BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58080.1
Length=1901
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg917525 jgi|Araly1|917525|Al_scaffold_0008_2276 3048 0.0
Ahg950510 jgi|Araly1|950510|scaffold_802397.1 239 6e-62
> Ahg917525 jgi|Araly1|917525|Al_scaffold_0008_2276
Length=1929
Score = 3048 bits (1650), Expect = 0.0
Identities = 1834/1920 (96%), Gaps = 23/1920 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 GGAAGCACTGAAGATGGAAGGCATGACAAGTTTCCTGTAGGAATGAGGGTTCTTGCTGTG 62
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 10 GGAAGCACTGAAGATGGAAGGCATGACAAGTTTCCGGTAGGAATGAGGGTCCTTGCTGTG 69
Query 63 GATGACAATCCAACCTGCCTTCGGAAACTCGAAGAGTTGCTGCTTCGTTGCAAGTATCAT 122
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 70 GATGACAATCCAACCTGCCTTCGCAAACTCGAAGAGTTGCTCCTTCGCTGCAAGTATCAT 129
Query 123 GTGACAAAGACAATGGAGTCGAGGAAAGCTCTGGAAATGCTGAGAGAAAACAGCAACATG 182
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 130 GTGACAAAGACAATGGAGTCGAGGAAAGCTCTGGAATTGCTGAGACAAAACAGCAACATG 189
Query 183 TTTGATCTGGTGATAAGCGATGTAGAGATGCCAGACACGGATGGTTTTAAGTTGCTTGAA 242
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 190 TTTGATCTGGTCATAAGCGATGTAGAGATGCCAGACACGGATGGCTTTAAGTTGCTTGAG 249
Query 243 ATTGGTCTTGAAATGGACCTTCCTGTCATCATGTTGTCAGCTCATAGCGACTATGACAGC 302
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 250 ATCGGTCTTGAAATGGACCTTCCTGTCATCATGTTGTCAGCTCATAGCGACTATGACAGC 309
Query 303 GTTATGAAAGGTATTATACATGGCGCTTGCGATTATCTGGTCAAGCCTGTTGGACTCAAG 362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 GTTATGAAAGGTATTATACATGGCGCTTGCGATTATCTGGTCAAGCCTGTTGGACTCAAG 369
Query 363 GAGCTTCAGAATATATGGCATCATGTTGTGAAGAAGAACATTAAATCTTACG-C-AAAAC 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 370 GAGCTTCAGAATATATGGCATCATGTTGTGAAGAAGAACATTAAATCTTACGCCAAAAAC 429
Query 421 -T--G-----CTC-CCACCTTCT--GA--ATCTG-AT----TC-CGTCCCAAGCGCCAGC 461
| | ||| ||| ||||| | |||| || || ||||||||||||||||
Sbjct 430 ATAGGCCCTTCTCGCCAACTTCTCCCACCTTCTGAATCCAATCTCGTCCCAAGCGCCAGC 489
Query 462 AGGAAACGGAAAGACAAAGTCAATGACAGTGGTGATGAAGATGACAGTGACAGAGAAGAG 521
| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 AAAAAACGGAAAGAAAAAGCCAATGACAGTGGTGATGAAGATGACAGTGACAGAGAAGAG 549
Query 522 GATGATGGTGAGGGGAGTGAACAGGATGGTGACGGGTCAGGTACGCGGAAGAAGCCACGT 581
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 GATGATGGTGAGGGGAGTGAACAGGATGGTGACGAGTCAGGTACGCGGAAGAAGCCACGT 609
Query 582 GTTGTTTGGTCTCAGGAGCTTCACCAGAAGTTTGTCAGTGCCGTTCAGCAATTGGGCCTC 641
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 610 GTTGTTTGGTCGCAGGAGCTCCACCAGAAGTTTGTCAGTGCTGTTCAGCAATTGGGCCTC 669
Query 642 GACAAGGCTGTTCCCaaaaaaaTACTTGATCTCATGAGTATAGAAGGTCTCACTAGGGAA 701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 GACAAGGCTGTTCCCAAAAAAATACTTGATCTCATGAGTATAGAAGGTCTCACTAGGGAA 729
Query 702 AACGTAGCCAGTCATTTGCAGAAGTACAGACTGTACTTGAAAAAGATAGACGAAGGTCAG 761
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 AACGTAGCCAGCCATTTGCAGAAGTACAGACTGTACTTGAAAAAGATAGACGAAGGTCAG 789
