BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G59900.1
Length=2724
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg950741 jgi|Araly1|950741|scaffold_802628.1 4274 0.0
> Ahg950741 jgi|Araly1|950741|scaffold_802628.1
Length=2764
Score = 4274 bits (2314), Expect = 0.0
Identities = 2585/2720 (95%), Gaps = 2/2720 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGCTCCCTTGCACGATTCGATCAATAACAAGCTCTCATTTTCGCAATAGCTTTAGA 60
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 21 ATGAAGCTCCCTTGCACGATTCGATCATTATCAAGCTCTCATTTGCGCTATAGCTTTAGA 80
Query 61 AATGTGAGCTCTGTGATCGATTCTGCACAAGAAGAATGTAGAATCGCTGAAGATAAGCAA 120
||| | |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 81 AATCTAAGCTCTGTGATCGATTCTTCTCAAGAAGCATGTAGAATCGGTGAAGATAAGCAA 140
Query 121 TTCGTCGATGCTGTCAAAAGAATCGTGCGAGGGAAACGGAGCTGGGAGATCGCATTGAGC 180
|| || ||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 141 TTTGTTGATTCCGTCAGAAGAATCGTGCGAGGGAAACGGAGCTGGGAGATCGCATTGAGC 200
Query 181 AGTGAGCTAGTCTCGAGAAGATTGAAGACTGTTCATGTTGAAGAGATTCTGATTGGAACC 240
| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||
Sbjct 201 AATGAGCTAGTCTCGAGAAGATTGAAGACTATTCATGTTGAAGAGATTTTAATCGGAACC 260
Query 241 ATTGATGATCCCAAATTGGGTTTGAGGTTTTTCAATTTCCTCGGTTTGCATCGAGGATTC 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 261 ATTGATGATCCCAAATTGGGTTTGAGGTTTTTCAATTTCCTCGGTTTACATCGTGGATTC 320
Query 301 GACCATTCCACGGCGTCGTTTTGTATTTTGATCCATGCTCTGGTCAAAGCTAATCTCTTC 360
||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 321 GACCACTCTACGGCGTCGTTTTGTATCTTGATTCACGCTCTAGTCCAAGCTAATCTCTTC 380
Query 361 TGGCCTGCTTCATCACTGTTGCAGACGCTTCTGCTTCGTGCGCTGAAGCCAAGTGACGTT 420
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 381 TGGCCTGCTTCATCACTGTTACAGACGCTTCTACTTCGTGCGCTGAAGCCAAGTGAGGTT 440
Query 421 TTTAATGTGCTTTTTAGTTGTTATGAAAAATGTAAGCTTAGTTCAAGCTCGAGTTTTGAT 480
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 441 TTTGATGCGCTTTTTAGTTGTTATGAAAAATGTAAGCTTAGTTCAAGCTCGAGTTTTGAT 500
Query 481 TTGTTGATTCAGCATTATGTACGAAGTAGGAGAGTTCTAGATGGAGTTTTGGTGTTTAAG 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 501 TTGTTGATTCAGCATTATGTACGAAGTAGGAGAGTTTTAGATGGGGTTTTGGTGTTTAAG 560
Query 541 ATGATGATAACGAAAGTTAGTTTACTGCCTGAAGTGAGAACTTTGAGTGCTCTTTTACAT 600
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 ATGATGATGACGAAAGTTAGTTTACTACCTGAAGTGAGAACTTTGAGTGCTCTTTTACAT 620
Query 601 GGGTTGGTTAAGTTTAGGCATTTTGGTTTGGCAATGGAGTTGTTCAACGATATGGTCAGC 660
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 621 GGATTGGTTAAGTTTAGGCATTTTGGTTTGGCAATGGAGTTGTTTAACGATATTATCAGT 680
Query 661 GTGGGGATTCGTCCTGATGTTTACATTTACACAGGAGTTATACGTAGCTTGTGTGAGTTG 720
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 681 GTGGGGATTCGTCCTGATGTATACATTTACACAGGAGTGATACGTAGCTTGTGTGAGTTG 740
Query 721 AAAGATCTCTCTCGAGCTAAAGAAATGATTGCTCATATGGAGGCAACAGGATGTGATGTG 780
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 AAAGATCTCTCTCGAGCTAAAGAAATGATTGTTCATATGGAGGCAACAGGATGTGATGTG 800
Query 781 AATATAGTTCCATATAATGTGTTGATAGATGGGCTTTGTAAGAAGCAGAAGGTTTGGGAG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 AATATAGTTCCATATAATGTGTTGATAGATGGGCTTTGTAAGAAGCAGAAGGTTTGGGAG 860
Query 841 GCTGTTGGGATAAAGAAGGATTTAGCTGGAAAAGATCTGAAACCAGATGTTGTGACATAT 900
