BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G56730.1
Length=2871
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495764 jgi|Araly1|495764|fgenesh2_kg.8__1580__AT5G56730.1 4706 0.0
> Ahg495764 jgi|Araly1|495764|fgenesh2_kg.8__1580__AT5G56730.1
Length=2874
Score = 4706 bits (2548), Expect = 0.0
Identities = 2766/2874 (96%), Gaps = 3/2874 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATTTGATAGCGGGAGAGAGCTCGAAGGTGTTGAGGAAACAAGGTTTCAGGTCGCTG 60
|||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATTTGATAGCGGGAGAGAGCACCAAGGTCTTGAGGAAACAAGGTTTCAGGTCGCTG 60
Query 61 AAACTGATGAGTGTGGACATGGAACAAGAACTCGGTAACGAGCTTGAGCCATTCGGGGCT 120
||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 61 AAAATGGTGAGTGTGGACATGGAACAAGAGCTCGGTAACGAGCCTGAGCCATTCGGTGCT 120
Query 121 GATTATGGAAGACTCGATAATGGTCTCATCTACTATGTTCGCCGGAACTCCAAACCAAGA 180
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 GATTATGGAAGACTAGATAATGGTCTCGTCTACTATGTTCGCCGAAACTCCAAACCAAGA 180
Query 181 ATGAGAGCCGCTCTAGCTCTCGCCGTTAAAGTCGGTTCAGTTTTGGAAGAGGAGGATCAG 240
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATGAGAGCCGCTCTAGCTCTGGCCGTTAAAGTCGGTTCAGTTTTGGAAGAGGAGGATCAG 240
Query 241 CGTGGAGTTGCTCATATAGTAGAGCATCTTGCATTTAGTGCTACAACGAGATATACAAAT 300
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CGTGGAGTTGCTCATATTGTGGAGCATCTTGCATTTAGTGCTACAACGAGATATACAAAT 300
Query 301 CATGATATTGTCAAGTTCTTAGAGAGCATTGGAGCAGAGTTTGGGCCCTGTCAAAACGCA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CATGATATTGTCAAGTTCTTAGAGAGCATTGGAGCAGAGTTTGGGCCCTGTCAAAACGCA 360
Query 361 ATGACTACAGCGGATGAGACTATTTATGAATTGTTTGTCCCTGTTGATAAGCCTGAATTG 420
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGACCACAGCGGATGAGACTATTTATGAATTGTTTGTCCCTGTTGATAAGCCTGAATTG 420
Query 421 TTATCTCAGGCTATTTCCATTTTAGCAGAGTTTAGCTCCGAGATTCGAGTCTCAAAGGAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 421 CTATCTCAGGCTATTTCCATTTTAGCAGAGTTTAGCTCTGAGATTCGAGTCTCAAATGAA 480
Query 481 GATTTAGAGAAAGAAAGAGGGGCTGTTATGGAAGAATACCGAGGGAATCGGAATGCTACT 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 481 GATTTAGAGAAAGAAAGAGGGGCTGTTATGGAAGAATACCGAGGGAATCGAAATGCTACT 540
Query 541 GGAAGGATGCAAGATTCACATTGGCAGCTGATGATGGAAGGTTCAAAGTATGCTGAACGT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 541 GGAAGGATGCAAGATTCACATTGGCAGCTGATGATGGAAGGTTCTAAGTATGCTGAACGT 600
Query 601 TTACCCATTGGGTTGGAGAAAGTGATTCGATCTGTTCCTGCTGCAACTGTGAAGCAATTT 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 601 TTACCCATTGGGTTGGAGAAAGTGATTCGATCTGTTCCTGCTGCAACTGTTAAGCAATTT 660
Query 661 TACCAGAAGTGGTATCATTTATGCAATATGGCAGTTGTGGCTGTTGGAGATTTTCCAGAT 720
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TACCAGAAATGGTATCATTTATGCAATATGGCTGTTGTGGCTGTTGGAGATTTTCCAGAT 720
Query 721 ACAAAGACTGTAGTTGATTTGATAAAGACACATTTTGAGGATAAAAGATCAAGTAGCGAG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ACAAAGACTGTAGTTGATTTGATAAAGACACATTTTGAGGATAAAAGATCAAGTAGCGAG 780
Query 781 CCTCCACAGATACCAGTGTTTCCTGTTCCTTCTCATGAAGAGACGCGGTTTTCTTGCTTT 840
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 781 CCTCCAGAGATACCAGTATTTCCTGTTCCTTCTCATGAAGAAACACGGTTTTCTTGCTTC 840
Query 841 GTTGAGTCAGAGGCAGCTGGGTCTGCAGTAATGATCAGCTATAAGATGCCTGTAAGTGAT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GTTGAGTCAGAGGCAGCTGGGTCTGCAGTAATGATTAGCTATAAGATGCCTGTAAGTGAT 900
