BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58610.1
Length=3198
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg358079 jgi|Araly1|358079|fgenesh1_pg.C_scaffold_8001866 3526 0.0
> Ahg358079 jgi|Araly1|358079|fgenesh1_pg.C_scaffold_8001866
Length=3144
Score = 3526 bits (1909), Expect = 0.0
Identities = 2192/2329 (94%), Gaps = 18/2329 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 75 AAGGAGTCTTGAAGAGGGGTCTCTGGGTTCTTGGTATTTAGGAACTGTAACTTCAGCTAA 134
|||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 102 AAGGAGTCTTGAGGAAGGGTTTCTGGGTTCTTGGTATTTAGGAACTGTTACTTCAGCGAG 161
Query 135 AAAGCGACGTCGGCGTTGTATCAGATATGACAACATTCTCTCTGATGATGGTTCTGGTAA 194
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| |
Sbjct 162 AAAGCGACGTCGGCGTTCTATCAGATATGATAACATTCTGTCTGATGATGGTACTGATTC 221
Query 195 TCTTGTGGAAACTGTTGATGTTTCTGATATAGTAGAAGGGTTGGATGATTGCACTGATGT 254
||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 222 CCTTGTGGAAACTGTTGATGTTTCGGATGTAGTAGAAGGGTTGGATGATTGCACTGATGT 281
Query 255 TTCTGATACTTTCCGTGGACGTTTAAGACCTGTGCCGCCAAAGCTG-GATGTTGCTAAAC 313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| | ||
Sbjct 282 TTCTGATACTTTCCGTGGACGTTTAAGACCTGTGCCGCCAACGCTGCAAT-TTGGT-AAG 339
Query 314 T-GAACCTTGCGTATGGGCTCTGCGTCGATGTGTTTTTCAGTGATGCTTGGTGGGAAGGT 372
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 340 TCGAACCTTGCGTATGGGCTTTGCGTCGATGTGTTTTTCAGTGAAGCTTGGTGGGAAGGT 399
Query 373 GTGCTCTTTGACCACGAGAATGGTTCTGAGAAAAGGAGGGTGTTTTTCCCTGATTTGGGT 432
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 400 GTGCTCTTTGACCACGAAAATGGTTCTGAGAAAAGGCGGGTGTTTTTCCCTGATTTGGGT 459
Query 433 GATGAATTGGATGCTGATCTTCAATCTTTACGTATTACTCAGGATTGGAATGAGGCTACA 492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 460 GATGAATTGGATGCTGATCTTCAATCTTTACGTATTACTCAGGATTGGAATGAGGCTGCA 519
Query 493 GAGACGTGGGAGTGTCGTGGCAGTTGGTTGTTTCTTGATTTGATTGAGATATATAAGGAA 552
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 520 GAGACGTGGGAGTGTCGTGGGAGATGGTTGTTTCTTGATTTAATTGAGAAATATAAGGAA 579
Query 553 TATAACTATCTCCCGGTTTCGGTAAAGCAACTTTGGTATGACATACGAGACAGGATTGGT 612
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 580 GATAACTATCTCCCGGTTTCGGTAAGGCAACTTTGGTATGACATACGGGACAGGATTGGT 639
Query 613 TTTGTAAGAATTCAAGAATGGACTTGCTCTACTAAGCATTTATGGCAAGATTTGATGCTG 672
||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 640 TTTGTAAGAATCCAAGAATGGACTTGCTCTACTAGGCATTTATGGGAAGATTTGATGCTA 699
Query 673 GGGGTGATTGAAGATAATCTTAAAATCACCATTGACCAGTTTCTTCATGATTTTGACGCT 732
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 700 GAGGTGATTGAAGATAATCTTAGAATCACCATTGACCAGTTTCTTCATGATTATGACGCT 759
Query 733 GAAAGATACCCTCAATTGAAGCTCTTAAATGAAGCTTCTCAGGCGGTTTATGAGACCAAT 792
