BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58450.1
Length=3350
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg358061 jgi|Araly1|358061|fgenesh1_pg.C_scaffold_8001848 3838 0.0
> Ahg358061 jgi|Araly1|358061|fgenesh1_pg.C_scaffold_8001848
Length=3057
Score = 3838 bits (2078), Expect = 0.0
Identities = 2315/2429 (95%), Gaps = 17/2429 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 780 AGCTCTCATGGTGTATATCTCTTTGCTGGAACAACAATCCAAATACAATGATGCTTTAGA 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 AGCTCTCATGGTGTATATCTCTTTGCTGGAACAAGAATCCAAATACAATGATGCTTTAGA 695
Query 840 AGTCCTTTCTGGAGATTTGGGATCTCTTTTGATGATTGAAGTCGATAAACTACGGATACA 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 696 AGTCCTTTCTGGAGATTTGGGATCTCTTTTGATGATTGAAGTTGATAAACTACGGATACA 755
Query 900 GGGGAGACTCCTTGCTAGGGCAAATGACTATTCTGCTGCTGTTGATGTCTATaaaaaaaT 959
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 756 GGGGAGACTCCTTGCTAGGGCTAATGACTATTCTGCTGCTGTTGATGTCTATAAAAAAAT 815
Query 960 CTTAGAATTGAGTCCAGATGATTGGGAGTGTTTCCTACACTATCTCGGCTGTCTGCTTGA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 816 CTTAGAATTGAGTCCAGATGATTGGGAGTGTTTCCTACACTATCTCGGCTGTCTGCTTGA 875
Query 1020 AGATGACAGCATCTGGAAATACTTTGACAATATTGATCAAATTCATCCGACAAAGCACAT 1079
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 876 AGATGACAGCATCTGGAAATACTTTGACAATATTGATCAAATTCATCCAACAAAGCACAT 935
Query 1080 AGAATGCAAATTTTCTCACCTTACGGAAGAAATGTTTGATTCTCGTATATCAAGTGCCTC 1139
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 936 AGAATGCAAGTTTTCTCACCTTACGGAAGAAATGTTTGATTCTCGTATATCAAGTGCTTC 995
Query 1140 AGATTTGGTGCAGAAATTACAGAGGGACGCTGAGAATAGTAATTTAAGGGGTCCGTACTT 1199
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 996 AGATTTGGTGCAGAAATTACAGAGGGACAATGAAAATAGTAATTTAAGGGGTCCGTACTT 1055
Query 1200 GGCAGAACTGGAAATTGAGAAGAGAAAATTCTTATTTGGGAAGAAGAACGAAGACAAGTT 1259
||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1056 GGCAGAACTTGAAATTGAGAAGAGAAAGTTCCTATTTGGGAAGAAGAACGAAAACAAGTT 1115
Query 1260 ACTAGAATCGTTACTGCAGTATTTTCTTAAATTTGGTCATTTAGCTTGCTATGCTTCCGA 1319
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1116 ACTAGAATCGTTACTGCAATATTTTCTTAAATTTGGTCATTTAGCTTGCTATGCCTCGGA 1175
Query 1320 CGTTGAGGCATACCTACAAGTATTATCCCCAAATAAAAAGGCAGGATTTGTGGAAATGCT 1379
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |
Sbjct 1176 CGTTGAAGCATACTTACAAGTATTATCCCCAAATAAAAAGGCAGAATTTGTGGGAATGTT 1235
Query 1380 AGTGAAAAATTCTGA-T--TCTTCTGCGTCAGCAACCAAAGTGCTCGGTCAAACAACAAC 1436
|||||||||||| || | | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1236 AGTGAAAAATTCCGACTCCTTTTCTGAGTCAGCAACCAAAGTGCTTGGTCAAACAACAAC 1295
Query 1437 AATTCTCAAAGTCCAAGAACTGACGGGAAACATTTTTGGGCTTCCT-ACAGACGAAATTG 1495
