BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G56310.1
Length=2062
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg950288 jgi|Araly1|950288|scaffold_802175.1 2396 0.0
> Ahg950288 jgi|Araly1|950288|scaffold_802175.1
Length=1636
Score = 2396 bits (1297), Expect = 0.0
Identities = 1514/1618 (94%), Gaps = 17/1618 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAGAGAATGATTCAGAGAATCAATGCCTTGAGCTTAAGCTCTGGTCTAAATTGGTTCGTT 60
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 15 AAGAGAATGATACAGAGAATCAATGCCTTGAGCTTAAGTTCTGGTCTAAATTGGTTCGTT 74
Query 61 ACCTCAT-TGAAAATCCATGGAA-ATAACCTCAAAACATTAAAGCAATCTCATTGTTACA 118
||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 75 ACCTC-TCTGAAAATCCATGGAACA-AACCTCAAAACATTAAAGCAATCTCATTGTTTCA 132
Query 119 TGATCATAACCGGTTTAAACAGAGACAACCTCAACGTTGCCAAATTCATCGAAGCATGTT 178
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 133 TGATCATAACCGGTTTAAACCGAGACAATCTCAACGTTGCCAAATTCATAGAAGCATGTT 192
Query 179 CAAATGCAGGACATCTCCGATATGCTTACTCTGTATTCACCCACCAGCCATGTCCCAATA 238
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 193 CCAATGCAGGACATCTCCGATATGCTTACTCTGTATTTACCCATCAGCCATTTCCCAATA 252
Query 239 CTTATCTCCACAACACCATGATTAGAGCTTTGTCTCTCCTCGACGAACCCAATGCGCATT 298
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |
Sbjct 253 CTTATCTGCACAACACCATGATTAGAGCTTTGTCTCTCGTCGACGAACGGAATGCGCACT 312
Query 299 CGATTGCGATCACGGTTTATAGAAAGTTATGGGCTTTGTGTGCTAAGCCTGACACGTTTA 358
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 313 CGATTGCGATCACGGTTTATAGAAAGTTCTGGGCTTTTTGCGCTAAGCCTGACACGTTTA 372
Query 359 CTTTCCCGTTTGTGTTGAAGATTGCTGTTAGGGTTTCTGATGTTTGGTTTGGGAGACAGA 418
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 373 CTTTCCCGTTTGTGTTGAAGATTGTTGTTCGGGTTTCTGATGTTTGGTTTGGGAGACAGG 432
Query 419 TTCATGGACAAGTTGTGGTTTTTGGGTTTGATTCGAGCGTTCATGTTGTAACAGGTTTGA 478
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 433 TTCATGGGCAAACAGTGGTTTTTGGGTTTGATTCGAGTTTTCATGTTGTGACAGGTTTGA 492
Query 479 TTCAGATGTATTTTTCGTGTGGTGGTTTGGGAGATGCACGTAAGATGTTCGATGAAATGC 538
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 493 TTCAGATGTATTCGTCGTGTGGTGGTTTGAGAGATGCACGTAAGGTGTTCGATGAAATGC 552
Query 539 TTGTCAAGGATGTGAATGTTTGGAATGCGTTGTTAGCAGGGTATGGGAAAGTTGGTGAGA 598
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 553 GTGTCAGGGATGTGAATGTTTGGAATGCGTTATTAGCAGGGTATGGGAAAGTGGGTGAGA 612
Query 599 TGGATGAAGCTAGGAGTTTGCTTGAGATGATGCCTTGTTGGGTAAGGAATG-AGGTTTCT 657
|||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||
Sbjct 613 TGGATGAAGCTAGGGGTTTGCTGGAGATGATGCCTTGTTGGGTAAGAAATGCA-GTTTCT 671
Query 658 TGGACTTGTGTGATCTCTGGATATGCGAAAAGTGGACGAGCTAGCGAAGCTATTGAAGTG 717
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 672 TGGACTTGTGTGATCTCTGGATATGCGAGGAGTGGACGAGCTAGCGAAGCTATTGAAGTG 731
Query 718 TTTCAGAGAATGCTGATGGAGAATGTTGAGCCTGATGAAGTTACGCTTTTGGCTGTGCTC 777
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 732 TTTCAGAGAATGCTGATGGAAAATGTTGACCCTGATGAAGTTACGCTTTTGGCTGTTCTC 791
