BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G60040.2
Length=4428
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496142 jgi|Araly1|496142|fgenesh2_kg.8__1958__AT5G60040.1 6083 0.0
> Ahg496142 jgi|Araly1|496142|fgenesh2_kg.8__1958__AT5G60040.1
Length=4569
Score = 6083 bits (3294), Expect = 0.0
Identities = 3668/3843 (95%), Gaps = 47/3843 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 602 CGCTGTTCCAACATGCTTTTAGATGAGAAATTGTATGAAGATCACTTGAGGAAGATGCGG 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 427 CGCTGTTCCAACATGCTTTTAGATGAGAAATTGTATGAAGATCACTTAAGGAAGATGCGG 486
Query 662 AATCCCAGAATGGAGCCATTGAAGAAGACAGAATTGGCAAAAGCCGTTGTCAAGAAGTGC 721
||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 487 AATCCCAAAATGGAGCCATTGAAGAAGACTGAATTGGCGAAAGCGGTTGTCAAGAAGTGC 546
Query 722 AGTACGATGGCGAGCCAGAGAATTATAACGTGCAAAAAATGTGGCTACCTGAATGGGATG 781
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 547 AGTACGATGGCAAGCCAGAGAATTATAACGTGCAAAAAATGTGGCTACCTGAATGGCATG 606
Query 782 GTAAAAAAGATTGCAGCGCAGTTTGGTATAGGCATCAGTCATGACCGATCTAAAATCCAT 841
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 GTAAAAAAGATTGCAGCGCAGATGGGTATAGGCATCAGTCATGACCGATCTAAAATCCAT 666
Query 842 GGTGGAGAGATTGATGAATGTAAATCTGCAATATCCCACACAAAGCAGTCTACT-GCAGC 900
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||
Sbjct 667 GGTGGAGAGGTTGATGAATGTAAATCTGCAATATCCCACACAAAGGAGTCTACTAG-AGC 725
Query 901 AATAAATCCTCTTACCTATGTTCTTGATCCTAACTTGGTGCTCGGGCTTTTTAAAAGAAT 960
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 726 AATAAATCCTCTTACGTATGTTCTTGATCCTAACTTGGTGCTCGGGCTTTTTAAAGGAAT 785
Query 961 GAGTGACAAGGACTGCGAACTTCTTTATATTGCCTATAGACCTGAGAATCTTATCATAAC 1020
||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 786 GAGTGACAAGGACTGTGAACTTCTTTATATTGCCCATAGACCTGAGAATCTTATCACAAT 845
Query 1021 GTGCATGCTTGTGCCACCTTTATCCATCCGACCGTCTGTTATGATTGGTGGTATTCAAAG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 846 GTGCATGCTTGTGCCACCTTTATCCATCCGACCGTCTGTTATGATTGGTGGTACTCGAAG 905
Query 1081 CAATGAAAACGACTTAACAGCGCGATTAAAGCAAATCATTCTAGGCAATGCTTCTCTTCA 1140
||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||
Sbjct 906 CAATGAAAACGACATAACAGAGCGATTAAAGCTAATCATTCAAAACAATGCTTGTCTTCA 965
Query 1141 TAAAATTTTAAGTCAACCTACCTCATCCCCCAAAAACATGCAAGTATGGGATACAGTTCA 1200
|| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 TAGAATTTTAAGTCAACCTACCACATCGCCCAAAAACATGCAAGTATGGGATACAGTTCA 1025
Query 1201 AATCGAGGTTGCAAGATACATTAACAGTGAAGTCCGTGGTTGT-CAAAACCAGCCAGA-A 1258
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
Sbjct 1026 AAGCGAGGTTGCAAAATACATTAACAGTGAAGTCCGTGG-TGTACAAAACCAGCCAGAGA 1084
Query 1259 GAGCATCCACTGTCTGGAATTCTTCAGCGTCTCAAAGGAAAAGGGGGACGTTTCCGTGCA 1318
| || |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1085 AAACA-CCACTGAGTGGACTTCTTCAGCGTCTTAAAGGAAAACAGGGACGTTTCCGTGCA 1143
Query 1319 AACTTGTCGGGGAAGCGTGTCGAGTTCACTGGTAGAACTGTAATTTCACCTGATCCCAAT 1378
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1144 AACTTGTCGGGGAAGCGTGTCGAGTACACTGGTAGAACTGTTATTTCACCTGATCCCAAT 1203
