BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G57800.1
Length=2499
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495876 jgi|Araly1|495876|fgenesh2_kg.8__1692__AT5G57800.1 3821 0.0
> Ahg495876 jgi|Araly1|495876|fgenesh2_kg.8__1692__AT5G57800.1
Length=2457
Score = 3821 bits (2069), Expect = 0.0
Identities = 2347/2472 (95%), Gaps = 56/2472 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 41 TTTCTGGGGTTTTTAATTCTCTCAACGAACaaaaaaaaaaaCTCAACTAATATTCTCCAT 100
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 29 TTTCTGGGG-TTTTAATTCTCTCAACGAAC----TAAAAATCTCAACTAAAATTCTCCAT 83
Query 101 CCTCTTTCTTC-AGATTT-A-AGAGAAACCTTATCGTTATATTCTCTCTTCTCTTTTCTT 157
| ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 84 CATCTTTCTTCAAGATTTAAGAGAGAAACCTTATCGTTAAATTCTCTC-TCTCTCTTCTT 142
Query 158 TTTGACTCCCAC-A-AGAAGAAAGCAAATTTCTTTTTCTCAGGATTGCTTGAAAACTGTA 215
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 143 TTTGACTCCCACAAGAGAAGAAAGCAAATTTCTTTTTCTCAGGATTGCTTGAAAACTGGA 202
Query 216 GAAATCTTTAAGGtttttttACACCAATAAGAGTCagagagagagagagagagagaaaga 275
||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| |||
Sbjct 203 GAAATCTTTAAGG-TTTTTTAGACCAATAAGAG-C-------GAGAGAGAGAGAG--AGA 251
Query 276 gagaTCTATTCATAAAAAAGACAGGTAATCTCAACTCCGAGGAGATAACTGATATAACAA 335
||||||||||||||||||||||| | | | || | | | | | |||||||
Sbjct 252 GAGATCTATTCATAAAAAAGACA-G--A--T-AA-T-C-------T--C--AAATAACAA 292
Query 336 TTTGagagaataagaagaagaagaagaagaagaCCAAGCTA-AAGAATGGTTGCTTTTTT 394
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||
Sbjct 293 TTTGAGAGAAT---AAGAAGAAGAAGAAGAAGACCAAGC-AGAAGAATGGTTGCTCTTTT 348
Query 395 ATCAGCTTGGCCTTGGGAAAACTTTGGCAATCTCAAGTATCTTCTCTACGCTCCATTAGC 454
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 ATCAGCTTGGCCTTGGGAAAACTTTGGCAACCTCAAGTATCTTCTCTACGCTCCATTAGC 408
Query 455 TGCACAAGTAGTGTACTCGTGGGTCTATGAAGAAGATATCTCAAAGGTTCTTTGGTGTAT 514
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 409 TGCACAAGTAGTGTACTCGTGGGTATATGAAGAAGATATCTCAAAGGTTCTTTGGTGTAT 468
Query 515 TCATATTCTCATAATCTGCGGTCTCAAAGCACTTGTTCATGAACTATGGAGCGTTTTCAA 574
|||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 469 TCATATTCTCATAATCTGTGGACTCAAAGCACTCGTTCATGAACTATGGAGCGTTTTCAA 528
Query 575 CAACATGCTTTTCGTGACTCGTACTCTAAGGATTAACCCTAAAGGGATCGACTTTAAACA 634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 529 CAACATGCTTTTCGTGACTCGTACTCTAAGGATTAACCCTAAAGGCATCGACTTTAAGCA 588
Query 635 GATTGATCACGAATGGCACTGGGACAATTACATAATCCTACAAGCAATAATAGTGAGCCT 694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 589 GATTGATCACGAATGGCACTGGGACAATTACATAATCCTACAAGCAATAATAGTGAGCCT 648
Query 695 GATCTGTTACATGTCACCACCATTGATGATGATGATAAACAGTCTTCCTCTGTGGAACAC 754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 GATCTGTTACATGTCACCACCATTGATGATGATGATAAACAGTCTTCCTCTGTGGAACAC 708
Query 755 GAAAGGACTCATCGCATTAATTGTGCTACATGTGACTTTCTCAGAGCCTTTATACTACTT 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 709 GAAAGGACTCATCGCATTAATTGTGCTACATGTGACTTTCTCAGAGCCTTTATACTACTT 768
