BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G60600.1
Length=2650
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg950808 jgi|Araly1|950808|scaffold_802695.1 3836 0.0
Ahg933614 jgi|Araly1|933614|scaffold_401602.1 268 1e-70
> Ahg950808 jgi|Araly1|950808|scaffold_802695.1
Length=2266
Score = 3836 bits (2077), Expect = 0.0
Identities = 2198/2258 (97%), Gaps = 2/2258 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 196 TTTGATTCACTGAG--AAAAATGGCGACTGGAGTATTGCCAGCTCCGGTTTCTGGGATCA 253
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |
Sbjct 1 TTTGATTCACTGAGAAAAAAATGGCGACTGGAGTATTGCCAGCTCCGGTCTCCGGGGTTA 60
Query 254 AGATACCGGATTCGAAAGTCGGGTTTGGTAAAAGCATGAATCTTGTGAGAATTTGTGATG 313
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 61 AGATCCCGGATTCGAAACTCGGGTTTGGTAAAAGCATGAATCTTGCGAGGATTTGTGATG 120
Query 314 TTAGGAGTCTAAGATCTGCTAGGAGAAGAGTTTCGGTTATCCGGAATTCAAACCAAGGCT 373
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTAGGAGTCTAAGATCTGCTAGAAGAAGAGTTTCGGTTATCCGGAATTCAAACCAAGGCT 180
Query 374 CTGATTTAGCTGAGCTTCAACCTGCATCCGAAGGAAGCCCTCTCTTAGTGCCAAGACAGA 433
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTGATTTAGCCGAGCTTCAACCTGCATCAGAAGGAAGCCCTCTCTTAGTGCCAAGACAGA 240
Query 434 AATATTGTGAATCATTGCATAAGACGGTGAGAAGGAAGACTCGTACTGTTATGGTTGGAA 493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AATATTGTGAATCATTGCATAAGACGGTGAGAAGGAAGACTCGTACTGTTATGGTTGGAA 300
Query 494 ATGTCGCCCTTGGAAGCGAACATCCGATAAGGATTCAAACGATGACTACTTCGGATACAA 553
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATGTCGCCCTTGGAAGTGAACATCCGATAAGGATTCAAACGATGACTACTTCGGATACAA 360
Query 554 AAGATATTACTGGAACTGTTGATGAGGTTATGAGAATAGCGGATAAAGGAGCTGATATTG 613
||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 361 AAGATGTTGCTGGAACTGTTGATGAGGTTATGAGGATAGCGGATAGAGGAGCTGATATTG 420
Query 614 TAAGGATAACTGTTCAAGGGAAGAAAGAGGCGGATGCGTGCTTTGAAATAAAAGATAAAC 673
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 421 TGAGGATAACTGTTCAAGGGAAGAAAGAGGCGGATGCGTGCTTCGAAATAAAAGATAAAC 480
Query 674 TCGTTCAGCTTAATTACAATATACCGCTGGTTGCAGATATTCATTTTGCCCCTACTGTAG 733
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 481 TTGTTCAGCTTAATTACAATATACCGCTGGTTGCAGATATTCATTTTGCCCCTGCTGTAG 540
Query 734 CCTTACGAGTCGCTGAATGCTTTGACAAGATCCGTGTCAACCCAGGAAATTTTGCGGACA 793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 541 CCTTACGAGTCGCTGAATGCTTTGACAAGATCCGTGTCAACCCCGGAAATTTTGCGGACA 600
Query 794 GGCGGGCCCAGTTTGAGACGATAGATTATACAGAAGATGAATATCAGAAAGAACTCCAGC 853
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGCGGGCCCAGTTTGAGACGATAGAATATACAGAAGATGAATATCAGAAAGAACTCCAGC 660
Query 854 ATATCGAGCAGGTCTTCACTCCTTTGGTTGAGAAATGCAAAAAGTACGGGAGAGCAATGC 913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATATCGAGCAGGTCTTCACTCCTTTGGTTGAGAAATGCAAAAAGTACGGGAGAGCAATGC 720
Query 914 GTATTGGGACAAATCATGGAAGTCTTTCTGACCGTATCATGAGCTATTACGGGGATTCTC 973
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 721 GTATAGGGACAAATCATGGAAGTCTTTCTGATCGTATCATGAGTTATTACGGGGATTCTC 780