Query 901 CTGAAGACAGTGAAAGATTATAGGGATATGCTTGCAGAATCAATGTTTCTACATGCTCTA 960
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTGAAGATGGTGAAAGATTATAGGGATATGCTTGCAGAATCAATGTTTCTACATGCTCTT 960
Query 961 AACCAGAGACTCTTCAAAATATCTCGTAGGAAGGACCCTCCATTTTTTGCGTGTTCTGTT 1020
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AACCAGAGACTCTTCAAAATTTCTCGTAGAAAGGACCCCCCATTTTTTGCGTGTTCTGTT 1020
Query 1021 GCTGCTGATGTCCTGGTTGCTAGGGTACGCCTTCATGGGTTCTCAGAGCGTGAAATATCT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GCTGCTGATGTCCTGGTTGCTAGGGTACGCCTTCATGGGTTCTCAGAGCGTGAAATATCT 1080
Query 1081 GTTGTTCGGGCTCTCATGATGTCCGAGATTGAATCTGCTTATCTGGAACGCGATCAGGTC 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1081 GTTGTTCGGGCTCTCATGATGTCCGAGATTGAATCTGCTTATTTGGAACGCGATCAGGTC 1140
Query 1141 CAATCAACTAGCTTGCGGGATGAATATATACAGCATTTCCTTCACAAGGAACCTGTTATT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CAATCAACTAGCTTGCGGGATGAATATATACAGCATTTCCTTCACAAGGAACCTGTTATT 1200
Query 1201 GGGATTGAATACGAAGCACAACTTCAGAAGACTCTTCTACCCCAAATATCGGCGTCAGAT 1260
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGGATTGAATACGAGGCACAACTTCAGAAGACTCTTCTACCCCAAATATCGGCGTCAGAT 1260
Query 1261 GTGTCCAGATACTCTGAAAAGTTAAGAACATCATGCGGCTGTGTGATAAAATCAATGGAA 1320
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GTGTCCAAATACTCTGAAAAGTTAAGAACATCATGCGGTTGTGTGATAAAATCAATGGAA 1320
Query 1321 CCTAAATCTGCTGCTACTATTGATCATATGAGAAATGTTGTCTCAAAGGTTAATAGTCTG 1380
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CCTAAATCTGCTGCTACAATTGATGATATGAGAAATGTTGTCTCAAAGGTTAATAGTCTT 1380
Query 1381 GAAGAAGAAAAGATGATTGCTCCATGGGATGAGGAAAACATTCCAGAAGAAATTGTCAGT 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1381 GAAGAAGAAAAGATGATTGCTCCATGGGATGAGGAAAAAATTCCAGAAGAAGTTGTCAGT 1440
Query 1441 GAGAAGCCAACTCCAGGGGATATTACGCACCAGCTTGAATATCCAGAAGTTGGAGTTACA 1500
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1441 GAGAAGCCAACTCCAGGGTATATTACTCACCAGCTTGAATATCCAGAAGTTGGGGTTACA 1500
Query 1501 GAATTGACATTATCAAATGGAATGCAAGTTTGCTACAAGTCCACAGACTTCTTGGACGAT 1560
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1501 GAATTAACATTATCAAATGGAATGCAAGTTTGCTACAAGTCCACTGACTTCTTGGACGAT 1560
Query 1561 CAGGTTCTTTTTACCGGGTTCTCATATGGAGGACTATCTGAACTCCCCGAGAGTGATTAC 1620
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1561 CAGATTCTTTTTACCGGGTTCTCATATGGAGGACTATCTGAACTCCCTGAGAGTGATTAC 1620
Query 1621 ATTTCATGTTCAATGGGATCAACAATTGCTGGTGAAATTGGTATGTTTGGTTATAAGCCA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 ATTTCATGTTCAATGGGATCAACAATTGCTGGTGAAATTGGTATGTTTGGTTATAAGCCA 1680
Query 1681 TCAGTACTTATGGATATGCTTGCTGACCTTGAAACTGCTTTGCAGCTTGTATATCAACTT 1740
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 TCAATGCTTATGGATATGCTTGCTGACCTTGAAACTGCTTTGCAGCTTGTATATCAACTT 1740
Query 1741 TTCACTACAAACGTGATGCCACAAGAAGAAGAGGTTGGAATAGTGATGCAAATGGCTGAA 1800
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1741 TTCACTACAAACGTGATGCCACAAGAGGAAGAGGTTGGAATAGTGATGCAAATGGCAGAA 1800
Query 1801 GAATCAGTCCGTGCTCGAGAAAGAGACCCTTATACTGTCTTTGCTAACAGAGTGAAAGAA 1860
||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1801 GAAGCAGTCCGTGCTCGAGAAAGAGACCCTTACACTGTCTTTGCCAACAGAGTGAAGGAA 1860
Query 1861 CTGAATTATGGAAATTCATATTTCTTTAGGCCTATTCGGATTAGTGAACTCAGAAAAGTT 1920
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1861 CTCAATTATGGAAATTCATATTTCTTTAGGCCGATTCGGATTAGTGAGCTCAGAAAAGTG 1920
