BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58510.1
Length=3157
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495970 jgi|Araly1|495970|fgenesh2_kg.8__1786__AT5G58510.1 5206 0.0
> Ahg495970 jgi|Araly1|495970|fgenesh2_kg.8__1786__AT5G58510.1
Length=3153
Score = 5206 bits (2819), Expect = 0.0
Identities = 3049/3161 (96%), Gaps = 12/3161 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AACTTTACCATCATCGTCGTTGTTCTTT-CCCGAAGCGGATCTCTTCGTCTGTGTGATCG 59
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AACTTTACCATCATCGTCGTTGTTCTTTACCCGAAGCGGATCTCTTCGTCTGTGTGATCG 60
Query 60 GAGGATCTGCAAGAGTTCC-TTACCCATACAA-ACTCAGAGAGAGACTGAGAGATATTCG 117
||||||||||||||||||| ||| ||| | || | |||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 61 GAGGATCTGCAAGAGTTCCTTTA-CCA-AGAACAGAGAGAGAGAGACCGAGAGATATACG 118
Query 118 TTACGCAATTTATTATGGCTTCTGTAAGCAAATCGAATCATCTCGAAGAAGATGATGATG 177
||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 119 CTACCCAATTTA-TATGGCTTCTATAAGCAAATCGAATCCTCTCGAAGAAGCTGATGATG 177
Query 178 CTGAAGAAGAGGTGCAACATTTCGATGATTTCACTCTAGCTTCTTCCTGGGAAAGGTTCA 237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 CTGAAGAAGAGGTGCAACATTTCGATGATTTCACTCTAGCTTCTTCCTGGGAAAGGTTCA 237
Query 238 TCTCAGACATTGAAGCAACTTGTCGTCAATGGTTAGCTGATGGTCCCAAAAACCTGGTGG 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 TCTCAGACATTGAAGCAACTTGTCGTCAATGGTTAGCCGATGGTCCCAAAAACCTGGTGG 297
Query 298 AAAAGGGTGCTGTTGCAGTGGAGGATTCAAAGAATCTGTTTACGGTCAAACACGAACTTA 357
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 AAAAGGGCGCTGTTGCAGTGGAGGATTCAAAGAATCTGTTTACGGTCAAACACGAACTTA 357
Query 358 AGAATGTTGCAAAGAGCTATTGTATGGAGTTCTACTTTCAAATTGATAATAATGGTAGCC 417
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 AAAATGTTGCAAAGAGCTATTGCATGGAGTTCTACTTTCAAATTGATAATAATGGTAGCC 417
Query 418 AACAAGCTGGAATTGGTAATTGGAACAGTAATTCACATGATCTCCAGCTTTGCTTTGGGG 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 AACAAGCTGGAATTGGTAATTGGAACAGTAATTCACATGATCTCCAGCTTTGCTTTGGGG 477
Query 478 TGAAGGATTTTCTGTTGATTGCTCCACAAAGTGCCAGTGGGGTGCTTCTTGATACACCAG 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TGAAGGATTTTCTGTTGATTGCTCCACAAAGTGCCAGTGGGGTGCTTCTTGATACACCAG 537
Query 538 AGTCTAGCAAGCTTCTGAGTGCGGTTGCTATTGCTTTGTCTAACTGTGGCAGCTTGTGGC 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 AGTCTAGCAAGCTTCTGAGTGCGGTTGCTATTGCTTTGTCTAACTGTGGCAGCTTGTGGC 597
Query 598 CAGCCTTTGTCCCTGTGCATGACCCTTCACGCAAAGCATATATTGGAATCCAGAATATGG 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 CAGCCTTTGTCCCTGTGCATGACCCTTCACGCAAAGCATATATTGGAATCCAGAATATGG 657
Query 658 GCACTGTTTTTACTAGAAGATTTGAAGCAGATCGTGTTGGCAGCCAAGTTCCCGTGAAAC 717
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 658 GCACTGTTTTTACGAGAAGATTTGAAGCAGATCGTATTGGCAGCCAAGTCCCCGTGAAAC 717
