BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58100.1
Length=3169
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg950512 jgi|Araly1|950512|scaffold_802399.1 4822 0.0
> Ahg950512 jgi|Araly1|950512|scaffold_802399.1
Length=2878
Score = 4822 bits (2611), Expect = 0.0
Identities = 2784/2869 (97%), Gaps = 5/2869 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 155 agaagaagaagaagaagaCGATGCGGAGATTCGGGGCTGGGAACAGATCCGTTTCCAAGC 214
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGAAGAAGAAGAAGAAGACGATGAGCAGATTCGGGGCTGGGAACAGATCCGTTTCCAAGC 60
Query 215 TCGTACTCACCATTTGTGTAGCTATCCTGTTCATACCATCTCTATCGTATGGAGCTTCAC 274
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 TCGTATTCACCATTTGTGTTGCTATCCTGTTCATACCATCTCTATCATATGGAGCTTCAC 120
Query 275 AAGGGAACCGGAAGACGGCGAAGTCTTCTGTGTTTTCCTTGTTCAATCTTAGGGATAAAA 334
| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 ATGGAAACCGTAAGACGGCGAAGTCTTCTGTATTTTCCTTGTTCAATCTTAGGGACAAAA 180
Query 335 GCAGATTTTGGAGCGAGTCTGTTTTTCGTACTGATTTTGATGATTTGGAGTCTTCCGTTC 394
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 181 GCAGATTTTGGAGCGAGTCTGTCTTTCGTACCGATTTTGATGATTTGGAGTCTTCGGTTC 240
Query 395 ACTCGAATTCTGGTGTGCTGAATTACACTAAGTCAGGAAATATTGCGAGTTACTTAGAGC 454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ACTCGAATTCTGGTGTGCTGAATTACACTAAGTCAGGAAATATTGCGAGTTACTTAGAGC 300
Query 455 TTATGGAAGTCGATTCTGTCTATCTTCCAGTGCCAGTTAATTTTATCTTCATAGGGTTTG 514
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 301 TTATGGAAGTCGATTCTGTCTATCTTCCCGTGCCAGTTAATTTTATTTTCATAGGGTTTG 360
Query 515 AAGGAAAAGGGAACCAAGACTTCAAACTCCGTCCCGAGGAACTTGAGCGTTGGTTTAATA 574
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AAGGAAAAGGAAACCAAGACTTCAAACTCCGTCCCGAGGAACTTGAGCGTTGGTTTAATA 420
Query 575 AACTTGATCACATGTTTGAACATACACGAGTTCCACAAATCAAAGAAGTTCTCAATCCCT 634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AACTTGATCACATGTTTGAACATACACGAGTTCCACAAATCAAAGAAGTTCTCAATCCCT 480
Query 635 TTTACAAGATTAACATTGAAAAGGAGGTGCAGCACCATCTTCCTATCATCAGTCGCGTGA 694
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTTACAAGATTAACATTGAAAAGGAGGTGAAGCACCATCTTCCTATCATCAGTCGCGTGA 540
Query 695 ACTACAACTTTTCTGTTCATGCTATACAAATGGGAGAAAAGGTGACATCAGTAATTGAAC 754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACTACAACTTTTCTGTTCATGCTATACAAATGGGAGAAAAGGTGACATCAGTAATTGAAC 600
Query 755 ACGCAATCAAAGTTTTAGCTCGCAAAGATGATGTGGCTACCAATAAAGATGAGGAAAGTG 814
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCGCAATCAAAGTTTTAGCTCGCAAAGATGATGTGTCTACCAATAAAGATGAGGAAAGTG 660
Query 815 CTCTACTGCAAGTGGATGCTGAGATGATGGAATTCATTTTCACTAGCCTTGTCGAATATT 874
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CTCTATTGCAAGTGGATGTTGAGATGATGGAATTCATTTTCACTAGCCTTGTCGAATATT 720
Query 875 TTCATCTCGAGGATGCATACAACCTTTTTATTTTGAATCCCAAGCACGATAACAAAAAAG 934
| ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 721 TCCATCTCGAGGATGCATACAACGTATTTGTTTTGAATCCCAAACACGATAACAAAAAAG 780
Query 935 CCAAATATGGATACCGGAGAGGGTTTTCAGAGTCAGAGATATCTTATCTGAAAGAGAACA 994
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CCAGATATGGATACCGGAGAGGGTTTTCAGAGTCAGAGTTATCTTATCTGAAAGAGAACA 840
Query 995 AGGAAATAC-TAAAAAATCTTCTTCAGTCTGGAAAACCGTCAGAAAATATTTTAGCATTT 1053
||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGGAAATACTTAAAAAA-CTTCTTCAGTCTGGAAAACCGTCAGAAAATATTTTAGCATTT 899
