BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: halleri_transcript_ahg.fa
           32,672 sequences; 38,939,717 total letters



Query= AT5G60740.1

Length=3344
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  Ahg332324 jgi|Araly1|332324|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001667          5635    0.0  


> Ahg332324 jgi|Araly1|332324|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001667
Length=3330

 Score = 5635 bits (3051),  Expect = 0.0
 Identities = 3240/3333 (97%), Gaps = 6/3333 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1     ATGGGAAGGAGAAATTCATATTTTCCAGGGAATTTTGTTCCATTGTTCTTCGTGTTTATC  60
             ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct  1     ATGGGAAGGAGAAATTCATATTTTCGAGGGAATTTTGTTCCGTTGTTTTTCGTTTTTATC  60

Query  61    GTGTTGATTCTTCAGCAAGAAAGAGTGATTTGTCAAGAAGATAGAAGCTTGGATAATCCC  120
             ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  61    GTGTTGATTTTTCAGCAAGAAATAGTGATTTGTCAAGAAGATAGAAGCTTGGATAATCCC  120

Query  121   GCGGCTAATCGTCTCTATAACCAATTCGTTTTCGACAAAATATCGAATCTCACCGAAGTT  180
             ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  121   GCGGCTAATCGTCTCTATAACCAATTCGTCTTCGACAAAATATCGAATCTCACCGAAGTT  180

Query  181   TTTGAGGATGACATCAAAAGAGAGCTCGGATTCTGCATTACCAATGTAAAAGAAGATTAT  240
             |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  181   TTTGAGGATGACATCAAAAGAGAGCTCGGATTTTGCATTACCAATGTAAAAGAAGATTAT  240

Query  241   AACGAAGCCTTTAATTTCTCTACAAAGCCAGATTTCTTAAACGCATGTGGTAAAACCACA  300
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  241   AACGAAGCCTTTAATTTTTCTACAAAGCCAGATTTCTTAAACGCATGTGGTAAAACCACA  300

Query  301   AAAGGTGACATGATGCAGAGGATATGTACGGCTGCAGAAGTGAGAATATACTTCAATGGA  360
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct  301   AAAGGTGACATGATGCAGAGGATATGTACGGCTGCAGAAGTGAGGATATACTTCAATGGA  360

Query  361   TTATTAGGAGGTGCAAAGAGAGCTACTAATTACTTGAAACCGAACAAGAACTGCAATCTA  420
             |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  361   TTATTAGGAGGTGCAAAGAGAGCTACGAATTACTTGAAACCGAACAAGAACTGCAATCTA  420

Query  421   TCTTCATGGATGTCTGGATGTGAGCCTGGATGGGCTTGTCGTACTGCTAAAGATGTGAAA  480
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421   TCTTCATGGATGTCTGGATGTGAGCCTGGATGGGCTTGTCGTACTGCTAAAGATGTGAAA  480

Query  481   GTTGACCTTAAAGACGACAAGAATGTTCCTGTTAGAACTCAGCAATGTGCGCCTTGTTGC  540
             ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  481   GTTGACCTTAAAGACGATAAGAATGTTCCCGTAAGAACTCAGCAATGCGCGCCTTGTTGC  540

Query  541   GCAGGTTTCTTCTGCCCTCGTGGTATCACCTGCATGATCCCTTGTCCTTTGGGAGCTTAT  600
             ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  541   GCAGGTTTCTTCTGCCCTCGTGGTATCACATGCATGATCCCTTGTCCTTTGGGAGCTTAT  600

Query  601   TGTCCAGAAGCTAATCTGAACAGAACAACAGGATTATGCGACCCATATCATTACCAGCTT  660
             |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  601   TGTCCAGAAGCTACGCTGAACAGAACAACAGGATTATGCGACCCATATCATTACCAGCTT  660

Query  661   CCTTCTGGTCAGCCAAATCATACTTGTGGTGGAGCTGATATTTGGGCTGATATTGGTAGT  720
             |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  661   CCTTCTGGACAGCCAAATCATACTTGTGGTGGAGCTGATATTTGGGCTGATATTGGTAGT  720

Query  721   AGTAGTGAAGTTTTCTGTTCAGCTGGATCCTTTTGTCCTTCCACTATCGACAAGCTTCCT  780
             || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  721   AGCAGTGAAGTCTTCTGTTCAGCTGGATCCTTTTGTCCTTCCACTATCGACAAGCTTCCT  780

