BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G60160.1
Length=1705
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg332278 jgi|Araly1|332278|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001621 2427 0.0
> Ahg332278 jgi|Araly1|332278|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001621
Length=1434
Score = 2427 bits (1314), Expect = 0.0
Identities = 1394/1434 (97%), Gaps = 0/1434 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 101 ATGGATAAGAGCTCCCTCGTCTCTGATTTCCTCTCCTTTCTCAATGCTTCTCCCACCGCT 160
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATAAGAGCTCCCTTGTCTCTGATTTCCTCTCCTTTCTCAATGCTTCTCCCACCGCT 60
Query 161 TTTCATGCCGTCGACGAGTCAAAGAGACGGCTTTTGAAGGCTGGGTATGAACAGATTTCA 220
||||| |||||||||||||||||||| | |||| | || |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTCACGCCGTCGACGAGTCAAAGAGGCAGCTTGTAAAAGCTGGGTATGAACAGATTTCA 120
Query 221 GAGAGAGATGATTGGAAACTCGAAGCCGGCAAAAAATACTTCTTCACCAGAAATTACTCC 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGAGAGATGATTGGAAACTCGAAGCCGGCAAAAAATACTTCTTCACCAGAAATTACTCC 180
Query 281 ACTATTGTTGCTTTTGCCATTGGTCACAAATACGTAGCTGGAAACGGGTTCCATATTATT 340
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACTATTGTTGCTTTTGCCATTGGTCAAAAATACGTAGCTGGAAACGGGTTCCATATTATT 240
Query 341 GGAGCTCATACTGATAGTCCGTGCCTCAAATTGAAACCTGTATCCAAGATAACTAAAGGT 400
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GGAGCTCACACTGATAGTCCTTGCCTCAAATTGAAACCTGTATCCAAGATAACTAAAGGT 300
Query 401 GGATGCTTGGAGGTTGGTGTTCAAACATATGGAGGTGGACTGTGGTACACCTGGTTTGAT 460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGATGCTTGGAGGTTGGTGTTCAAACATATGGAGGTGGACTCTGGTACACCTGGTTTGAT 360
Query 461 CGTGACTTGACTGTTGCAGGACGTGTGATTCTTAAAGAAGAGAAAGCAGGTTCTGTCTCG 520
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGTGACTTGACTGTTGCAGGACGTGTTATTCTAAAAGAGGAGAAAGCAGGTTCTGTCTCG 420
Query 521 TATTCTCATCGCCTTGTCAGGATTGAGGATCCTATCATGAGGATTCCTACCTTGGCCATT 580
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 421 TATTCTCATCGCCTTGTCAGGATTGAGGATCCTATCATGAGGATCCCTACCTTGGCCATT 480
Query 581 CACTTGGACAGGAATGTGAACACTGAAGGTTTTAAGCCAAACACTCAGACACACCTCGTT 640
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CACTTGGACAGGAATGTGAACAGTGAAGGTTTTAAGCCAAACACTCAGACACACCTCGTT 540
Query 641 CCAGTACTGGCAACAGCTATTAAGGCGGAGCTCAATAAAACGCCAGCTGAAAGTGGTGAA 700
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 541 CCATTACTGGCAACAGCTATCAAGGCGGAGCTCAATAAAACGCCAGCAGAAGGTGGTGAA 600
Query 701 CATGACGAAGGAAAGAAGTGTGCTGAAACTAGTTCTAAATCAAAGCATCATCCGCTTCTA 760
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CATGACGGAGGAAAGAAGTGTGCTGAAACTAGTTCAAAATCAAAGCATCATCCGCTTCTA 660
Query 761 ATGGAGATCATTGCAAACGCACTGGGTTGTAAACCTGAGGAGATATGCGACTTTGAGCTG 820
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATGGAGATCATAGCAAACGCACTGGGTTGTAAACCTGAGGAGATATGCGACTTTGAGCTG 720
Query 821 CAAGCATGTGACACTCAGCCAAGTATACTAGCTGGTGCAGCTAAAGAATTTATTTTCTCG 880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CAAGCATGTGACACTCAGCCAAGTATACTAGCTGGTGCAGCTAAAGAATTTATTTTCTCG 780
Query 881 GGAAGACTAGATAATCTCTGCATGTCATTTTGCTCTCTGAAGGCACTTATAGATGCAACG 940
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GGAAGGCTAGATAATCTCTGCATGTCATTTTGCTCTCTGAAGGCACTTATAGATGCAACG 840
Query 941 TCATCTGGAAGTGACTTAGAGGATGAAAGCGGAATAAGAATGGTGGCACTATTTGATCAT 1000
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCTTCTGGAAGTGACTTAGAGGAAGAAAGCGGAATAAGAATGGTGGCACTATTTGATCAT 900
Query 1001 GAAGAAGTTGGCTCCAATTCAGCGCAAGGAGCTGGATCCCCTGTCATGATTGATGCTATG 1060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GAAGAAGTTGGCTCCAATTCAGCGCAAGGAGCTGGATCCCCTGTCATGATTGATGCTATG 960
Query 1061 TCACACATCACAAGTTGCTTCAGCTCTGACACTAAGGTGCTCAAAAAAGCGATTCAGAAA 1120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 961 TCACACATCACAAGTTGCTTCAGCTCTGACACTAAGGTGCTCAAGAAAGCGATTCAAAAA 1020
Query 1121 AGTTTGCTTGTCTCTGCTGACATGGCACATGCTTTACATCCAAACTTTATGGACAAACAC 1180
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1021 AGTTTGCTCGTCTCTGCTGATATGGCACATGCTTTACATCCAAACTTTATGGATAAACAC 1080
Query 1181 GAAGAGAATCATCAGCCAAAGATGCACGGAGGACTTGTCATCAAACACAATGCAAATCAA 1240
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GAAGAGAATCATCAGCCGAAGATGCACGGAGGACTTGTCATCAAACACAATGCAAATCAA 1140
Query 1241 CGTTACGCCACTAATGCCGTAACTTCCTTTGTATTCAGAGAGATAGCAGAGAAGCATAAT 1300
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CGTTACGCTACCAATGCCGTAACTTCCTTTGTATTCAGAGAGATAGCAGAGAAGCATAAT 1200
Query 1301 CTGCCTGTTCAGGATTTTGTGGTGCGTAATGATATGGGTTGCGGATCGACCATTGGTCCA 1360
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CTGCCTGTTCAGGATTTTGTGGTACGTAATGATATGGGTTGCGGATCGACCATTGGTCCA 1260
Query 1361 ATCCTAGCAAGCAGTGTGGGGATAAGGACGGTTGATGTTGGAGCTCCTCAGCTCTCAATG 1420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1261 ATCCTAGCAAGCAGTGTGGGGATAAGGACGGTTGATGTTGGAGCTCCTCAGCTCTCGATG 1320
Query 1421 CATAGCATCCGTGAGATGTGTGCTGCAGATGACGTGAAGCATTCATATGAACACTTTAAA 1480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1321 CATAGCATCCGTGAGATGTGTGCTGCAGATGACGTGAAGCATTCATATGACCACTTTAAA 1380
Query 1481 GCTTTCTTCCAAGAGTTCACTCACCTTGACGCCAAACTCACTATCGACGTTTGA 1534
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1381 GCTTTCTTTCAAGAGTTCACTCACCTTGACGCTAAACTCACTGTCGACGTTTGA 1434
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 63953521355
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5