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 760 GAAATATACCCTCAGTTGAAGCTCTTAAATGAAGCTTCTAAGGCGGTTTATGAGACCAAT 819
Query 793 GCTTGTCTTAGCGGTATGCTAACGATTGCTCCACAAGAACACCAATTTTCCTGCATTGAC 852
|||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 820 GCTTGTCTCAGCAGTGTGCTAGCGATTGCTCCACAAGAACAACAATTTTCCTGCATTGAC 879
Query 853 AAAGATT-TCAAACCGGCAAGCCAGAGATGCCAGTCCTTGTCTGTCTTGACTTCTGTTTC 911
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 880 AAAGATTAT-AAACCGGCAAGCCAGAGATGCCAGTCCTTGTCTGTCTTGACTTCTGCTTC 938
Query 912 TGGCATAAGGTCAGAGGCGAGTGACATCAATAAGGCAACAGAAATTTCCAGCAAGAAATC 971
||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 939 TGGCATAAGGTCAGATGCGAGTTACATCAATAAGGCAACAGAAACTTCCAGCAAAAAATC 998
Query 972 TACTGCCGCTCATAAAAAGGAT-ATACTACACAAGAAACCTGGAATCTGGCATCCTTTCG 1030
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 TACTGCCGCTCATAAAAA-GATGATACTACACAAGAAACCTGGAATCTGGCATCCTTTCG 1057
Query 1031 ACTGTCTTGCTAAATCAGGCCCACAAGCTGTGTCGAGCTTTATCAGGTCACCGTTACTGC 1090
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1058 ATTGTCTTGCTAAATCAGGCCCACAAGCTGTGTCGAGCTTTATCAGGTCACCGTTACCGC 1117
Query 1091 CCATGGCCATGCATGTCAGGATGCATCTTAAGTATATGGGATGGACCATAGAACATATGG 1150
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1118 CAATGGCCATGCGTGTCAGGATGCATCTTAAGTATATGGGATGGACCATAGAACATATGG 1177
Query 1151 TAGACGAAGCTGGAAGGCAAAGGTTTCGCTACCTCTCACCAAATGGAAGACTAAAAGAGC 1210
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1178 TAGACGAAGCTGGAAGGCAAAGGTTTCGCTACCTCTCACCAAATGGAAGACTAACAGAGC 1237
Query 1211 ATTCTCTTCGTCAAGTATGTTTCAGACTGAAACAACCTGATAAATCCCTGACTACTCCGG 1270
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1238 ATTCTCTTCGTCAAGTATGTTTCAGATTGAAACAACGTGATGAATCCCTGACTACTCCGG 1297
Query 1271 GGATGGCTAACCCTCCTTCTCTGTCTAGTGAAAACCAGACGTATAGCACCCAGGAAATGA 1330
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1298 GGATGGCTAACCCTCCTTCTCTGTCTTGTGAAAACCAGACGTATAACACCCAGGAAATAA 1357
Query 1331 GGTCTATTGTTTTGGCATTGCCTGCCTTTAATAGAAGTGTCGCTCTTGGTGAAGGATTGA 1390
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1358 GGTGTATTGTTTTGGCATTGCCTGCCTGTAATAGAAGTGTCGCTCTTGGTGAAGGAATGA 1417
Query 1391 AGCTGTCTACTGATACCTTGCTTGAGTATGAAACGCAAGGAAACGAGGAGGTCTTTACGA 1450
||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1418 AGCCGTCTACTGATACCTTGCTTGAGTATGAAACTCAAGGAAACGAGGAGGTCTTCACGA 1477
Query 1451 GAGAAAGCCGCAATTTTTGTCCCAAAAAAGCCTTTCCGGGTCAGAAAGAGACACTCCGTG 1510
| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1478 GGGAAAGCCGCAATTTCTGTCCCAGAAATGCCTTCCCGGGTCAGAAAAAGACACTCCGTG 1537
Query 1511 TCAGGATCGAGCCAAAAACAAAAGCTCAAGGCATCATCCTAAGGTTAAAAAGTAAGCGTA 1570
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1538 TTAGGCTCGAGCCAAAAACAAAAGCTCAAGGCATCATCCTAAGGTTGAAAAGTAAGCGTA 1597
