BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G60020.1
Length=2049
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496140 jgi|Araly1|496140|fgenesh2_kg.8__1956__AT5G60020.1 3334 0.0
> Ahg496140 jgi|Araly1|496140|fgenesh2_kg.8__1956__AT5G60020.1
Length=2009
Score = 3334 bits (1805), Expect = 0.0
Identities = 1942/2010 (97%), Gaps = 2/2010 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 37 ACCTGCTCTAAACAACGCCTCCGTGTCCAAGCTCACTTCAATGGCGTTACAGCTACTCCT 96
||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||| |
Sbjct 1 ACCTGCTCTAAACAACGCCTCGGTGTCCAACCTCACTTAAATGGCGTTTCAGCTTCTCTT 60
Query 97 AGCTGTATTCTCTTGTGTTCTTCTTCTTCCTCAACCTGCATTTGGGATTACAAGGCATTA 156
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGCTGTATTCTCTTGTGTTCTTCTTCTACCTCAACCTGCATTTGGGATTACAAGGCATTA 120
Query 157 TACGCTGGAAATCAAAATGCAGAACGTAACACGTCTTTGCCACACAAAGAGCCTTGTTTC 216
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TACGCTGGAAATCAAAATGCAGAACGTGACACGTCTTTGCCACACAAAGAGCCTTGTTTC 180
Query 217 TGTAAACGGGCAGTTTCCAGGTCCTAAGCTTATTGCTAGAGAAGGTGACCAGGTTCTGAT 276
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 181 TGTAAATGGGCAGTTTCCAGGTCCTAAGCTTATTGCTAGGGAAGGTGACCAGCTTCTGAT 240
Query 277 CAAAGTCGTTAATCAAGTGCCAAACAACATCTCTCTCCACTGGCATGGGATCCGGCAATT 336
||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CAAAGTCGTTAATCAAGTGTCAAACAACATTTCTATCCACTGGCATGGGATCCGGCAATT 300
Query 337 ACGAAGTGGTTGGGCTGATGGTCCAGCCTATATAACCCAATGTCCTATTCAGACAGGACA 396
||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ACGGAGTGGATGGGCTGATGGACCAGCCTATATAACCCAATGTCCTATTCAGACAGGACA 360
Query 397 AAGCTATGTTTACAACTATACCATTGTTGGTCAACGAGGCACTCTGTGGTACCATGCTCA 456
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AAGCTATGTTTACAACTATACCATTGTTGGTCAAAGAGGCACTCTGTGGTACCATGCTCA 420
Query 457 CATTTCATGGCTAAGATCAACAGTCTATGGTCCACTTATCATCCTTCCCAAACGCGGAGT 516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 421 CATTTCATGGCTAAGATCAACAGTCTATGGTCCACTTATCATCCTTCCCAAACGCGGTGT 480
Query 517 TCCTTACCCGTTTGCTAAACCTCACAAAGAAGTTCCCATGATCTTTGGGGAGTGGTTCAA 576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCCTTACCCGTTTGCTAAACCTCACAAAGAAGTTCCCATGATCTTTGGGGAGTGGTTCAA 540
Query 577 CGCAGACACTGAGGCAATCATCCGCCAAGCAACCCAAACAGGAGGTGGTCCCAATGTCTC 636
||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 541 CGCAGACCCTGAGGCAATCATTCGCCAAGCAACCCAAACAGGAGGCGGTCCTAATGTATC 600
Query 637 TGATGCTTACACGATAAACGGGCTTCCTGGTCCATTATACAACTGCTCCGCAAAAGATAC 696
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 601 TGATGCTTACACGATCAACGGGCTTCCTGGTCCATTATACAACTGCTCGGCGAAAGATAC 660
Query 697 ATTCAGACTGAGAGTGAAGCCAGGAAAAACATACCTTCTCAGGCTAATCAATGCTGCACT 756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATTCAGACTGAGAGTGAAGCCAGGAAAAACATACCTTCTCAGGCTAATCAATGCTGCACT 720
Query 757 TAATGACGAGCTCTTTTTCAGCATCGCAAATCACACGGTTACGGTTGTTGAAGCTGATGC 816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TAATGACGAGCTCTTTTTCAGCATCGCAAATCACACGATTACGGTTGTTGAAGCTGATGC 780
Query 817 GATCTATGTTAAGCCATTTGAGACTGAAACCATCTTAATTGCTCCTGGTCAGACCACAAA 876
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 781 GATCTATGTTAAGCCATTTGAGACGGATACCATCTTAATTGCTCCCGGCCAGACCACAAA 840
Query 877 CGTCCTGCTGAAGACTAAATCTAGTTATCCGAGTGCCTCCTTCTTCATGACTGCTAGACC 936
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CGTCCTGCTGAAGACTAAATCTAGTTACCCGAGTGCCTCCTTCTTCATGACTGCTAGACC 900
Query 937 ATACGTCACAGGTCAAGGAACTTTTGATAACTCTACAGTTGCTGGAATCTTAGAATATGA 996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATACGTCACAGGTCAAGGAACTTTTGATAACTCTACAGTTGCTGGAATCTTAGAATATGA 960
Query 997 ACCACCTAAACAGACCAAAGGTGCTCACTCAAGGACCTCTATCAAAAATCTTCAACTCTT 1056
