BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G58980.1
Length=2404
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg917635 jgi|Araly1|917635|Al_scaffold_0008_2386 3391 0.0
> Ahg917635 jgi|Araly1|917635|Al_scaffold_0008_2386
Length=2202
Score = 3391 bits (1836), Expect = 0.0
Identities = 2085/2207 (94%), Gaps = 10/2207 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 203 ATGACGAGGTGGTCTATGTCTATGCACTGCACATTGTTCTTGCTATTTCTGTTGAGGCTC 262
||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1 ATGACGAGGCGGTCTGTGTCTATGCACTGCATATTGTTCTTGCTATTTCTGTTGAAGATC 60
Query 263 ACT-TGTATATTCTCAGATTCCGATTATTTGATGGGTCTTGGAAGCTATGACATCACAGG 321
| | ||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 A-TATGTGTATTTTCGGATTCCGATTATTTGATCGGTCTTGGAAGCTATGACATCACGGG 119
Query 322 ACCTGCAGCTGATGTTAACATGATGGGTTATGCTAACATGGAACAAGTAGCATCTGGTGT 381
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 120 ACCTGCAGCTGATGTCAACATGATGGGATATGCTAACATGGAACAAGTAACATCCGGTGT 179
Query 382 TCACTTCAGGCTCAGAGCTCGTGCGTTCATCGTGGCTGAGCCATACAAGAAAAGGATTGC 441
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TCACTTCAGGCTTAGAGCTCGCGCGTTCATCGTGGCTGAGCCATACAAGAAAAGGATTGC 239
Query 442 TTTTGTTAATCTTGATGCTGGTATGGCCTCACAGCTTGTGACCATCAAAGTGATTGAAAG 501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 240 TTTTGTTAATCTTGATGCTGGTATGGCCTCACAGCTTGTGACAATCAAAGTGATTGAAAG 299
Query 502 ATTGAAACAGAGGTACGGTGAGCTTTATACGGAGGAAAATGTTGCAATTAGTGGAACTCA 561
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ATTGAAACAGAGGTACGGTGAGCTTTATACTGAGGAAAATGTTGCAATTAGTGGAACTCA 359
Query 562 TACTCATGCTGGTCCAGGGGGTTATCTCCAATACATTTTGTACTTAGTTACATCTCTCGG 621
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TACTCATGCTGGCCCAGGGGGTTATCTCCAATACATTCTGTACTTAGTTACATCTCTCGG 419
Query 622 GTTTGTTCATCAATCTTTCAATGCTCTTGTGGACGGTATAGAGCAAAGTATTATACAAGC 681
|||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 420 GTTTGTTCATCAGTCGTTCAATGTTCTTGTGGACGGTATAGAGAAAAGTATCATACAAGC 479
Query 682 TCATGAAAATCTTCGTCCCGGGTCCATTTTAATCAACAAAGGGGAGCTCTTGGATGCTGG 741
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 TCATGAAAATCTCCGTCCCGGGTCCATTTTAATCAACAAAGGGGATCTCTTGGATGCTGG 539
Query 742 TGTGAACCGTAGTCCCAGTGCTTACCTTAACAATCCGGCACATGAACGTAGTAAATATGA 801
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TGTGAACCGTAGTCCCAGCGCATACCTTAACAATCCGGCACATGAACGTAGTAAATATGA 599
Query 802 ATATGATGTAGATAAAGAGATGACACTTGTCAAATTCGTTGATGATCAATGGGGTCCAGT 861
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ATATGATGTCGATAAAGAGATGACACTTGTCAAGTTCGTTGATGATCAATGGGGTCCAGT 659
Query 862 GGCACGTATCATGGAAGACTGGTTTGAACGAGAAA-ACGGTTGTAG-ATCAGTTGATGTT 919
