BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G57610.1
Length=3846
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495857 jgi|Araly1|495857|fgenesh2_kg.8__1673__AT5G57610.1 5291 0.0
> Ahg495857 jgi|Araly1|495857|fgenesh2_kg.8__1673__AT5G57610.1
Length=3368
Score = 5291 bits (2865), Expect = 0.0
Identities = 3244/3419 (95%), Gaps = 58/3419 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 434 ATGGATTCAGGTTCTGTGAACTCA---TCTGTCACTAGTCTAGTGTCGAGTTTGAACGAT 490
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATTCAGGTTCTGTGAACTCATCTTCTGTCACTAGTCCAGTCTCGAGTTTGAACGAT 60
Query 491 GAGCCGCATCGTGTTAAATTCCTGTGTAGCTTCTTAGGGAGTATATTGCCTCGTCCTCAG 550
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAGCCGCATCGTGTTAAATTCCTGTGTAGCTTCTTAGGCAGTATATTGCCTCGTCCTCAG 120
Query 551 GATGGGAAATTGAGGTATGTTGGTGGAGAGACGAGGATTGTGAGTGTGAATAGAGATATT 610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GATGGGAAATTGAGGTATGTTGGTGGAGAGACGAGGATTGTGAGTGTGAATAGAGATATT 180
Query 611 AGGTATGAGGAGTTGATGAGTAAGATGAGAGAGCTTTATGATGGTGCAGCAGTGTTGAAG 670
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 181 AGGTATGAGGAGTTGATGGGCAAGATGAGAGAGCTTTATGACGGTGCAGCGGTGTTGAAG 240
Query 671 TATCAGCAGCCTGATGAGGATCTTGATGCTTTGGTCTCGGTTGTGAATGATGATGATGTG 730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TATCAGCAGCCTGATGAGGATCTTGATGCTTTGGTCTCGGTTGTGAATGATGATGATGTG 300
Query 731 ACGAATATGATGGAGGAGTATGATAAGTTAGGTTCAGGAGATGGGTTTACTAGGCTTAGG 790
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ACGAATATGATGGAGGAATATGATAAGTTAGGTTCAGGGGATGGGTTTACTAGGCTTAGG 360
Query 791 ATCTTTCTGTTTTC-TACTCCTGAGCAGGATGGTTCTTTGCATTATGTGGAGCGTGATGA 849
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 361 ATCTTTCTGTTTTCGT-CTCCTGAGCAGGATGGTTCTTTGCATTATGTGGAACGCGATGA 419
Query 850 TCAGAGGGAATCTGAGAGGAGATATGTTGATGCTCTTAATAATTTGATCGAAGGGACAGA 909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TCAGAGGGAATCTGAGAGGAGATATGTTGATGCTCTTAATAATTTGATCGAAGGGACAGA 479
Query 910 CTTTAGAAAG-TTGCAGCAGTATCCTGATTCACCTCGTTTCAATCTCGTTGATGATTTTT 968
|||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CTTTAGGAAGCTT-CAGCAGTATCCTGATTCACCTCGTTTCAATCTCGTTGATGATTTTT 538
Query 969 CGATGGTGGAACCGATGCTGAATCAGCTGAGCATTGAGACTGGTGGTGGTAGCCAGAGGG 1028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 539 CGATGGTGGAACCGATGCTGAATCAGCTGAGCATTGAGACTGGTGGTGGCAGCCAGAGGG 598
Query 1029 GCAACGAGATACCTACTGCGCAGTATAGTAATCTTCACCAGCTCAGGATTCCTCGTGTGG 1088
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 GCACCGAGATACCTACTGCGCAGTATAGTAATCTTCACCAGCTCAGGATTCCTCGTGTGG 658
Query 1089 GTTCGGGGCAGATGCTTGCACAGAGGTATGGTGAAGTAGAAGGTACATGGAGTCCTTTCT 1148
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 659 GTTCGGGGCAGATGCTTGCACAGAGGTATGGTGAAGTAGAGGGTACATGGAGTCCTTACT 718
Query 1149 ATTCTCCTCGGCACCATGGACATCATGATCCCAGAACTTTTCAGGAATTTCCATCTTCGC 1208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 ATTCTCCTCGGCACCATGGACATCATGATCCCAGAACTTTTCAGGAATTTCCATCTTCGC 778
Query 1209 CTTCTTCTGCTCGTTATCGAATGCCATATGGGGAAATTCCTGATAAGGGATTGGATAGAA 1268