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 GCTGTTGGGATAAAGAAGGATTTAGCCGGAAAAGAGCTGAAACCAGATGTTGTGACATAT 920
Query 901 TGTACATTAGTCTACGGGTTATGTAAAGTGCAAGAATTTGA-GATCGGATTGGAGATGAT 959
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 921 TGTACATTAGTCTGCGGGTTATGTAAAGTGCAAGAATTTGATG-TCGGATTGGAGATGAT 979
Query 960 GGATGAGATGTTATGTTTGAGGTTCAGTCCTAGTGAAGCTGCGGTTTCAAGTTTGGTAGA 1019
||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 TGATGAAATGTTACGCTTGAGGTTCAGTCCTAGTGAAGCTGCGGTTTCAAGTTTGGTAGA 1039
Query 1020 GGGGTTAAGGAAGAGGGGAAAGATTGAAGAGGCGCTTAACTTGGTTAAAAGAGTAGTAGA 1079
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1040 GGGATTAAGGAAGAGGGGAAAGATTGAAGAGGCACTTAACTTGGTTAAAAGAGTAGCAGA 1099
Query 1080 TTTTGGTGTCTCACCTAATTTATTTGTGTATAACGCATTGATTGACTCATTGTGCAAAGG 1139
|||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 ATTTGGTTTGTCACCTAATCTATTTGTGTATAACGCATTGATTGACTCATTGTGCAAAGG 1159
Query 1140 TAGAAAGTTCCACGAAGCTGAGTTGCTTTTTGATAGGATGGGGAAAATTGGGTTGCGTCC 1199
|||||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1160 TAGAAATTTTGATGAAGCTGAGTTGCTATTTGATAGGATGGGGAAAATTGGGTTGTGTCC 1219
Query 1200 TAATGATGTGACCTATTCAATTTTGATTGATATGTTTTGCAGAAGAGGGAAACTGGATAC 1259
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1220 GAATGATGTGACCTATTCAATTTTGATAGATATGTTTTGCAGAAGAGGAAAACTGGATAC 1279
Query 1260 GGCACTTAGTTTCCTGGGGGAAATGGTTGATACGGGTTTGAAACTAAGTGTGTATCCATA 1319
||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||| ||||||||
Sbjct 1280 GGCTCTTAGTTTCCTGGGGGAAATGATTGATATGGGTTTGAGACCAAGTGTATATCCATA 1339
Query 1320 CAATTCTTTGATTAACGGGCACTGCAAGTTCGGTGACATTAGTGCAGCAGAGGGTTTCAT 1379
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1340 CAATTCTTTGATTAACGGGCACTGCAAGTTTGGTGACATTAGTGCAGCAGAGAGTTTCAT 1399
Query 1380 GGCAGAGATGATTAATAAAAAGTTGGAGCCAACAGTGGTAACATACACATCATTAATGGG 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 GGCAGAGATGATTAATAAAAAGTTGGAGCCAACAGTGGTAACATACACATCATTAATGGG 1459
Query 1440 TGGATATTGCAGCAAAGGGAAAATAAACAAGGCCCTTAGGCTCTATCATGAGATGACAGG 1499
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 TGGATATTGCAGCAAAGGTAAAATAAACAAGGCCCTTAGGCTCTATCATGAGATGACAGG 1519
Query 1500 GAAGGGTATTGCGCCGAGTATCTATACATTCACCACGCTTTTATCGGGTCTATTCCGTGC 1559
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 GAAGGGTATTGTGCCGAGTATCTATACATTCACCACGCTTTTATCGGGTCTATTCCGTGC 1579
Query 1560 TGGGTTGATTCGTGATGCAGTAAAGCTGTTTAACGAGATGGCAGAATGGAATGTTAAGCC 1619
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1580 TGGGTTGATTCGTGATGCAGTAAAGCTGTTTACCGAGATGGCAGAATGGAACGTTACGCC 1639
Query 1620 AAACAGAGTGACTTATAATGTCATGATTGAAGGTTATTGCGAGGAAGGAGACATGTCTAA 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1640 AAACAGAGTGACTTATAATGTCATGATTGAAGGTTATTGCGAGGAAGGAAACATGTCTAA 1699
Query 1680 AGCCTTTGAGTTCCTGAAAGAAATGACCGAGAAAGGTATTGTGCCTGATACATACAGTTA 1739
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 AGCCTTTGAGTTCCTGAATGAAATGATCGAGAAAGGTATTGTGCCTGATACATACAGTTA 1759
Query 1740 TAGACCGTTGATACACGGGCTATGTCTCACAGGTCAAGCTTCGGAAGCCAAAGTGTTCGT 1799
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760 TAGACCGTTGATACATGGGCTATGTATCACAGGTCAAGCTTCGGAAGCCAAAGTGTTCGT 1819
Query 1800 GGATGGCCTTCACAAGGGAAATTGTGAGCTGAATGAGATATGTTATACCGGACTCTTACA 1859