Query 1571 AACAGACACCTAAGAAGGACGAAGTGATTGTAGGTTTACAGAATGTCAATCGGAGCATGA 1630
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1598 AACAGAAACCTAAGAAGGACGAAGTGATTGTAGGTTTGCAGAATGTCAATCTGAGCATGA 1657
Query 1631 GAAGGGGGCACACTTCAAAAAAGTTAATGGATATCAAGAATCGAGTAACTAGTCGTGGTA 1690
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1658 GAAGGGGGCACACTTCAAGAAGGTTAATGGATATCAAGAATCGAGTAACTGGTCGTGGTA 1717
Query 1691 AAACCCGTGTGTTACGATCAAGAAAAAGAGCGCAACGAGTAATAACTCCCATCTCAAGAA 1750
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1718 AAACCCGTGTGTTACGATCAAGCAAAAGAGTGCAACGGGTAATAACTCCCATCTCAAGAC 1777
Query 1751 AGCACAGTCCACGAAATATTCTTTCCTGGCTCATGGACAACAATGTGGTTCTACCAAGGG 1810
| ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1778 ATCACAGTCCACGTAGTATTCTTTCCTGGCTTATTGACAACAATGTGATTCTACCAAGGG 1837
Query 1811 AAAATATACGATGCTGTAACCAAAAGGAT-ACAACTGTGAGAAAAGAGGGGAAACTAACC 1869
|||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1838 AAAATATACGATACCGTAACCAAAAGGATGACA-CTGTGATAAAAGAGGGGAAACTAACC 1896
Query 1870 CGTGAGGGAATAAAATGCAGTTGTTGCCGTAGAGTTTTCACCATAAATGGCTTTGAAGTT 1929
|||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1897 CGTGAGGGTATAAAATGCAGTTGTTGCCGTAGAATTTTCACCATAAGTGGCTTTGAAGTT 1956
Query 1930 CATGCTAATGGTGCATCCTGCAGCGGAGCAGCCAATAT-TTTCCTGGATGATGGAAGATC 1988
||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 1957 CATGCTAATGGTGGATCCTGCAGAGCAGCAGCCAATATCTTTC-TGGATGATGGAAGATC 2015
Query 1989 TCTTTTGGAATGCCAAGTAGAAGCCTATaaaaaaaGAAAGAAAGCACAACCACCTGATAT 2048
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2016 TCTTTTGGAATGCCAAGTAGAAGCCTATGAAACAAGAAAGAAAGCACAACCACCTGATAT 2075
Query 2049 GT-TGAAGATGAAATTGCGTCAAGGGGAGAACGATGTATTTTGCTCCGTTTGTCACTATG 2107
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2076 -TCTGAAGATGAAATTGCGTCAAGGGGAGAACGATGTAATTTGCTCCGTTTGTCACTATG 2134
Query 2108 GTGGCAAACTGATTCTCTGTGATGGATGTCCATCCGCCTTCCATGCAAATTGTCTTGGGC 2167
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2135 GCGGCAAACTGATTCTCTGTGATGGATGTCCATCTGCCTTCCATGCAAATTGTCTCGGGC 2194
Query 2168 TGGAGGATGTTCCAGATGGTGATTGGTTCTGCCAGTCATGTTGTTGTGGTGCATGTGGAC 2227
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2195 TGGAGGATGTTCCAGATGGTGACTGGTTCTGCAAGTCATGTTGTTGTGGTGCATGTGGAC 2254
Query 2228 AATTCTTTCTAAAGACTACTAGCACAA-ATGCCAAGGAGGAAAAGTTTATCAGTTGCAAG 2286
|||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2255 AATTCTTTCTCAAGGCTACTAGCA-AATATGCCAAGGAGGAAAAGTTTATCAGTTGCAAG 2313
Query 2287 CAATGCGAACTTAAGTATCACCCTAGTTG-CTTGCGTTATGATGGTGCCTGTGATTCATT 2345
|||||||||||||| ||||||| |||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2314 CAATGCGAACTTAAATATCACCTTAGTTGTCT-GCGCTATGATGGTGCCGGTGATTCATT 2372