||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| || | | | |||| |||| ||
Sbjct 660 GGCACGTCTCATGGAAGACTGGTTTGAAC-AAAAAGACTGCCG-CGCATCAAATGATTTT 717
Query 920 GAATCTCCTAGAAGAGTCTCAAGCATAATCAGTGATCCTTATGATCAAGATTTGATGGAA 979
||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GAATCTCATAGAAGGGTCTCAAGCATAATCACAGATCCTCATGATCAAGATTTGATGGAA 777
Query 980 ATGGCATCCTCGTTACTGTCTACCGGCGGTAAAACCGTTACAAGGATGTCAAGCGTTGCT 1039
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 778 ATGGCATCCTCGTTACTGTCTACAGGCGGTAAAACCGTTACAAGGATGTCAAGCATTGCT 837
Query 1040 -AGACGGGTCAGAAGTAGATTTAGACACGCTGACAAACCTAGATTTGTCTCTGCCTTCTG 1098
|| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 838 AAG-CGGGTCAGAAGTGGATTCAGACACGCTGACAAACCTAGCTTTGTCTCTGCCTTCTG 896
Query 1099 TCAAACTAACTGCGGTGATGTTAGTCCGAATGTGTTGGGAGCCTTCTGTATAGACACAGG 1158
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 897 TCAAACTAACTGCGGTGATGTTAGTCCGAACGTGTTGGGAGCATTCTGTATAGACACAGG 956
Query 1159 CCTTCCTTGTGAATTCAACCAAAGTACTTGTGGTGGAAAGAATGAGCAATGCTACGGCCG 1218
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 957 CCTTCCTTGTGACTTCAACCACAGTACTTGTGGTGGAAAGAATGAACAGTGCTACGGCCG 1016
Query 1219 TGGACCAGGCTACCCTGATGAATTTGAGAGTACCCGCATTATTGGAGAGAGGCAGTTCAA 1278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TGGACCAGGCTACCCTGATGAATTTGAGAGTACCCGCCTTATTGGAGAGAGGCAGTTCAA 1076
Query 1279 GAAGGCTGCGGATCTTTTCACTAAAGCCTCTGAGGAGATACAAGGAAAAGTTGACTATCG 1338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 GAAGGCTGCGGATCTTTTCACTAAAGCCTCTGAGGAGATACAAGGAAAAGTTGACTATCG 1136
Query 1339 TCATGCATATGTTGATTTCTCTCAGCTTGAAGTGACGATTAATGGACAAAATGGAGGTTC 1398
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1137 TCATGCTTTTGTTGATTTCTCTCAGCTTGAAGTGACGATTATTGGACAAGATGGAGGTTC 1196
Query 1399 CGAAGTGGTGAAAACATGTCCAGCTGCAATGGGTTTTGGTTTCGCTGCAGGAACAACTGA 1458
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 CAAAGTGGTGAAAACATGTCCAGCTGCAATGGGTTTTGGTTTCGCTGCAGGAACAACTGA 1256
Query 1459 TGGACCTGGAGCATTTGACTTTAAACAAGGAGATGATCAGGGAAATCCTTTCTGGAGGCT 1518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TGGACCTGGAGCATTTGACTTTAAACAAGGAGATGATCAGGGAAATCCTTTCTGGAGGCT 1316
Query 1519 TGTAAGGAACCTTCTCAAGAATCCAACTGAGGAACAAGTACGATGCCAACGACCTAAACC 1578
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||
Sbjct 1317 TGTAAGGAACCTTCTCAAGAATCCAACTGAGGAACAGGCCCGATGCCAGCGACCTAAACC 1376
Query 1579 CATATTGCTTGATACCGGTGAAATGAAACAACCATACGACTGGGCGCCGTCGATATTACC 1638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CATATTGCTTGATACCGGTGAAATGAAACAACCATACGACTGGGCGCCGTCGATATTACC 1436
Query 1639 AGTTCAGATCCTCCGCATTGGCCAGCTAGTGATTCTCTGCGTCCCCGGAGAATTCACAAC 1698
