BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G56510.1
Length=1791
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495741 jgi|Araly1|495741|fgenesh2_kg.8__1557__AT5G56510.1 2833 0.0
> Ahg495741 jgi|Araly1|495741|fgenesh2_kg.8__1557__AT5G56510.1
Length=1795
Score = 2833 bits (1534), Expect = 0.0
Identities = 1710/1796 (95%), Gaps = 8/1796 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATCAGAGAAGAGGAAATGAGCTTGATGAATTTGAGAAGCTTCTAGGAGAGATTCCA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATCAGAGAAGAGGAAATGAGCTTGATGAATTTGAGAAGCTTCTTGGAGAGATTCCA 60
Query 61 AAAGTTACTTCAGGAAACGACTATAACCATTTCCCTATATGTTTGAGCTCAAGCAG---A 117
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 61 AAAGTTACTTCAGGAAACGACTATAACCATTTCCCTATATGTATGAGCTCAAGCAGATCA 120
Query 118 TCACAATCCATCAAGAAGGTTGATCAATATCTTCCTGATGACCGTGCCTTTACCACTTCA 177
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 121 TCACAATCCATCAAGAAGATGGATCAATATCTTCCTGATGACCGCGCTTTTACCACTTCA 180
Query 178 TTTTCCGAGGCTAACTTACACTTTGGAATCCCAAATCACA-CTCCAGAGTCTCCCCATCC 236
||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| || |||||||||||
Sbjct 181 TTTGCTGAGGCTAACTTACACTTTGGAATCCCAAACCA-AGCTCCTGAATCTCCCCATCC 239
Query 237 TTTGTTCATTAACCCTTCTTACCACTCACCAAGTAACTCACCTTGTGTATATGACAAGTT 296
|||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 240 TTTGTTCATTAATCCTACTTACCACTCACCAAGTAGCTCACCATGTGTATATGACAAGTT 299
Query 297 TGATTCAAGAAAACTCGATCCGGTAATGTTCAGGAAGCTGCAACAAGTTGGATACCTTCC 356
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 300 TGATTCAAGAAAACTTGATCCGGTAATGTTCAGGAAGCTGCAACAAGTTGGATGCTTTCC 359
Query 357 AAACTTGTCTTCAGGGATCTCACCTGCTCAGCGGCAGCATTACCTGCCACATTCGCAGCC 416
|||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 360 AAACTTCTCTTCCGGGATCTCACCTGCTCAGCCGCAGCATTACCTGCCACATTCGCAGTC 419
Query 417 TCTGTCTCACTATCAATCACCTATGACTTGGAGGGATATCGAAGAAGAAAATTTTCAGAG 476
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 420 TCTGTCTCACTATCAATCTCCTATGAATTGGAGGAATATGGAAGAGGAAAATTTTCAGAG 479
Query 477 GCTTAAACTTCAAGAAGAACAGTATTTGTCTATTAACCCTCATTTCCTCCATCTTCAGAG 536
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 480 GCTTAAACTGCAAGAAGAACAGTATTTGTCTATGAACCCTCATTTCCTTCATCTTCAGGG 539
Query 537 CATGGATACTGTTCCAAGACAGGACCATTTCGATTATCGCCGAGCTGAACAGTCTAACAG 596
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CATGGATACTGTTCCAAGACAGGAGCATTTCGATTATCGCCGAGCTGAACAGTCTAACAG 599
Query 597 AAACTTGTTTTGGAATGGAGAAGATGGTAATGAAAGTGTGAGGAAAATGTGCTATCCGGA 656
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 600 AAACCTGTTTTGGAATGGGGAAGATGGTAATGAAAGTGTGAGGAAAATGTGTTATCCGGA 659
Query 657 GAAGATTTTAATGAGATCACAGATGGATTTGAACACTGCTAAAGTCATAAAGTATGGTGC 716
||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GAAGATTTTGATGAGATCACAGCTCGATTTGAACACTGCTAAAGTCATAAAGTATGGTGC 719
Query 717 TGGAGATGAGTCACAAAATGGAAGACTTTGGTTGCAGAATCAACTCAATGAAG---ATCT 773
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 720 TGGAGATGATTCACAAAATGGAAGACTTTGGTTGCAGAATCAACTCAATGAAGATCATCT 779
Query 774 CACAATGAGTCTCAATAATCTGTCATTGCAGCCTCAAAAGTATAACTCTATTGCAGAGGC 833
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 780 CACAATGAGCCTCAACAATCTGTCATTGCAGCCTCAAAAGTATAACTCTCTTGCAGAGGC 839
Query 834 AAGAGGGAAGATATACTACTTGGCCAAGGATCAGCACGGTTGTCGCTTCTTGCAGAGAAT 893
