BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G57250.1
Length=3576
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495822 jgi|Araly1|495822|fgenesh2_kg.8__1638__AT5G57250.1 5437 0.0
> Ahg495822 jgi|Araly1|495822|fgenesh2_kg.8__1638__AT5G57250.1
Length=3561
Score = 5437 bits (2944), Expect = 0.0
Identities = 3375/3583 (94%), Gaps = 29/3583 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGCTTTATCCTCGAACTTCTTCAGGACTCTTTTCTCTCCAATCTCTTCTCAAAAGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1 ATGAAGCTTTATCCTCGAACTTCTTCAGGACTCTTTTCTCTCCAATCCCTCCTCAAAAGC 60
Query 61 GGCTTCTCTCCAACGTTAAACTCTATCGACAGATTTCTTCGATATCTCTACCGTCTTCAG 120
||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 61 GGCTTCTCTCCGACTTTAAACTCCATCGACAGATTTCTTCGATATCTCTACCGTCGTCAG 120
Query 121 AAGTTTAATTGCATTCTTCAATTCTACTCTCAGCTAGATTCGAAGCAAATCAACATCAAT 180
|||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 121 AAGTTTCAGTGCATTCTTCAAATCTACTCTCAGCTAGATTCGAACCAAATCAACATCAAC 180
Query 181 CACCGGATTTACTCAATCGTTTCATGGGCATTTCTCAATTTGAATCGATACGAAGACGCA 240
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CACCGGATTTACTCAATCGTTTCATGGGCATTCCTCAATTTGAATCGATACGAAGACGCA 240
Query 241 GAGAAGTTTATCAACATC-CATATTTCAAAAGCTTCGATTTTTCCCAGGACCCATATGTT 299
|||||||||||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGAAGTTTATCAACA-CTCAGATATCAAAAGCTTCGATTTTTCCCAGGACCCATATGTT 299
Query 300 AGATTCTCTAATTCATGGATTTAGCATCACACGTGATGATCCAAGTAAGGGTC-TTCTGA 358
|||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||| |||||||| ||| ||
Sbjct 300 AGATTCTCTAATTCATGGGTTTAGCGTTACACGTAATGATCCAAATAAGGGTCTTTC-GA 358
Query 359 TTCTCCGAGATTGTTTACGGAATCACGGTGCGTTTCCTTCTTCCTTAACGTTCTGTTCAC 418
||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 359 TTCTCCGTGATTGTTTGCAGAATCACGGTGCGTTTCCTTCTTCCTTGACGTTCTGTTCAC 418
Query 419 TGATTTATCGGTTCGTTGAGAAAGGAGAGATGGATAATGCTATTGAGGTTTTAGAGATGA 478
| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TTACTTATCGGTTCGTTGCGAGAGGAGAGATGGATAATGCTATTGAGGTTTTAGAGATGA 478
Query 479 TGACGAACAAGAATGTAAATTACCCATTTGATAATTTCGTATGTAGTGCTGTGATTTCTG 538
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||
Sbjct 479 TGACGAACAAGAAAGTAAATTACCCATTTGATAATTTTGTTTCTAGTGCTGTGATTTCTG 538
Query 539 GGTTTTGTAAGATTGGTAAACCGGAACTTGCGTTAGGGTTTTTCGAAAGTGCTGTCGATT 598
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 539 GGTTTTGTAAGATTGGTAAACCGGAGCTTGCGTTAGGGTTTTTCGAAACTGCTGTGGATT 598
Query 599 CAGGTGTTCTAGTGCCGAACCTTGTAACTTATACTACGCTTGTGAGTGCTCTTTGTCAGT 658
|||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||
Sbjct 599 CAGGAGTTTTAGTGCCAAACCTTGTAACTTATACTGCGGTTGTGAGTGCTCTCTGTCAGT 658
Query 659 TAGGTAAGGTTGATGAAGTTAGGGATTTAGTTAGGAGATTGGAAGATGAAGGATTTGAGT 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TAGGTAAGGTTGATGAAGTTAGGGATTTAGTTAGGAGATTGGAAGATGAAGGATTTGAGT 718
Query 719 TTGACTGTGTGTTCTATAGTAATTGGATTCATGGGTACTTTAAGGGAGGTGCATTGGTGG 778
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 719 TTGACTGTGTTTTCTACAGTAATTGGATTCATGGGTGCTTTAAGGGAGGTGCATTAGTGG 778
Query 779 ATGCACTTATGCAGGACAGGGAAATGGTGGAGAAGGGAATGAATCGAGACGTTGTTAGCT 838
|||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||