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1820 GGATGGCCTTCACAAGGGAAACTGTGAGCTGAATGAGATATGTTATACCGCACTCTTACA 1879
Query 1860 CGGATTTTGCAGAGAAGGAAAATTAGAAGAGGCGTTAAGCGTTTGTCAGGAGATGGTACA 1919
|||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 CGGATTTTGCAGAGAAGGAAGATTAGAGGAGGCATTAAGCGTTTGTCAGGAGATGGTACA 1939
Query 1920 AAGAGGGGTGGATTTGGACCTTGTGTGCTATGGTGTTCTTATAGATGGAAGTTTAAAGCA 1979
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1940 AAGAGGGGTGGATTTGGACCTTGTATGTTATGGTGTTCTTATAGATGGAAGTTTAAAGCA 1999
Query 1980 CAAAGATCGAAAGTTGTTTTTTGGACTTTTAAAGGAGATGCATGATAGAGGACTAAAGCC 2039
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2000 AAAAGATCGAAAGATGTTTCTTGGACTTTTAAAGGAGATGCATGATAGAGGACTCAAGCC 2059
Query 2040 TGATGATGTGATTTATACAAGTATGATTGATGCAAAGAGCAAAACCGGAGATTTCAAGGA 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2060 TGATGATGTGATTTATACAAGTATGATTGATGCAAAGAGCAAAACCGGAGATTTCAAGGA 2119
Query 2100 AGCATTTGGAATATGGGATTTGATGATAAACGAAGGGTGTGTACCTAATGAAGTCACGTA 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2120 AGCATTTGGAATATGGGATTTGATGATAAACGAAGGGTGTGTACCTAATGAAGTCACTTA 2179
Query 2160 CACTGCTGTTATCAACGGATTATGCAAAGCCGGGTTTGTTAATGAAGCCGAGGTTCTTTG 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 2180 CACTGCTGTTATCAACGGATTATGCAAAGCCGGATTTGTTAATGAAGCTGAGATTCTTTG 2239
Query 2220 TTCAAAAATGCAGCCTGTCAGTTCGGTTCCTAACCAAGTAACGTATGGTTGTTTTCTCGA 2279
||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2240 TTCGAAAATGCGGCCTGGCAATTCGGTTCCTAACCAAGTAACATACGGTTGTTTTCTCGA 2299
Query 2280 CATTCTCACCAAAGGAGAAGTAGACATGCAGAAAGCTGTGGAGCTCCATAATGCAATCTT 2339
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2300 CATTCTCACCAAAGGAGTAGGAGACATGCAGAAAGCTGTGGAGCTCCATAATGCGATATT 2359
Query 2340 GAAAGGGCTTTTAGCAAACACCGCTACATATAATATGTTGATCCGCGGTTTTTGTAGACA 2399
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2360 GAAAGGGCTTTTGGCAAACACCGCTACATACAATATGTTGATCCGCGGTTTTTGTAGACA 2419
Query 2400 AGGGAGAATAGAAGAAGCTTCTGAGCTCATCACAAGGATGATAGGCGATGGAGTTTCCCC 2459
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2420 AGGGAGAATGGAAGAAGCTTCTGAGCTCATAACAAGGATGATAAGCGATGGTGTTTCCCC 2479
Query 2460 TGATTGTATAACCTACACAACAATGATCAATGAGCTTTGTAGGAGAAACGATGTGAAGAA 2519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2480 TGATTGTATAACCTACACAACAATGATCAATGAGCTTTGTAGGAGGAACGATGTGAAGAA 2539
Query 2520 AGCGATTGAGTTATGGAACTCGATGACGGAAAAGGGTATAAGGCCAGATAGAGTAGCGTA 2579
||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2540 AGCGATTGAGTTATGGAACTCGATGACCGAAAAAGGCATAAGGCCAGATAGAGTAGCGTA 2599
Query 2580 TAACACCCTAATACACGGTTGTTGTGTGGCGGGAGAAATGGGGAAGGCGACCGAGTTGAG 2639
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2600 TAACACCCTAATACATGGTTGTTGTGTAGCGGGAGAAATGGGGAAGGCAACCGAGCTGAG 2659
Query 2640 GAATGAGATGTTGAGACAAGGCTTGATACCTAACAACAAAACCAGTAGAACAACTACTTC 2699
|||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2660 GAATGAGATGTTGAGACAAGGCTTAAAACCTAACACCAAAACCAGTGGAACAACTATTTC 2719
Query 2700 GAATGACACTAGTTCTAAAT 2719
||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2720 GAATGACTCTAGTTCGAAAT 2739
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102767481010
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5