BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58300.1
Length=2387
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg917547 jgi|Araly1|917547|Al_scaffold_0008_2298 3234 0.0
Ahg495943 jgi|Araly1|495943|fgenesh2_kg.8__1759__AT5G58310.1 115 1e-24
> Ahg917547 jgi|Araly1|917547|Al_scaffold_0008_2298
Length=1977
Score = 3234 bits (1751), Expect = 0.0
Identities = 1902/1977 (96%), Gaps = 2/1977 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 210 ATGATGCAGTTCCATTTCCAGTTTTATGTTGGTCCAGTATTTACCTTGAGACCGTCAAAG 269
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGATGCAGCTCCATTTCCAGATTTATGTTGGTCCAATATTTGCCTTGAGACCCTCAAAG 60
Query 270 GGGTTCTTGTCTACTTGTCTTGTCTCTTTCTTGTTTGTCACAACTACTTTCTGCTCTTAT 329
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 GGGTTCTTGTCTGCTTGTCTTGTGTCTTTCTTGTTAGTCACAACTACTTTCTGCTCTTTT 120
Query 330 GCTATTGCCGACCTGAACTCGGATAGGCAAGCTCTTCTTGCATTTGCTGCTTCTGTTCCT 389
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTATTGCGGACCTGAACTCGGATAGGCAAGCTCTTCTTGCCTTTGCTGCTTCTGTTCCT 180
Query 390 CATCTCAGACGACTCAACTGGAATTCCACTAACCATATCTGCAAATCATGGGTTGGCGTC 449
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CATCTTAGACGGCTCAACTGGAATTCCACTAACCATATCTGCAAATCATGGGTTGGCGTC 240
Query 450 ACCTGCACTTCTGATGGTAC-TAGTGTTCACGCTCTTCGCCTTCCAGGAATTGGGCTCTT 508
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 241 ACCTGCACTTCTGATGGT-CTTAGTGTTCACGCTCTTCGCCTTCCGGGAATTGGACTCTT 299
Query 509 GGGACCAATCCCTCCAAACACACTTGGTAAACTAGAATCACTCAGGATTCTCAGTTTGAG 568
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGGACCAATCCCTCCAAACACACTTGGTAAACTAGAATCACTCAGGATTCTCAGTTTGAG 359
Query 569 ATCAAACCTCCTCAGTGGTAACCTTCCTCCTGACATTCACTCTCTCCCTTCACTAGATTA 628
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 ATCAAACCTCCTCAGTGGTAACCTTCCTCCTGATATTCACTCTCTCCCTTCACTAGATTA 419
Query 629 CATCTATCTCCAACATAACAACTTCTCTGGTGAGGTTCCTTCCTTTGTGTCCCGACAGCT 688
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 420 CATCTTTCTACAACATAACAACTTCTCTGGTGAGGTTCCTTCCTTTGTGTCCCCACAGCT 479
Query 689 CAATATCTTAGATCTCTCATTTAACTCTTTCACCGGGAAGATACCAGCAACGTTCCAAAA 748
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CAATATCCTAGATCTCTCCTTTAACTCTTTCACCGGGAAGATACCAGCAACGTTCCAAAA 539
Query 749 TCTGAAGCAATTGACAGGGTTGAGCCTCCAAAATAACAAACTTTCTGGACCAGTACCTAA 808
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TCTGAAGCAATTGACAGGGTTAAGCCTCCAAAATAACAAACTTTCTGGACCAGTACCTAA 599
Query 809 TCTTGATACAGTAAGTCTGAGACGTTTAAACTTGAGCAACAATCATCTTAATGGTTCAAT 868
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCTTGATACAGTAAGTCTGAGACGGTTAAACTTGAGCAACAATCATCTTAATGGTTCAAT 659
Query 869 ACCCTCTGCACTTGGTGGCTTTCCCAGTTCATCTTTTTCCGGAAACACATTGTTATGTGG 928
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ACCCTCTGCACTTGGTGGGTTTCCCAGTTCATCTTTTTCCGGAAACACATTGTTATGTGG 719
Query 929 ACTTCCTCTGCAACCCTGTGCCACCTCCTCTCCCCCTCCTTCGCTAACCCCACACATTTC 988
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||
Sbjct 720 ACTTCCTCTGCAACCCTGTGCCATTTCCTCTCCCCCTCCTTCTCTTACCCCGCACATCTC 779
Query 989 CACGCCTCCATTGCCGCCATTTCCTCACAAAGAAGGTTCAAAAAGGAAACTACATGTAAG 1048
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CACGCCTCCATTGCCGCCATTTCCTCACAAAGAAGGTTCAAAAAGGAAACTACATGTAAG 839
Query 1049 CACTATCATTCCTATTGCAGCTGGAGGGGCTGCTCTGCTGTTGTTGATCACCGTAATTAT 1108
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||
Sbjct 840 CACTATCATTCCTATTGCAGCTGGTGGGGCTGCACTGCTGCTGTTAATCACCGTAGTTAT 899
Query 1109 ATTATGCTGCTGTATCAAGAAAAAGGACAAGAGGGAAGACAGCATCGTAAAAGTAAAGAC 1168
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CTTGTGTTGCTGTATCAAGAAAAAGGACAAGAGGGAAGACAGCATCGTAAAAGTAAAGAC 959
Query 1169 TTTGACTGAGAAAGCAAAGCAAGAATTTGGAAGTGGGGTGCAAGAACCTGAGAAGAATAA 1228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TTTGACTGAGAAAGCAAAGCAAGAATTTGGAAGTGGGGTGCAAGAACCTGAGAAGAATAA 1019