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 840 AAGAGGGAAGATATACTACTTGGCAAAGGATCAGCACGGTTGTCGCTTCTTGCAGAGGAT 899
Query 894 ATTTTCTGAGAAAGATGGGAATGATATAGAGATGATCTTTAATGAGATCATTGACTATAT 953
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 900 ATTTGCTGAGAAAGATGGGAATGATATAGAGATGATCTTTGATGAGATCATTGACTATAT 959
Query 954 CAGTGAGCTAATGATGGATCCTTTTGGGAACTATTTGGTTCAAAAGCTGCTAGAAGTATG 1013
||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 960 CAGTGAGCTTATGATAGATCCTTTTGGGAATTATTTGGTTCAAAAGCTGCTCGAAGTATG 1019
Query 1014 CAATGAGGATCAGAGGATGCAGATTGTTCATTCCATAACTAGAAAACCAGGACTGCTTAT 1073
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1020 CAACGAGGATCAGAGAATGCAGATTGTTCATTCCATAACTAGAAAACCAGGACTGCTAAT 1079
Query 1074 CAAAATCTCTTGTGATATGCACGGGACTAGAGCTGTTCAAAAGATAGTTGAAACGGCTAA 1133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1080 CAAAATCTCTTGTGATATGCACGGGACTAGAGCTGTTCAAAAGATCGTTGAAACGGCTAA 1139
Query 1134 GAGAGAGGAGGAGATTTCAATCATCATTTCTGCTTTGAAGCATGGCATTGTGCATTTGAT 1193
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1140 GAGGGAAGAGGAGATTTCAATCATCATTTCTGCTTTGAAGCATGGCATTGTGAATTTGAT 1199
Query 1194 AAAGAATGTAAACGGTAATCACGTTGTACAACGATGTTTGCAGTATCTGTTACCTTACTG 1253
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 1200 AAAGAATGTAAACGGTAATCACGTTGTTCAACGATGCTTGCAGTATCTATTACCTCACTG 1259
Query 1254 CGGAAAGTTCCTTTTCGAAGCTGCGATTACTCATTGTGTTGAGCTTGCAACTGATAGACA 1313
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1260 CGGCAAGTTCCTTTTCGAAGCTGCCATTACTCATTGTGTTGACCTTGCAACTGATCGACA 1319
Query 1314 TGGATGTTGTGTACTTCAAAAATGTCTTGGATATTCAGAAGGCGAACAAAAGCAACATTT 1373
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1320 TGGATGTTGTGTACTTCAAAAATGTCTTGGCTATTCCGAAGGCGAACAAAAGCAACACTT 1379
Query 1374 AGTCTCTGAAATTGCGTCCAATGCTCTACTCCTCTCTCAAGATCCTTTTGGGAACTATGT 1433
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1380 AGTCTCTGAAATTGCGTCAAATGCTCTACTCCTCTCTCAAGACCCTTTTGGGAACTATGT 1439
Query 1434 ACTTCAATATGTCTTTGAGCTTCAACTTCAATGGGCAACCTTTGAAATCCTGGAGCAATT 1493
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1440 TCTTCAATATGTCTTTGAGCTTCAACTTCAATGGGCAACCTTTGAAATCCTCGAGCAATT 1499
Query 1494 AGAAGGAAACTACACCGAGTTATCGATGCAGAAATGTAGCAGCAATGTAGTTGAAAAGTG 1553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AGAAGGAAACTACACCGAGTTATCGATGCAGAAATGTAGCAGCAATGTAGTTGAAAAGTG 1559
Query 1554 TCTGAAACTAGCTGATGACAAACACCGAGCTCGCATCATCAGAGAATTGATTAACTATGG 1613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TCTGAAACTAGCTGATGACAAACACCGAGCTCGCATCATCCGAGAATTGATTAACTATGG 1619
Query 1614 TCGTCTTGATCAAGTGATGTTGGATCCTTATGGAAATTATGTCATTCAAGCAGCTCTTAA 1673
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCGTCTTGATCAAGTTATGTTGGATCCTTATGGAAATTATGTCATTCAAGCAGCTCTTAG 1679
Query 1674 ACAATCCAAGGGGAATGTTCATGCTCTTTTGGTTGATGCCATTAAACTGAATATCTCATC 1733
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1680 ACAATCTAAGGGGAATGTTCATGCTCTTTTGGTTGATGCCATTAAACTTCATATCTCATC 1739
Query 1734 TCTTCGTACCAATCCTTACGGTAAAAAAGTCCTCTCCGCACTTAGCTCGAAGAAGT 1789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TCTTCGTACCAATCCTTACGGTAAAAAAGTCCTCTCCGCACTTAGCTCGAAGAAGT 1795
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67229282425
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5