Sbjct 779 ATGCACTTATGCAGGACAGGAAAATGGTAGAGAAGGGAATAAATCGAGATGTTGTGAGCT 838
Query 839 ATTCGATACTAATAGATGGGTTGTCGAAGGAGGGGAATGTTGAAGAAGCGTTGGGGTTAT 898
||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 839 ATTCGATACTAATAGATGGGTTGTCGAGGGAGGGAAATATTGAAAAAGCGTTGGGGTTAT 898
Query 899 TAGGGAAGATGATAAAGGAAGGAGTAGAGCCGAATTTGATTACTTATACAGCTATTATTA 958
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TAGGGAAGATGATAAAGGAAGGAATAGAGCCGAATTTGATTACTTATACAGCTATTATTA 958
Query 959 GGGGACTCTGCAAAATGGGTAAACTTGAAGAGGCATTTGTGTTGTTCAATAGAATTCTAA 1018
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 959 GGGGACTCTGCAAAAAGGGTAAACTTGAAGATGCATTTGTGTTGTTCGATAGAATTCTAA 1018
Query 1019 GTGTTGGAATCGAAGTGGATGAGTTTCTGTATGTGACTTTGATAGATGGAATTTGTAGGA 1078
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1019 GTTTTGGAATTGAAGTGGATGAGTTTCTGTATGTGACAATGATAGATGGAATATGTAAGA 1078
Query 1079 AAGGGAATTTGAATCGAGCTTTCTCTATGTTGGGGGATATGGAGCAGAGAGGGATACAAC 1138
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||
Sbjct 1079 AAGGAAATTTGAATCGAGCTTTCTCTATGTTGGGAGATATGGAGCAGCGAGGTATTCAAC 1138
Query 1139 CAAGCATTCTTACGTATAACACTGTGATTAATGGACTTTGCATGGCAGGGAGAGTGTCGG 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1139 CAAGCATTCTTACGTATAACACTGTGATTAATGGACTTTGCAGGGCAGGGAGAGTGTCGG 1198
Query 1199 AGGCAGATGA-AGTTTCAAAAGGAGTTGTGGGAGATGTCATTACTTATAGTACTTTATTG 1257
|||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AGGCGGATGATA-TTTCGAAAGGAGTTGTGGGAGATGTCATTACTTATAGTACTTTATTA 1257
Query 1258 GATAGTTATATAAAGGTGCAGAATATTGATGCTGTATTAGAGATTAGGCGTAGATTTTTA 1317
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 1258 GATAGTTATGTAAAGGTGGAGAATATTGATGCTGTATTAGAGATTAGGCGTAGGTTTGTA 1317
Query 1318 GAAGCTAAAATCCCTATGGACTTGGTTATGTGCAACATTCTCCTGAAAGCATTTCTATTG 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GAAGCTAAAATCCCTATGGACTTGGTTATGTGCAACATTCTCCTGAAAGCATTTCTATTG 1377
Query 1378 ATGGGTGCATATGGAGAAGCTGATGCACTTTACAGGGCAATGCCAGAAATGGATCTGACT 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1378 GTGGGTGCATATGGAGAAGCTGATGCACTTTACAGGGCAATGCCAGAAATGGGTCTGACT 1437
Query 1438 CCAGATACAGCCACATACGCAACGATGATTAAGGGGTATTGCAAAACGGGTCAAATCGAA 1497
||||| |||||||||||||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1438 CCAGACACAGCCACATACGCAACGATGACTGAGAGGTACTGCAAAACGGGTCAAATTGAA 1497
Query 1498 GAGGCACTTGAGATGTTTAATGAGTTGAGGAAAAGCTCAGTTTCTGCAGCTGTATGTTAT 1557
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1498 GATGCACTTGAGATGTTTAATGAGTTGAGGAAAAGCTCAGTTTCCGCAGCTGTATGTTAT 1557
Query 1558 AATCGCATTATTGATGCACTCTGCAAAAAAGGGATGCTGGACACAGCCACAGAAGTTCTT 1617
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 1558 AATCACATTATCGATGCACTCTGCAAAAAAGGGATGCTGGAAACAGCCATGGAAGTTCTT 1617
Query 1618 ATCGAGCTGTGGGAGAAAGGTTTATATTTGGACATCCATACATCTCGGACCTTGTTACAT 1677
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 ATCGAGTTGTGGGAGAAAGGTTTGTATTTGGACATCCGTACATCTCGGACCTTGTTACAT 1677
Query 1678 TCAATCCATGCTAACGGAGGTGACAAAGGAATACTCGGTTTGGTTTATGGACTGGAACAG 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1678 TCAATCCATGCTAACGGAGGTGACAAAGGAATACTCGATTTGGTTTATAAACTGGAACAG 1737
Query 1738 TTGAATTCAGATGTTTGTCTTGGGATGCTCAATGATGCTATCTTACTTTTATGCAAGAGA 1797