Query  781   TGTACTAAAGGACATTACTGCAGGACAGGTTCTACTGCAGAACTGA-ATTGTTTTAAGTT  839
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |
Sbjct  781   TGTACTAAAGGACATTACTGCAGGACAGGTTCTACTGCAGAACT-AGATTGTTTTAAGCT  839

Query  840   GGCAACGTGTAATCCAAGATCAACAAATCAGAATATCACAGCATATGGAATCATGCTTTT  899
             ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  840   GGCAACGTGCAATCCAAGATCAACAAATCAAAATATCACAGCATATGGAATCATGCTTTT  899

Query  900   CGCCGGGCTAGGTTTCTTGCTCATAATCTTATACAACTGCTCTGATCAAGTGCTTGCAAC  959
              ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct  900   TGCCGGCCTAGGTTTCTTGCTCATAATCTTATATAACTGTTCTGATCAAGTGCTTGCGAC  959

Query  960   GAGAGAAAGAAGGCAGGCAAAATCCAGAGAAAAAGCAGTGCAGAGTGTGCGTGATTCGCA  1019
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  960   GAGAGAAAGAAGGCAGGCAAAATCCAGAGAAAAAGCAGTGCAGAGTGTGCGTGATTCGCA  1019

Query  1020  ATCGCGAGAGAAATGGAAATCTGCCAAAGATATTGCAAAGAAGCATGCAACCGAGCTGCA  1079
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1020  ATCGCGAGAGAAATGGAAATCTGCCAAAGATATTGCAAAGAAGCATGCAACCGAGCTGCA  1079

Query  1080  ACAATCGTTTTCTCGAACATTTTCGAGGAGGAAATCTATGAAACAGCCTGATTTGATGAG  1139
             |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1080  ACAATCGTTTTCCCGAACATTTTCTAGGAGGAAATCTATGAAACAGCCTGATTTGATGAG  1139

Query  1140  AGGTTTAAGCCAAGCAAAACCTGGATCAGATGCTGCTTTACCACCAATGCTAGGAAGCAG  1199
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct  1140  AGGTTTAAGCCAAGCAAAACCTGGATCAGATGCTGCCTTACCACCAATGCCAGGAAGCAG  1199

Query  1200  CTCAGACACT-AAAAAGGGAAAGAAAAAGGAGAAGAACAAACTAACAGAGATGTTACATG  1258
             |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1200  CTCAGACA-TGAAAAAGGGAAAGAAAAAGGAAAAGAACAAACTAACAGAGATGTTACATG  1258

Query  1259  ACATTGAACAAAACCCTGAAGATCCTGAAGGGTTTAATCTTGAGATTGGTGATAAAAACA  1318
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct  1259  ACATTGAACAAAACCCTGAAGATCCTGAAGGGTTTAATCTGGAGATTGGTGATAAAAACA  1318

Query  1319  TTAAAAAACATGCTCCAAAAGGCAAGGCCTTGCATACACAGAGCCAGATGTTCAGGTACG  1378
             ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct  1319  TTAAAAAGCATGCTCCAAAAGGCAAGGCCTTGCATACACAGAGCCAGATGTTCAGGTATG  1378

Query  1379  CTTATGGCCAGATTGAAAAGGAAAAAGCAATGCAGGAGCAGAACAAGAACTTGACTTTCT  1438
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1379  CTTATGGCCAGATTGAAAAGGAAAAAGCAATGCAGGAGCAGAACAAGAACTTGACTTTCT  1438

Query  1439  CTGGAGTTATCTCTATGGCTAATGATATTGATATAAGAAAGAGACCTATGATTGAAGTTG  1498
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct  1439  CTGGAGTTATCTCTATGGCTAATGATATTGATATAAGAAAGAGACCTACGATTGAAGTTG  1498

Query  1499  CTTTTAAAGATCTTTCAATTACTTTAAAAGGAAAAAACAAACATCTTATGAGATGTGTGA  1558
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct  1499  CTTTTAAAGATCTTTCAATTACTTTAAAAGGAAAAAACAAACATCTAATGAGATGTGTGA  1558

Query  1559  CCGGAAAACTATCACCTGGACGTGTTTCTGCTGTGATGGGTCCTTCTGGAGCCGGGAAAA  1618
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1559  CCGGAAAACTATCACCTGGACGTGTTTCTGCTGTGATGGGTCCTTCTGGAGCCGGGAAAA  1618

Query  1619  CAACTTTCCTAACAGCTTTGACAGGCAAAGCACCAGGTTGCATCATGACTGGAATGATTC  1678
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct  1619  CAACTTTCCTAACAGCTTTGACAGGCAAAGCACCAGGTTGCACCATGAGTGGAATGATTC  1678

