BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G58610.1 Length=3198 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg358079 jgi|Araly1|358079|fgenesh1_pg.C_scaffold_8001866 3526 0.0 > Ahg358079 jgi|Araly1|358079|fgenesh1_pg.C_scaffold_8001866 Length=3144 Score = 3526 bits (1909), Expect = 0.0 Identities = 2192/2329 (94%), Gaps = 18/2329 (1%) Strand=Plus/Plus Query 75 AAGGAGTCTTGAAGAGGGGTCTCTGGGTTCTTGGTATTTAGGAACTGTAACTTCAGCTAA 134 |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | Sbjct 102 AAGGAGTCTTGAGGAAGGGTTTCTGGGTTCTTGGTATTTAGGAACTGTTACTTCAGCGAG 161 Query 135 AAAGCGACGTCGGCGTTGTATCAGATATGACAACATTCTCTCTGATGATGGTTCTGGTAA 194 ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| | Sbjct 162 AAAGCGACGTCGGCGTTCTATCAGATATGATAACATTCTGTCTGATGATGGTACTGATTC 221 Query 195 TCTTGTGGAAACTGTTGATGTTTCTGATATAGTAGAAGGGTTGGATGATTGCACTGATGT 254 ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 222 CCTTGTGGAAACTGTTGATGTTTCGGATGTAGTAGAAGGGTTGGATGATTGCACTGATGT 281 Query 255 TTCTGATACTTTCCGTGGACGTTTAAGACCTGTGCCGCCAAAGCTG-GATGTTGCTAAAC 313 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| | || Sbjct 282 TTCTGATACTTTCCGTGGACGTTTAAGACCTGTGCCGCCAACGCTGCAAT-TTGGT-AAG 339 Query 314 T-GAACCTTGCGTATGGGCTCTGCGTCGATGTGTTTTTCAGTGATGCTTGGTGGGAAGGT 372 | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 340 TCGAACCTTGCGTATGGGCTTTGCGTCGATGTGTTTTTCAGTGAAGCTTGGTGGGAAGGT 399 Query 373 GTGCTCTTTGACCACGAGAATGGTTCTGAGAAAAGGAGGGTGTTTTTCCCTGATTTGGGT 432 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 400 GTGCTCTTTGACCACGAAAATGGTTCTGAGAAAAGGCGGGTGTTTTTCCCTGATTTGGGT 459 Query 433 GATGAATTGGATGCTGATCTTCAATCTTTACGTATTACTCAGGATTGGAATGAGGCTACA 492 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 460 GATGAATTGGATGCTGATCTTCAATCTTTACGTATTACTCAGGATTGGAATGAGGCTGCA 519 Query 493 GAGACGTGGGAGTGTCGTGGCAGTTGGTTGTTTCTTGATTTGATTGAGATATATAAGGAA 552 |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 520 GAGACGTGGGAGTGTCGTGGGAGATGGTTGTTTCTTGATTTAATTGAGAAATATAAGGAA 579 Query 553 TATAACTATCTCCCGGTTTCGGTAAAGCAACTTTGGTATGACATACGAGACAGGATTGGT 612 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 580 GATAACTATCTCCCGGTTTCGGTAAGGCAACTTTGGTATGACATACGGGACAGGATTGGT 639 Query 613 TTTGTAAGAATTCAAGAATGGACTTGCTCTACTAAGCATTTATGGCAAGATTTGATGCTG 672 ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| Sbjct 640 TTTGTAAGAATCCAAGAATGGACTTGCTCTACTAGGCATTTATGGGAAGATTTGATGCTA 699 Query 673 GGGGTGATTGAAGATAATCTTAAAATCACCATTGACCAGTTTCTTCATGATTTTGACGCT 732 | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 700 GAGGTGATTGAAGATAATCTTAGAATCACCATTGACCAGTTTCTTCATGATTATGACGCT 759 Query 733 GAAAGATACCCTCAATTGAAGCTCTTAAATGAAGCTTCTCAGGCGGTTTATGAGACCAAT 792 |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 760 GAAATATACCCTCAGTTGAAGCTCTTAAATGAAGCTTCTAAGGCGGTTTATGAGACCAAT 819 Query 793 GCTTGTCTTAGCGGTATGCTAACGATTGCTCCACAAGAACACCAATTTTCCTGCATTGAC 852 |||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 820 GCTTGTCTCAGCAGTGTGCTAGCGATTGCTCCACAAGAACAACAATTTTCCTGCATTGAC 879 Query 853 AAAGATT-TCAAACCGGCAAGCCAGAGATGCCAGTCCTTGTCTGTCTTGACTTCTGTTTC 911 ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 880 AAAGATTAT-AAACCGGCAAGCCAGAGATGCCAGTCCTTGTCTGTCTTGACTTCTGCTTC 938 Query 912 TGGCATAAGGTCAGAGGCGAGTGACATCAATAAGGCAACAGAAATTTCCAGCAAGAAATC 971 ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct 939 TGGCATAAGGTCAGATGCGAGTTACATCAATAAGGCAACAGAAACTTCCAGCAAAAAATC 998 Query 972 TACTGCCGCTCATAAAAAGGAT-ATACTACACAAGAAACCTGGAATCTGGCATCCTTTCG 1030 |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 999 TACTGCCGCTCATAAAAA-GATGATACTACACAAGAAACCTGGAATCTGGCATCCTTTCG 1057 Query 1031 ACTGTCTTGCTAAATCAGGCCCACAAGCTGTGTCGAGCTTTATCAGGTCACCGTTACTGC 1090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1058 ATTGTCTTGCTAAATCAGGCCCACAAGCTGTGTCGAGCTTTATCAGGTCACCGTTACCGC 1117 Query 1091 CCATGGCCATGCATGTCAGGATGCATCTTAAGTATATGGGATGGACCATAGAACATATGG 1150 | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1118 CAATGGCCATGCGTGTCAGGATGCATCTTAAGTATATGGGATGGACCATAGAACATATGG 1177 Query 1151 TAGACGAAGCTGGAAGGCAAAGGTTTCGCTACCTCTCACCAAATGGAAGACTAAAAGAGC 1210 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1178 TAGACGAAGCTGGAAGGCAAAGGTTTCGCTACCTCTCACCAAATGGAAGACTAACAGAGC 1237 Query 1211 ATTCTCTTCGTCAAGTATGTTTCAGACTGAAACAACCTGATAAATCCCTGACTACTCCGG 1270 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| Sbjct 1238 ATTCTCTTCGTCAAGTATGTTTCAGATTGAAACAACGTGATGAATCCCTGACTACTCCGG 1297 Query 1271 GGATGGCTAACCCTCCTTCTCTGTCTAGTGAAAACCAGACGTATAGCACCCAGGAAATGA 1330 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | Sbjct 1298 GGATGGCTAACCCTCCTTCTCTGTCTTGTGAAAACCAGACGTATAACACCCAGGAAATAA 1357 Query 1331 GGTCTATTGTTTTGGCATTGCCTGCCTTTAATAGAAGTGTCGCTCTTGGTGAAGGATTGA 1390 ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1358 GGTGTATTGTTTTGGCATTGCCTGCCTGTAATAGAAGTGTCGCTCTTGGTGAAGGAATGA 1417 Query 1391 AGCTGTCTACTGATACCTTGCTTGAGTATGAAACGCAAGGAAACGAGGAGGTCTTTACGA 1450 ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1418 AGCCGTCTACTGATACCTTGCTTGAGTATGAAACTCAAGGAAACGAGGAGGTCTTCACGA 1477 Query 1451 GAGAAAGCCGCAATTTTTGTCCCAAAAAAGCCTTTCCGGGTCAGAAAGAGACACTCCGTG 1510 | |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1478 GGGAAAGCCGCAATTTCTGTCCCAGAAATGCCTTCCCGGGTCAGAAAAAGACACTCCGTG 1537 Query 1511 TCAGGATCGAGCCAAAAACAAAAGCTCAAGGCATCATCCTAAGGTTAAAAAGTAAGCGTA 1570 | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1538 