BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58290.1
Length=1544
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495939 jgi|Araly1|495939|fgenesh2_kg.8__1755__AT5G58290.1 2420 0.0
Ahg492017 jgi|Araly1|492017|fgenesh2_kg.7__1450__AT4G27680.1 93.5 4e-18
> Ahg495939 jgi|Araly1|495939|fgenesh2_kg.8__1755__AT5G58290.1
Length=1523
Score = 2420 bits (1310), Expect = 0.0
Identities = 1463/1535 (95%), Gaps = 18/1535 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTACTCCAAAGATATCTCGGTTCGCAAAAGTCTATTTAATTTCATAGCAATCTCACTTT 60
|||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 1 TCTACTCCAAAGATCTATCGGTTCACAAAAGTCTATTTATTTTCCTAGCAATCTCAC--- 57
Query 61 TCTCTTCCCCCACCCTCAAAGATCTCTCA--AAGAATGGCTTCCGCGGCTGTTGCATCGA 118
| | || ||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 58 T-T-TT--------CTCAAAGATCTCTCACCGATAATGGCTTCTGCAGCTGTTGCATCGA 107
Query 119 TGGTTCTTGACCCTAAAGCATCACCGGCCTTGATGGATCTATCCACCGCAGACGAAGAAG 178
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 108 TGGTTCTTGACCCTAAAGCATCTCCGGCTTTGATGGATCTATCCACCGCAGACGAAGAAG 167
Query 179 ATCTCTATGGCCGCCTCAAATCGCTTGAACGACAACTAGAGTTCACCGATATCCAAGAAG 238
|||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 168 ATCTCTATGGTCGCCTGAAATCGCTTGAACGGCAACTAGAGTTCACCGATATCCAAGAGG 227
Query 239 AATATGTGAAAGACGAGCAAAAGAATCTCAAACGAGAGCTGTTACGAGCACAAGAAGAGG 298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||
Sbjct 228 AATATGTGAAAGACGAGCAAAAGAATCTCAAACGAGAGCTGTTACGGGCTCAAGAGGAGG 287
Query 299 TCAAACGAATTCAATCCGTGCCTTTGGTGATAGGTCAGTTCATGGAGATGGTAGATCAGA 358
||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 288 TCAAACGAATTCAATCCGTGCCTCTCGTGATTGGTCAGTTCATGGAGATGGTAGATCAGA 347
Query 359 ACAACGGCATCGTCGGATCTACTACTGGCTCCAATTACTATGTCAGAATTCTCAGCACAA 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 348 ACAACGGCATCGTCGGATCTACTACTGGCTCCAATTACTATGTCAGAATTCTCAGCACCA 407
Query 419 TCAATAGAGAACTCTTAAAGCCTTCTGCTTCCGTCGCTCTTCACCGTCACTCCAACGCCC 478
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 408 TCAACAGAGAACTCTTAAAGCCTTCTGCTTCCGTCGCTCTTCACCGTCACTCCAACGCTC 467
Query 479 TTGTTGATGTTTTGCCTCCGGAGGCTGATTCTAGCATCTCCCTTCTCAGCCAATCTGAGA 538
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 TTGTTGATGTTTTGCCCCCGGAGGCCGATTCTAGCATCTCCCTTCTCAGCCAATCTGAGA 527
Query 539 AGCCTGACGTCTCCTACAATGATATTGGAGGATGCGATATTCAGAAACAGGAAATTCGTG 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 AGCCTGACGTCTCCTACAATGATATTGGAGGATGCGATATTCAGAAACAGGAAATTCGTG 587
Query 599 AGGCTGTTGAATTGCCTCTTACCCACCACGAGCTTTACAAACAGATTGGTATTGACCCAC 658
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 588 AGGCTGTTGAATTGCCTCTGACCCACCACGAGCTTTACAAGCAGATTGGTATAGACCCAC 647
Query 659 CTCGTGGAGTCTTGCTCTATGGACCTCCTGGTACTGGAAAGACTATGTTGGCTAAGGCTG 718
| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 CACGCGGTGTCTTGCTCTATGGACCTCCTGGTACTGGAAAGACTATGTTGGCTAAGGCTG 707
Query 719 TTGCCAATCACACAACTGCTGCCTTCATTAGGGTTGTTGGATCCGAGTTTGTGCAAAAGT 778
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 708 TTGCTAATCACACAACTGCTGCCTTCATTAGGGTTGTTGGATCCGAGTTTGTTCAAAAGT 767