Query 1379 CTGAAAATTACAGAGGTAGGAATTCCAATCCTTATGGCTCAGATCCTAACTTTTCCTGAA 1438
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 1204 CTGAAAATTACAGAGGTAGGAATTCCCATCCTTATGGCTCGGATCTTAACTTTTCCTGAA 1263
Query 1439 TGTGTTTCTCGTCATAATATTGAGAAGTTGAGGCAATGTGTCCGTAATGGCCCTAATAAA 1498
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 TGTGTTTCCCGTCATAATATTGAGAAGTTGAGGCAATGTGTCCGTAATGGCCCTAATAAA 1323
Query 1499 TACCCTGGTGCCAGAAATGTCAGATATCCAGATGGTTCTTCAAGGACTTTGGTTGGTGAT 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 TACCCTGGTGCCAGAAATGTCAGATATCCAGATGGTTCTTCAAGGACTTTGGTTGGTGAT 1383
Query 1559 TATCGCAAGCGTATTGCTGATGAACTGGCCATTGGCTGCATAGTTGACCGCCATTT-GCA 1617
||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1384 TATCGTAAGCGTATTGCTGATGAACTGACCATTGGCTGCATAGTTGACCGCCATTTAG-A 1442
Query 1618 AGAAGGAGATGTTGTTCTTTTTAACAGGCAACCGAGTCTGCATCGGATGTCTATCATGTG 1677
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 AGAAGGGGATGCTGTTCTTTTTAACAGGCAACCGAGTCTGCATCGGATGTCTATCATGTG 1502
Query 1678 TCACAGGGCAAGAATAATGCCTTGGAGAACGTTGAGGTTCAACGAATCGGTTTGTAACCC 1737
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 TCACAGGGCAAGAATAATGCCTTGGAGAACATTGAGGTTCAACGAATCGGTTTGTAACCC 1562
Query 1738 ATATAATGCTGATTTTGATGGTGATGAGATGAACATGCACGTACCACAAACAGAGGAGGC 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 ATATAATGCTGATTTTGATGGTGATGAGATGAACATGCACGTACCACAAACAGAGGAGGC 1622
Query 1798 TCGGACAGAGGCTATTACATTGATGGGGGTACAAAACAATTTATGCACCCCAAAAAATGG 1857
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1623 TCGGACAGAGGCTATTACATTGATGGGGGTACAAAACAATTTGTGCACCCCAAAAAATGG 1682
Query 1858 AGAAATTTTAGTAGCATCAACGCAGGACTTTTTGACATCTTCTTTTTTGATAACGAGAAA 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1683 AGAAATTTTAGTAGCATCAACGCAGGACTTTTTGACAACTTCCTTTTTGATAACGAGGAA 1742
Query 1918 GGACACATTTTATGACCGTGCAGCCTTTTCACTTATATGTTCTTACATGGGAGATGGGAT 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1743 GGACACATTTTATGACCGTGCAGCCTTTTCACTTATATGTTCTTACATGGGAGATGGCAT 1802
Query 1978 GGATTCCATAGATTTGCCAACACCCACAATCCTTAAGCCAATAGAGCTTTGGACTGGTAA 2037
|||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 GGATGCCATAGATTTGCCCACACCCACAATCATTAAGCCAATAGAGCTTTGGACTGGTAA 1862
Query 2038 ACAGATCTTTAGTGTTTTGCTGCGTCCAAATGCAAGTATTAGAGTCTACGTAACTCTTAA 2097
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 ACAGCTTTTTAGTGTTTTGCTGCGTCCAAATGCAAGTGTTAGAGTCTACGTAACTCTTAA 1922
Query 2098 TGTGAAAGAGAAGAACTTCAAGAAGGGAGAGCATGGTTTCGATGAAACAATGTGCATAAA 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1923 TGTGAAAGAGAAGAACTTCAAGAAGGGAGAGCATGGTTTCGATGAAACAATGTGCGTAAA 1982
Query 2158 TGATGGATGGGTTTATTTTCGAAACAGTGAGCTAATATCAGGACAGTTGGGGAAGGCTAC 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 1983 TGATGGATGGGTTTATTTTCGAAACAGTGAGCTAATATCAGGACAATTGGGGAAGG---C 2039
Query 2218 GTTAGCACTCGATATTTTTCCTCTAGGAAATGGAAACAAGGATGGATTATATTCTATTCT 2277
| | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 --T---A--CG----------T-TAGGAAATGGAAACAAGGATGGATTATATTCTATTCT 2081