Query 974 CCCGAGGAATGGTTGAATCTGCGTTTGAGTTTGCAAGAATATGTCGGAAATTAGACTATC 1033
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CGCGAGGAATGGTTGAATCTGCGTTTGAGTTTGCAAGGATATGTCGGAAATTAGACTATC 840
Query 1034 ACAACTTTGTTTTCTCAATGAAAGCGAGCAACCCAGTGATCATGGTCCAGGCGTACCGTT 1093
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ACAACTTTGTTTTCTCAATGAAAGCGAGCAACCCAGTGATCATGGTCCAGGCGTACCGTT 900
Query 1094 TACTTGTGGCTGAGATGTATGTTCATGGATGGGATTATCCTTTGCATTTGGGAGTTACTG 1153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TACTTGTGGCTGAGATGTATGTTCATGGATGGGATTATCCTTTGCATTTGGGAGTTACTG 960
Query 1154 AGGCAGGAGAAGGCGAAGATGGACGGATGAAATCTGCGATTGGAATTGGGACGCTTCTTC 1213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AGGCAGGAGAAGGCGAAGATGGACGGATGAAATCTGCGATTGGAATTGGGACGCTTCTTC 1020
Query 1214 AGGACGGGCTCGGTGACACAATAAGAGTTTCACTGACGGAGCCACCAGAAGAGGAGATAG 1273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AGGACGGGCTCGGTGACACAATAAGAGTTTCACTGACGGAGCCACCAGAAGAGGAGATAG 1080
Query 1274 ATCCCTGCAGGCGATTGGCTAACCTCGGGACAAAAGCTGCCAAACTTCAACAAGGCGTTG 1333
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATCCCTGCAGGCGATTGGCCAACCTGGGGACAAAAGCTGCCGAACTTCAACAAGGCGTTG 1140
Query 1334 CACCGTTTGAAGAAAAGCATAGGCATTACTTTGATTTTCAGCGTCGGACGGGTGATCTAC 1393
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CACCGTTTGAAGAAAAGCATAGGCATTACTTTGATTTTCAGCGTCGGACGGGTGATCTAC 1200
Query 1394 CTGTACAAAAAGAGGGAGAAGAGGTTGATTACAGAAATGTCCTTCACCGTGATGGTTCTG 1453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CTGTACAAAAAGAGGGAGAAGAGGTTGATTACAGAAATGTCCTTCACCGTGATGGTTCTG 1260
Query 1454 TTCTGATGTCGATTTCTCTGGATCAACTAAAGGCACCTGAACTCCTCTACAGATCACTCG 1513
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1261 TTCTGATGTCGATTTCTTTGGATCAACTAAAGACACCTGAACTCCTCTACAGATCGCTCG 1320
Query 1514 CTACAAAGCTTGTCGTGGGTATGCCATTCAAGGATCTGGCAACTGTTGATTCAATCTTAT 1573
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CTACAAAACTTGTCGTGGGTATGCCATTCAAGGATCTGGCAACTGTTGATTCAATCTTAT 1380
Query 1574 TAAGAGAGCTACCGCCTGTAGATGATCAAGTGGCTCGTTTGGCTCTAAAACGGTTGATTG 1633
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TAAGAGAGCTACCGCCTGTAGATGATCATGTGGCTCGTTTGGCTCTAAAACGGTTGATTG 1440
Query 1634 ATGTCAGTATGGGAGTTATAGCACCTTTATCAGAGCAACTAACAAAGCCATTGCCCAATG 1693
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1441 ATGTCAGTATGGGAGTTATAGCACCGTTATCGGAGCAACTAACAAAGCCATTTCCCAATG 1500
Query 1694 CCATGGTTCTTGTCAACCTCAAGGAACTATCTGGTGGCGCTTACAAGCTTCTCCCTGAAG 1753
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CAATGGTTCTTGTCAACCTCAAGGAACTATCTGGTGGCGCTTACAAGCTTCTCCCTGAAG 1560
Query 1754 GTACACGCTTGGTTGTCTCTCTACGAGGCGATGAGCCTTACGAGGAGCTTGAAATACTCA 1813
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GTACACGCTTGGTTGTCTCTCTACGAGGCGATGAGCCTTATGAGGAGCTTGAAATACTCA 1620
Query 1814 AAAACATTGATGCTACTATGATTCTCCATGATGTACCTTTCACTGAAGACAAAGTTAGCA 1873
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AAAACATCGATGCTACTATAATTCTCCATGATGTACCCTTCACTGAAGACAAAGTTAGCA 1680
Query 1874 GAGTACATGCAGCTCGGAGGCTATTCGAGTTCTTATCCGAGAATTCAGTTAACTTTCCTG 1933