Query 718 TCATGCACCTGGAAGGGCTATATGAGTTGTTTGTTTCTAAGTTTGTTTATTCAGGAGTGG 777
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TCATGCACCTGGAAGGGCTATATGAATTGTTTGTTTCTAAGTTTGTTTATTCAGGAGTGG 777
Query 778 ACTTCTCGATGCATACTTTCAGAGTCCATTTTATGATGAGGCTAACATACCAAACCTTCC 837
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 ACTTCTCGATGCATAATTTCAAAGTCCATTTTATGATGAGGCTAACATACCAAACCTTCC 837
Query 838 CATATGACGAGGAGGATGAGGAAATTGATACGGATGAGGTTATGGGTGACAAATCAGACA 897
||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||
Sbjct 838 CATATGACGAGGAAGATGAGGAAATTGATATGGATGAGCTTATGGATGACAAAGCAGACA 897
Query 898 CTGCAGAACACTATGGTTCTGAGTCACGCAATAAGGTGCTCTGGGATGATGACTGTCCTT 957
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 CTGCAGAAAACTATGGTTCTGAGTCACGCAACAAGGTGCTCTGGGATGATGACTGTCCTT 957
Query 958 GGAGTGAGTGGTACTCTGCTGAAGATCCACTAAGAGGATTCGAATTGGTGGTCACATGGG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 GGAGTGAGTGGTACTCTGCTGAAGATCCACTTAGAGGATTCGAATTGGTGGTCACATGGG 1017
Query 1018 CTGACAGGACTGTAGAAAGCACACTTGAGATGGCTGAACTTGAAAATGCCTCACCCCATG 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1018 CTGACAGGACTGTAGAAAGCACACTTGAGATGGCTGAACTTGAAAATGCTTCACCCCATG 1077
Query 1078 ATGCTGAGAAGTGGATTTTACACCCAATCCTCTCGCCATATCTGGGTGATCCTTCACATG 1137
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 ATGCTGAGAAGTGGATTTTACACCCAATCCTCTCACCGTATCTGGGTGATCCTTCACATG 1137
Query 1138 GCAAAAGAATTGATTTTGCTTCCCAACTACTTTGCTTGGTTGAAGCATTGGATTCGTCTT 1197
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1138 GGAAAAGAATTGATTTTGCTTCCCAACTACTTTGCTTGGTTGAAGCATTGGATACGTCCT 1197
Query 1198 TCTCAGCTCAGTTTATGGAGGATTTTGTGTCAGTGGAAAATCCAAGCTCCGAAAATTTAA 1257
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1198 TCGCAGCTCAGTTTATGGAGGATTTCGTGTCAGTGGAAAATCCAAGCTCTGAAAATTTAA 1257
Query 1258 AGACCTCAGTGGTCATCCCTCCTCCGTCAGTTCTTGATCGGGTGATTAAAGATCTCTTTC 1317
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 AGACCTCTGTGGTCATACCTCCTCCGTCAGTTCTTGATCGGGTGATTAAAGATCTCTTTC 1317
Query 1318 GTGAGGGGTCTAAACTCCCAGATTTTACAAAAGGCGAACACAGGCTTTCTCGAGCTCTTA 1377
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1318 GTGAGGGATCTAAACTCCCAGATTTTACTAAAGGCGAACACAGGCTTTCTCGAGCTCTCA 1377
Query 1378 AGGCTGCACCGCTTGAATCTCTTTTTACACAATTCTGTTTGCACTCACTGTGGTTTGGCA 1437
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 AGGCTGCACCTCTTGAATCTCTTTTTACACAATTCTGTTTGCACTCACTGTGGTTTGGCA 1437
Query 1438 ATTGCAATATCCGTGCCATTGCCTTTCTCTGGATAGAGTTTGTCCGTGAAGTTCGATGGT 1497
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 ACTGCAATATCCGTGCCATTGCCTTCCTCTGGATAGAGTTTGTCCGTGAAGTTCGATGGT 1497
Query 1498 GTTGGGAAGAGACACAGCCGTTGCCGAAAATGCCAATTGACGGTTCTATTGATTTGTCCA 1557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1498 GTTGGGAAGAGACACAGCCGTTGCCGAAAATGCCAATTGACGGTCCTATTGATTTGTCCA 1557
