BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58230.1
Length=1626
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495932 jgi|Araly1|495932|fgenesh2_kg.8__1748__AT5G58230.1 2300 0.0
> Ahg495932 jgi|Araly1|495932|fgenesh2_kg.8__1748__AT5G58230.1
Length=1412
Score = 2300 bits (1245), Expect = 0.0
Identities = 1345/1393 (97%), Gaps = 8/1393 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 37 TAAAGAGATCTGTTTTAGGGTTTTGCCTTGTTCTTGTGGCGGGAATAACAAAGACATCGC 96
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 21 TAAAGAGATCTGTTTTAGGGTTTTGCTTTGTTCTTGTGGCGGGAATAACAAAGACATCGC 80
Query 97 CGATATGGGGAAAGACGAAGAGGAAATGCGAGGTGAGATCGAGGAGCGACTAATCAATGA 156
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 81 CGAGATGGGGAAAGACGAAGAGGAAATGCGAGGTGAGATTGAGGAGCGACTAATCAATGA 140
Query 157 AGAGTACAAGATCTGGAAGAAGAACACTCCTTTCCTCTACGATCTCGTTATTACTCACGC 216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 141 AGAGTACAAGATCTGGAAGAAGAACACTCCTTTCCTCTACGATCTCGTTATTACTCACGC 200
Query 217 TCTCGAGTGGCCTTCACTTACTGTTGAATGGCTTCCTGACCGTGAAGAACCTTCCGGTAA 276
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 201 CCTCGAGTGGCCTTCACTTACTGTTGAATGGCTTCCTGACCGTGAAGAACCTTCCGGCAA 260
Query 277 AGACTACTCCGTTCAGAAGATGATTCTCGGTACCCATACCTCCGAGAGCGAGCCCAATTA 336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 261 AGACTACTCCGTTCAGAAGATGATTCTCGGTACCCATACCTCCGAGAACGAGCCTAATTA 320
Query 337 CTTGATGCTAGCCCAAGTTCAGCTTCCTCTTGACGATACCGAGAGTGAAGCTCGTCAGTA 396
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 CTTGATGCTAGCACAAGTTCAGCTTCCTCTTGACGATACCGAGAGTGAAGCTCGTCAGTA 380
Query 397 CGATGATGACCGCTCTGAATTTGGTGGCTTTGGCTGTGCAACTGGAAAGGTACAAATTAT 456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 381 CGATGATGACCGCTCTGAATTTGGTGGCTTTGGCTGTGCTACTGGAAAGGTGCAAATTAT 440
Query 457 CCAGCAGATAAATCATGATGGTGAGGTTAATCGAGCTCGCTATATGCCTCAAAACCCTTT 516
||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||
Sbjct 441 CCAACAGATTAATCATGATGGCGAGGTTAATCGAGCTCGCTACATGCCCCAAAACCCATT 500
Query 517 CATAATTGCTACCAAGACAGTTAATGCGGAGGTCTATGTTTTCGATTACAGTAAGCATCC 576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 CATAATTGCTACCAAGACAGTTAATGCGGAGGTCTATGTTTTCGATTACAGTAAGCATCC 560
Query 577 ATCTAAGCCTCCTCTTGATGGGGCTTGTAATCCTGATTTAAAGCTTAGAGGTCACAGCTC 636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 561 ATCTAAGCCTCCTCTTGATGGGGCTTGTAATCCTGATTTAAAGCTTAGAGGTCACAGTTC 620
Query 637 TGAGGGATATGGTCTCTCTTGGAGTAAGTTCAAGCAGGGTCATTTGCTTAGTGGCTCTGA 696
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 621 TGAGGGATATGGTCTCTCTTGGAGTAAGTTCAAGCAGGGTCATTTGCTCAGCGGCTCTGA 680
Query 697 TGATGCTCAGATCTGCTTGTGGGATATTAACGCTACTCCTAAAAACAAATCTCTGGACGC 756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 681 TGATGCTCAGATCTGCTTGTGGGATATTAACGCTACTCCTAAAAACAAATCCCTTGACGC 740
Query 757 TCAGCAGATTTTTAAGGCTCATGAAGGGGTTGTGGAAGATGTTGCATGGCATCTGAGACA 816
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TCAGCAGATCTTTAAGGCTCATGAAGGCGTTGTGGAAGATGTTGCATGGCATCTGAGACA 800
Query 817 TGAGTACCTGTTTGGATCAGTTGGAGATGACCAATACCTTCTCATATGGGATCTGCGTTC 876
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 801 TGAATACCTGTTTGGATCCGTTGGAGATGACCAATACCTTCTTATATGGGATCTTCGTTC 860
Query 877 TCCATCTGCCAGTAAACCAGTACAGTCTGTGGTTGCTCATTCGATGGAGGTTAACTGCTT 936
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 TCCTTCTGCCAGTAAACCAGTACAGTCTGTGGTTGCTCATTCGATGGAGGTTAACTGCTT 920
Query 937 AGCCTTCAATCCATTTAATGAGTGGGTTGTGGCAACAGGATCAACTGACAAGACTGTTAA 996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 AGCCTTCAATCCATTTAATGAGTGGGTTGTGGCAACAGGATCAACTGACAAGACTGTTAA 980
Query 997 ATTATTCGATCTACGGAAGCTAAGCACCGCTCTTCACACATTTGATAGCCACAAAGAGGA 1056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 ATTATTCGATCTACGGAAGCTAAGCACCGCTCTTCACACATTTGATAGCCACAAAGAGGA 1040
Query 1057 GGTTTTTCAAGTTGGTTGGAACCCAAAGAACGAGACTATTTTAGCTTCATGTTGCCTTGG 1116
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1041 GGTTTTCCAAGTTGGTTGGAACCCAAAGAACGAGACTATCTTAGCCTCATGTTGCCTTGG 1100
Query 1117 TAGAAGACTTATGGTTTGGGACCTTAGCAGGATCGATGAGGAACAGACAGTGGAGGACGC 1176
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||
Sbjct 1101 TAGAAGGCTTATGGTTTGGGACCTTAGCAGGATCGATGAGGAGCAGACACTGGAGGATGC 1160
Query 1177 AGAAGACGGCCCACCTGAGCTGCTGTTTATTCACGGTGGTCACACTAGCAAAATTTCAGA 1236
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1161 AGAAGACGGTCCACCTGAGCTGCTGTTTATTCACGGTGGTCACACTAGCAAAATTTCAGA 1220
Query 1237 TTTCTCGTGGAACCCTTGTGAAGATTGGGTTATTTCCAGTGTTGCTGAGGACAACATACT 1296
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1221 TTTCTCGTGGAACCCTTGCGAAGATTGGGTTATCTCCAGTGTTGCTGAGGACAACATACT 1280
Query 1297 CCAAATATGGCAAATGGCTGAAAACATCTATCATGATGAGGATGACGCTCCAGG----GG 1352
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1281 CCAAATATGGCAAATGGCTGAGAACATCTATCATGATGAGGATGACGCTCCAGGTCCAGG 1340
Query 1353 --AAGAACCATCAAAAGCTTCTTAGCTTGTTATTTAGTATCCAAAGCGCA-CTGATCTTA 1409
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1341 GGAAGAACCATCAAAAGCTTCTTAGCTTATTATTTAGTATCCAAAGCG-AGCTGATCTTA 1399
Query 1410 TGGGACAGTATTT 1422
|||||||||||||
Sbjct 1400 TGGGACAGTATTT 1412
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60944392000
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5