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 AGTTCAGATCCTCCGTATTGGCCAGCTAGTGATTCTCTGCGTCCCCGGAGAATTCACAAC 1496
Query 1699 AATGGCAGGGAGGCGACTACGTGATGCCGTGAAAACAGTGCTTAAAGAAGGCAGCAATGG 1758
|||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1497 AATGGCAGGGAGGCGACTCCGGGATGCTGTGAAAACAGTGCTTAAGGAAGGCAGCAACGG 1556
Query 1759 AAGAGAATTCAGCGTGGTAATAGCCGGGCTAACCAATTCGTATTCGCAGTATATTGCCAC 1818
| ||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1557 AGGAGAATTTAGCATGGTCATAGCTGGGCTAACCAATTCGTACTCGCAGTATATCGCCAC 1616
Query 1819 ATTTGAGGAATACCAAGTTCAGAGATATGAGGGTGCATCGACTTTGTATGGACCTCACAC 1878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 ATTTGAGGAATACCAAGTTCAGAGATATGAGGGTGCATCGACTTTGTATGGACCTCACAC 1676
Query 1879 GCTAAGCGGATACATTCAAGAATTCAAGAAACTAGCAAATGATCTTCTATCTG-CTCAAA 1937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1677 GCTAAGCGGATACATTCAAGAATTCAAGAAACTAGCAAATGATCTTCTATCTGGC-CAAA 1735
Query 1938 CCACTGACCCGGGTCCCCAACCACCTGACTTACTTCACAAGCAAATAAGCTTACTAACAC 1997
|||| |||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 CCACAGACCCGGGGCCGCAGCCACCTGACCTACTTCACAAGCAAATAAGCTTACTAACAC 1795
Query 1998 CTGTTGTTGCGGATATGACACCAATTGGAACTGCATTCGGAGATGTTACATCGGATGTTC 2057
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1796 CTGTGGTTGCGGATATGACACCAATTGGAACTGAATTCGGAGATGTCATATCGGATGTTC 1855
Query 2058 CTCGGTTATCCAAATTCAGGAAGGGAGCTGACATAGTGAGGGTTCAATTCCGGTCAGCTA 2117
|||| || |||||||| | |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 CTCGATTTTCCAAATTTAAAAAGGGAACTGACATAGTAACGGTTCAATTCCGGTCAGCTA 1915
Query 2118 ACCCGAGAAACGATCTGATGACGGAAGGAACTTTCGCGCTTGTTGAGAGGTGGCTCGAAG 2177
|||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1916 ACCCAAGAAATGATCTGATGACAGAAGGGACATTCGCGCTTGTTGAGAGGTGGCTCGAGG 1975
Query 2178 GAAGAGAGACATGGGTACCTGTTTATGATGATGATGACTTTTGCCTCCGGTTTAAGTGGT 2237
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1976 GAAGAGAGACATGGGTACCCGTTTATGATGATGATGACTTTTGCGTCCGGTTTAAGTGGT 2035
Query 2238 CAAGACCGTTTAAACTCAGCACGCAGAGCACAGCAACTATCGAATGGAGAATCCCTGAAA 2297
|||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 CAAGACCGTTCAAACTCAGTACGCAGAGCACAGCTACAATCGAATGGAGAATCCCTGAAA 2095
Query 2298 CCGCATCACCTGGTGTTTATAGAATCACTCACTTTGGTTCAGCTAAAACTCCTATAAGCT 2357
| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2096 CTGCATCACCTGGTGTATATAGAACCACTCACTTTGGTTCAGCTAAAACACCTATAAGCT 2155
Query 2358 CCATTCACCATTTCTCTGGTTCATCTAGTGCCTTTGTTGTATATTGA 2404
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 CCATTCACCATTTCTCTGGTTCATCTAGTGCCTTTGTTGTATATTGA 2202
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90578602610
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5