Query 815 TCTGCACAGATCTTTCCATCGTAACAACTACTTCTTCACACATTACCACTCTTTCCACCA 874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 769 TCTGCACAGATCTTTCCATCGTAACAACTACTTCTTCACCCATTACCACTCTTTCCACCA 828
Query 875 CTCATCTCCTGTTCCACATCCCATGACTGCTGGAAACGCAACGTTATTGGAAAACATTAT 934
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 829 CTCATCTCCTGTTCCACATCCCATGACTGCTGGAAACGCAACGTTATTAGAAAACCTTAT 888
Query 935 CCTCTGTGTCGTAGCTGGTGTTCCATTGATTGGATGTTGCTTGTTTGGTGTTGGATCATT 994
||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CCTCTGTGTTGTAGCTGGTGTTCCTTTGATTGGATCTTGCTTGTTTGGTGTTGGATCATT 948
Query 995 AAGTG-CGATCTACGGTTACGCTGTTATGTTTGATTTCATGAGGTGTTTAGGACATTGTA 1053
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 949 AAGTGTC-ATCTACGGTTACGCTGTTATGTTTGATTTCATGAGATGTTTAGGACATTGTA 1007
Query 1054 ACGTTGAGATATTCTCTCACAAGCTGTTCGAGATTCTTCCAGTCTTACGATATCTCATCT 1113
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1008 ACGTTGAGATCTTCTCTCACAAGCTGTTCGAGATGCTTCCAATCCTACGATATCTCATCT 1067
Query 1114 ATACTCCAACGTACCATAGTCTGCATCATCAAGAAATGGGGACCAACTTTTGTCTATTTA 1173
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 ACACTCCAACGTACCATAGTCTGCATCATCAAGAAATGGGGACCAACTTTTGTCTATTTA 1127
Query 1174 TGCCTCTCTTTGATGTTTTGGGCGATACACAAAACCCAAACTCATGGGAACTCCAAAAGA 1233
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 TGCCTATCTTTGATGTTTTGGGCGATACACAAAACCAAAACTCATGGGAACTCCAAAAGA 1187
Query 1234 AGATTCGTTTGAGTGCAGGGGAACGGAAGAGAGTGCCGGAGTTTGTGTTCTTAGCTCACG 1293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1188 AGATTCGTTTGAGTGCAGGGGAACGGAAGAGAGTGCCGGAGTTCGTGTTCTTAGCTCACG 1247
Query 1294 GAGTTGATGTAATGTCGGCGATGCATGCACCGTTCGTGTTCAGATCTTTTGCTTCAATGC 1353
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 GAGTTGATGTGATGTCGGCGATGCATGCACCGTTCGTGTTCAGATCTTTTGCTTCAATGC 1307
Query 1354 CATATACCACAAGGATATTCTTGCTACCGATGTGGCCATTCACGTTCTGTGTTATGTTGG 1413
|||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 CATACACTACGAGGATTTTCTTGCTACCGATGTGGCCATTCACGTTCTGTGTTATGTTGG 1367
Query 1414 GCATGTGGGCTTGGTCAAAGACTTTTCTTTTCAGCTTCTATACCCTCAGGAACAATCTTT 1473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1368 GCATGTGGGCTTGGTCAAAGACTTTTCTTTTCAGCTTTTATACCCTTAGGAACAATCTTT 1427
Query 1474 GTCAGACTTGGGGCGTTCCTAGATTCGGATTCCAATACTTCTTACCGTTTGCTACAAAAG 1533
| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1428 GCCAGACTTGGGGAGTTCCAAGATTCGGATTCCAATACTTCTTACCGTTTGCTACACAAG 1487
Query 1534 GAATTAATGATCAAATTGAGGCTGCGATTCTTAGAGCTGATAAGATTGGTGTTAAAGTTA 1593
| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 GCATTAATGATCAGATCGAGGCTGCGATTCTTAGAGCTGATAAGATTGGTGTTAAAGTTA 1547
Query 1594 TAAGCTTGGCTGCTCTCAACAAGAACGAAGCTCTAAATGGTGGTGGAACACTGTTTGTCA 1653
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 TAAGCTTGGCTGCTCTCAACAAGAACGAAGCTCTAAATGGTGGTGGAACACTGTTTGTCA 1607