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||
Sbjct 1296 AATTCTCAAAGTCCAAGAACTGACAGGAAACATTTTTGAGCTCCCTGTC-GACGAAATTG 1354
Query 1496 AAGCCTCTGCTGTCAAACTGGCAAAGTTATACTGCCAAAATCTTTCTCTTTCTAAGGACT 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1355 AAGCCTCTGCTGTCAAACTGGCAAAGTTATACTGCCAAAATCTTTCTCTTTCTAAGGACT 1414
Query 1556 TGGACCCTCAAGAGAGCATGTTTGGGGAAGAACTTTTATCTTTGATTAGCAACATGTTGG 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1415 TGGACCCTCAAGAGAGCATGTTTGGGGAAGAACTTTTATCTTTGATTAGCAACATGTTGG 1474
Query 1616 TCCAGTTATTCTGGAGAACTCGAGATTTTGGCTATCTTGCTGAAGCTATAATGGTTCTTG 1675
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475 TCCAGTTATTCTGGAGAACTCGGGATTTTGGCTATCTTGCTGAAGCTATAATGGTTCTTG 1534
Query 1676 AGCTGGGCTTGACCATCAGAGGACATGTATGGCAGTACAAGATCTTGCTGTTGCACATAT 1735
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1535 AGCTGGGCTTGACCATCAGAGGACATGTCTGGCAGTACAAGATCTTGCTGTTGCACATAT 1594
Query 1736 ATTCATATGTTGGTGCTCTTCCACTTGCATTTGAACGGTATAAAGCTCTTGATGTGAAGA 1795
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1595 ATTCATATGTTGGTGCTCTACCGCTTGCATTTGAACGGTATAAAGCTCTTGATGTGAAGA 1654
Query 1796 ACATCTTGACGGAAACAGTTTCACACCATATTCTACGTCAAATGTTGGAATCTCCAATGT 1855
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1655 ACATCTTGACGGAAACTGTTTCACACCATATTCTACGTCAAATGTTGGAATCTCCCATGT 1714
Query 1856 GGGTGGACTTAAGTAATCTCCTAAAAGACTATCTCAAGTTTATGGATGATCATTTGAGAG 1915
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1715 GGGTGGACTTAAGTAACCTCCTAAAAGACTATCTCAAGTTTATGGATGATCATTTGAGAG 1774
Query 1916 AGTCTGCAGACCTCACATTTCTTGCTTACCGCCATAGAAATTACTCAAAAGTGATCGAAT 1975
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1775 AGTCTGCAGACCTTACGTTTCTTGCTTACCGCCATAGAAATTACTCAAAAGTTATCGAAT 1834
Query 1976 TTGTCCTATTCAAACAACGATTGCAGCACTCAAACCAGTACCAAGCTGCAAGGGTTGAAG 2035
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1835 TTGTCCTATTCAAACAACGCTTGCAGCACTCAAACCAGTACCAAGCTGCAAGAGTTGAAG 1894
Query 2036 CGTCTGTCTTGCAATTGAAGCAGAACGCAGACAGCTTT-GAGGAAGAAGAGCGCATTCTT 2094
|| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1895 CGGCTGTCTTGCAATTGAAGCAAAACGCAGACAG-TGTCGAGGAAGAAGAGCGCATTCTT 1953
Query 2095 GAAAATCTGAAATCTGGAGTTCAACTTGTGGAGCTCTCAAATGAAATTGGATCCAGGACA 2154
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||
Sbjct 1954 GAAAACCTGAAATCTGGAGTTCAACTTGTGGAGCTCTCAAATGACATTGGTTCCAAGACA 2013
Query 2155 CTTAAGTTCAATGAAGATATGCAAACACGTCCGTGGTGGACACCTTGTCCTGAGAAAAAC 2214
|| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2014 CTGAGGTTCAATGAAGATATGCAAACACGTCCATGGTGGACACCTTGTCCTGAGAAAAAC 2073
Query 2215 TATCTACTAGGTCCGTTTGAAGAAATTTCTTACTGTCCTCCCAAAGAGAATGTGAAAGAA 2274
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||
