BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58550.1
Length=2934
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg495977 jgi|Araly1|495977|fgenesh2_kg.8__1793__AT5G58550.1 4739 0.0
> Ahg495977 jgi|Araly1|495977|fgenesh2_kg.8__1793__AT5G58550.1
Length=2934
Score = 4739 bits (2566), Expect = 0.0
Identities = 2814/2936 (96%), Gaps = 7/2936 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGCAATCTCAAACTCTTTGAGAGATTTAAAAGCACTCAAGTCCACGCCTTTACTACA 60
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCGCAATCTAAAACTCTTTGAGAGATTTAAAAGCACCCAAGTCCACGCCTTTACTACA 60
Query 61 CAAGACTCTCCCTCTACAAGCAGCAATGGTAGCCCTCGAATGATGAAGTTCCTT-GGGCA 119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||
Sbjct 61 CAAGACTCTCCCTCTACAAGCAGCAATGGTAGCCCTCGAATGTTGAAGTT-CTTAGGCCA 119
Query 120 TCCCAAATCCAAATCTCGTTCACTTCTCCCTCATGGCTTTCCCACCACAGACCTCCTCGA 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 120 TCCCAAATCCAAATCTCGTTCACTTCTCCCTCATGGGTTTCCCACCACTGACCTCCTCGA 179
Query 180 GCCTCCCTTGGACTCTTACCTCAAACCTATCGATTTGGTGGAGTCATTATCAAATCTATA 239
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 180 GCCTCTCTTGGAGTCTTACCTCAAACCTATCGATTTGGTGGAGTCATTATCAAATCTCTA 239
Query 240 TCGGAGAATCGAGTCCAGTTCGGAATCCGAGGCATCGATGCTCTACCTTGAGCAGTACGC 299
||| |||||||| ||||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCGAAGAATCGAATCCAGCTCACAATCCGAGACGTCGATGCTCTACCTTGAGCAGTACGC 299
Query 300 TGTTCTCCGCAGTCTCGGTGATGCCAAGCTCTTGCGTAGGTGCCTTCTCAACGCTAGGAG 359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||
Sbjct 300 TGTTCTCCGCAGTCTCGGTGATGCCAAGCTCTTGCGTAGGTGTCTGCTCAATGCTAGGAG 359
Query 360 GCACGCCATTGATGTCCCTTGTAAGGTTGTTTTCTCTGCTTGGTTGAGATTTTTTAGGAG 419
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GCACGCCATTGATGTCCCTTGTAAGGTTGTTTTGTCTGCTTGGTTGAGATTTTTTAGGAG 419
Query 420 AGAACATGAACTTGTGGGAGTTGAATCTATGGATTGTAATGGGCTTGCTTCTGAATGTCC 479
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 420 AGAATACGAACTTGTGGGAGTTGAATCTATGGATTGTAATGGGCTTGCTACTGAATGTCC 479
Query 480 GAAGACTAGTTTGACTCATGGTTGTGATTTGAATGTAGACGACGAGGGTTGTGAATGTTC 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 480 TAAGACTAGTTTGACTCATGGTTGTGATTTGAATGTAGACGACGAGGGTTGTGAATGCTC 539
Query 540 TACGGTATGTGAGGATGAATTTGGTAGTGATGACGTTAAAATCTCTAAGGCTGATGAGTT 599
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 540 TACGGTATGTGAGGATGAATTTCGTAGTGATGACATTAAATTCTCTAGGGCTGATGAGTT 599
Query 600 TTCGGGTCTAGATGAGGTTAGCGATATTTCCTTCTGCGTAGGTTCAGAGAAGGCTAAGTG 659
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTCTGGTCTAGATGAGGTTAGCGATATTTCTTTCTGCGTAGGTTCAGAGAAGGCTAAGTG 659