Query 762 CAGCAAAATATGACCCCAGATGCATTTGGAACAAGAGATTCATCTTACTTTCAGATGGCT 821
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 CAGCAAAATATGACCCCAGATGCATTTGGAACCAGAGATTCATCTTACTTTCAGATGGCT 849
Query 822 CAACTTGATGGACTTAGAGATTTTACTGCCGCAAGACAAATTCCAAGCTCAGGACTCTTA 881
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 850 CAACTTGATGGACTTAGAGATTTTACTGCCACAAGACAAATTCCAAGCTCGGGACTCTTA 909
Query 882 TCGCGTTCCCATCTCACCAAACTCCAACCCCCTATGTATTCATCGATAAATCTCCAAGGA 941
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 910 TCGCGTTCCCATCTCACCAAACTTCAACCCCCTATGTATTCATCAATAAATCTCCAAGGA 969
Query 942 ATGAACTCCTCCAGCTTCATCCAACAGGGGCATCACCAGAACTCAAGCAATTCAGCTAAT 1001
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 970 ATGAACTCCTCCAGCTTCATCCAACAGGGGCATCACCATAACTCAAGCAACTCAGCTAAT 1029
Query 1002 CCGTTTGGAACATATCACAGTACTCTGTCACCAAGAATCCAGAACGTGAATCTGTTTCAG 1061
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 CCATTTGGAACATATCACACTACTCTGTCACCAAGAATCCAGAACGTGAATCTGTTTCAG 1089
Query 1062 CGAACTTCATCTCCACTAGAACCCCTCCAGTTTCCTAGAAGCAAGTCATACATTGGAGAT 1121
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1090 CGAACTTCATCTCCACTAGAAACCCTCCAGTTTCCGAGGAGCAAGTCATACATCGGAGAT 1149
Query 1122 TTTAAAGGCTTAGGGGACAGAGCTA-TTGGCGGTAGCTTCCTAGATACTTGTATGCCATT 1180
||||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1150 TTTAAAGGCATAGGGGACCGAGC-AGTTGGCGGTAGCTTCCTAGATTCTTGTATGCCATT 1208
Query 1181 TGGTAGCTCTAGCACCTCTTTACCAAGTGCTTCCACCAATCCTCTAATGTTGCAAGCAAA 1240
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1209 TGGTAGCTCTAGCACCTCTTTGCCAAGTGCTTCCACCAATACTCTAATGTTGCAAGCAAA 1268
Query 1241 CTATACACAACCCCTGCATATAGCCTCAGATGGAATTCAGCCTTGCATCGAGGGAACTCC 1300
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 CTATACACAACCCCTGCATATATCCTCAGATGGAAATCAGCCTTGCATCGAGGGAACTCC 1328
Query 1301 GTCCAACTCTGCCTCCCCAAACATCAGTTTCCAAGGCTTATCTAGATTTCCTGGTCATAG 1360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1329 GTCCAACTCTGCCTCCCCAAACATCAGTTTCCAAGGCTTATCTAGATTTCCAAGTCATAG 1388
Query 1361 CTGGCAAGGGAATTTGAACACAACCAGATTCCCACCGAGTTCCTTACCACTAAATCTTGC 1420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1389 CTGGCAAGGGAATTTGAACACAACCAGATTCCCACCGAGTTCCTTACCTCTAAATCCTGC 1448
Query 1421 TTTCTTGCCGGATCAAGTGACATGTGCAGGGAACAATCTGGGAGATTGTACTTCTTTGGT 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1449 TTTCTTGCCGGATCAAGTGACATGTGCAGGGAACAATCTGGGAGATTGTACCTCTTTGGT 1508
Query 1481 TTCTGCAGAGAATCCTGGTGGAGAGATGCAGTGTGATCCTCAATTACTTGGCGGCTTCAT 1540
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1509 TTCTGCAGGGAATCCTGGTGGAGAGATTCAGTGTGAGCCTCAGTTACTTGGCGGCTTCAT 1568
Query 1541 GCAGAACGTGAATCCGTTAGGCGGACAGAAATGGGAGCAACAGAACTGCACCATGCTGAA 1600
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1569 GCAGAACATGAATCCGTTAGACGGACAGAAATGGGAGCAACAAAACTGCACCATGCTGAA 1628
Query 1601 CAATCCATTCGGTAACATTGAGTATCCTCTACCCGCAGATAACATGGTTTTCAGAGACAA 1660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 CAATCCATTCGGTAACATTGAGTATCCTCTACCCGCAGATAACATGGTTTTCAGAGACAA 1688