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1738 TTGAATTCAGATATTTGTCTTGGGATGCTCAATGATGCTATCTTGCTTTTATGCAATAGA 1797
Query 1798 GGTTCTTTCGAGGCAGCGATTGAAGTTTATATGATTATGAGGAGAAAAGGTTTAACTGTT 1857
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GGTTCTTTCGAGGCTGCGATTGAAGTTTATATGATTATGATGAGAAAAGGTTTAACTGTT 1857
Query 1858 ACTTTCCCTTCTACAATTCTAAAAACACTAGTGGACAATCTCAGATCATTGGATGCTTAT 1917
||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 ACTTTTCCTTCTACGATTCTAAAAACTCTAGTGGACAATCTCAGATCATTGGATGCTTAT 1917
Query 1918 CTACTCGTTGTTAATGCTGGAGAAACTACTCTGTCTTCAATGGATGTGATCGATTACACA 1977
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 CTACTCGTTGTTATTGCTGGAGAATCTACTCTGTCTTCAATGGATGTGATCGATTACACA 1977
Query 1978 ATCATCATCAATGGTCTCTGCAAGGAAGGATTTCTAGTAAAGGCCTTAAATTTGTGCAGT 2037
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1978 ATCATCATCAATGGTCTCTGCAAGGAAGGATTTCTAGTAAAGGCCTTAGATTTGTGCAAT 2037
Query 2038 TTTGCCAAAAGCAGAGGTGTCACTCTCAATACCATAACATATAATTCACTCATAAATGGA 2097
||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 TTTGCCAAAAGCAAAGGTTTCACTCTCAATACCATTACATATAATTCACTCATAAATGGA 2097
Query 2098 CTTTGCCAGCAAGGTTGTCTTGTAGAAGCTCTCCGTCTATTTGATTCGCTTGAGAATATT 2157
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2098 CTTTGCCAGCAAGGTTGTCTTGTAGAAGCTCTCCGTCTATTTGATTCGCTAGAGAATATT 2157
Query 2158 GGTTTAGTCCCATCTGAGGTCACCTACGGCATTTTGATTGACAATTTATGCAAAGAAGGG 2217
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 GGTTTAGTTCCATCTGAGGTCACCTACGGCATTTTAATTGACAATTTATGCAAAGAAGGG 2217
Query 2218 TTGTTTCTTGATGCTGAGAAACTATTGGACAGTATGGTATCTAAGGGACTTGTGCCAAAC 2277
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2218 TTGTTTCTTGATGCTGAAAAACTATTGGACAGTATGGTATCTAAGGGACTTGTACCAAAC 2277
Query 2278 ATTATCATTTATAATTCGATAGTTGACGGGTACTGCAAGCTGGGGCAAACAGAGGACGCC 2337
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2278 ATTCTCATTTATAATTCGATAGTTGACGGGTACTGCAAGCTCGGGCAAACAGAGGACGCC 2337
Query 2338 ATGAGAGTTGTATCACGGAAAATGATGGGAAGGGTAACACCAGATGCATTCACGGTCAGT 2397
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 ATGAGAGTTTTATCTCGGAAAATGATGGGAAGGGTAAAACCAGATGCATTCACGGTCAGT 2397
Query 2398 TCTATGATCAAAGGTTACTGTAAAAAAGGTGACATGGAAGAAGCTCTCAGTGTGTTTACA 2457
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 2398 TCTATGATCAAAGGTTACTGTAAAAAAGGTGACATGGAAGAAGCTCTCAGAGTGTTTGCT 2457
Query 2458 GAGTTCAAGGATA-AAAATATCTCTGCCGATTTCTTTGGTTTTCTGTTTCTGATCAAAGG 2516
||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2458 GAGTTCAAGGA-AGAAAATATCTCAGCCGATTTCTTGGGTTTTCTATTTCTGATCAAAGG 2516
Query 2517 CTTCTGCACGAAAGGGCGAATGGAAGAAGCAAGGGGCCTCTTGAGAGAAATGCTTGTTTC 2576
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 TTTCTGCACGAAAGGGCGAATGGAAGAAGCAAGGGGCCTCTTGAGAGAAATGCTTGTTTC 2576
Query 2577 AGAATCTGTTGTTAAGCTGATTAACAGAGTTGATGCGGAATTAGCTGAATCTGAATCGAT 2636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2577 AGAATCTGTTGTTAAGCTGATTAACAGAGTTGATGCAGAATTAGTTGAATCTGAATCGAT 2636
Query 2637 CAGAGGCTTCCTCGTCGAGCTGTGCGAACAAGGAAGGGTCCCTCAGGCTATCAAAATCCT 2696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 CAGAGGCTTCCTCGTCGAGCTGTGCGAACAAGGAAGGGTCCCTCAGGCTATCAAAATCCT 2696