Query 2346 GGATAAAATCTTGGGAGAAAAGTGGTTTTGCAGCAAGGACTGTGAAGAG 2394
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2373 GGATACATTCTTGGGAGAAAAGTGGTTTTGCAGCAAGGACTGTGAAGAG 2421
Score = 1007 bits (545), Expect = 0.0
Identities = 611/643 (95%), Gaps = 4/643 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2393 AGTCCTTGGAACCAAATATGTATGGAGATGACGCTTCTAAAATTGAGGCTGCGGCAGAAA 2452
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| || ||||||||
Sbjct 2498 AGTCCTTTGAACCAAATATGTATGGGGATGACGCTTATAAAATCGAGGATGTGGCAGAAA 2557
Query 2453 ATCACTGCATACTCAGTGTTGCCCTTGATGTGATGCATGAACTTTTCGAGCCTGTAAAAA 2512
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2558 ATCACTGCAAACTCAGTGTTGCCCTTGATGTGATGCATGAACTTTTCGAGCCTGTAAAAA 2617
Query 2513 GACCTCATGGTGGAAGAGATCTTGCTGAAGATGTTATTTTTAGCAGATGGTCAAAATTCA 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2618 GACCTCATGGTGGAAGAGATCTTGCTGAAGATGTTATTTTTAGCAGATGGTCAAAATTCA 2677
Query 2573 AACGTTTGAACTTCAGTGGATTTTACACGGTACTTCTAGAAAGGAAC-AACGAACTGGTT 2631
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2678 AACGTTTGAATTTCAGTGGATTTTACACAGTACTTCTAGAAAGGAACGAA-GAACTGGTT 2736
Query 2632 TCTGTGGCTACTGTTAGAATTTTGGGGAAAAAGGTTGCAGAAATGCCCTTTATTGGTACT 2691
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2737 ACTGTGGCTACTGTCAGAATTTTGGGGAAAAAGGTTGCAGAAATGCCCTTTATCGGTACT 2796
Query 2692 AGATTCCAGCATCGCCAGCGTGGGATGTGCCGGGTTTTGATTAATGAACTCGAAAAGGTG 2751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2797 AGATTCCAGCATCGCCAGCGTGGGATGTGCCGGGTTTTGATTAATGAACTCGAAAAGGTG 2856
Query 2752 CTCATTGACTTGGGAGTAGAGAGGTTGGTCCTGCCTGCAGTTCCATGCGTGCTGAACACA 2811
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2857 CTCATTGACTTGGGAGTTGAGAGGCTGGTCCTGCCTGCAGTTCCATGCGTGCTGAACACA 2916
Query 2812 TGGATCAACTCATTTGGATTTACAAAGATGACAATCTCCGAAAGAAAA-AACTTTCTGAA 2870
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||
Sbjct 2917 TGGATCAACTCATTTGGATTTACAAAGATGACAATCTCCGAAAGAAAAGAA-TTTCTTAA 2975
Query 2871 ATTTACCTTGTTGGAGTTCGGACGAACAATATTGTGCGAGAAGATCTTGATCAAGAGCGG 2930
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2976 ATTTACCTTGTTGGAATTCGGACGAACAATATTGTGCCAGAAGATCTTAATCAAGAGCAG 3035
Query 2931 CGTAGCAGATCCAATTCCAAGTATAGCATCTCTAGGTGAACAACAGTGTGACATCCTCAG 2990
||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||| |||||||| |||||
Sbjct 3036 CGTGGCAGATCCAATTCCAAGTACAGTGTCTCAAGGTGAAAAACACTGTGACATACTCAG 3095
Query 2991 GATTGAAGACAATTCTGCTTCTGATGATGGATCAGAAGTACAT 3033
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3096 GATTGAAGACAATTCTGCTTCTGATGATAGATCAGAAGTACAT 3138
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120822257140
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5