCATTCTAAGTCTTCTAAGGAATGGTCAGGTAGATGAGGCCAAGGATATGTT 1496
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1457 GAATTTGATCATTCTAAGTCTTCTAAGGAATGGTGAGGTAAATGAGGCCAAGGATATGTT 1516
Query 1497 CTTGCAGATGCAATCCTCAGGGATAAT-TCCAAATCTTATCTCATGGACGACTATGATGA 1555
||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1517 CTTGCAGATGCAATCCTCAGGCATA-TCTCCAAATCTAATCTCCTGGACGACTATGATGA 1575
Query 1556 ATGGTATGGTTCAAAATGGTTGCAGTGAGGAGGCAATTCTGTTTCTTAGAAAGATGCAAG 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1576 ATGGTATGGTTCAAAATGGTTGCAGTGAGGAGGCAATTCTTTTTCTCAGAAAGATGCAAG 1635
Query 1616 AATC-GGGCCTGAGACCAAATGCATTTAGCATCACTGTCGCTCTCTCTGCTTGCGCACA- 1673
|||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1636 AATCAGGGC-TGAGACCAAATGCCTTTAGCATCACTGTAGCTCTCTCTGCTTGCGCA-AG 1693
Query 1674 TCTAGCATCATTGCATATCGGAAGAACAATCCACGGATACATCATAAGAAATCTACAGCA 1733
|||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 TCTAGCATCACTGCATTTCGGAAGATCAATCCACGGTTACATCATAAGAAATCTACAGCA 1753
Query 1734 TTCCTCTTTGGTTTCTATTGAAACTTCTTTGGTTGACATGTATGCTAAATGTGGAGATAT 1793
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 TTCCTCTTCGGTCTCTATTGAAACTTCTTTGGTTGACATGTATGCTAAATGTGGAGATAT 1813
Query 1794 AAACAAAGCAGAGAAGGTTTTCGGAAGTAAGCTATACAGCGAGTTGCCTCTCTCCAATGC 1853
||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1814 AAACAAAGCAGAGAAGGTTTTTGGAAGTAAGTTATACAGCGAGTTGCCTCTCTACAATGC 1873
Query 1854 CATGATCTCGGCGTATGCATTATATGGTAACTTAAAAGAAGCAATCGCTCTATACAGAAG 1913
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874 CATGATCTCGGCGTATGCGTTATATGGTAAGTTAAAAGAAGCAATCGCTCTATACAGAAG 1933
Query 1914 CTTAGAAGGTGTAGGTCTTAAACCAGACAACATCACAATCACAAATGTCTTATCAGCATG 1973
||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934 CTTAGAAGGCGTGGGTCTTAAACCAGACAACATAACAATCACAAATGTCTTATCAGCATG 1993
Query 1974 TAACCACGCAGGGGATATTAACCAGGCTATCGAGATTTTCACTGATATCGTTTCAAAGCG 2033
|||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||| || |||||||| |
Sbjct 1994 TAACCACGTAGGGGATAATAACCAAGCTACCGAGATTGTCACTGAGATGGTTTCAAAACA 2053
Query 2034 TAGTATGAAACCATGCTTGGAACATTATGGACTTATGGTAGATCTTCTTGCATCAGCTGG 2093
| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2054 TGGCATGAAACCATGCTTGGAACATTATGGACTGATGGTAGATCTTCTTGCATCAGCTGG 2113
Query 2094 AGAAACAGAAAAAGCTTTAAGGTTAATCGAGGAAATGCCATTCAAGCCAGATGCACGAAT 2153
||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2114 AGAAACAGACAAGGCATTAAGGTTAATCGAGGAAATGCCATACAAGCCAGATGCACGAAT 2173
Query 2154 GATCCAATCTTTGGTTGCTTCTTGCAACAAACAGCGTAAGACTGAGCTTGTGGACTACTT 2213
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2174 GATCCAATCTTTGGTTGCTTCTTGCAACAAGCAGCATAAGACAGAGCTTGTAGACTACTT 2233
Query 2214 ATCAAGGAAATTGCTTGAATCCGAGCCTGAAAACTCCGGTAACTATGTGACGATATCGAA 2273
||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2234 ATCAAGGCAATTGATCGAATCCGAGCCTGACAACTCTGGTAATTACGTGACGATATCGAA 2293
Query 2274 TGCTTATGCGGTTGAAGGAAGTTGGGATGAAGTTGTGAAGATGAGAGAGATGATGAAAGC 2333
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2294 TGCTTATGCAGTTGAAGGAAGTTGGGATGAAGTTGTGAAGATGAGAGAGATAATGAAAGC 2353
Query 2334 TAAGGGTTTGAAGAAAAAACCTGGATGTAGTTGGATACAGATTACAGGAGAAGAAGGAGT 2393
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |||
Sbjct 2354 TAAAGGTTTGAAGAAAAAGCCTGGATGTAGTTGGATTCAGATTAAAGGAGAAG--G-AGT 2410
Query 2394 CCATGTGTTTGTTGCCAATGATAAGACACATACTAGGATCAATGAGATACAAATGATGTT 2453
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2411 CCATGTGTTTGTTGCTAATGATAAGACACATATTAGGATCAATGAGATACAAAGGATTTT 2470
Query 2454 AGCATTGTTATTATATGATATG 2475
|||||||||| |||||||||||
Sbjct 2471 AGCATTGTTACTATATGATATG 2492
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93968634415
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5