Query 1654 ACAAGCATCCTGACCTTAGAGTTCGTGTGGTTCATGGGAACACTTTAACTGCAGCAGTGA 1713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 ACAAGCATCCTGACCTTAGAGTTCGTGTGGTTCATGGGAACACTTTAACTGCAGCAGTGA 1667
Query 1714 TTCTCTATGAAATTCCAAAAGATGTGAATGAGGTTTTCTTGACTGGAGCCACTTCTAAGC 1773
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 TTCTCAATGAAATTCCAAAAGATGTGAAAGAGGTTTTCTTGACTGGAGCCACTTCTAAGC 1727
Query 1774 TGGGAAGAGCTATTGCTCTTTACCTTTGTCGCCGTGGAGTGAGAGTTCTCATGTTGACAT 1833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1728 TGGGAAGAGCTATTGCTCTTTACCTTTGTCGCCGTGGAGTGAGAGTTCTCATGTTGACAT 1787
Query 1834 TGTCTATGGAAAGGTTCCAAAAGATTCAGAAAGAGGCTCCTGTTGAGTTCCAGAACAACC 1893
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1788 TATCTGTGGAAAGGTTCCAAAAGATTCAGAAAGAGGCTCCTGTTGAGTTCCAGAACTACC 1847
Query 1894 TTGTACAAGTGACCAAATACAATGCTGCTCAACACTGCAAGACTTGGATCGTTGGAAAAT 1953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 TTGTACAAGTGACCAAATACAATGCTGCTCAACACTGCAAGACTTGGATCGTTGGAAAAT 1907
Query 1954 GGTTAACACCAAGAGAGCAGAGCTGGGCTCCTGCAGGGACGCATTTCCATCAGTTTGTGG 2013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 GGTTAACACCAAGAGAGCAGAGCTGGGCTCCTGCAGGGACGCATTTCCATCAGTTTGTGG 1967
Query 2014 TGCCACCAATCCTTAAGTTTAGAAGGAACTGCACTTACGGTGATCTAGCAGCTATGAAGC 2073
||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1968 TGCCACCGATCCTCAAGTTTAGACGGAACTGCACTTACGGCGATCTAGCAGCTATGAAGC 2027
Query 2074 TCCCTAAAGATGTTGAAGGACTCGGAACTTGCGAGTACACGATGGAGAGAGGGGTGGTAC 2133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2028 TCCCTAAAGATGTTGAAGGACTCGGAACTTGCGAGTACACGATGGAGAGAGGGGTAGTGC 2087
Query 2134 ATGCGTGCCATGCAGGAGGAGTGGTTCATATGCTTGAGGGTTGGAAGCATCATGAGGTTG 2193
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 ACGCGTGCCATGCAGGAGGAGTGGTTCATATGCTTGAGGGTTGGAAGCATCATGAGGTTG 2147
Query 2194 GAGCCATTGATGTTGACCGTATCGATTTGGTGTGGGAAGCAGCCATGAAGTATGGTCTTA 2253
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148 GAGCCATTGACGTTGACCGTATCGATTTGGTGTGGGAAGCAGCCATGAAGTATGGTCTTA 2207
Query 2254 GTGCTGTTTCTTCACTCACAAATTGAGTGAAGAGAGAGACACGTTTCATTGTTGTCTTTT 2313
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2208 GCGCTGTTTCTTCACTCACAAATTGAGTGAAGAGAGAGACACTTTTCATTGTTGTCTTT- 2266
Query 2314 GACTCTCCCAAGATTGGTCATTCTTTGTACAGGTGAAAGGAGATGCAAGCAGGaaaa-aa 2372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| ||
Sbjct 2267 GACTCTCCCAAGATTGGTCATTCTTTGTACAGGTGAAAAG-GACGCAAGCAGGAAAAGAA 2325
Query 2373 aaGT-AGAATTTCACCTTATGT-ATTGTTTTATCTTTTATTAATGATGTATTACTTTCTT 2430
|| | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2326 AAATTAGAATTTCACCTTATGTTATTGTTTTACCTTTTATTAATGATGTATTCCTTTTTT 2385
Query 2431 TTT-AGATTTCCTTAATATTAATATAT--GCACCTAATTTCCAAGAAAATTCAACAAAGC 2487
||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 TTTTAGATTTCCTTAGTATTAATATATATGCACCTAATTTCCAAGAAAATTCAACAAAGC 2445
Query 2488 TTTTAATTATCC 2499
||| ||||||||
Sbjct 2446 TTTAAATTATCC 2457
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94197175885
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5