Query 1054 GATATGGTGAGGAAGCCATTGTACGACAGACATCCAATGCTGAAATTTTCCTGGACAAAT 1113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GATATGGTGAGGAAGCCATTGTACGACAGACATCCAATGCTGAAATTTTCCTGGACAAAT 959
Query 1114 GCAGAGGAGACTGATACGGCTGAGTGGTTTAATGCATGCCAGGATGCTCTTAACAAGTTG 1173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCAGAGGAGACTGATACGGCTGAGTGGTTTAATGCATGCCAGGATGCTCTTAACAAGTTG 1019
Query 1174 GAACAGCTATCTCTTGGTAAAGATGCAGCCGAACTCATTCAGAGTAAGGTTTTGCAGTTG 1233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GAACAGCTATCTCTTGGTAAAGATGCAGCCGAACTCATTCAGAGTAAGGTTTTGCAGTTG 1079
Query 1234 CTTAGAGGAAAAAATGAAGATATGAAGGTGTTCCTAGAGAAGGATTTAAGAGCTGGAGAC 1293
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1080 CTTAGAGGGAAAAATGAAGATATGAAGGTGTTTCTAGAGAAGGATTTAAAAGCTGGAGAC 1139
Query 1294 TTTAGCAATCTTAACGCAGAATGTCTGACTGATATCTGGATCGGAAAGGGCAGGTGGGCA 1353
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TTTGGCAATCTTAACGCAGAATGTCTGACTGATATCTGGATCGGAAAGGGCAGGTGGGCA 1199
Query 1354 TTTATCGATTTAACTGCTGGCCCTTTTTCATGGGGACCTTCTGTCGGTGGGGAAGGAGTG 1413
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TTTATCGACTTAACTGCTGGCCCTTTTTCATGGGGACCTTCTGTCGGTGGGGAAGGAGTG 1259
Query 1414 CGAACCGAACTTAGTTTGCCAAATGTGGGAACGACTATTGGTGCAGTTGCAGAAATTTCT 1473
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1260 CGAACCGAACTTAGTTTGCCAAATGTGGGAAAGACTATTGGTGCAGTTGCAGAAATATCT 1319
Query 1474 GAAGATGAAGCAGAAGACAAACTGCAAACTGCAATTCAGGATAAATTTTCTGTATTTGGA 1533
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GAAGATGAAGCAGAAGACAAACTGCAAGCTGCAATTCAGGATAAATTTTCTGTATTTGGA 1379
Query 1534 GAGAATGACCATCAGGCTGTTGACATTCTTCTAGCGGAGATTGATGTATATGAACTATTT 1593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GAGAATGACCATCAGGCTGTTGACATTCTTCTAGCGGAGATTGATGTATATGAACTATTT 1439
Query 1594 GCTTTCAAGCACTGCAAGGGAAGGAAGGTGAAGCTTGCTCTTTGTGAAGAACTTGATGAA 1653
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GCTTTCAAGCACTGCAAGGGAAGGAAAGTGAAGCTTGCTCTTTGTGAAGAACTTGATGAA 1499
Query 1654 AGAATGCGGGATTTAAAGACCGAGCTCCAGTCATTTGACGGAGAGGAATATGATGAGACT 1713
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AGAATGCGGGATCTAAAAACCGAGCTCCAGTCATTTGACGGAGAGGAATATGATGAGACT 1559
Query 1714 CATAAGAGAAAAGCCATGGATGCACTAAGACGAATGGAGAGCTGGAACTTGTTTAGTGAT 1773
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1560 CACAAGAGAAAAGCCATGGATGCACTAAGACGAATGGAGAGCTGGAATTTGTTTAGTGAT 1619
Query 1774 GAACGTGAGGAGTTCCAAAATTACACAGTTGCACGCGATACTTTCCTTGCACATTTAGGT 1833
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GAACATGAGGAGTTCCAAAATTACACAGTTGCACGCGATACTTTCCTTGCACATTTAGGT 1679
Query 1834 GCTACTCTCTGGGGATCCATGAGACATATAATATCCCCATCAGTTGCTGATGGTGCATTT 1893
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GCTACTCTCTGGGGATCCATGAGACATATAGTATCCCCCTCAGTTGCTGATGGTGCATTT 1739
Query 1894 CATCATTATGAGAAGATCTCTTTTCAGCTTGTCTTCATCACCCAAGAGAAAGTTCGACAA 1953
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 CATCATTATGAGAAGATCTCTTTTCAGCTTATCTTCATCACCCAAGAGAAAGTTCGACAA 1799
Query 1954 ATCAAACAGCTACCGGTGGATCTCAAGGCCCTCATGGATGGGCTTTCTTCGCTGTTGTTA 2013
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 ATCAAACAGCTGCCGGTGGATCTCAAGGCCCTCATGGATGGGCTTTCTTCGCTGTTGTTG 1859
Query 2014 CCTTCTCAGAAGCCTTTGTTCAGCCAGCATATGTTAACACTCTCTGAGGATCCTGCATTG 2073
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 CCTTCTCAGAAGCCTATGTTCAGCCAGCATATGTTAACACTCTCTGAGGATCCTGCATTG 1919