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 961 ACCACCTAAACAGACCAAAGATGCTCACTCAAGGACCTCTATCAAAAATCTCCAACTCTT 1020
Query 1057 CAAACCGATACTCCCTGCTCTAAACGATACAAATTTTGCTACCAAGTTCAGTAATAAGCT 1116
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1021 CAAACCGATACTCCCTGCTCTAAACGATACAAATTTTGCTACCAAGTTTAGCAATAAGCT 1080
Query 1117 ACGCAGCCTGAACAGCAAAAACTTTCCAGCAAACGTGCCTCTGAATGTTGATCGGAAGTT 1176
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1081 ACGCAGCCTGAACAGCAAAAATTTTCCAGCAAACGTGCCTCTGAATATTGATCGAAAGTT 1140
Query 1177 CTTCTTCACAGTAGGACTGGGAACAAACCCGTGCAATCATAAGAATAACCAGACATGCCA 1236
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CTTCTTCACAGTAGGATTGGGAACAAACCCGTGCAATCATAAGAATAACCAGACATGCCA 1200
Query 1237 AGGTCCTACTAACACCACAATGTTTGCTGCTTCAATCAGTAACATTTCATTCACAATGCC 1296
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1201 GGGTCCTACTAACACCACAATGTTTGCTGCCTCAATCAGTAACATTTCCTTCATAATGCC 1260
Query 1297 AACAAAAGCTCTCCTTCAATCTCACTATTCTGGGCAATCTCATGGAGTGTATTCCCCAAA 1356
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1261 AACAAAAGCTCTCCTTCAATCTCACTATTCTGGGCAATCTCATGGAGTTTATTCCCCAAA 1320
Query 1357 ATTCCCATGGAGTCCCATTGTCCCTTTTAACTACACAGGCACTCCACCTAACAATACTAT 1416
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1321 ATTTCCATGGAGTCCCATTGTCCCATTTAACTACACAGGCACTCCACCTAACAATACCAT 1380
Query 1417 GGTTAGTAACGGGACAAACTTGATGGTTCTACCTTATAACACCAGTGTGGAGTTGGTGAT 1476
| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1381 GATTAGCAACGGTACAAACTTGATGGTTCTACCTTATAACACCAGTGTGGAGCTGGTGAT 1440
Query 1477 GCAAGACACTAGCATTCTTGGCGCAGAAAGCCATCCTCTTCATCTTCATGGGTTCAACTT 1536
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GCAAGACACTAGCATTCTTGGTGCAGAAAGCCATCCTCTTCATCTTCATGGGTTCAACTT 1500
Query 1537 CTTTGTTGTTGGCCAAGGGTTTGGGAATTTCGACCCGAACAAGGATCCTAGAAACTTCAA 1596
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1501 CTTTGTGGTTGGCCAAGGCTTTGGGAATTTCGACCCGAACAAGGATCCTAAAAACTTCAA 1560
Query 1597 CCTTGTTGACCCAATAGAGAGGAACACAGTCGGTGTGCCATCTGGTGGATGGGCTGCTAT 1656
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CCTTGTTGACCCAATAGAGAGGAACACAATCGGTGTGCCATCTGGTGGATGGGCTGCTAT 1620
Query 1657 TCGATTCCTTGCAGATAACCCAGGAGTGTGGTTCATGCACTGTCACTTGGAAGTGCATAC 1716
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1621 TCGATTCCTTGCAGATAACCCAGGAGTGTGGTTCATGCACTGTCACTTGGAAGTACATAC 1680
Query 1717 CAGTTGGGGTCTGAGGATGGCTTGGCTTGTTCTTGATGGAGATAAACCTGATCAGAAACT 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CAGTTGGGGTCTGAGGATGGCTTGGCTTGTTCTTGATGGAGATAAACCTGATCAGAAACT 1740
Query 1777 TCTTCCTCCTCCTGCAGACTTGCCCAAATGCTGAGAATTCTTTCCCCATGATTCAAGTCc 1836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TCTTCCTCCTCCTGCAGACTTGCCCAAATGCTGAGAATTCTTTCCCCATGATTCAAGTCC 1800
Query 1837 tttttctttttgtttcttgtctcttctttcttacaagcttcgca-catttttttcgtttt 1895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1801 TTTTTCTTTTTGTTTCTTGTCTCTTCTTTCTTACAAGATTCGCCGCATTTTTTTCGTTTT 1860
Query 1896 tttcCTCGGCCATTTATCGGTTTGACATGAGGTCAATTCCTGTTCAATAATTTGACATGA 1955
||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1861 TTTCCCCGGCCATTTATCGGTG-GACATGAGGTCAATACCTGTTTAATAATTTGACATGA 1919
Query 1956 GGTCAATTTCTTTACAATTATTTACTGTTGCACAGCTCTGTTTTCTGCAAGTGTAGATCT 2015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GGTCAATTTCTTTACAATTATTTACTGTTGCACAGCTCTGTTTTCTGCAAGTGTAGATCT 1979
Query 2016 ATGTAAACCCAAAACTAATATATATACACA 2045
|||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1980 ATGTAAACCCAAAACTAATATATATATACA 2009
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77056565635
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5