Query 660 TGTTAGGTCGAGAATCGCAGCGCTTTCGCGTCCTTTTGAGGCCATGTTGTATGGTTCTTT 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 660 TGTTAGGTCGAGAATCGCAGCGCTTTCGCGTCCTTTTGAGGCCATGTTATATGGTTCTTT 719
Query 720 CGTGGAATCAACAACTTCTGAGATTGATTTCTCGGAAAATGGCATCTCTATTGAGGCAAT 779
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 720 CGTGGAATCAAGAACTTCTGAGATTGATTTCTCGGAAAATGGAATCTCAATTGAGGCAAT 779
Query 780 GTTGGCACTCAACATATATAGTAGAATCAAAAGAGTTGATCTGTTTCGTGTGGAAACTGT 839
| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 780 GGTGGCATTGAACATATATAGTAGGATCAAAAGAGTTGATCTGTTTCGTGTTGAAACTGT 839
Query 840 ATTTGAGCTGCTTCAATTAGCCAGCAAATTCTGTTGCGATGATCTGAAGTCTGAATGTGA 899
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CTTTGAGCTGCTTCAATTAGCCAGCAAGTTCTGTTGCGACGATCTGAAGTCTGAATGTGA 899
Query 900 GGCTCGCTTGGCTGCTTCTGTCACTGACCTTGATAAAGCTTTAACCTTTGTAGAGTACGC 959
|||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GGCTCGATTGGCTGCTTCTGTTACTAACCTCGATAAAGCTTTAACCTTTGTAGAGTACGC 959
Query 960 GTTGGAGGAACGCACAACGCTTCTCTTATCTGCTTGCTTGCAGGTGTTTCTGAGAGAGCT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TTTGGAGGAACGCACAACGCTTCTCTTATCTGCTTGTTTGCAGGTGTTTCTGAGAGAGCT 1019
Query 1020 TCCTCAGTCTCTTCACAATCCCAAAGTGATGAGATTCTTCTGCAGTTCCGAAGCAAAAGA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1020 TCCTCAGTCTCTTCACAATCCCAAAGTGATGAGATTCTTCTGCAGTTCCGAAGTGAAAGA 1079
Query 1080 GCAATTAGCTTTTCTGGGTTCAGAGTGTGTGTTCCTGTTGTACTACTTCCTCAGCCAAGT 1139
|||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ACAATTAGCTTATCTGGGTTCAGAGTGTTTGTTCCTGCTGTACTACTTCCTCAGCCAAGT 1139
Query 1140 AGGCATGGAAGAGAAACTCACGACGGA-CACTATGCTGATATTGCTAGAGAGAACTCGAG 1198
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1140 AGGCATGGAAGAGAAACTCACGACGGAGC-CTATGCTGATATTGCTAGAGAGAAATCGAG 1198
Query 1199 AGTTTGCTCGTACAAACTGGCAAAAGGCTTTGTCTTTGCATCAAATGGGATGTGTTCTGT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AGTTTGCTCGTACAAACTGGCAAAAGGCTTTGTCTTTGCATCAAATGGGATGTGTTCTGT 1258
Query 1259 TTGAGAGAAAGGATTACAAAGCAGCCCAGTTTCATTTCAGATTAGCTTCAAGCTTAGGGC 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TTGAGAGAAAGGATTACAAAGCAGCCCAGTTTCATTTCAGATTAGCTTCAAGCTTAGGGC 1318
Query 1319 ATGTCTACTCTTTGGCTGGGGTATCAAGAACTGAATATAAACAAGGGAAGAGGTATTCGG 1378
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ATGTCTACTCATTGGCTGGGGTATCAAGAACTGAATATAAACAAGGGAAGAGGTATTCGG 1378
Query 1379 CGTACAGGCTCATGAACTTTCTCATCTCTAATCACAAGCCACATGGATGGATGTACCAGG 1438
| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CATACAAGCTCATGAACTTTCTCATCTCCAATCACAAGCCACATGGATGGATGTACCAGG 1438