Query 1229 GCTGGTATTCTTTAATGGATGCTCCTATAACTTTGATCTAGAGGATTTGTTGAGGGCATC 1288
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GCTGGTGTTCTTTAATGGATGCTCCTATAACTTTGATCTAGAGGATTTGTTGAGGGCATC 1079
Query 1289 AGCAGAAGTACTAGGAAAAGGTAGCTATGGGACAGCATACAAGGCTGTGTTAGAGGAATC 1348
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1080 AGCGGAAGTACTAGGAAAAGGTAGCTATGGGACAGCATACAAGGCTGTCTTAGAGGAATC 1139
Query 1349 CACAACTGTTGTGGTAAAAAGGTTGAAAGAAGTCGCAGCTGGAAAGAGGGAGTTTGAACA 1408
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1140 CACAACTGTTGTGGTAAAAAGGTTGAAGGAAGTGGCAGCTGGAAAGAGAGAGTTTGAACA 1199
Query 1409 GCAGATGGAGATTATCAGCCGGGTCGGGAACCATCCTAGTGTGGTTCCCCTCCGTGCATA 1468
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GCAAATGGAGATTATCAGTCGGGTCGGGAACCATCCTAGCGTGGTTCCCCTCCGTGCATA 1259
Query 1469 TTACTACTCCAAGGATGAGAAGCTCATGGTTTGTGATTATTACCCTGCTGGTAACTTATC 1528
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1260 TTACTACTCCAAGGATGAGAAGCTCATGGTTTGTGATTATTACTCTGCTGGTAACTTATC 1319
Query 1529 ATCACTACTCCACGGTAACCGGGGAAGTGAGAAAACGCCTCTTGACTGGGACTCCAGAGT 1588
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1320 ATCACTCCTCCATGGTAACCGGGGAAGTGAGAAAACGCCTCTCGACTGGGACTCCAGAGT 1379
Query 1589 AAAAATCACACTATCAGCGGCAAAAGGTATAGCTCATCTCCATGCAGCTGGAGGTCCAAA 1648
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1380 AAAAATCACACTATCAGCCGCAAAAGGTATAGCTCATCTCCATGCAGTTGGAGGTCCAAA 1439
Query 1649 GTTCAGTCATGGAAACATAAAGTCCTCAAATGTGATTATGAAGCAGGAGAGCGATGCGTG 1708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1440 GTTCAGTCATGGAAACATAAAGTCCTCAAATGTGATTATGAAGCAGGAGAGCGATGCATG 1499
Query 1709 CATTTCTGATTTTGGACTGACCCCTCTGATGGCTGTGCCGATTGCTCCAATGAGAGGTGC 1768
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1500 CATTTCTGACTTTGGACTGACCCCTCTGATGGCTGTGCCCATTGCTCCAATGAGGGGTGC 1559
Query 1769 AGGCTACCGCGCACCAGAAGTAATGGAAACAAGGAAACACACACATAAATCCGATGTTTA 1828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AGGCTACCGCGCACCAGAAGTAATGGAAACAAGGAAACACACACATAAATCCGATGTTTA 1619
Query 1829 CAGTTTCGGTGTACTTATACTAGAGATGTTAACTGGGAAGTCTCCAGTGCAATCACCAAG 1888
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1620 CAGTTTCGGTGTACTTATACTAGAGATGTTGACTGGGAAGTCTCCAGTGCAGTCGCCAAG 1679
Query 1889 CCGGGATGACATGGTTGATCTCCCGAGGTGGGTACAGTCAGTGGTGAGAGAGGAATGGAC 1948
||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1680 CCGAGATGACATGGTTGATCTCCCCAGGTGGGTTCAGTCAGTTGTGAGAGAGGAATGGAC 1739
Query 1949 AAGCGAGGTGTTTGATATTGAGCTGATGAGGTTTCAGAACATTGAAGAAGAAATGGTACA 2008
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 AAGCGAGGTGTTTGATGTTGAGCTGATGAGGTTCCAGAACATTGAAGAAGAAATGGTACA 1799
Query 2009 GATGCTGCAGATTGCTATGGCATGTGTAGCTCAAGTGCCTGAGGTACGACCCACCATGGA 2068
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1800 GATGCTGCAGATTGCTATGGCATGTGTAGCTCAAATGCCTGAGGTGCGACCCACCATGGA 1859
Query 2069 TGATGTTGTTAGAATGATTGAAGAGATACGAGTTTCAGACTCTGAGACCACTCGGCCATC 2128
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1860 TGATGTCGTTAGAATGATTGAAGAGATACGAGTTTCAGACTCTGAGACCACCCGGCCATC 1919
Query 2129 TTCAGATGACAATAGCAAACCCAAGGACTCCAACGTCCAAGTTTAAATCACCCCTTG 2185
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 1920 TTCTGATGACAATAGCAAACCCAAGGACTCCAACGTTCAAGTTCAAATCACCCCTTG 1976
> Ahg495943 jgi|Araly1|495943|fgenesh2_kg.8__1759__AT5G58310.1
Length=973
Score = 115 bits (62), Expect = 1e-24
Identities = 68/71 (96%), Gaps = 0/71 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 2313 ATTATTGTAGGCTCCTTTTTCTGTATCTCATAATATATATGAATATGATTCAGTTTTATG 2372
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 973 ATTATTGTAGGCTCCTTTCTATGTATCTCATAATATATATGAATATGATTCAGTTTTATG 914
Query 2373 CAAGCTAAGTA 2383
||||| |||||
Sbjct 913 CAAGCCAAGTA 903
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89931068445
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5