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 779 CTTCTTCTGCTCGTTATCGAATGCCATATGGGGAAATTCCTGATAAGGGGTTTGATAGAA 838
Query 1269 TGCCTGAGGAGTATGTTAGGCCGCAAGCAAGTCACCATCCTTTTTACGAGCACCAGGCAC 1328
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||
Sbjct 839 TGCCTGAGGAGTATGTGAGGCCGCAAGCAAGTCATCATCCTTTATATGAGCACCAGGCAC 898
Query 1329 ACATTCCTGACAGTGTGGTGTGGGTCCCAGCTGGAGCAATGCCACCTGAGAGTAAAGGAG 1388
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 899 ACATTCCTGACAGTGTTGTGTGGGTCCCAGCTGGAGCAATGCCACCTGAGAGTAAAGGTG 958
Query 1389 GGTTTCCTGGGAATGTTCTTCACGGTGGTCCAGGTGGCTATGAAGGTGGTAATGGATGCG 1448
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 959 GTTTTCCTGGGAATGTTCTTCACAGTGGTCCAGGTGGCTATGAAGGTGGTAATGTATGCG 1018
Query 1449 AGAACTGTCGTGTACCGTATCATAGGAACCATCAGCTTTTAGAGCAATCTAATATAGGCA 1508
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1019 AGAACTGTCGTGTACCGTATCATAGGAACCATCAGCTTTTGGAGCAGCCTAATATAGGCA 1078
Query 1509 ACAATGGATTTCCACCGGTTCATTGTGCACATTGTCCACCAAACAGGGAAAGTTTCCTGC 1568
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ACAATGGATTTCCACCGGTTCATTGTGCACATTGTCCACCAAACAGGGAAAGTTTCCTGC 1138
Query 1569 TTAACACAGACCC-AAAGCCTACTCATCATGGAGCTTATCCAAATGAGACTTTTGGACCT 1627
||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1139 TTAACACAGACCCGAAA-CCTACTCATCACGGAGCTTATCCAAATGAGACTTTCGGACAT 1197
Query 1628 GATAGAGGATGGATGGTTCAACAACAGGTGAATCCTAACCCTCCAAGGATTGAGGAAGGA 1687
|| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GAAAGAGGACGGATGGTTCAACAACAGGTGAATTCTAATCCTCCAAGGATTGAGGAAGGA 1257
Query 1688 AGGTCACATATTTCTAATGTTGGAAGACCGAACGATCATTACACTCCCGATTATCCTGTG 1747
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1258 AGGTCACATATTTCTAATGTTGGAAGACCAAACGATCATTACACTCCCGATTATCCGGTG 1317
Query 1748 TCGAACTATCCTCTTGGTCAACGAGCTGGACATGAAATTTCCAATGAAGGGTTTCATGAT 1807
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1318 TCGAACTATCCTCTTGCTCAACGAGCTGGACATGAAATTTCGAATGAAGGGTTCCATGAT 1377
Query 1808 AAACCACTTGGTGGCATTCCCCTGAATTCGGCCAACCGTTCTGCTGAGGAACGTGGGTTT 1867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1378 AAACCACTTGGTGGCATTCCCCTGAATTCGGCCAACCGTTCTGCTGAGGAACGTGTGTTT 1437
Query 1868 CATTATGGGAATAATCTCTATCCTCCAGGACCTGATAGTATCCACTCAGCAGGTCATAGC 1927
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1438 CATTACGGGAATAATCTCTATCCTCCAGGACCTGAAAGTATCCAATCAGCAGGTCATAGC 1497
Query 1928 CATATGCACCACCCTCAACCAAATATTTGGCAGAACGTTTCAAATCCTATAGCTGGCCCT 1987
|||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1498 CATATGCACC-C--TCAACAAAATATTTGGCAGAACGTTTCAAATCCTGTAGCTGGTCCT 1554
Query 1988 CCAGGCTTGCCCATGCAAATTAATGGCACAGTCAATCAGACCGTTATCAGGAATCCGATA 2047
||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1555 CCAGGCTTGTCCATGCAAATCAATGGCACAGTCAATCAGACCATAATCAGGAATCCGATA 1614
Query 2048 GAAACTGCTCCTAGGTATTCTACTGGAATGGAGAATCAAGGTGTTTTGGTTGGTTCTCCG 2107
|||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 GAAACTGCTCCTAGGTATTCTATTGGAGTAGAGAATCAAGGTGTTTTGGTTGGTTCTCCG 1674