Query 1439 AGAGGTCTCTGTACAATGTTGGAGTTGAGAAACTAAAAGATTTAGCAACCGCCACTGAAC 1498
| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1439 AAAGATCTCTGTATAATGTTGGGGTTGAGAAACTAAAAGATTTAGCAACTGCCACTGAAC 1498
Query 1499 TTGACCCGACACTGTCTTTTCCGTACAAGTACAGAGCCGTAATGAAATTCGAACAGAAGC 1558
||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1499 TTGACCCGACATTGACTTTTCCGTATAAATACAGAGCCGTGATGAAATTCGAACAAAAGC 1558
Query 1559 AGATTAAAGAAGCCTTCCAAGAGATTGATAGATTAATTCAGTTCAAGCTTAGTCCAGAAT 1618
||||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1559 AGATTAAAGAAGCCTTCGAGGAGACTGATAGATTAGTTCAGTTCAAACTTAGTCCAGAAT 1618
Query 1619 GTCTCGAGCTGAGGGCTTGGCTGTATTTAGCCACTGGTGACCGGGAGAGTTGTTTGAGAG 1678
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1619 GTCTCGAGCTGAGGGCTTGGCTATTTTTAGCCACTGGTGACCGGGAGAGGTGTTTGAGAG 1678
Query 1679 ATCTTAGAGCAGTGCTGTCTTTAGAGCCCAATTATGTTGTGTTTGGTGGGAAAATGAGAG 1738
|||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 ATCTAAGAGCAGTGTTGTCTTTAGAGCCGAATTATGTTGTGTTTGGTGGGAAAATGAGAG 1738
Query 1739 ATGATTTGGTGGAGGCTCTGACCGCGCAATGTATTGAAGTAGAGAGTGAAGCGGATTGTT 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 ATGATTTGGTGGAGGCTCTGACCGCGCAATGTATTGAAGTAGAGAGTGAAGCGGATTGTT 1798
Query 1799 GGGTGAGGCTTTTCGATAGATGGTCAGCTGTGGATGATGTTGCGTCGTTGGCTGTTGTTC 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1799 GGGTGAGGCTTTTCGATAGATGGTCAGCTGTGGATGATATTGGGTCGTTGGCTGTTGTTC 1858
Query 1859 ATCAGATGCTTCAGAATGATCCCAGCAAAAACTTTCTGAGGTTTAGACAATCTCTTCTTC 1918
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ATCAGATGCTTCAGAATGATCCCAGCAAAAATTTTCTGAGGTTTAGACAATCTCTTCTTC 1918
Query 1919 TCTTAAGATTGAATTGTCAAGGAGCCGCGATGAGGTGTTTGCGAATGGCATGGAACTTGG 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TCTTAAGATTGAATTGTCAAGGAGCCGCGATGAGGTGTTTGCGAATGGCATGGAACTTGG 1978
Query 1979 CTACTTCTGAGGCAGAAAGGTTGGTCTACGAAGGGTGGCTTTTATACGACATGGGTTATG 2038
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 CTACTTCTGAGGCAGAGAGGTTGGTCTACGAAGGATGGCTTTTATACGACATGGGTTATG 2038
Query 2039 TGGAAGAAACTCTTACTAAAGCTGAGGAGGCAATCTCTATTCAGCGATCCTTTGAAGCAT 2098
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2039 TGGAAGAAACTCTTACTAAAGCCGAGGAGGCAATCTCTATTCAGCGATCTTTTGAAGCAT 2098
Query 2099 TTTTCCTCAAAGCATATGCTCTAGCTGACAAGAATCTCGATGCAGACGAGATCTCTTGTG 2158
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2099 TTTTTCTCAAAGCCTATGCTCTAGCTGACAAGAATCTCGATGCGGACGAGGTCTCTTGTG 2158
Query 2159 TGGTTCAGGTTCTAGAGGAAGCCCTCAAGTGTCCTTCAGATGGGCTACGCAAAGGACAGG 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TGGTTCAGGTTCTAGAGGAAGCCCTCAAGTGTCCTTCGGATGGGCTACGCAAAGGACAGG 2218