TTAGGCTCGAGCCAAAAACAAAAGCTCAAGGCATCATCCTAAGGTTGAAAAGTAAGCGTA 1597 Query 1571 AACAGACACCTAAGAAGGACGAAGTGATTGTAGGTTTACAGAATGTCAATCGGAGCATGA 1630 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| Sbjct 1598 AACAGAAACCTAAGAAGGACGAAGTGATTGTAGGTTTGCAGAATGTCAATCTGAGCATGA 1657 Query 1631 GAAGGGGGCACACTTCAAAAAAGTTAATGGATATCAAGAATCGAGTAACTAGTCGTGGTA 1690 |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1658 GAAGGGGGCACACTTCAAGAAGGTTAATGGATATCAAGAATCGAGTAACTGGTCGTGGTA 1717 Query 1691 AAACCCGTGTGTTACGATCAAGAAAAAGAGCGCAACGAGTAATAACTCCCATCTCAAGAA 1750 |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1718 AAACCCGTGTGTTACGATCAAGCAAAAGAGTGCAACGGGTAATAACTCCCATCTCAAGAC 1777 Query 1751 AGCACAGTCCACGAAATATTCTTTCCTGGCTCATGGACAACAATGTGGTTCTACCAAGGG 1810 | ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1778 ATCACAGTCCACGTAGTATTCTTTCCTGGCTTATTGACAACAATGTGATTCTACCAAGGG 1837 Query 1811 AAAATATACGATGCTGTAACCAAAAGGAT-ACAACTGTGAGAAAAGAGGGGAAACTAACC 1869 |||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1838 AAAATATACGATACCGTAACCAAAAGGATGACA-CTGTGATAAAAGAGGGGAAACTAACC 1896 Query 1870 CGTGAGGGAATAAAATGCAGTTGTTGCCGTAGAGTTTTCACCATAAATGGCTTTGAAGTT 1929 |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1897 CGTGAGGGTATAAAATGCAGTTGTTGCCGTAGAATTTTCACCATAAGTGGCTTTGAAGTT 1956 Query 1930 CATGCTAATGGTGCATCCTGCAGCGGAGCAGCCAATAT-TTTCCTGGATGATGGAAGATC 1988 ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||||||| Sbjct 1957 CATGCTAATGGTGGATCCTGCAGAGCAGCAGCCAATATCTTTC-TGGATGATGGAAGATC 2015 Query 1989 TCTTTTGGAATGCCAAGTAGAAGCCTATaaaaaaaGAAAGAAAGCACAACCACCTGATAT 2048 |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2016 TCTTTTGGAATGCCAAGTAGAAGCCTATGAAACAAGAAAGAAAGCACAACCACCTGATAT 2075 Query 2049 GT-TGAAGATGAAATTGCGTCAAGGGGAGAACGATGTATTTTGCTCCGTTTGTCACTATG 2107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2076 -TCTGAAGATGAAATTGCGTCAAGGGGAGAACGATGTAATTTGCTCCGTTTGTCACTATG 2134 Query 2108 GTGGCAAACTGATTCTCTGTGATGGATGTCCATCCGCCTTCCATGCAAATTGTCTTGGGC 2167 | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2135 GCGGCAAACTGATTCTCTGTGATGGATGTCCATCTGCCTTCCATGCAAATTGTCTCGGGC 2194 Query 2168 TGGAGGATGTTCCAGATGGTGATTGGTTCTGCCAGTCATGTTGTTGTGGTGCATGTGGAC 2227 |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2195 TGGAGGATGTTCCAGATGGTGACTGGTTCTGCAAGTCATGTTGTTGTGGTGCATGTGGAC 2254 Query 2228 AATTCTTTCTAAAGACTACTAGCACAA-ATGCCAAGGAGGAAAAGTTTATCAGTTGCAAG 2286 |||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2255 AATTCTTTCTCAAGGCTACTAGCA-AATATGCCAAGGAGGAAAAGTTTATCAGTTGCAAG 2313 Query 2287 CAATGCGAACTTAAGTATCACCCTAGTTG-CTTGCGTTATGATGGTGCCTGTGATTCATT 2345 |||||||||||||| ||||||| |||||| || ||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 2314 