BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58330.1
Length=1728
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495948 jgi|Araly1|495948|fgenesh2_kg.8__1764__AT5G58330.1 2846 0.0
> Ahg495948 jgi|Araly1|495948|fgenesh2_kg.8__1764__AT5G58330.1
Length=1706
Score = 2846 bits (1541), Expect = 0.0
Identities = 1655/1710 (97%), Gaps = 8/1710 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCCATAGATTCCCCAATCCTCTTTCTTAC-TACTCTGTCGCTTGGCGCGCTCTCTCTCC 59
|||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATCCATAGATTCCCCAATCCTC--TCTTTCTTACTCTGTCGCTTGGCGCGCTCTCTCTCC 58
Query 60 ATAGTTCCAGTTCTGAAATCTCACTTTCACAGTTTGTGTCTGTGCGATAATGGCCATGGC 119
|| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 59 ATTGTTCCAGTTCTGATATCTCACTTTCACAGTCTGTCTCCGTGCGATAATGGCCATGGC 118
Query 120 AGAGCTCTCAACCCCCAAAACGACGTCGCCTTTTCTCAACTCTTCGTCTCGGCTTCGTCT 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 AGAGCTCTCAACCCCCAAAACGACGTCGCCTTTTCTCAACTCTTCGTCTCGGCTTCGTCT 178
Query 180 CTCTTCAAAATTGCACCTTTCAAACCACTTTCGCCATCTTCTTCTTCCACCTCTCCACAC 239
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 CTCTTCAAAATTGCATCTTTCAAACCATTTTCGCCAGCTTCTTCTTCCACCTCTCCACAC 238
Query 240 AACAACTCCCAACTCCAAAATCTCTTGCTCCGTTTCTCAAAATAGCCAAGCTCCTGTTGC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 239 AACAACTCCCAACTCCAAAATCTCTTGCTCCGTTTCTCAGAATAGCCAAGCTCCTGTTGC 298
Query 300 TGTGCAAGAAAATGGATTGGTGAAGACGAAGAAAGAGTGTTATGGAGTGTTCTGCCTCAC 359
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GGTTCAAGAAAATGGATTGGTGAAGACGAAGAAAGAGTGTTATGGAGTGTTCTGCCTCAC 358
Query 360 CTATGATCTTAAAGCTGAAGAAGAGACAAGATCATGGAAGAAGTTAATTAATATTGCAGT 419
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 359 CTATGATCTTAAAGCTGAAGAAGAGACTAGATCATGGAAGAAGTTAATCAATATTGCAGT 418
Query 420 TTCAGGTGCTGCAGGAATGATTTCTAACCATCTTCTCTTCAAACTTGCTTCAGGGGAAGT 479
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TTCAGGTGCTGCAGGAATGATTTCTAACCACCTTCTCTTCAAACTTGCTTCAGGGGAAGT 478
Query 480 ATTTGGTCCAGATCAACCCATTGCATTGAAACTGCTAGGATCAGAGAGATCAATTCAAGC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 479 ATTTGGTCCAGATCAACCCATTGCATTGAAACTTCTAGGATCAGAGAGGTCAATCCAAGC 538
Query 540 TCTTGAAGGTGTTGCAATGGAACTGGAGGATTCATTGTTCCCATTGTTGAGAGAAGTTGA 599
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 TCTTGAAGGTGTTGCAATGGAACTAGAAGATTCATTGTTCCCATTGTTGAGAGAAGTTGA 598
Query 600 TATAGGAACAGATCCAAATGAAGTGTTCCAAGATGTGGAGTGGGCTATTCTGATTGGAGC 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TATAGGAACAGATCCAAATGAAGTGTTCCAAGATGTGGAGTGGGCTATTCTGATTGGAGC 658
Query 660 AAAACCTCGAGGCCCTGGAATGGAACGTGCTGACTTGTTGGACATCAATGGCCAAATCTT 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AAAACCTCGAGGCCCTGGAATGGAACGTGCTGACTTGTTGGACATCAATGGCCAAATCTT 718
Query 720 TGCTGAGCAGGGCAAAGCTCTGAACAAAGCTGCCTCTCCTAACGTCAAGGTTCTTGTAGT 779
||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||
Sbjct 719 TGCTGAGCAAGGCAAAGCTCTTAACAAAGTTGCCTCTCCTAACGTCAAAGTCCTTGTTGT 778
Query 780 GGGAAACCCTTGCAACACCAATGCCTTGATTTGTCTTAAAAATGCTCCCAACATTCCTGC 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 GGGAAACCCTTGCAACACCAATGCCTTGATTTGTCTTAAAAATGCTCCCAACATTCCTGC 838