Query 1558 GTTGTTTGATCAACCAAAAGTTACACTTGCTTGCAATTTGCATCGaaaaaaaaCGTGAAA 1617
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 CTTGTTTGATCAACCAGAAGTTGCACTTGCTTGCAATTTGCATCGAAAAAAAACGTGAAA 1617
Query 1618 TGAATGAAGAGTTCCTAGACTGTATAGGAAGTGATGACAGTTCAGACGCTTCTGTTTCTA 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TGAATGAAGAGTTCCTAGACTGTATAGGAAGTGATGACAGTTCAGACGCTTCTGTTTCTA 1677
Query 1678 TGGAGGAACACCACAAGGTCGACAAGAGAAGAAATACATCCTCGGAAGAAGAACTGCGGA 1737
||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||
Sbjct 1678 TGGAGGATCACCGCAAAGTCGACAAGAGAAGAAATACATCCTCAGAAGCAGATCTGCAGA 1737
Query 1738 GGAAACGTGACAGCTCAATTGCAGAAGATACATCTAAGCAACTCAGATTTGAGCGGAAAA 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1738 GGAAACGTGACAGCTCAATTGCAGAAGATACATCTAATCAACTTAGATTTGAGAGGAAAA 1797
Query 1798 CTGAACGCACAAATTCTGTGAACCAAAGCCCAACAGATGCCATCAGGAGAGGTTCAGCTG 1857
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1798 CTGAACGCACAAATTCTGTGAACCAAAGCCCAACAGATGCCATCAGGAGAGGTTCAGCCG 1857
Query 1858 GACCAGTGGGGACGATGATGCTCCTGAAGTCACGTCAGCAACTCCATGCCCCATTTACCC 1917
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GACCAGTGGGGACCATGATGCTCCTGAAGTCACGTCAGCAACTCCATGCCCCATTTACCC 1917
Query 1918 AGGACCCACCTCTTATGACTGAAGACATGCATGAAGAAAGACTCCAGGCTGTTGAGGCGT 1977
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 AGGATCCACCTCTTATGACTGAAGACATGCATGAAGAAAGACTCCAGGCTGTTGAGGCGT 1977
Query 1978 TTGGTGATTCCCTTAACGTTCCTGGCCAATTGGAGAAAGACATCTTATTATCTGACATGT 2037
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 TTGGTGATTCCCTTAACGTTCCTGGCCAGTTGGAGAAAGACATCTTATTATCTGACATGT 2037
Query 2038 CAGCATTCAAAGCGGCAAACCCAGATGCAGTGTTTGAGGACTTTATCAGATGGCATTCAC 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 CAGCATTCAAAGCGGCAAACCCAGATGCAGTGTTTGAGGACTTTATCAGATGGCATTCAC 2097
Query 2098 CTGGAGATTGGGAGAGCTTTGAACCTAAAACCACTGAACCATCAGCAGGCCCCAGCACCG 2157
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 CTGGAGATTGGGAGAGCTGTGAACCTAAAACCACTGAACCATCAGCAGGCCCCAGCACCA 2157
Query 2158 AAGGCTCGAAAGATGAATGGCCTCCTCGTGGCCGCCTTTCTCAACGGATGTCTGATCAAG 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 AAGGCTCGAAAGATGAATGGCCTCCTCGTGGCCGCCTTTCTCAACGGATGTCTGATCAAG 2217
Query 2218 GAAACTTGTGGAGAAAAAGTTGGAATGATGCACCCGCTTTGCCAGCCGATGACCAAAAGC 2277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2218 GAAACTTGTGGAGAAAAAGTTGGAATGATGCACCCGCTTTGCCAGCCGATGATCAAAAGC 2277
Query 2278 CTCTCCTAGACCCGAACCGAGAGGGAGAGAAGATTGTTCATTACCTGGAAACAGTACGGC 2337
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2278 CTCTCCTAGACCCAAACCGAGAGGGAGAGAAGATTGTTCATTACCTGGAAACAGTGCGGC 2337
Query 2338 CTCATCAGCTTCTTGAGCAAATGGTCTGCACAGCCTTCAGAGGATCAGCTGACACTCTTA 2397
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2338 CACATCAGCTTCTTGAGCAAATGGTCTGCACAGCCTTCAGAGGATCAGCCGACACTCTTA 2397