Sbjct 2074 TATCTACTAGGTCCGTTTGAAGAAATTTCTTACTG-CC-CC-AAAGAGAATGTGAAAGAC 2130
Query 2275 GAACGTGAAGAAAATATGAAACGAGCCATCCAGAGAAAATCCCTTCTACCTCGGATGATA 2334
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2131 GATCGTGAAGAAAATATGAAACGAGCCATCCAGAGAAAATCCCTACTACCTCGGATGATA 2190
Query 2335 TATCTCTCTATTCAGTGCACGCCAACGGCATTAAAGGAAAGTGTTGAAACCAATGGGTCT 2394
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2191 TATCTCTCTATTCAGTGCACGTCAACGGCATTAAAGGAGAGTGCTGAAACCAATGGGTCT 2250
Query 2395 GGAGGTGACATCGACGTCTGTGAAGAACTTAAGTGTTTGCTGGAGGACTACACAAAAATG 2454
||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2251 GGAGGTGACGTCAAAATCTGTGGAGAACTTAAGTGTTTGCTGGATGAATACACAAAAATG 2310
Query 2455 TTGGGATGTTCTCT-AAGTGACGCTGTAGAAATGATCACAGAGATCTCACAGGGTGCAAG 2513
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2311 TTGGGATGTTCTCTCAA-TGACGCTGTAGAAATGATCACAGGGATCTCACAGGGTGCAAG 2369
Query 2514 GACTTCCGAGAGCCTCGGTTCAAATTTGGTGGACTGGTTAAATTTTGCGGTGTTTTGGAA 2573
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2370 GACTTCCGAGAGCCTTGGTTCAAATTTGGTGGACTGGTTGAATTTTGCGGTGTTTTGGAA 2429
Query 2574 TGCGTGGAGCCTAAGTTCCCAGGAGCACTGGCATGTGTTGAACTCCCTGTTTGAGAGGCT 2633
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2430 TGCGTGGAGCCTAAGTTCCCATGAGCATTGGCATGTGTTGAACTCCCTGTTTGAGAGGCT 2489
Query 2634 TATTCTGGATAGAGTCAGATCAATGGGATCTTCAGACATGAGTTCTTGCTACTCTGATGT 2693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2490 TATTCTGGATAGAGTCAGATCAATGGGATCTTCAGACATGAGTTCTTGCTATTCTGATGT 2549
Query 2694 CCAGGTCTTGGTTCAGATCATCACCGAACCGTTGGCGTGGCACAGTCTTATCATTCAGGC 2753
|||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2550 CCAGGTTTTGGTCCAGATCGTCACTGAACCGTTGGCGTGGCACAGTCTTATAATTCAGGC 2609
Query 2754 CTGCACCCGCTCGTCTCTCCCATCTGGGAAAAAGAAGAAGAAAAATCAACATTCAGATCA 2813
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2610 CTGTACCCGATCGTCTCTCCCATCTGGGAAAAAGAAGAAGAAAAATCAACATTCAGATCA 2669
Query 2814 ATTATCTTCGTCCCCCATATCACAAGCAATCAAAGATTCTATACAGTTACTATGCAGCAC 2873
| ||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2670 ACTATCTTCCTCCCCGATGTCGCAAGCAATCAAAGATTCTATACAGTCACTATGCAGCAC 2729
Query 2874 AATACAAGATGTTTCTAACTGGCTACTGAATCAACTGAACAATCCAGAAGATGGTCAAGT 2933
||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 2730 AATACAAGAAGTTTCTAGCTGGCTACTGAATCAACTGAACCATCCAGAAGATGAACAAGT 2789
Query 2934 GGAGGGATTTCTGACAACTCTGAAGAGAGATGGAA-ATGCAGCAGGA---CCAGGTCAGA 2989
|||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||
Sbjct 2790 GGAGAGATTTCTGTCAACTCTGAAGAGAGATG-AAGATGCAGCAGGAGGACCGGGACAGA 2848
Query 2990 TTCTTGGGGTACTAGAGAGTTTCATCGCATCCAGCGAAGAATCGGAGGTTGGAAATCGCA 3049
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2849 TTCTTGGGGTATTAGAGAGTTTCATCGCATCCAGCGAAGAATCGGAGGTTGGAAATCGCA 2908