Query 1921 GACCCGTTGAAGGCATGCGAATACTTCAACAGTTGCTTTAGGGATCCATCAACTTTCACA 1980
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GACCCGTTGAAGGCTTGCGAATACTTCAACAGTTGCTTTAGGGATCCATCAACTTTCACA 1980
Query 1981 GTTGTGATTGTAGGGAACCTTGATCCTACTATCGCGCTTCCTCTAATTCTTCAGTATCTG 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1981 GTTGTGATTGTAGGGAACCTTGATCCTACTATCGCACTTCCTCTAATTCTTCAGTATTTG 2040
Query 2041 G---GCGGAATACCTAAGCCTCCTCAACCAGTTCTCAACTTCAACCGTGATGACCTCAAG 2097
| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 GTAAGTGGAATACCTAAGCCTCCTCAACCAGTTCTCAATTTCAACCGTGATGACCTCAAG 2100
Query 2098 GGCTTACCATTCACTTTCCCTACAAAGATAACAAAAGAATTTGTACGAAGTCCAATGGTG 2157
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 GGCTTACCATTCACTTTCCCTACGAAGATAACAAGAGAATTTGTACGAAGTCCAATGGTG 2160
Query 2158 GAAGCCCAGTGTTCAGTCCAGTTATGCTTTCCTGTCCAGTTAACAAATGGAACAATGATC 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 GAAGCCCAGTGTTCAGTCCAGTTATGCTTTCCTGTGCAGTTAACAAATGGAACAATGATC 2220
Query 2218 GAAGAAATCCACTGTATCGGCTTTTTAGGCAAACTCCTAGAGACCAAGATAATCCAGTTT 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GAAGAAATCCACTGTATCGGCTTTTTAGGCAAACTCCTAGAGACCAAGATAATCCAGTTT 2280
Query 2278 CTCAGGTTCGAGCACGGGCAGATTTATTCTGCTGAAGTCTCTGTGTTTCTTGGCGGGAAT 2337
|||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2281 CTCAGGTTTGAGCATGGGCAGATATATTCTGCTGAAGTCTCGGTGTTTCTTGGCGGGAAT 2340
Query 2338 AAACCTTCTAGAACTGCGGATTTACGTGGTGACATCAGTGTTAATTTTTCATGTGATCCA 2397
||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2341 AAACCATCTAGAACTGCAGATTTGCGTGGCGACATCAGTGTAAATTTTTCCTGTGATCCA 2400
Query 2398 GAAATCTCCTCTAAACTGGTTGATTTAGCTTTAGAAGAAATTGTACGGCTTCAAAAGGAA 2457
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2401 GAAATCTCCTCTAAACTGGTTGATTTAGCTTTAGAAGAAATTGTACGGCTTCAAGAGGAA 2460
Query 2458 GGCCCTTCACAGGAAGACATTTCAGCTATCCTTGAAATCGAACAAAGAGCTCATGAAAAT 2517
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2461 GGCCCTTCGCAGGAAGACATTTCAGCCATCCTTGAAATCGAACAAAGAGCTCACGAAAAT 2520
Query 2518 GGCATGCAGGAAAACTATTACTGGTTAGACAGGATTATACGTGGATATCAATCAAGGGTT 2577
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 GGCCTGCAGGAAAACTATTACTGGTTAGACAGGATTCTACGTGGATATCAATCAAGGGTT 2580
Query 2578 TACGCTGGCGATTTGGGCGCCTCTTGCAAGATTTTAGAAGAAGGGCGTTTGCGAATGAGA 2637
|| |||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 TATGCTGCCGATTTAGGCGCTTCTTGTAAGATTTTAGAAGAAGGGCGTTTGCGAATGAGA 2640
Query 2638 GAGTCACTTGCACCACAAACAGCACAAGCTGCATTACAGCGAATCCTTCCTCACCCGTGC 2697
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 GAGTCACTTGCGCCACAAACAGCGCAAGCTGCATTACAGCGAATCCTTCCTCACCCGTGC 2700
Query 2698 AAGAAACAGTACACTGCTGTTATTCTCATGCCGCAGAGATCTCGTTTTGGATTTCTTTCA 2757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 AAGAAACAGTACACTGCTGTTATTCTCATGCCGCAGAGATCTCGTTTTGGATTTCTTTCA 2760
Query 2758 TCTATCTTTAGTTCACGATCCGAGGGCCCTTATATCCGTGATACCAAGATTTTGGCTGGC 2817
|||||||| | |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2761 TCTATCTTAAAATCACGATCCGAGACCCCTTACATCCGTGACACCAAGATTTTGGCGGGC 2820
Query 2818 ATTGCGGGATTGGGTGTTGTTGTTTTTGGCATCTGGAGATACTCTCGCAAGTAG 2871
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 GTTGCGGGTTTGGGTGTTCTTGTTTTTGGCATCTGGAGATACTCTCGCAAGTAG 2874
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108366747025
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5