CAATGCGAACTTAAATATCACCTTAGTTGTCT-GCGCTATGATGGTGCCGGTGATTCATT 2372 Query 2346 GGATAAAATCTTGGGAGAAAAGTGGTTTTGCAGCAAGGACTGTGAAGAG 2394 ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2373 GGATACATTCTTGGGAGAAAAGTGGTTTTGCAGCAAGGACTGTGAAGAG 2421 Score = 1007 bits (545), Expect = 0.0 Identities = 611/643 (95%), Gaps = 4/643 (1%) Strand=Plus/Plus Query 2393 AGTCCTTGGAACCAAATATGTATGGAGATGACGCTTCTAAAATTGAGGCTGCGGCAGAAA 2452 ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| || |||||||| Sbjct 2498 AGTCCTTTGAACCAAATATGTATGGGGATGACGCTTATAAAATCGAGGATGTGGCAGAAA 2557 Query 2453 ATCACTGCATACTCAGTGTTGCCCTTGATGTGATGCATGAACTTTTCGAGCCTGTAAAAA 2512 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2558 ATCACTGCAAACTCAGTGTTGCCCTTGATGTGATGCATGAACTTTTCGAGCCTGTAAAAA 2617 Query 2513 GACCTCATGGTGGAAGAGATCTTGCTGAAGATGTTATTTTTAGCAGATGGTCAAAATTCA 2572 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2618 GACCTCATGGTGGAAGAGATCTTGCTGAAGATGTTATTTTTAGCAGATGGTCAAAATTCA 2677 Query 2573 AACGTTTGAACTTCAGTGGATTTTACACGGTACTTCTAGAAAGGAAC-AACGAACTGGTT 2631 |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 2678 AACGTTTGAATTTCAGTGGATTTTACACAGTACTTCTAGAAAGGAACGAA-GAACTGGTT 2736 Query 2632 TCTGTGGCTACTGTTAGAATTTTGGGGAAAAAGGTTGCAGAAATGCCCTTTATTGGTACT 2691 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2737 ACTGTGGCTACTGTCAGAATTTTGGGGAAAAAGGTTGCAGAAATGCCCTTTATCGGTACT 2796 Query 2692 AGATTCCAGCATCGCCAGCGTGGGATGTGCCGGGTTTTGATTAATGAACTCGAAAAGGTG 2751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2797 AGATTCCAGCATCGCCAGCGTGGGATGTGCCGGGTTTTGATTAATGAACTCGAAAAGGTG 2856 Query 2752 CTCATTGACTTGGGAGTAGAGAGGTTGGTCCTGCCTGCAGTTCCATGCGTGCTGAACACA 2811 ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2857 CTCATTGACTTGGGAGTTGAGAGGCTGGTCCTGCCTGCAGTTCCATGCGTGCTGAACACA 2916 Query 2812 TGGATCAACTCATTTGGATTTACAAAGATGACAATCTCCGAAAGAAAA-AACTTTCTGAA 2870 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || Sbjct 2917 TGGATCAACTCATTTGGATTTACAAAGATGACAATCTCCGAAAGAAAAGAA-TTTCTTAA 2975 Query 2871 ATTTACCTTGTTGGAGTTCGGACGAACAATATTGTGCGAGAAGATCTTGATCAAGAGCGG 2930 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | Sbjct 2976 ATTTACCTTGTTGGAATTCGGACGAACAATATTGTGCCAGAAGATCTTAATCAAGAGCAG 3035 Query 2931 CGTAGCAGATCCAATTCCAAGTATAGCATCTCTAGGTGAACAACAGTGTGACATCCTCAG 2990 ||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||| |||||||| ||||| Sbjct 3036 CGTGGCAGATCCAATTCCAAGTACAGTGTCTCAAGGTGAAAAACACTGTGACATACTCAG 3095 Query 2991 GATTGAAGACAATTCTGCTTCTGATGATGGATCAGAAGTACAT 3033 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3096 GATTGAAGACAATTCTGCTTCTGATGATAGATCAGAAGTACAT 3138 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 120822257140 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5