Query 3050 TCTTTCAAGCACTGAAATCATGGAACACGGCAGATACCGCACGTAAAACAGTCATGGCGC 3109
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2909 TCTTTCAAGCACTGAAATCGTGGAACACGGCAGATACCGCACGTAAAACAGTTATGGCGC 2968
Query 3110 AACAGAGAGTCCTCCGTGAGTTTCTCCAGATCTGTGAATCTAAGAGAAAGCTACTGGAAA 3169
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2969 AACAGAGAGTTCTCCGTGAGTTTCTCCAGATTTGTGAATCTAAGAGAAAGCTACTGGAAA 3028
Query 3170 CGCTCAAGCAACAGATGTCCCATGTTTGA 3198
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3029 CGCTCAAGCAACAGATGTCCCATGTTTGA 3057
Score = 1033 bits (559), Expect = 0.0
Identities = 581/592 (98%), Gaps = 0/592 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 190 ATGTCTTCCAAATTCGGGTTAGCGGGTGGAATACCGGAGCGACGTGTTCGACCCATCTGG 249
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCTTCCAAATTCGGGTTAGCGGGTGGGATACCGGAGCGCCGTGTTCGACCCATCTGG 60
Query 250 GATGCAATCGATTCTCGTCAGTTCAAGAATGCTCTAAAGCTTGTCACTTCGCTTCTCGCT 309
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 GATGCAATCGATTCTCGTCAGTTCAAAAATGCTCTCAAGCTTGTCACTTCGCTTCTCTCT 120
Query 310 AAGTACCCTAAATCTCCTTATGCTTTAGCGCTAAAAGCTCTGATTCATGAGAGAATGGGG 369
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AAGTACCCTAAATCACCTTATGCTTTAGCGCTTAAAGCTCTGATTCATGAGAGAATGGGG 180
Query 370 AAAACAGATGAGGCACTCTCTGTTTGTTTGGATGCTAAAGAGCTTTTGTACAAAGATGAT 429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAAACAGATGAGGCACTCTCTGTTTGTTTGGATGCTAAAGAGCTTTTGTACAAAGATGAT 240
Query 430 TTAGCGTTGATGGATGATCTTACTCTTAGTACATTGCAAATTGTATTGCAGAGACTTGAT 489
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTAGCGTTGATGGATGATCTCACTCTTAGTACATTGCAAATTGTATTGCAGAGACTTGAT 300
Query 490 CACTTGGACTTGGCTACTAGTTGTTATGCTCATGCCTGTGGCAAATACCCTAATAATTTG 549
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 301 CACTTGGACTTGGCTACTAGTTGTTATGCTCATGCCTGTGGCAAATTCCCTAATAATTTG 360
Query 550 GAGCTTATGATGGGGCTCTTCAATTGCTATGTTCGCGAATATTCATTTGTGAAGCAGCAA 609
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 361 GAGCTTATGATGGGGCTCTTCAATTGCTATGTTCGTGAATATTCTTTTGTGAAGCAGCAA 420
Query 610 CAGACAGCCATCAAAATGTACAAACTTGCCGGAGAAGAAAGGTTCTTACTTTGGGCTGTT 669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CAGACAGCCATCAAAATGTACAAACTTGCCGGAGAAGAAAGGTTCTTACTTTGGGCTGTT 480
Query 670 TGTAGCATCCAATTACAAGTGCTATGCGATAAGAGTGGGGAGAAGCTGTTGCTTCTGGCT 729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TGTAGCATCCAATTACAAGTGCTATGCGATAAGAGTGGGGAGAAGCTGTTGCTTCTGGCT 540
Query 730 GAGGGTTTACTTAAGAAGCACATTGCCTCTCATAGTATGCATGAGCCAGAAG 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GAGGGTTTACTTAAGAAGCACATTGCCTCTCATAGTATGCATGAGCCAGAAG 592
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126465315079
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5