BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G56510.1 Length=1791 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg495741 jgi|Araly1|495741|fgenesh2_kg.8__1557__AT5G56510.1 2833 0.0 > Ahg495741 jgi|Araly1|495741|fgenesh2_kg.8__1557__AT5G56510.1 Length=1795 Score = 2833 bits (1534), Expect = 0.0 Identities = 1710/1796 (95%), Gaps = 8/1796 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGATCAGAGAAGAGGAAATGAGCTTGATGAATTTGAGAAGCTTCTAGGAGAGATTCCA 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1 ATGGATCAGAGAAGAGGAAATGAGCTTGATGAATTTGAGAAGCTTCTTGGAGAGATTCCA 60 Query 61 AAAGTTACTTCAGGAAACGACTATAACCATTTCCCTATATGTTTGAGCTCAAGCAG---A 117 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | Sbjct 61 AAAGTTACTTCAGGAAACGACTATAACCATTTCCCTATATGTATGAGCTCAAGCAGATCA 120 Query 118 TCACAATCCATCAAGAAGGTTGATCAATATCTTCCTGATGACCGTGCCTTTACCACTTCA 177 |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 121 TCACAATCCATCAAGAAGATGGATCAATATCTTCCTGATGACCGCGCTTTTACCACTTCA 180 Query 178 TTTTCCGAGGCTAACTTACACTTTGGAATCCCAAATCACA-CTCCAGAGTCTCCCCATCC 236 ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| || ||||||||||| Sbjct 181 TTTGCTGAGGCTAACTTACACTTTGGAATCCCAAACCA-AGCTCCTGAATCTCCCCATCC 239 Query 237 TTTGTTCATTAACCCTTCTTACCACTCACCAAGTAACTCACCTTGTGTATATGACAAGTT 296 |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| Sbjct 240 TTTGTTCATTAATCCTACTTACCACTCACCAAGTAGCTCACCATGTGTATATGACAAGTT 299 Query 297 TGATTCAAGAAAACTCGATCCGGTAATGTTCAGGAAGCTGCAACAAGTTGGATACCTTCC 356 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| Sbjct 300 TGATTCAAGAAAACTTGATCCGGTAATGTTCAGGAAGCTGCAACAAGTTGGATGCTTTCC 359 Query 357 AAACTTGTCTTCAGGGATCTCACCTGCTCAGCGGCAGCATTACCTGCCACATTCGCAGCC 416 |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 360 AAACTTCTCTTCCGGGATCTCACCTGCTCAGCCGCAGCATTACCTGCCACATTCGCAGTC 419 Query 417 TCTGTCTCACTATCAATCACCTATGACTTGGAGGGATATCGAAGAAGAAAATTTTCAGAG 476 |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 420 TCTGTCTCACTATCAATCTCCTATGAATTGGAGGAATATGGAAGAGGAAAATTTTCAGAG 479 Query 477 GCTTAAACTTCAAGAAGAACAGTATTTGTCTATTAACCCTCATTTCCTCCATCTTCAGAG 536 ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | Sbjct 480 GCTTAAACTGCAAGAAGAACAGTATTTGTCTATGAACCCTCATTTCCTTCATCTTCAGGG 539 Query 537 CATGGATACTGTTCCAAGACAGGACCATTTCGATTATCGCCGAGCTGAACAGTCTAACAG 596 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 CATGGATACTGTTCCAAGACAGGAGCATTTCGATTATCGCCGAGCTGAACAGTCTAACAG 599 Query 597 AAACTTGTTTTGGAATGGAGAAGATGGTAATGAAAGTGTGAGGAAAATGTGCTATCCGGA 656 |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 600 AAACCTGTTTTGGAATGGGGAAGATGGTAATGAAAGTGTGAGGAAAATGTGTTATCCGGA 659 Query 657 GAAGATTTTAATGAGATCACAGATGGATTTGAACACTGCTAAAGTCATAAAGTATGGTGC 716 ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 GAAGATTTTGATGAGATCACAGCTCGATTTGAACACTGCTAAAGTCATAAAGTATGGTGC 719 Query 717 TGGAGATGAGTCACAAAATGGAAGACTTTGGTTGCAGAATCAACTCAATGAAG---ATCT 773 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 720 TGGAGATGATTCACAAAATGGAAGACTTTGGTTGCAGAATCAACTCAATGAAGATCATCT 779 Query 774 CACAATGAGTCTCAATAATCTGTCATTGCAGCCTCAAAAGTATAACTCTATTGCAGAGGC 833 ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 780 CACAATGAGCCTCAACAATCTGTCATTGCAGCCTCAAAAGTATAACTCTCTTGCAGAGGC 839 Query 834 AAGAGGGAAGATATACTACTTGGCCAAGGATCAGCACGGTTGTCGCTTCTTGCAGAGAAT 