Query 2278 TCTAAGAGATTACAACTCCCATGCTGCTGCAGTCTGCATGAATCGGCTAGCAAAATTGAG 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 TCTAAGAGATTACAACTCCCATGCTGCTGCAGTCTGCATGAATCGGCTAGCAAAATTGAG 2141
Query 2338 TGCTCGGTGGATTGGTATCCATGGCTTCTCTATTGGAATTGATGACGTTCAACCTGGTGA 2397
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2142 TGCTCGGTGGATTGGAATCCATGGCTTCTCCATTGGAATTGATGACGTTCAACCTGGTGA 2201
Query 2398 AGAGTTGAGTAAGGAAAGAAAAGACAGCATCCAGTTTGGATATGACCAGTGCCATCGCAA 2457
|||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 AGAGTTGAATAAGGAAAGAAAAGATAGCATCCAGTTCGGATATGACCAGTGCCATCGCAA 2261
Query 2458 AATTGAGGAATTTAATAGAGGAAATTTGCAACTTAAAGCTGGTCTAGATGGTGCAAAATC 2517
|||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2262 AATTGAAGAATTTAATCGAGGAAATTTGCAACTTAAAGCTGGTCTAGATGGTGCAAAATC 2321
Query 2518 CTTAGAAGCTGAAATAACAGGGATTCTCAATACAATTCGAGAAGCCACTGGGAAGGCCTG 2577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2322 ATTAGAAGCTGAAATAACAGGGATTCTCAATACAATTCGAGAAGCCACTGGGAAGGCATG 2381
Query 2578 TATGAGCGGATTACATTGGAGAAATAGTCCCTTGATCATGTCACAATGTGGTTCCAAAGG 2637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 TATGAGCGGATTACATTGGAGAAATAGTCCCTTGATCATGTCACAATGTGGTTCCAAAGG 2441
Query 2638 ATCTCCTATCAATATCAGTCAGATGGTCGCATGTGTTGGTCAGCAGACAGTTAATGGTCA 2697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2442 ATCTCCTATCAATATCAGTCAGATGGTCGCATGTGTTGGTCAGCAGACAGTTAATGGTCA 2501
Query 2698 CCGTGCTCCTGATGGATTTATAGATCGAAGTCTTCCTCATTTCCCTAGGATGTCCAAATC 2757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2502 CCGTGCTCCTGATGGATTTATAGATCGAAGTCTTCCTCATTTCCCTAGGATGTCCAAATC 2561
Query 2758 ACCTGCAGCGAAAGGTTTTGTTGCTAATTCGTTCTACAGTGGTCTTACTGCCACAGAATT 2817
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 ACCTGCAGCTAAAGGTTTTGTTGCTAATTCGTTCTACAGTGGTCTTACTGCCACAGAATT 2621
Query 2818 TTTCTTTCACACTATGGGTGGACGAGAAGGTCTAGTTGATACAGCGGTGAAAACTGCAAG 2877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 TTTCTTTCACACTATGGGTGGACGAGAAGGTCTAGTTGATACAGCGGTGAAAACTGCAAG 2681
Query 2878 TACAGGTTACATGTCTCGTAGACTGATGAAAGCCTTGGAGGATCTATTAGTCCATTATGA 2937
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2682 TACAGGTTACATGTCTCGTAGACTGATGAAAGCTTTGGAGGATCTATTAGTCCATTATGA 2741
Query 2938 TAACACAGTGAGAAATGCCAGCGGATGTATACTTCAATTTACTTATGGGGATGATGGAAT 2997
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2742 TAACACAGTGCGAAATGCCAGCGGATGTATACTTCAATTTACTTATGGGGATGATGGAAT 2801
Query 2998 GGACCCAGCACTAATGGAAGGAAAGGATGGAGCTCCTTTAAATTTTAATAGATTATTTCT 3057
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2802 GGACCCAGCACTAATGGAAGGAAAGGATGGAGCTCCTTTAAATTTTGATAGATTATTTCT 2861
Query 3058 GAAAGTTCAGGCCACATGTCCTCCTCGATCTCACCACACAT-ATCTTTCTTCAGAAGAAT 3116
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |
Sbjct 2862 GAAAATTCAGGCCACATGTCCTCCTCGATCTCACCACA-ATTATCTTTCCTCAGAAGAGT 2920
Query 3117 TGTCGCAAAAGTTTGAAGAGGAATTAGTCAGACATGATAAAAGTCGGGTTTGCACTGATG 3176
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2921 TGTCGCAAAAGTTTGAAGAGGAATTAGTCAGACATGATAAAAGTCGGGTTTGCACTGACG 2980