Query  1679  TCGTAAACGGCAAGGTTGAATCAATTCAATCCTACAAGAAGATTATAGGTTTTGTACCTC  1738
             |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct  1679  TCGTAAACGGAAAAGTTGAATCAATTCAATCCTACAAGAAAATCATAGGTTTTGTACCTC  1738

Query  1739  AAGATGACATAGTCCATGGAAACTTAACAGTGGAGGAAAATCTTTGGTTCAGCGCAAGAT  1798
             | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||
Sbjct  1739  AGGATGACATAGTCCATGGAAACTTGACAGTGGAGGAGAATCTCTGGTTCAGTGCAAGAT  1798

Query  1799  GCAGGTTGCCTGCAGATCTCCCAAAGCCGGAGAAAG-TTTTAGTTGTGGAAAGAGTCATT  1857
             ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct  1799  GCAGGTTGCCTGCAGATCTCCCAAAGCCGGA-AAAGGTTTTAGTTGTAGAAAGAGTCATT  1857

Query  1858  GAGTCACTTGGCCTGCAACATGTTCGAGACTCTCTTGTAGGGACTGTGGAAAAGAGAGGA  1917
             ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct  1858  GAGTCACTTGGTCTGCAACATGTTCGAGACTCTCTTGTTGGGACTGTGGAAAAAAGAGGA  1917

Query  1918  ATATCAGGAGGTCAGAGGAAAAGAGTCAATGTGGGTCTTGAAATGGTGATGGAACCATCA  1977
             || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  1918  ATCTCTGGAGGTCAGAGGAAAAGAGTCAATGTGGGTCTTGAAATGGTTATGGAACCATCA  1977

Query  1978  CTTCTGATATTAGATGAACCAACTTCAGGCCTTGACAGTTCATCTTCTCAGTTACTTCTC  2037
             ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1978  CTTCTGATATTAGATGAACCAACTTCAGGTCTTGACAGTTCATCTTCTCAGTTACTTCTC  2037

Query  2038  AGAGCTTTACGTCGTGAAGCTCTTGAAGGAGTAAACATATGTATGGTTGTCCACCAACCC  2097
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2038  AGAGCTTTACGTCGTGAAGCTCTTGAAGGAGTAAACATATGTATGGTTGTCCACCAACCC  2097

Query  2098  AGCTATACTCTTTTTCGGATGTTTGACGATCTGATACTTCTAGCAAAAGGTGGACTAATA  2157
             |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct  2098  AGCTATACTCTTTTTCGGATGTTTGATGATCTAATACTTCTAGCAAAAGGGGGACTAATA  2157

Query  2158  TGTTATCAAGGACCAGTCAAGAAAGTTGAAGAATACTTCTCAAGTCTCGGGATCGTTGTC  2217
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| 
Sbjct  2158  TGTTATCAAGGACCAGTCAAGAAAGTTGAAGAATACTTCTCGAGTCTTGGGATCGTTGTT  2217

Query  2218  CCTGAACGTGTGAATCCGCCTGATTACTACATTGACATATTGGAAGGTATACTAAAGCCA  2277
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2218  CCTGAACGTGTGAATCCGCCTGATTACTACATTGACATATTGGAAGGTATACTAAAGCCA  2277

Query  2278  AGCACAAGTTCAGGAGTTACTTATAAGCAGCTTCCAGTTAGATGGATGCTTCATAATGGG  2337
             |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2278  AGCACAAGCTCAGGAGTTACTTATAAGCAGCTTCCAGTTAGATGGATGCTTCATAATGGG  2337

Query  2338  TATCCAGTTCCTATGGACATGCTTAAAAGCATTGAAGGGATGGCTTCTTCTGCTTCCGGT  2397
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct  2338  TATCCAGTTCCTATGGACATGCTTAAAAGCATTGAAGGGATGGCTTCTTCTGCTTCCGCT  2397

Query  2398  GAGAACTCTGCTCATGGAGGAAGCGCTCACGGGAGCGTTGTAGGAGATGACGGAACATCT  2457
             |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  2398  GAGAACTCTGCTCACGGAGGAAGCGCTCATGGGAGCGTTGTAGGAGAAGACGGAACATCT  2457

Query  2458  TTCGCTGGAGAGTTCTGGCAAGATGTCAAGGCAAATGTTGAAATCAAGAAAGATAACTTG  2517
             ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2458  TTCGCTGGAGAGTTCTGGCAAGATGTCAAAGCAAATGTTGAAATCAAGAAAGATAACTTG  2517