Query 778 TCAGCTTGTGCTGATCTTGGTTCACTTGAATTGGGTGAAAGAATATGTAGCTATGTTGAT 837
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 792 TCCGCTTGTGCTGATCTTGGTTCACTTGAATTGGGTGAAAGAATATGTAGCTACGTTGAT 851
Query 838 CACCGAGGGATGAACAGAGCGGTTTCATTGAACAATGCGGTCATTGATATGTATGCGAAA 897
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 852 CACCGAGGGATGAACAGAGCGGTTTCGTTGAACAATGCAGTCATTGATATGTATGCGAAA 911
Query 898 TCAGGGAATATAACAAAGGCGTTGGATGTGTTTGAGTGTGTTAATGAGAGAAATGTTGTT 957
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 912 TCAGGGAATATAACAAAGGCGTTGGAGGTGTTTGAGAGTGTTAATGAGAGAAATGTGGTT 971
Query 958 ACTTGGACGACTATAATCGCAGGGCTAGCTACGCACGGGCACGGAGCTGAAGCCTTAGCG 1017
|||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 972 ACTTGGACTACTATAATAACTGGGCTAGCTACGCACGGGCACGGAGCTGAAGCCTTGGTG 1031
Query 1018 ATGTTTAACCGTATGGTTAAAGCTGGCGTGAGACCGAACGATGTTACTTTCATTGCAATC 1077
|||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 ATGTTTGACCGTATGGTTAAAGCTGGTGTGAAACCTAACGATGTTACTTTCATTGCAATC 1091
Query 1078 CTTTCAGCTTGCAGTCATGTCGGTTGGGTTGATCTTGGAAAAC-GTTTGTTTAACTCAAT 1136
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1092 CTTTCAGCTTGCAGTCATGTCGGTTGGGTCGATCTTGGAAAACGGTTT-TTTAACTCAAT 1150
Query 1137 GAGATCGAAATACGGGATTCATCCAAACATTGAGCATTACGGATGCATGATTGATTTGCT 1196
||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 GAGATCGAAGTACGGGATTAATCCGAACATTGAGCATTACGGATGCATGATTGATTTGCT 1210
Query 1197 AGGACGAGCAGGTAAACTCCGAGAGGCGGATGAAGTTATTAAAAGCATGCCCTTTAAGGC 1256
|||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1211 AGGACGAGCAGGTAAACTTCGAGAAGCGGAAGAAGTTATTAAAAGCATGCCCTTTGAGTC 1270
Query 1257 CAATGCTGCAATATGGGGATCTCTTCTTGCTGCTTCAAATGTTCATCATGATCTTGA-GC 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1271 TAATGCTGCAATATGGGGATCTCTTCTTGCTGCTTCAAATGTTCATCATGATATTGATG- 1329
Query 1316 TTGGAGAAAGAGCTTTGA-GTGAGCTGATTAAGTTAGAACCGAATAACAGCGGTAACTAT 1374
|||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 TTGGAGAAAGAGCTTT-ATATCAGCTGATTAAGCTAGAACCGAATAACAGCGGTAACTAT 1388
Query 1375 ATGCTTTTAGCTAATTTATACTCGAATTTAGGAAGGTGGGATGAGTCGAGGATGATGAGG 1434
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 ATGCTTTTAGCTAATTTATACTCGAATTTAGGGAGGTGGGATGAGTCGAGGATGATGAGG 1448
Query 1435 AACATGATGAAAGGGATTGGTGTGAAGAAGA-TGGCTGGTGAAAGCTCCATAGAAGTTGA 1493
|| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 AAGATGATTAAAGGGATTGGTGTGAAGAA-ACTGGCTGGTGAAAGCTCCATAGAAGTTGA 1507
Query 1494 AAACAGAGTATACAAATTCATTTCAGGGGATCTTACGCATCCTCAAGTCGAAAGGATTCA 1553
|||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1508 AAACAGAGTATATAAATTCATCTCAGGGGATCTTTCGCATCCTCAAGTCGAAAAGATTCA 1567
Query 1554 TGAAATTCTACAAGAGATGGATTTGCAAATACAGAGCAA--A-GTTTGAGaaaaaaaa 1608
|||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||| | ||||
Sbjct 1568 TGAACTTCTACAAGAGATGGATTTGCAGATACAAAGCAATGAAGTTTGAGATATAAAA 1625
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77551738820
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5