Query 2697 AGATGAGATAAGTTCAACAATCTATCCGTCTGGTAAAAACCTGGGTTCTTACCAAAGGTT 2756
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 2697 AGATGAGATAAGTTCAACAATCTATCTGTCTGGTAAAAACCCGGGTTCTTATCAAAGGTT 2756
Query 2757 GCAGTTCTTGAATGATGTGAATGAAGAAGAGATAAAGAAGAAAGACTATGTTCATGATTT 2816
|||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2757 GCAGTTCTTGAATGGTGTGAATGAAAAAGAGATAAAGAAGGAAGACTATGTTCATGATTT 2816
Query 2817 TCATAGCCTGCACTCAACTGTTAGCTCACTCTGCACCAGTGGGAAGCTGGAGCAAGCTAA 2876
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 TCATAGCCTTCACTCAACCATTAGCTCACTCTGCACCAGTGGGAAGCTGGAGCAAGCTAA 2876
Query 2877 TGAGTTCGTTATGTCTGTGCTCTCTTGTATGCCTAGATAGGTCAGTATGTTTACTTGACT 2936
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 TGAGTTTGTTATGTCTGTGCTCTCTTGTATGCCTAGATAGGTCAGTATGTTTACTTGACT 2936
Query 2937 TCTCAAGTCACCAAAAGCCAACCGGAAATAATCAGAGTTATTCGAATTGGATTATCCATG 2996
|||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||| |||
Sbjct 2937 GCTCAAGCCACCAAACGCCAACCGGAGATAATCTGAGTGATTTGAATTGGATTATCGATG 2996
Query 2997 TGGTTAGACATTTAATGGGTTCATTCATCGAATTGGAA-TACTCTTGGCAGTTGATTAGC 3055
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2997 TGGTTAGACATTTAATGGGTTCATTCATCGAAATGGAACTACTTTTGGCGGTTGATTAGC 3056
Query 3056 AGCTTTTCTGTAAGATAAACTGGAACCTCTACTACAGAGA-A-TCAGCAGAATCAGAGAG 3113
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||
Sbjct 3057 AGCTTTTTTGTAAGATAAACTGGAACCTCTACTACAGAGAGAATCAGCTGAATCAGAAAG 3116
Query 3114 GAACAACTATAGGAGCTCGAGGAACCGTAGGCTGTAGAGGAACACAGTCCCAGTCCTTAC 3173
||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3117 GAATAACGATAGGAGCTCGAGGAACCATAGGCTGTAGAGGAATACAGTCCCAGTCCTTAC 3176
Query 3174 CAGTTCGAGCTACAGAGAAATGTTTTGGAATCCATGATTGTCCAGAAGCCTTTCTTTTCC 3233
||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3177 CAGCTCGAGCCACAGAGAAATGTTTGGGAATCCATGATTGTCCAGAAGCCTCTCTTTTCC 3236
Query 3234 TCAAAGACTCCCTCTGCTTCTCCTCCACATCTCTCTTGGCTTCTCTTGCTTTCTCCCAGT 3293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3237 TCAAAGACTCCCTCTGCTTCTCCTCCACATCTCTCTTGGCTTCTCTTGCTTTCTCCCAGT 3296
Query 3294 TGTTCGTCACGATTCCTTCACTCACCTCACCCCACACCACCGCCGACTCGCTCTCACTCA 3353
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3297 CGTTCGTCATGATTCCTTCACTCACCTCACCCCACACCACCGCGGACTCGCTCTCACTCA 3356
Query 3354 CCTCCTGCAAACCAGAAATAACTGAATTACGAATATCGAACAAAACAAATAATCTCCCGA 3413
|||||||||||||||||| ||| |||||||||| | | | | ||||||
Sbjct 3357 CCTCCTGCAAACCAGAAACAACCGAATTACGAA-A---A----------T--T-TCCCGA 3399
Query 3414 GAAAGTTTATAACAGTAACCTGCAGGTTCTCGACAATGGGAGTTTTGAGCTTTGCAATGT 3473
|||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3400 GAAATTTTTTAACAATAACCTGCAGGTTCTTGACAATGGGAGTTTTGAGCTTTGCTATGT 3459
Query 3474 TTTCACTCGCTTTGTATATAACCTCAAGCTGTCCAGTCTTTGTATTTTTCGCGGTAACAG 3533
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3460 TTTCACTCGCTTTGTATATAACCTCAAGCTGTCCAGTCTTCGTATTTTTCGCGGTAACAG 3519
Query 3534 TTCTGAAATGCATTACCTCACTGTAAATTATATGTTCAACTGC 3576
|||||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||||
Sbjct 3520 TTCTGAAAA-CATTACCTCACTGTAAATTTTGTATTCAACTGC 3561
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135066326577
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5