Query 2219 CTCTGAACAACCTTGGGAGCATCTACATCAATTTGGGGATGCTAGATCAAGCTGAAACCG 2278
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 CTCTGAACAACCTTGGGAGCATCTACATTGATTTGGGGATGCTAGATCAAGCTGAAACCG 2278
Query 2279 CATATAAGAACGCTATAGAGATCAAACACACTCGTGCACGCCAAGGGCTGGCGCGAGTTT 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2279 CATATAAGAACGCTATAGAGATCAAACACACTCGTGCACATCAAGGGCTGGCGCGAGTTT 2338
Query 2339 ATTTTTTGAAGAACCAACGTAAAGAAGCTTGTGAGGAGATGACAAAGCTGATCGAGAAGT 2398
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 ATTTCTTGAAGAACCAACGTAAAGAAGCGTGTGAGGAGATGACAAAGCTGATCGAGAAGG 2398
Query 2399 CGTGTAGCAAAGCAGCAGCCTACGAGAAACGGTCTGAGTACTGTGAACGTGAAAAAGCCA 2458
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 CGTGCAGCAAAGCAGCAGCCTACGAGAAACGGTCTGAGTACTGTGAACGTGAAAAAGCCA 2458
Query 2459 AAGAAGATCTTGACATGGCCACAACACTCGACCCTCTGCGAACTTATCCCTACAGATACC 2518
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2459 AAGAGGATCTTGACATGGCCACAACACTCGACCCTCTGCGAACTTATCCCTACAGATATC 2518
Query 2519 GAGCTGCCGTGCTGATGGATGATCAGAGAGAGACAGAAGCAGTGGAAGAGCTGTCAAAGG 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 GAGCTGCCGTGCTGATGGATGATCAGAGAGAGACAGAAGCAGTGGAAGAGCTGTCAAAGG 2578
Query 2579 CGATAGCTTTCAGACCAGAACTGCAAACGCTGCATCTCAGAGCAGCATTTCACGAGGCCA 2638
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 CGATAGCTTTCAGACCAGAACTGCAAACACTGCATCTCAGAGCAGCATTTCACGAGGCCA 2638
Query 2639 CTGGGAATCTGTCATTGGCCACTCAAGACTGTGAAGCTGCTCTCTGTTTGGACCCTAACC 2698
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 CAGGGAATCTGTCATTGGCCACTCAAGACTGTGAAGCTGCTCTCTGTTTGGACCCTAACC 2698
Query 2699 ACACCGAGACGCTCCATCTCTACAGCAGATCCAAGGATCAAGCTTCTTCCATTGACAACA 2758
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 ATACCGAGACGCTCCATCTCTACAGCAGATCCAAGGATCAAGCTTCTTCCATTGACAACA 2758
Query 2759 CCATTTTTGGCTTAGATTAATTTGAAGGTATCAACCATATTATCCCATTTGTATATTTCA 2818
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 CCAATTTTGGCTTAGATTAATTTGAAGGTATCGACCATATTATCCCATTTGTATATTTCA 2818
Query 2819 TTGGGATC--T-TATAAATAGATTTAACTTTTATTTTCTTCTTCTATAAATGGATGCTGT 2875
|||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2819 TTGGGATCGATCTATACATAGATTTAACTTTTATTTTCTTCTTCTATACATGGATGCTGT 2878
Query 2876 AAAGAAGCTGCCATTTATTAATCTTACCAATGGTTTCTATGCAAAACCAACTTTTT 2931
||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 AAATAAACTGTCATTTATTAATTTTACCAATGGTTTCTATGCAAAACCAACTTTTT 2934
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110766432460
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5