BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G57655.2
Length=1938
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg950456 jgi|Araly1|950456|scaffold_802343.1 2420 0.0
> Ahg950456 jgi|Araly1|950456|scaffold_802343.1
Length=1475
Score = 2420 bits (1310), Expect = 0.0
Identities = 1421/1476 (96%), Gaps = 2/1476 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 250 GTTCAAG-GTTCGTTGAAAACTATGAAGAAAGTTGAGTTTTTTATGCTCCTTCTCTGCTT 308
|||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 GTTC-AGAGTTCGTTGAAAACAATGAAGAAAGTTGATTTTTTTATGCTCCTGCTCTGCTT 59
Query 309 CATCGCAGCGTCATCTCTAGTGTCTGCTGATCCACCAACATGTCCTGCTGATTTGGGAGG 368
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 60 AATCGCAGCGTCATTTCTAGTGTCTGCTGATCCACCAACGTGTCCTGCTGATTTGGGAGG 119
Query 369 CAAGTGTAGTGATTCTGATGACTGGCAAGGTGATTTCTTCCCTGAAATCCCCAAGATTAA 428
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GAAGTGTAGTGATTCTGATGATTGGCAAGGTGATTTCTTCCCTGAAATCCCCAAGATTAA 179
Query 429 GTATGAGGGACCTTCGAGTAAGAACCCACTTGCTTACAGGTGGTATAACGCTGAAGAAGA 488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 180 GTATGAGGGACCTTCGAGTAAGAACCCACTTGCTTACAGGTGGTATAACGCAGAAGAGGA 239
Query 489 GATTCTTGGGAAGAAAATGAAGGATTGGTTTAGATTCAGTGTTGCGTTTTGGCATACTTT 548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GATTCTTGGGAAGAAAATGAAGGATTGGTTTAGATTCAGTGTTGCGTTTTGGCATACTTT 299
Query 549 CCGTGGGACTGGAGGTGATCCATTTGGTGCTGCTACTAAGTATTGGCCTTGGGAAGATGG 608
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CCGTGGGACTGGAGGTGATCCATTTGGTGCTGCTACAAAGTATTGGCCTTGGGAAGATGG 359
Query 609 TACTAACTCTGTGTCTATGGCTAAGAGAAGAATGAGAGCTAACTTTGAGTTCTTGAAGAA 668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TACTAACTCTGTGTCTATGGCTAAGAGAAGAATGAGAGCTAACTTTGAGTTCTTGAAGAA 419
Query 669 ACTTGGAGTTGATTGGTGGTGTTTTCATGACAGAGACATAGCACCTGATGGCACTACACT 728
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 420 ACTTGGAGTTGATTGGTGGTGTTTCCATGACAGAGACATAGCACCTGATGGTACTACACT 479
Query 729 TGAGGAATCTAACAAAAACTTGGATGAAGTTATCGAACTCGCCAAAGAACTCCAAAAGGG 788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 480 TGAGGAATCTAACAAAAACTTGGATGAAGTTATCGAACTGGCCAAAGAACTGCAAAAGGG 539
Query 789 GAGCAAAATCAAACCATTGTGGGGAACAGCTCAGCTTTTCTTGCATCCTCGTTATATGCA 848
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 540 AAGCAAGATCAGACCATTGTGGGGAACAGCTCAGCTTTTCTTGCATCCTCGTTACATGCA 599
Query 849 CGGAGGAGCGACCAGCTCTGAAGTTGGAGTGTATGCTTACGCTGCTGCTCAGGTGAAGAA 908
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 600 CGGAGGAGCAACCAGCTCTGAGGTTGGAGTGTATGCTTACGCTGCTGCGCAGGTAAAGAA 659
Query 909 AGCCATGGAGGTAACACATTACTTAGGTGGTGAAAACTACGTTTTTTGGGGTGGTCGTGA 968
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 660 AGCCATGGAGGTTACACATTACTTAGGCGGTGAAAACTACGTTTTCTGGGGTGGTCGTGA 719