Query 3177 CCTTTGTGAAATCTCTTCGAGAATTTGTTTCCTTGCTCGGAGTGAAGTCTGCAAGCCCGC 3236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 2981 CCTTTGTGAAATCTCTTCGAGAATTTGTTTCCTTGCTCGGAGTAAAGTCTGCAAGCACGC 3040
Query 3237 CCCAGGTTTTATATAAAGCATCTGGTGTGACTGATAAGCAACTCGAGGTATTTGTAAAAA 3296
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3041 CTCAGGTTTTATATAAAGCATCTGGTGTGACTGATAAGCAACTCGAGGTATTTGTAAAAA 3100
Query 3297 TTTGTGTATTTCGCTACCGGGaaaaaaaaaTTGAGGCTGGGACTGCAATTGGGACAATAG 3356
||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3101 TTTGTGTATCTCGCTATCGGGAAAAAAAAATTGAGGCTGGGACTGCAATTGGAACAATAG 3160
Query 3357 GAGCTCAGAGTATTGGAGAACCTGGGACACAAATGACTTTGAAAACTTTTCACTTTGCTG 3416
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3161 GAGCTCAGAGTATTGGAGAACCTGGGACACAAATGACTCTGAAAACTTTTCACTTTGCTG 3220
Query 3417 GAGTTGCGAGCATGAATATCACACAAGGAGTCCCCCGAATCAATGAAATCATCAATGCTT 3476
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3221 GAGTGGCGAGCATGAATATCACACAAGGAGTCCCCCGAATCAATGAAATCATCAATGCTT 3280
Query 3477 CCAAAAATATAAGCACGCCTGTCATCTCTGCAGAACTTGAGAACCCCCTGGAATTGACTA 3536
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3281 CTAAAAATATAAGCACACCTGTCATCTCTGCAGAACTTGAGAACCCCCTGGAATTGACTA 3340
Query 3537 GTGCACGATGGGTGAAAGGACGCATTGAGAAAACTACTTTAGGACAGGTTGCTGAGAGTA 3596
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3341 GTGCGCGATGGGTGAAAGGACGCATTGAAAAAACTACTTTAGGACAGGTTGCTGAGAGTA 3400
Query 3597 TCGAGGTGCTAATGACTTCAACATCAGCGTCAGTGAGGATAATTCTTGACAATAAAATAA 3656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 3401 TCGAGGTGCTAATGACTTCAACATCAGCGTCAGTGAGAATAATTCTTGACAAAAAAATAA 3460
Query 3657 TCGAGGAGGCATGTTTATCTATAACCCCCTGGTCGGTAAAAAATTCCATCCTAAAGACCC 3716
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3461 TCGAGGAGGCATGTTTGTCTATAAGCCCCTGGTCGGTAAAAAATTCCATCCTAAAGACCC 3520
Query 3717 CCAGAATCAAACTCAACGATAATGATATTAGGGTTTTAGATACGGGTTTGGATATTACTC 3776
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3521 CCAGAATCAAACTGAACGATAATGATATTAGGGTTTTAGATACGGGATTGGATATTACTC 3580
Query 3777 CCGTGGTGGATAAAAGTAGGGCTCATTTCAATCTCCACAATCTGAAGAATGTGCTGCCAA 3836
| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3581 CTGTGGTGGATAAAAGTAGGACTCATTTCAATCTCCACAATCTGAAGAATGTGCTGCCAA 3640
Query 3837 ATATTATAGTGAATGGGATCAAAACAGTTGAGCGAGTTGTTGTCGCAGAGGATATGGATA 3896
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3641 ATATCATAGTGAATGGGATCAAAACAGTTGAGCGAGTTGTTGTCGCAGAGGATATGGATA 3700
Query 3897 AAA-TG--CTAGCTAAGCTGATAATTCCATGTC----CTCGTT-G-GGCATG-CACAAAC 3946
||| | | || || | || || | | || || ||| | || | | |||||||
Sbjct 3701 AAAATAAAC-AGATA-GATGGGAAGACAAGGTGGAAACT-GTTTGTGG-AGGGCACAAAC 3756
Query 3947 CTCCTGGCAGTTATGGGGACACCGGGAATCAATGGGAGAACTACTACAAGTAACAATGTT 4006
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3757 CTCCTGGCTGTTATGGGGACACCGGGAATCAATGGGAGAACTACTACAAGTAACAATGTT 3816
Query 4007 GTCGAAGTAAGCAAAACACTTGGAATCGAGGCTGCAAGGACAACGATTATTGATGAAATA 4066
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3817 GTCGAAGTGAGCAAAACACTTGGAATCGAGGCTGCAAGGACAACAATTATTGATGAAATA 3876