Query 779 ATCTCGGCGAGGGACCTCGTATGGTTCGTGATGTCTTCCGTCTTGCCAAGGAAAATGCTC 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 768 ATCTCGGCGAGGGACCTCGTATGGTTCGTGATGTCTTCCGTCTTGCCAAGGAAAACGCTC 827
Query 839 CAGCTATCATCTTCATTGATGAGGTAGATGCCATCGCTACTGCTAGGTTTGATGCTCAAA 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 CAGCTATCATCTTCATTGATGAGGTAGATGCCATCGCTACTGCTAGGTTTGATGCTCAAA 887
Query 899 CAGGAGCCGATAGGGAAGTTCAGCGTATTCTCATGGAGCTTCTTAATCAGATGGATGGAT 958
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 CAGGAGCTGATAGGGAAGTTCAACGTATTCTCATGGAGCTTCTTAATCAGATGGATGGAT 947
Query 959 TTGACCAGACCGTGAATGTCAAGGTCATAATGGCAACAAACAGGGCAGACACTCTAGATC 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 TTGACCAGACCGTGAATGTCAAGGTCATAATGGCAACCAACAGGGCAGACACTCTAGATC 1007
Query 1019 CTGCTCTCTTACGTCCTGGAAGACTTGATCGTAAGATTGAGTTCCCCCTTCCTGATAGAC 1078
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 CTGCACTCTTACGTCCTGGGAGACTTGATCGTAAGATTGAGTTCCCCCTTCCTGATAGAC 1067
Query 1079 GTCAAAAGAGGCTTGTTTTCCAGGTATGCACCTCCAAAATGAACCTTAGCGATGAGGTTG 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1068 GTCAAAAGAGGCTTGTTTTCCAGGTATGCACCTCCAAAATGAACCTCAGCGATGAGGTTG 1127
Query 1139 ACTTGGAAGACTATGTTTCACGGCCTGATAAAATTAGCGCTGCTGAGATAGCAGCAATTT 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1128 ACTTGGAAGACTATGTTTCACGGCCTGATAAAATTAGTGCTGCTGAGATAGCAGCAATCT 1187
Query 1199 GCCAGGAAGCTGGTATGCATGCGGTGCGAAAGAACAGATATGTGATACTACCTAAGGATT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 GCCAGGAAGCTGGTATGCATGCGGTGCGAAAGAACAGATATGTGATACTACCTAAGGATT 1247
Query 1259 TCGAGAAGGGCTACCGCGCAAATGTTAAGAAGCCAGACACGGACTTTGAGTTTTACAAGT 1318
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 TCGAGAAGGGGTACCGCGCAAATGTTAAGAAGCCAGACACGGACTTTGAGTTTTACAAGT 1307
Query 1319 GAAGAGAAAGCAGAAGTGGAACCAGATTATGGCTGTTGTTAAAATTCCAGTGTGTTTTGA 1378
|||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 GAAGAGAATGCAGAAATGGAATCAGATTATGGCTGTTGTTAAAATTCCAGTGTGTTTTGA 1367
Query 1379 GAATTATTAA-GGACATGGAATCAAATTTGCAGTTAAATTAAGAACTAAGTTGCATCTCC 1437
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1368 GAATTATTTATGGACATGGAATCAAATTTGCAGTTAAATTATGAACTAAGTTGCATCTC- 1426
Query 1438 TAATTTCTGTAACTCGAGTTCACATTTGTTTTTAGTCTATCAGCTTTTTACAGTTTAATG 1497
|||||| || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 TAATTTGTGGAACTCGAGTTCATATTTGTGTTTAGTCTATCAGCTTTTTACAGTTTAATG 1486
Query 1498 TATAAGAAAAACTGGGGATGGTGTCCTTAGAATTG 1532
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 TATAAGAAAA-CAGGGGATGGTGTCCTTAGAATTG 1520
> Ahg492017 jgi|Araly1|492017|fgenesh2_kg.7__1450__AT4G27680.1
Length=1415
Score = 93.5 bits (50), Expect = 4e-18
Identities = 57/60 (95%), Gaps = 2/60 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 667 GTCTTGCTCTATGGACCTCCTGGTACTGGAAAGACTATG-TTGGCTAAGGCTGTTGCCAA 725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||
Sbjct 521 GTCTTGCTCTATGGACCTCCTGGTACTGGAAAGACTATGCTTG-CTAAGGCTATTGCCAA 579
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 57820991910
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5