Query 2074 GCTATGGCTTTTTCAGTGGCACGAAGGGCAGCAGCTGTCCCTCTATTACTTGTCAATGGA 2133
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1920 GCTATGGCTTTTTCAGTAGCCCGAAGGGCAGCAGCTGTCCCTCTATTGCTTGTCAATGGA 1979
Query 2134 ACTTACCGGAAGACTGTTCGTTCATATCTTGATTCATCAATCCTCCAGTACCAATTACAG 2193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 ACTTACCGGAAGACTGTTCGTTCATATCTTGATTCATCAATCCTCCAGTACCAATTACAG 2039
Query 2194 AGGGTGAACGATCACACTTCCCTTAAAGGAGGTCATGCCCACAGCAGGTCCACTCTTGAA 2253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AGGGTGAACGATCACACTTCCCTTAAAGGAGGTCATGCCCACAGCAGGTCCACTCTTGAA 2099
Query 2254 ATTCCTATCTTTTGGCTCATCAGTGGTGATCCGCTACTGATTGACAAGCATTATCAAGCA 2313
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 ATTCCTATCTTTTGGCTCATCAGTGGTGATCCACTGCTGATTGACAAGCATTATCAAGCA 2159
Query 2314 AAGGCGCTTTCGAACATGGTTGTTGTTGTTCAGTCGGAGGCCTCTTCATGGGAGAGCCAT 2373
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2160 AAGGCGCTTTCAAACATGGTTGTTGTTGTTCAGTCGGAGGCATCTTCATGGGAGAGCCAT 2219
Query 2374 TTGCAATGCAACGGGCGATCACTATTATGGGATCTGAGGAGCCCCGTGAAAGCAGCCATG 2433
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 TTGCAATGCAACGGGCGATCACTGTTATGGGATCTAAGGAGCCCCGTGAAAGCAGCCATG 2279
Query 2434 GCTTCTGTTGCTGAACATCTAGCTGGATTGCTTCCTCTTCATCTTGTCTACAGTGTAGCT 2493
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2280 GCTTCTGTTGCTGAACATCTAGCCGGATTGCTTCCTCTTCATCTCGTCTACAGTGTAGCG 2339
Query 2494 CATGAAAGTGCAATTGAGGACTGGACATGGTCAGTAGGTTGCAATCCCTTTTCCGTCACT 2553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 CATGAAAGTGCAATTGAGGACTGGACATGGTCAGTAGGTTGCAATCCCTTTTCCGTCACT 2399
Query 2554 TCTCAAGGTTGGCTCCTTTCACAGTTTCAATCTGACACAATTGCCCGGAGCTATATGATT 2613
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2400 TCTCAAGGTTGGCTCCTTTCACAGTTTCAATCTGACACAATTGCCCGGAGTTATATGATT 2459
Query 2614 ACAGCGCTTGAAGAATCAATACAAGCTGTCAATTCTGGGATTCATCTTTTGCGGCTGGAG 2673
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 2460 ACGGCGCTTGAAGAATCAATACAAGCAGTCAATTCAGGGATCCATCTTCTGCGGCTGGAG 2519
Query 2674 AGAACGAATAAAAAGACGTTTAAGCTCTTCCAATCAAGGGAACGTGAGCTGATGAACAAG 2733
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 AGAACGAATAAAAAAACGTTTAAGCTCTTCCAATCAAGGGAACGTGAGCTGATGAACAAG 2579
Query 2734 TACAAGTACGTGGTTAGCCTGTGGAGACGACTTTCGAATGTTGCTGGAGAAACACGCTAT 2793
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2580 TACAAGTACGTGGTTAGCCTGTGGAGACGACTTTCGAATGTTGCGGGAGAAACACGATAT 2639
Query 2794 GGGGATGCCATGAGATTTCTGCATACCTTAGAGGAAGCTACTAGCTCATTTGTAAGAGAA 2853
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2640 GGGGATGCCATGAGATTTCTGCATACCTTAGAAGAAGCTACTAGCTCATTCGTAAGGGAA 2699
Query 2854 GTGAATGCAACAGTGGGTGTTTTGCACCCAATTCACTGCACAAAAGAGAGGAAGGTGAAA 2913
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 GTGAATGCAACAGTGGGGGTTTTGCATCCAATTCACTGCACAAAAGAGAGGAAGGTGAAA 2759
Query 2914 GTGGAAGTGGACATGACAACAATACCTGCCTTTATCATAGTACTGATT-TTACTTTACGC 2972
|| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||
Sbjct 2760 GTAGAAGTGGACATGACCACAATTCCTGCCTTTATCATAGTTTTGATTCTT-CTTTACGC 2818
Query 2973 TGTCTTAAGGCCAAGAGCTCCTAAGCCAAAGATCAACTGATGTC-AAAA 3020
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 2819 TGTCTTAAGGCCAAGAGCTCCTAAGCCAAAGATTAACTGATGTCTAAAA 2867
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119717640035
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5