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GAGTACATGCAGCTCGGAGGCTATTCGAGTTCCTATCCGAGAATTCAGTTAACTTTCCTG 1740
Query 1934 TTATTCATCACATAAACTTCCCAACCGGAATCCACAGAGACGAATTGGTGATTCATGCAG 1993
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TTATTCACCACATAAATTTCCCAACCGGAATCCACAGAGACGAATTGGTGATTCATGCAG 1800
Query 1994 GGACATATGCTGGAGGCCTTCTTGTGGATGGACTAGGTGATGGCGTAATGCTCGAAGCAC 2053
|||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GGACTTATGCTGGAGCCCTTCTTGTGGATGGACTCGGTGATGGCGTAATGCTCGAAGCAC 1860
Query 2054 CTGACCAAGATTTTGATTTTCTTAGGAATACTTCCTTCAACTTATTACAAGGATGCAGAA 2113
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1861 CTGACCAAGATTTTGATTTTCTTCGGAATACTTCCTTCAACTTATTACAAGGCTGCAGAA 1920
Query 2114 TGCGTAACACTAAGACGGAATATGTATCGTGCCCGTCTTGTGGAAGAACGCTTTTCGACT 2173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 TGCGTAACACTAAGACGGAATATGTATCGTGCCCGTCTTGTGGAAGAACGCTTTTCGACT 1980
Query 2174 TGCAAGAAATCAGCGCCGAGATCCGAGAAAAGACTTCCCATTTACCTGGCGTTTCGATCG 2233
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TGCAAGAAATCAGCGCCGAGATTCGAGAAAAGACTTCACATTTACCTGGCGTTTCGATCG 2040
Query 2234 CAATCATGGGATGCATTGTGAATGGACCAGGAGAAATGGCAGATGCTGATTTCGGATATG 2293
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CAATCATGGGTTGCATTGTGAATGGACCAGGAGAAATGGCAGATGCTGATTTCGGATATG 2100
Query 2294 TAGGTGGTTCTCCCGGAAAAATCGACCTTTATGTCGGAAAGACGGTGGTGAAGCGTGGGA 2353
||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 TAGGTGGTTCTCCTGGAAAAATCGATCTTTATGTTGGAAAGACGGTGGTGAAGCGTGGGA 2160
Query 2354 TAGCTATGACGGAGGCAACAGATGCTCTGATCGGTCTGATCAAAGAACATGGTCGTTGGG 2413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 TAGCTATGACGGAGGCAACAGATGCTCTGATCGGTCTGATCAAAGAACATGGTCGTTGGG 2220
Query 2414 TCGACCCGCCCGTGGCTGATGAGTAGATTTCAAAACGG 2451
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TCGACCCGCCTGTGGCTGATGAGTAGATTTCAAAACGG 2258
> Ahg933614 jgi|Araly1|933614|scaffold_401602.1
Length=346
Score = 268 bits (145), Expect = 1e-70
Identities = 209/237 (88%), Gaps = 16/237 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 189 CAGTTACTTTGATTCACTGAGAAAAATGGCGACTGGAGTATTGCCAGCTCCGGTTTCTGG 248
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 72 CAGTTACTTTGTTTCACTGAGAAAAATGGCGACTGGAGTATTGCCAGCTCCTGTTTCCGG 131
Query 249 GATCAAGATACCGGATTCGAAAGTCGGGTTTGGTAAAAGCATGAATCTTGTGAGAATTTG 308
| | | | ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 132 G-----G-T------T-CGAAACTCGGGTTCGGTAAAAGTATGAATCTTGTGAGAATTTG 178
Query 309 TGATGTT-AGGAGTCTAAGATCTGCTAGGAGAAGAGTTTCGGTTATCCGGAATTCAAACC 367
|||| || | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 179 TGAT-TTGACGAGTCTAAGATCTGCTAGAAGAAGAGTTTCCGTTATCCGGAATTCAAACC 237
Query 368 AAGGCTCTGATTTAGCTGAGCTTCAACCTGCATCCGAAGGAAGCCCTCTCTTAGTGC 424
||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 238 AAGGCTCCGATTTAGCCGAGCTTCAACCTGCATCAGAAGGAAGCCCTCTCTTA-TGC 293
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99948802880
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5