BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G60740.1
Length=3344
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg332324 jgi|Araly1|332324|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001667 5635 0.0
> Ahg332324 jgi|Araly1|332324|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001667
Length=3330
Score = 5635 bits (3051), Expect = 0.0
Identities = 3240/3333 (97%), Gaps = 6/3333 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGAAGGAGAAATTCATATTTTCCAGGGAATTTTGTTCCATTGTTCTTCGTGTTTATC 60
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGGAAGGAGAAATTCATATTTTCGAGGGAATTTTGTTCCGTTGTTTTTCGTTTTTATC 60
Query 61 GTGTTGATTCTTCAGCAAGAAAGAGTGATTTGTCAAGAAGATAGAAGCTTGGATAATCCC 120
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GTGTTGATTTTTCAGCAAGAAATAGTGATTTGTCAAGAAGATAGAAGCTTGGATAATCCC 120
Query 121 GCGGCTAATCGTCTCTATAACCAATTCGTTTTCGACAAAATATCGAATCTCACCGAAGTT 180
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCGGCTAATCGTCTCTATAACCAATTCGTCTTCGACAAAATATCGAATCTCACCGAAGTT 180
Query 181 TTTGAGGATGACATCAAAAGAGAGCTCGGATTCTGCATTACCAATGTAAAAGAAGATTAT 240
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTTGAGGATGACATCAAAAGAGAGCTCGGATTTTGCATTACCAATGTAAAAGAAGATTAT 240
Query 241 AACGAAGCCTTTAATTTCTCTACAAAGCCAGATTTCTTAAACGCATGTGGTAAAACCACA 300
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AACGAAGCCTTTAATTTTTCTACAAAGCCAGATTTCTTAAACGCATGTGGTAAAACCACA 300
Query 301 AAAGGTGACATGATGCAGAGGATATGTACGGCTGCAGAAGTGAGAATATACTTCAATGGA 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 301 AAAGGTGACATGATGCAGAGGATATGTACGGCTGCAGAAGTGAGGATATACTTCAATGGA 360
Query 361 TTATTAGGAGGTGCAAAGAGAGCTACTAATTACTTGAAACCGAACAAGAACTGCAATCTA 420
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTATTAGGAGGTGCAAAGAGAGCTACGAATTACTTGAAACCGAACAAGAACTGCAATCTA 420
Query 421 TCTTCATGGATGTCTGGATGTGAGCCTGGATGGGCTTGTCGTACTGCTAAAGATGTGAAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TCTTCATGGATGTCTGGATGTGAGCCTGGATGGGCTTGTCGTACTGCTAAAGATGTGAAA 480
Query 481 GTTGACCTTAAAGACGACAAGAATGTTCCTGTTAGAACTCAGCAATGTGCGCCTTGTTGC 540
||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 481 GTTGACCTTAAAGACGATAAGAATGTTCCCGTAAGAACTCAGCAATGCGCGCCTTGTTGC 540
Query 541 GCAGGTTTCTTCTGCCCTCGTGGTATCACCTGCATGATCCCTTGTCCTTTGGGAGCTTAT 600
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCAGGTTTCTTCTGCCCTCGTGGTATCACATGCATGATCCCTTGTCCTTTGGGAGCTTAT 600
Query 601 TGTCCAGAAGCTAATCTGAACAGAACAACAGGATTATGCGACCCATATCATTACCAGCTT 660
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TGTCCAGAAGCTACGCTGAACAGAACAACAGGATTATGCGACCCATATCATTACCAGCTT 660
Query 661 CCTTCTGGTCAGCCAAATCATACTTGTGGTGGAGCTGATATTTGGGCTGATATTGGTAGT 720
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CCTTCTGGACAGCCAAATCATACTTGTGGTGGAGCTGATATTTGGGCTGATATTGGTAGT 720
Query 721 AGTAGTGAAGTTTTCTGTTCAGCTGGATCCTTTTGTCCTTCCACTATCGACAAGCTTCCT 780
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGCAGTGAAGTCTTCTGTTCAGCTGGATCCTTTTGTCCTTCCACTATCGACAAGCTTCCT 780
Query 781 TGTACTAAAGGACATTACTGCAGGACAGGTTCTACTGCAGAACTGA-ATTGTTTTAAGTT 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |
Sbjct 781 TGTACTAAAGGACATTACTGCAGGACAGGTTCTACTGCAGAACT-AGATTGTTTTAAGCT 839
Query 840 GGCAACGTGTAATCCAAGATCAACAAATCAGAATATCACAGCATATGGAATCATGCTTTT 899