Query 840 AAAGAACTTCCATGCCCTCACGAGGTTAGACGAAAATCGTGCCAAATGCCAGCTTGCTCT 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 AAAGAACTTCCATGCCCTCACGAGGTTAGACGAAAATCGTGCCAAATGCCAGCTTGCTCT 898
Query 900 TAAAGCCGGTGTTTTCTATGACAAAGTGTCTAATATGACCATATGGGGAAATCACTCCAC 959
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TAAAGCCGGCGTCTTCTATGACAAAGTGTCTAATATGACCATATGGGGAAATCACTCCAC 958
Query 960 GACTCAGGTGCCAGACTTCTTAAATGCCAGAATTAATGGCCTGCCTGTGAAGGAGGTTAT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GACTCAGGTGCCAGACTTCTTAAATGCCAGAATTAATGGCCTGCCTGTGAAGGAGGTTAT 1018
Query 1020 TACAGATCACAAATGGTTAGAAGAGGGATTCACTGAGAGTGTGCAGAAGAGAGGTGGGTT 1079
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TACAGATCACAAGTGGTTAGAAGAAGGATTCACTGAGAGTGTGCAGAAGAGAGGTGGGTT 1078
Query 1080 ATTAATTCAGAAATGGGGTCGATCTTCTGCTGCTTCTACTGCTGTTTCCATTGTTGATGC 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATTAATTCAGAAATGGGGTCGATCTTCTGCTGCTTCTACAGCTGTTTCCATTGTTGATGC 1138
Query 1140 TATAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCGACTGGGGTGTACAC 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1139 TATAAAGTCTCTTGTAACTCCTACTCCTGAGGGTGATTGGTTTTCAACTGGGGTGTACAC 1198
Query 1200 GGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTTGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCGAA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1199 GGATGGAAATCCTTATGGTATTGAAGAGGGCCTCGTCTTCAGTATGCCATGCCGGTCAAA 1258
Query 1260 GGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCCAACG 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1259 GGGAGATGGAGATTATGAACTTGTCAAGGATGTAGAAATTGATGACTACCTTCGCAAACG 1318
Query 1320 AATCGCCAAGTCGGAAGCGGAACTGTTGGCTGAGAAGAGATGTGTTGCACACCTCACTGG 1379
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AATCGCCAAGTCGGAAGCGGAACTCTTGGCTGAGAAGAGATGTGTTGCACACCTCACTGG 1378
Query 1380 AGAGGGCATTGCCTACTGTGATCTTGGTCCGGTAGATACTATGCTTCCTGGGGAAGTTTG 1439
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AGAGGGCATCGCCTACTGTGATCTTGGTCCGGTAGATACTATGCTTCCTGGGGAAGTTTG 1438
Query 1440 ATTTTTGCAGGACGTTGAACATCTCAAGTAAGCATTCTCTTCCGGGTTGTTAGCTGTACA 1499
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 ATTTTTGCAGGACGTTGAACATCTCATGTAAGCATTCTCTTCCGGGTTGTTAGCTGTACA 1498
Query 1500 GAGCACAGCCACATTACTTATGATTATTGTTCAGAATAAGAAAATGAAACTCTTAT-TTC 1558
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | |||
Sbjct 1499 GAGCACAGCCACATTACTTATGATTGTTGTTCAGAATAAGAAAATGAATCTCTT-TGTTC 1557
Query 1559 TTATTTACATGCATCTGTATGTGATTTTTCTTGAGCAATGCTCCAAAAGTCATATACAGT 1618
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TTATTTACATGCATCTGTATGTGATTTTACTTGAGCAATGCTCCAAAAGTCATATACAGC 1617
Query 1619 AGTATTTGTAAACACTTGAAACGTTTC-TATGCTTTATTCCAGTTTCAGAACTCAAA-CT 1676
||||||||||| | ||| |||| | || | ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1618 AGTATTTGTAAGCGCTTTAAAC-TATCCTCTGCTTTATTCCAGTTTCAGAACTCAAAACT 1676
Query 1677 AGATAATGCATAGCTAATATCAAACACAAA 1706
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 AGATAATGCATAGCTAATATCAAACACAAA 1706
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64829596990
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5