Query 2108 CAAAGGATTTCAGGCTTTGATGGAATGTCCTCCCTTGGCCAGCCTTCCTACCCTAATCCC 2167
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1675 CAAAGGATTTCAGGCTTTGATGGAATGTCCTCCCCTGGCCAGCCTTACTACCCTAATCCC 1734
Query 2168 CATTTGCAAGATAGAGCCTTCCCTTTAGACCCAAATTGGGTGCCATCTGAAAACCCAACT 2227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1735 CATTTGCAAGATAGAGCCTTCCCTTTAGACCCAAATTGGGTCCCATCTGAAAACCCGACA 1794
Query 2228 GTACATAATGAACATCTACAGGTGCGTGAGCCTCTGCCTGGGCCATTATTACAGACAAAC 2287
||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 GTACATAATGAACATCTACAGGTGCGTGAGCTTTTGTCTGGGCCATTATTACAGACAAAC 1854
Query 2288 CTCACTGCTGCACCAATCATGCAGACACCAGTTATGCAGACATCTGTGGAAAGCAAGCTT 2347
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | | | | ||||| ||
Sbjct 1855 CTCAATGCTGCACCAATTATGCAGACACCAGTTATCCAGACACCAGAG-A--GCAAG-TT 1910
Query 2348 -GCTCAGGGAGGTGAACAATTTAACTATGTTAATACTGGTATTTCAAACGGTGTTCCTTA 2406
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1911 AGCTCAGGGAGGTGAAAAATTTAACTATGTTGATACTGGTGTTTCAAACGGTGTTCCTTA 1970
Query 2407 CCAAGATAAGCCTCAACCCTTAGCTGGAGGAAAGAAAGATATGGGGAACCTGGTAGAAGT 2466
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1971 CCTAGATAAGCCTCAACCCTTAGCTGAAGGAAAGAAAGATATGG------T---AGAAGT 2021
Query 2467 TAATCCTTCTGCTGCTACTCTTGAAGGGGCAGAGCTATCAGTTGAGCGTTTGAGTTTCTT 2526
|| | | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022 TA--------G-T-C--CT---GAAGGGGCAGAGCTATCAGTTGAGCGTTTGAGTTTCTT 2066
Query 2527 GCCTGAGTTAATGGAATCTGTGAAGAGGGCGGCACTTGAAGGAGCTGCTGAGGTTAAAGC 2586
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2067 GCCGGAGTTAATGGAATCTGTGAAGAGGGCGGCACTTGAAGGAGCTGCTGAAGTTAAAGC 2126
Query 2587 TCATCCAGAAGAGGCCAAAGATCAAGTGAGGCCGGAGTTGGTGGAAAATGAATCAGAGCA 2646
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2127 TCATCCAGAAGAATCCAAAGATCAAGTGAGGCCGGAGTTGGTGGAAAATGAATCAGAGCA 2186
Query 2647 TATGAATGCTCAAGACGAACCTGAGATAGATTCTGATAGTGATAACCCAAACAATTTCAA 2706
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2187 TATGAATGCTCAAGACGAATCTGAGATAGATTCTGATAGCGATAACCCAAACAATTTCAA 2246
Query 2707 GATTGAACAAACAAAGGCTGAGGCTGAAGCTAAATCCAGGGGACTACAGTCTATAAGAAA 2766
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2247 GATTGAACAAACAAAGGCTGAGGCTGAAGCTCGATCCAGGGGACTACAGAGTATAAGAAA 2306
Query 2767 CGATGATTTGGAGGAAATCCGAGAGTTAGGCCATGGAACATATGGATCTGTTTACCATGG 2826
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2307 CGATGATCTGGAGGAGATCCGAGAGTTAGGCCATGGAACCTATGGATCTGTTTACCATGG 2366
Query 2827 AAAATGGAAAGGCTCAGATGTTGCAATAAAGAGAATAAAAGCCAGCTGCTTTGCAGGCAA 2886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2367 AAAATGGAAAGGCTCAGATGTTGCAATAAAGAGAATAAAAGCCAGCTGCTTTGCAGGCAA 2426
Query 2887 ACCTTCGGAAAGGGAACGTTTGATAGAAGATTTTTGGAAAGAAGCCCTGTTATTGAGCTC 2946
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2427 ACCTTCTGAAAGGGAACGTTTGATAGAAGATTTTTGGAAAGAAGCCCTGTTATTGAGCTC 2486
Query 2947 ATTGCATCATCCAAATGTTGTGTCGTTCTATGGGATAGTTCGTGATGGTCCTGATGGTTC 3006
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2487 ATTGCATCACCCAAACGTTGTGTCGTTCTATGGGATAGTTCGTGATGGTCCTGATGGTTC 2546