Query 969 AGGTTATCAGACACTCTTGAACACTGATATGGGAAGAGAGCTTGATCATCTAGCCAGGTT 1028
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 720 AGGTTATCAGACGCTTTTGAACACTGATATGGGAAGAGAGCTTGATCATCTGGCCAGGTT 779
Query 1029 CTTTGAAGCTGCTGTTGCTTACAAGAAGAAGATTGGATTCAAAGGCACGCTTTTAATCGA 1088
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 780 CTTTGAAGCTGCTGTTGCTTACAAGAAGAAGATTGGATTCAAAGGCACACTTTTAATCGA 839
Query 1089 GCCCAAGCCTCAAGAACCCACCAAGCACCAGTATGACTGGGATGCTGCAACAGCTGCCAA 1148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GCCCAAGCCTCAAGAACCCACCAAGCACCAGTATGACTGGGATGCTGCAACAGCTGCCAA 899
Query 1149 TTTCTTGAGGAAATATGGTCTTATTGATGAGTTTAAGCTCAACATTGAGTGTAACCATGC 1208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 900 TTTCTTGAGGAAATATGGTCTTATTGATGAGTTTAAGCTCAACATTGAGTGTAACCACGC 959
Query 1209 CACGCTCTCTGGTCACACTTGTCATCACGAGCTTGAAACTGCAAGAATTAATGGTTTACT 1268
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 960 CACGCTTTCTGGTCACACGTGTCATCACGAGCTTGAAACTGCAAGACTTAATGGTTTACT 1019
Query 1269 TGGCAACATTGATGCAAACACTGGCGATGCTCAAACTGGATGGGATACAGATCAGTTTCT 1328
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1020 TGGCAACATCGATGCAAACACTGGCGATGCTCAAACTGGATGGGATACCGATCAGTTTCT 1079
Query 1329 TACAGATGTTGGAGAAGCAACCATGGTTATGATGAGTGTCATCAAAAATGGTGGGATTGC 1388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TACAGATGTTGGAGAAGCAACCATGGTTATGATGAGTGTCATCAAAAATGGTGGGATTGC 1139
Query 1389 TCCAGGCGGCTTCAACTTTGACGCTAAACTGCGAAGAGAGAGTACAGACGTGGAAGACTT 1448
|||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1140 TCCAGGAGGCTTCAACTTCGACGCCAAACTGCGAAGAGAGAGTACAGATGTTGAAGACTT 1199
Query 1449 ATTCATTGCTCATATTAGTGGAATGGATACAATGGCTCGTGGACTGAGAAATGCAGTCAA 1508
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GTTCATTGCTCATATTAGTGGAATGGATACAATGGCTCGTGGACTGAGAAATGCAGTCAA 1259
Query 1509 AATCTTGGAGGAGGGAAGTCTAAGTGAATTGGTACGCAAGCGATATGCAACTTGGGACTC 1568
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AATCTTGGAGGAGGGAAGTCTAAACGAATTGGTACGCAAGCGATATGCAACTTGGGACTC 1319
Query 1569 TGAGCTTGGGAAGCAAATAGAAGAAGGAAAAGCTGATTTTGAGTATCTTGAGAAGAAAGC 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1320 TGAGCTTGGGAAGCAAATAGAAGAAGGAAAAGCCGATTTCGAGTATCTTGAGAAGAAGGC 1379
Query 1629 TAAAGAGTTTGGAGAACCAAAGGTTTCTTCTGCTAAACAGGAACTCGCTGAGATGATTTT 1688
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1380 TAAAGAGTTTGGAGAACCAAAGGTTTCTTCTGCCAAACAGGAGCTCGCTGAGATGATCTT 1439
Query 1689 CCAATCTGCAATGTAAGAAGAAGAACAAGAAGGCTT 1724
|||||| ||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1440 CCAATCAGCAATGTAAGAAGAATAAGAAGAAGGCTT 1475
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72828548440
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5