Query 4067 GGGACAGTTATGGGAAACCATGGTATGAGTATAGACATCCGTCACATGATGCTTTTGGCT 4126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3877 GGGACAGTTATGGGAAACCATGGTATGAGTATAGACATCCGTCACATGATGCTTTTGGCT 3936
Query 4127 GATGTCATGACTTACAGGGGGGAGGTTCTCGGAATACAAAGAACCGGGATTCAGAAGATG 4186
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3937 GATGTCATGACTTACAGGGGGGAGGTTCTCGGGATACAAAGAACTGGGATTCAGAAGATG 3996
Query 4187 GATAAAAGTGTTCTGATGCAGGCATCTTTTGAGAGGACTGGAGATCATTTATTTAGTGCA 4246
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3997 GACAAAAGTGTGCTGATGCAGGCATCTTTTGAGAGGACTGGAGATCATTTATTTAGTGCA 4056
Query 4247 GC-AGCTAGCGGAAAAGTTGATAACATAGAGGGAGTTACAGAATGTGTGATTATGGGCAT 4305
|| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4057 GCTAT-TAGCGGAAAGGTTGATAACATAGAGGGAGTTACAGAATGTGTGATTATGGGCAT 4115
Query 4306 ACCAATGAAGCTCGGAACCGGGATACTCAAAGTCCTTCAAAGGACCGATGATTTGCCCAA 4365
||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4116 ACCAATGAAGCTCGGAACCGGAATACTCAAAGTTCTCCAAAGGACCGATGATCTGCCCAA 4175
Query 4366 GTTGAAATATGGACCTGATCCAATCATCTCTTGAAAAGACAGAAACAAAGGTTCACATGC 4425
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 4176 GTTGAAATATGGAGCTGATCCAATCATCTCTTGAAAAGACAGAAACAAAGTTTCACGTGC 4235
Query 4426 CGA 4428
|||
Sbjct 4236 CGA 4238
Score = 582 bits (315), Expect = 6e-165
Identities = 398/435 (91%), Gaps = 17/435 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 145 ACTTAGCTCTGCTGCTTCTTCTTAAACCCTAAACCCACCTTCCTTCACCGTCGTC-TTTT 203
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || || ||||
Sbjct 1 ACTTAGCTCTGCTGCTTCTTCTTAAA-CCTAAACCCACCTT-TTTCACCCTCTTCTTTTT 58
Query 204 T-CACCCTTTTGTTTGTA-GAGATGGAGACGAAGATGGAAATTGAATTCACT-AAGAAGC 260
| || | |||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || |
Sbjct 59 TGCA-GC-TTTGATTGGAGGAGATGGAGACGAAGATGGAAATCGAATTCACTAAACAA-C 115
Query 261 CCTACATCGAAGATGTTGGTCCTCTTAAAATAAAAAGCATAAACTTCTCTGTGCTTTCTG 320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 116 CCTACATCGAAGATGTTGGTCCTCTTAAAATAAAAAGCATAAACTTCTCTGTGCTTTCTG 175
Query 321 ATCTTGAGGTCATGAAAGCCGCTGAAGTTCAAGTCTGGAA-CATCGGTTTA-TAC--GAC 376
| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||| |||
Sbjct 176 ACCTTGAGATCATGAAAGCTGCTGAAGTTCAAGTCTGGAAGAAT--AATTACTACGAGAC 233
Query 377 CACAGTTTTAAACCCTATGAAAACGGCTTGTTGGATCCTCGAATGGGTCCTCCAAACAAA 436
|| | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 234 CA-A-TCTTAAACCCTATGAAAACGGCTTGTTGGATGCTCGAATGGGTCCTCCAAACAAA 291
Query 437 AAGTCTATATGCACAACCTGTGAAGGAAACTTCCAAAATTGTCCGGGACACTATGGATAT 496
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 AAGTCTATATGCACAACCTGTGACGGAAACTTCCAAAATTGTCCGGGACACTATGGATAT 351
Query 497 CTGAAGCTTGACCTCCCAGTTTACAACGTTGGATACTTTAATTTTATCCTTGATATTTTG 556
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 352 CTGAAGCTTGACCTCCCAGTTTACAACGTTGGATTCTTCAATTTTATCCTTGACATTTTG 411
Query 557 AAGTGCATTTGTAAG 571
|||||||||||||||
Sbjct 412 AAGTGCATTTGTAAG 426
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 167491378773
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5