Query 3007 TCTAGCAACTGTCGCGGAGTTCATGGTTAACGGATCTTTGAAACAGTTCTTGCAGAAGAA 3066
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2547 TCTAGCAACTGTCGCTGAGTTCATGGTTAACGGATCTTTGAAACAGTTCTTGCAGAAGAA 2606
Query 3067 GGATAGAACTATTGATCGTCGCAAAAGACTCATCATAGCCATGGATACTGCATTTGGGAT 3126
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2607 GGATAGAACTATTGATCGGCGCAAAAGACTCATCATAGCCATGGATACTGCATTTGGGAT 2666
Query 3127 GGAGTATTTGCACGGAAAGAACATTGTTCATTTCGATTTGAAGTGTGAGAATCTTCTTGT 3186
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2667 GGAGTATTTGCACGGAAAGAACATAGTTCATTTCGATTTGAAGTGTGAGAATCTTCTTGT 2726
Query 3187 GAACATGAGAGATCCTCAGCGTCCTATATGCAAGATTGGTGATTTGGGGTTATCGAAGGT 3246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2727 GAACATGAGAGATCCTCAGCGTCCTATATGCAAGATTGGTGATTTGGGGTTATCGAAGGT 2786
Query 3247 GAAACAGAAGACTCTAGTATCAGGAGGTGTTCGTGGGACTTTGCCATGGATGGCACCTGA 3306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2787 GAAACAGAAGACTCTAGTATCAGGAGGTGTTCGTGGGACTTTGCCATGGATGGCACCTGA 2846
Query 3307 GCTCTTGAGTGGGAAAAGCAACATGGTCTCTGAAAAGATCGATGTTTACTCGTTTGGGAT 3366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2847 GCTCTTGAGTGGGAAAAGCAACATGGTCTCTGAAAAGATCGATGTTTACTCGTTTGGGAT 2906
Query 3367 TGTAATGTGGGAACTACTCACTGGTGAAGAACCATACGCAGACATGCATTGTGCTTCCAT 3426
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2907 TGTAATGTGGGAACTACTCACTGGTGAAGAACCTTACGCAGACATGCACTGTGCTTCCAT 2966
Query 3427 AATTGGAGGTATAGTGAACAACGCATTGCGTCCAAAAATCCCACAGTGGTGTGATCCAGA 3486
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2967 AATTGGAGGTATAGTGAATAACGCATTGCGTCCGAAAATCCCACAGTGGTGTGATCCAGA 3026
Query 3487 GTGGAAGGGATTGATGGAAAGTTGCTGGACGTCTGAGCCAACAGAGAGACCATCCTTTAC 3546
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3027 GTGGAAGGGATTGATGGAAAGTTGCTGGGCCTCTGAGCCAACAGAGAGACCATCCTTTAC 3086
Query 3547 TGAAATATCACAGAAGCTCAGGACAATGGCTGCTGCTATGAATTTGAAATAACTTAATAA 3606
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 3087 TGAAATATCACAGAAGCTCAGGACTATGGCTGCTGCTATGAATTTGAAATAAGTAAATAC 3146
Query 3607 ATAGACTCAAAAAAGGAAGAATAAAGATGATGATGAAGAAAAAGAAGATGGTGATGGTGT 3666
||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |
Sbjct 3147 ATAAACT-AAAAAATGAAGAATAAAGATGAAGATGATGATGAAGAAGATGGTGATGGT-T 3204
Query 3667 TTACTTGGAGATTAAAGGCTTCTATTTACTTTGttttttttATAAAAAAGTATTAGTTAG 3726
|||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||
Sbjct 3205 ---CTTGAAGATTTAAGGCTTCTATTTACTTTGAGTTTTT-ATAAAAA-GTAT-AGTTAG 3258
Query 3727 CCTATTTTTGGTTACCACTTGGTTTGCGTTTGGAACGCGAAAACTAGCGTTATGTGGGAG 3786
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3259 CCTATTTTTGGTTACCACTTGGTTTGCGGTTGGAACGCGAAAACTAGCGTTTTGTGGGAG 3318
Query 3787 AAAGAAAAATGGTGTTTTCCtttttttATTGGTATATAGTTTTATGTTTAATTTAGAGG 3845
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3319 AAAGAAAAACGGTGTTTT---------ATTGGTATATAGTTTTATGTTTAATTTAGAGG 3368
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 145341871287
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5