Query 1661 CAATTCAACCAGAAGCAAAGGCTTGGATGAGTCACTGATGAACCCAATAGACAACAGTCA 1720
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 CAATGCAACCAGAAGCAAAGGCTTGGATGAGTCACTGATGAACCCAATAGACAACAGTCA 1748
Query 1721 AGAGTATGTTGGAAAAGCTACTACAATGCTGGATCCAGAGATGAAGTCGGGAAAGCCAGA 1780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1749 GGAGTATGTTGGAAAAGCTACTACAATGCTGGATCCAGAGATGAAGTCAGGAAAGCCAGA 1808
Query 1781 GAATGACAACCAGCATGATGTATTCGATGACATAATGAATGAGATGATGAAACAGGAGGA 1840
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1809 GAATGACAACCAGCACGATGTATTCGATGACCTAATGAATGAGATGATGAAACAGGAGGA 1868
Query 1841 GAATAACGGAATGGTGCCAGTGGCTACTAGATTTGGCTTTGATTCATTTCCTCCACCTTA 1900
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1869 GAATAACGGAATGGTGTCAGTGGCTACTAGATTTGGCTTTGATTCGTTTCCTCCGCCTTA 1928
> Ahg950510 jgi|Araly1|950510|scaffold_802397.1
Length=1378
Score = 239 bits (129), Expect = 6e-62
Identities = 230/277 (83%), Gaps = 14/277 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 496 ATGAAGATGACAGTGACAGAGAAGAGGATGATGGTGAGGGGAGTGAACAGGATGGTGACG 555
|||||||||| ||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||| ||||| | |
Sbjct 82 ATGAAGATGATAGTGACAGAAAAGAAGAAGATGGTAAGGGGAATGAACACAATGGT-ATG 140
Query 556 G-GTCAGGTACGCGGAA-GAAGCCACGTGTTGTTTGGTCTCAGGAGCTTCACCAGAAGTT 613
| |||| |||| | ||| |||| ||| |||||| | |||||| |||||||||||
Sbjct 141 GAGTCATGTAC-CCGAATGAAG---CGTACCGTTTGGACAGTGGAGCTCCACCAGAAGTT 196
Query 614 TGTCAGTGCCGTTCAGCAATT--G-GGCCTCGACAAGGCTGT-TCCCaaaaaaaTACTTG 669
||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| | ||| || |||||| ||
Sbjct 197 TGTCAATGCTGTTCAGCAATTGGGAGGCGTCGACAAGGCT-TCTCCTGAACAAATACATG 255
Query 670 ATCTCATGAGTATAGAAGGTCTCACTAGGGA-AAACGTAGCCAGTCATTTGCAGAAGTAC 728
|||||||| | ||||||||||| | || || ||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 256 CTCTCATGAATGTAGAAGGTCTC-CCAGTGATAAATGTAGCCAGCCATTTGCAGAAGTAC 314
Query 729 AGACTGTACTTGAAAAAGATAGACGAAGGTCAGCAGC 765
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 315 AGACTGTACTTGAAAAAGATAGACGAAGGTCAGCAGC 351
Score = 191 bits (103), Expect = 2e-47
Identities = 143/162 (88%), Gaps = 4/162 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 946 ACTCCTCCAGCTTCATCCAACAGGGGCATCACCAGAACTCAAGCAATTCAGCTAATCCGT 1005
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 421 ACTGCTCCAGCTTCATCCAACAGGGGCATCACCAGAACTCAAGCAACTCAGCTAATCCAT 480
Query 1006 TTGGAACATATCACAGTACTCTGTCACCAAGAATCCAGAACGTGAAT-CTGTTTCAGCGA 1064
|| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||| | |
Sbjct 481 CTGAAACATATCACACTACTCTGTCACCAAGAGTCCAGAAAGTGAATAC-GTTTCAACCA 539
Query 1065 ACTTCATCTCCACTAGAA-CCCCTCCAGTTTCCTAGAAGCAA 1105
| ||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||
Sbjct 540 AGTTCATCTCCACTA-AAGCCCCTATTGTTTCCTAAAAGCAA 580
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71419209375
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5