893 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 840 AAGAGGGAAGATATACTACTTGGCAAAGGATCAGCACGGTTGTCGCTTCTTGCAGAGGAT 899 Query 894 ATTTTCTGAGAAAGATGGGAATGATATAGAGATGATCTTTAATGAGATCATTGACTATAT 953 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 900 ATTTGCTGAGAAAGATGGGAATGATATAGAGATGATCTTTGATGAGATCATTGACTATAT 959 Query 954 CAGTGAGCTAATGATGGATCCTTTTGGGAACTATTTGGTTCAAAAGCTGCTAGAAGTATG 1013 ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 960 CAGTGAGCTTATGATAGATCCTTTTGGGAATTATTTGGTTCAAAAGCTGCTCGAAGTATG 1019 Query 1014 CAATGAGGATCAGAGGATGCAGATTGTTCATTCCATAACTAGAAAACCAGGACTGCTTAT 1073 ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1020 CAACGAGGATCAGAGAATGCAGATTGTTCATTCCATAACTAGAAAACCAGGACTGCTAAT 1079 Query 1074 CAAAATCTCTTGTGATATGCACGGGACTAGAGCTGTTCAAAAGATAGTTGAAACGGCTAA 1133 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1080 CAAAATCTCTTGTGATATGCACGGGACTAGAGCTGTTCAAAAGATCGTTGAAACGGCTAA 1139 Query 1134 GAGAGAGGAGGAGATTTCAATCATCATTTCTGCTTTGAAGCATGGCATTGTGCATTTGAT 1193 ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1140 GAGGGAAGAGGAGATTTCAATCATCATTTCTGCTTTGAAGCATGGCATTGTGAATTTGAT 1199 Query 1194 AAAGAATGTAAACGGTAATCACGTTGTACAACGATGTTTGCAGTATCTGTTACCTTACTG 1253 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| Sbjct 1200 AAAGAATGTAAACGGTAATCACGTTGTTCAACGATGCTTGCAGTATCTATTACCTCACTG 1259 Query 1254 CGGAAAGTTCCTTTTCGAAGCTGCGATTACTCATTGTGTTGAGCTTGCAACTGATAGACA 1313 ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| Sbjct 1260 CGGCAAGTTCCTTTTCGAAGCTGCCATTACTCATTGTGTTGACCTTGCAACTGATCGACA 1319 Query 1314 TGGATGTTGTGTACTTCAAAAATGTCTTGGATATTCAGAAGGCGAACAAAAGCAACATTT 1373 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || Sbjct 1320 TGGATGTTGTGTACTTCAAAAATGTCTTGGCTATTCCGAAGGCGAACAAAAGCAACACTT 1379 Query 1374 AGTCTCTGAAATTGCGTCCAATGCTCTACTCCTCTCTCAAGATCCTTTTGGGAACTATGT 1433 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1380 AGTCTCTGAAATTGCGTCAAATGCTCTACTCCTCTCTCAAGACCCTTTTGGGAACTATGT 1439 Query 1434 ACTTCAATATGTCTTTGAGCTTCAACTTCAATGGGCAACCTTTGAAATCCTGGAGCAATT 1493 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1440 TCTTCAATATGTCTTTGAGCTTCAACTTCAATGGGCAACCTTTGAAATCCTCGAGCAATT 1499 Query 1494 AGAAGGAAACTACACCGAGTTATCGATGCAGAAATGTAGCAGCAATGTAGTTGAAAAGTG 1553 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1500 AGAAGGAAACTACACCGAGTTATCGATGCAGAAATGTAGCAGCAATGTAGTTGAAAAGTG 1559 Query 1554 TCTGAAACTAGCTGATGACAAACACCGAGCTCGCATCATCAGAGAATTGATTAACTATGG 1613 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1560 TCTGAAACTAGCTGATGACAAACACCGAGCTCGCATCATCCGAGAATTGATTAACTATGG 1619 Query 1614 TCGTCTTGATCAAGTGATGTTGGATCCTTATGGAAATTATGTCATTCAAGCAGCTCTTAA 1673 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1620 TCGTCTTGATCAAGTTATGTTGGATCCTTATGGAAATTATGTCATTCAAGCAGCTCTTAG 1679 Query 1674 ACAATCCAAGGGGAATGTTCATGCTCTTTTGGTTGATGCCATTAAACTGAATATCTCATC 1733 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1680 ACAATCTAAGGGGAATGTTCATGCTCTTTTGGTTGATGCCATTAAACTTCATATCTCATC 1739 Query 1734 TCTTCGTACCAATCCTTACGGTAAAAAAGTCCTCTCCGCACTTAGCTCGAAGAAGT 1789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1740 TCTTCGTACCAATCCTTACGGTAAAAAAGTCCTCTCCGCACTTAGCTCGAAGAAGT 1795 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 67229282425 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5