Query 2398 ACCAGACAAACGTCGGTAACATGAGACAAATGACCTCTAAATTGGAGCAACTCTACCTCA 2457
|||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 ACCAGACAAATTTCGGGAACATGAGACAAATGACCTCTAAATTGGAGCAACTCTACCTCA 2457
Query 2458 TCATGAAATTTACTTTGGGGGCTCTACAACGAAACAATCTTCCGGATAAAGCAAAGACCG 2517
|||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 TCATCAAATCTACTTTGGGGGCTCTACAACGCAACAATCTTCCGGATAAAGCAAAGACCG 2517
Query 2518 TCAAAGACCTGAAACGTCTCTGCATGGTCTTTGAAAACGTGGAGAAGTTGGTAGCGGTTG 2577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 TCAAAGACCTGAAACGTCTCTGCATGGTCTTTGAAAGCGTGGAGAAGTTGGTAGCGGTTG 2577
Query 2578 CGGCATCTATTCACAGAAAGTTCCTGGACGCATCACGCCTTGCTCAAGTAATATTCAGCG 2637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 CGGCATCTATTCACAGAAAGTTCCTGGACGCATCACGCCTTGCTCAAGTAATATTCAGCG 2637
Query 2638 ACTTCTATGGCGTTTATGCTCCAACAATGGGAATGAGCGCAAATGATGAAGAGAACAAAA 2697
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 ACTTCTACGGCATTTATGCTCCAACAATGGGAATGAGCTCAAATGATGAAGAGAACAAAA 2697
Query 2698 GCAGGACGGAGATGGAAGTAAGTAGACAGGAAGTGAGTTTAAGAGAAAGACAAGTGGTGT 2757
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2698 GCAGAACGGAGATGGAAGTAAGTAGACAGGAAGTGAGTTTGAGAGAGAGACAAGTGGTGT 2757
Query 2758 CGAATCTGTTCTCGCCTCCATCGGCTAACCAGTCTTGGAGAAAAGTGCTCAGTATGGGAA 2817
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2758 CGAATCTGTTCTCGCCTCCATCGGCGAACCAGTCATGGAGAAAAGTACTGAGTATGGGAA 2817
Query 2818 ATCTTCTAAACGGACACGAACCTATTCTCAGGGAGATCATTTTCTCCACCGGAGACGATG 2877
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2818 ATCTTCTAAACGGACACGAACCCATTCTCAGGGAGATCATTTTCTCCACTGGAGATGATG 2877
Query 2878 TCAACAACGGAATCCATTACGCGGCAGCTGCTGATGTGGCGGCCACAAGTGACCGGAAGG 2937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2878 TCAACAACGGAATCCATTACGCGGCAGCTGCTGATGTGGCGGCTACAAGTGACCGGAAGG 2937
Query 2938 GAGAAGAAATCGAGACACACCGAATGTATGTGTCTGGAACATCTAACGATCTCCGGGTTG 2997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 GAGAAGAAATCGAGACACACCGAATGTATGTGTCTGGAACATCTAACGATCTCCGGGTTG 2997
Query 2998 GGCTCTCTGTTACTTCCTGCGATTGAttttttttttttCATTTTAATTTAACCAT-ACGA 3056
|||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || |||||||| || ||||
Sbjct 2998 GGCTCTCTGTTACTTCTTGCGATTGATTCTTTTCATTT--TT--AATTTAAC-ATTACGA 3052
Query 3057 TACAACACATTTGTTCTGTAATAGAAAATTAGCAAATGAAGTTCTGCTTGAACAAATTTC 3116
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 3053 TACAACACATTTGTTCTCTAATAGAAAATTAGCAAATGAAGTTCGGCTTGAACAAGTTTC 3112
Query 3117 TAAGCGTAAATTTTTGCATTAATAGACAACGATTGATTTGC 3157
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3113 TAAGCGTAAATTTTTGCATTAATAGACAACGATCGATTTGC 3153
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119260557095
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5