Query  2518  CAGAATAACTTCAGTAGTTCAGGTGACTTATCCGAAAGAGAAGTTCCTGGTGTGTATCAG  2577
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  2518  CAGAATAACTTCAGTAGTTCAGGTGACTTATCCGAAAGAGAAGTTCCCGGTGTGTATCAG  2577

Query  2578  CAATACAGATACTTCTTAGGAAGGTTAGGTAAACAAAGACTACGAGAAGCAAGGACACTA  2637
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  2578  CAATACAGATACTTCTTAGGAAGGTTAGGTAAACAAAGACTGCGAGAAGCAAGGACACTA  2637

Query  2638  GCTGTAGATTACCTAATACTTTTACTTGCTGGTATCTGCTTAGGAACGCTTGCTAAAGTG  2697
             |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2638  GCTGTAGACTACCTAATACTTTTACTTGCTGGTATCTGCTTAGGAACGCTTGCTAAAGTG  2697

Query  2698  AGCGATGAAACGTTTGGTGCCATGGGATATACATATACAGTTATTGCTGTTTCTCTCTTG  2757
             ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  2698  AGCGATGAAACATTTGGTGCCATGGGATATACATATACAGTCATTGCTGTTTCTCTCTTG  2757

Query  2758  TGTAAGATTACTGCATTAAGATCTTTCTCTCTGGATAAACTACACTATTGGAGAGAAAGC  2817
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2758  TGTAAGATTACTGCATTAAGATCTTTCTCTCTGGATAAACTACACTATTGGAGAGAAAGC  2817

Query  2818  CGAGCCGGAATGAGCAGCCTGGCTTACTTCCTAGCGAAAGACACAGTTGATCACTTCAAC  2877
             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2818  CGAGCCGGAATGAGTAGCCTGGCTTACTTCCTAGCGAAAGACACAGTTGATCACTTCAAC  2877

Query  2878  ACCATCGTTAAGCCGCTTGTTTATCTATCCATGTTCTACTTCTTCAACAATCCAAGATCA  2937
             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2878  ACCATTGTTAAGCCGCTTGTTTATCTATCCATGTTCTACTTCTTCAACAATCCAAGATCA  2937

Query  2938  ACAGTTACAGACAATTATGTTGTCCTCATCTGTCTTGTATACTGTGTGACTGGTATAGCT  2997
             |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct  2938  ACAGTTACAGACAATTATGTTGTCCTAATCTGTCTTGTATACTGTGTGACTGGCATAGCT  2997

Query  2998  TATACCCTGGCCATACTTTTCGAACCTGGTCCAGCTCAACTATGGTCAGTGTTACTTCCA  3057
             ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2998  TATGCCCTGGCCATACTTTTCGAACCTGGTCCAGCTCAACTATGGTCAGTGTTACTTCCA  3057

Query  3058  GTGGTTCTGACTCTAATTGCCACCAGTACAAACGACAACAAAATCGTAGATTCAATCTCA  3117
             ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3058  GTGGTGCTGACTCTAATTGCCACCAGTACAAACGACAACAAAATCGTAGATTCAATCTCA  3117

Query  3118  GAGTTGTGCTACACGAGATGGGCTCTAGAAGCATTTGTGGTATCAAACGCTCAAAGATAT  3177
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3118  GAGTTGTGCTACACGAGATGGGCTCTAGAAGCATTTGTGGTATCAAACGCTCAAAGATAT  3177

Query  3178  AAAGGAGTTTGGCTTATCACTCGGTGTGGATCACTGATGGAGAATGGATATAACATCAAG  3237
             |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct  3178  AAAGGAGTGTGGCTTATCACTCGATGTGGATCGCTGATGGAGAATGGATACAACATCAAG  3237

Query  3238  CACTTCCCTCGTTGCCTCGTCTTCCTGACATTAACCGGTATCTTGAGCCGCTGTGCAGCT  3297
             |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3238  CACTTCCCTCGTTGCCTCATCTTCCTGACATTAACCGGTATCTTGAGCCGCTGTGCAGCT  3297

Query  3298  TTCTTTTGTATGGTAACTTTCCAAAAGAAGTAG  3330
             ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct  3298  TTCTTTTGTATGGTAACCTTCCAAAAGAAGTAG  3330



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 126236969641


  Database: halleri_transcript_ahg.fa
    Posted date:  Sep 25, 2014  2:02 AM
  Number of letters in database: 38,939,717
  Number of sequences in database:  32,672



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5