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GGCAACGTGCAATCCAAGATCAACAAATCAAAATATCACAGCATATGGAATCATGCTTTT 899
Query 900 CGCCGGGCTAGGTTTCTTGCTCATAATCTTATACAACTGCTCTGATCAAGTGCTTGCAAC 959
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 900 TGCCGGCCTAGGTTTCTTGCTCATAATCTTATATAACTGTTCTGATCAAGTGCTTGCGAC 959
Query 960 GAGAGAAAGAAGGCAGGCAAAATCCAGAGAAAAAGCAGTGCAGAGTGTGCGTGATTCGCA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GAGAGAAAGAAGGCAGGCAAAATCCAGAGAAAAAGCAGTGCAGAGTGTGCGTGATTCGCA 1019
Query 1020 ATCGCGAGAGAAATGGAAATCTGCCAAAGATATTGCAAAGAAGCATGCAACCGAGCTGCA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ATCGCGAGAGAAATGGAAATCTGCCAAAGATATTGCAAAGAAGCATGCAACCGAGCTGCA 1079
Query 1080 ACAATCGTTTTCTCGAACATTTTCGAGGAGGAAATCTATGAAACAGCCTGATTTGATGAG 1139
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ACAATCGTTTTCCCGAACATTTTCTAGGAGGAAATCTATGAAACAGCCTGATTTGATGAG 1139
Query 1140 AGGTTTAAGCCAAGCAAAACCTGGATCAGATGCTGCTTTACCACCAATGCTAGGAAGCAG 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1140 AGGTTTAAGCCAAGCAAAACCTGGATCAGATGCTGCCTTACCACCAATGCCAGGAAGCAG 1199
Query 1200 CTCAGACACT-AAAAAGGGAAAGAAAAAGGAGAAGAACAAACTAACAGAGATGTTACATG 1258
|||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CTCAGACA-TGAAAAAGGGAAAGAAAAAGGAAAAGAACAAACTAACAGAGATGTTACATG 1258
Query 1259 ACATTGAACAAAACCCTGAAGATCCTGAAGGGTTTAATCTTGAGATTGGTGATAAAAACA 1318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ACATTGAACAAAACCCTGAAGATCCTGAAGGGTTTAATCTGGAGATTGGTGATAAAAACA 1318
Query 1319 TTAAAAAACATGCTCCAAAAGGCAAGGCCTTGCATACACAGAGCCAGATGTTCAGGTACG 1378
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1319 TTAAAAAGCATGCTCCAAAAGGCAAGGCCTTGCATACACAGAGCCAGATGTTCAGGTATG 1378
Query 1379 CTTATGGCCAGATTGAAAAGGAAAAAGCAATGCAGGAGCAGAACAAGAACTTGACTTTCT 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CTTATGGCCAGATTGAAAAGGAAAAAGCAATGCAGGAGCAGAACAAGAACTTGACTTTCT 1438
Query 1439 CTGGAGTTATCTCTATGGCTAATGATATTGATATAAGAAAGAGACCTATGATTGAAGTTG 1498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1439 CTGGAGTTATCTCTATGGCTAATGATATTGATATAAGAAAGAGACCTACGATTGAAGTTG 1498
Query 1499 CTTTTAAAGATCTTTCAATTACTTTAAAAGGAAAAAACAAACATCTTATGAGATGTGTGA 1558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1499 CTTTTAAAGATCTTTCAATTACTTTAAAAGGAAAAAACAAACATCTAATGAGATGTGTGA 1558
Query 1559 CCGGAAAACTATCACCTGGACGTGTTTCTGCTGTGATGGGTCCTTCTGGAGCCGGGAAAA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 CCGGAAAACTATCACCTGGACGTGTTTCTGCTGTGATGGGTCCTTCTGGAGCCGGGAAAA 1618
Query 1619 CAACTTTCCTAACAGCTTTGACAGGCAAAGCACCAGGTTGCATCATGACTGGAATGATTC 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1619 CAACTTTCCTAACAGCTTTGACAGGCAAAGCACCAGGTTGCACCATGAGTGGAATGATTC 1678
Query 1679 TCGTAAACGGCAAGGTTGAATCAATTCAATCCTACAAGAAGATTATAGGTTTTGTACCTC 1738
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1679 TCGTAAACGGAAAAGTTGAATCAATTCAATCCTACAAGAAAATCATAGGTTTTGTACCTC 1738
Query 1739 AAGATGACATAGTCCATGGAAACTTAACAGTGGAGGAAAATCTTTGGTTCAGCGCAAGAT 1798
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1739 AGGATGACATAGTCCATGGAAACTTGACAGTGGAGGAGAATCTCTGGTTCAGTGCAAGAT 1798
Query 1799 GCAGGTTGCCTGCAGATCTCCCAAAGCCGGAGAAAG-TTTTAGTTGTGGAAAGAGTCATT 1857
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1799 GCAGGTTGCCTGCAGATCTCCCAAAGCCGGA-AAAGGTTTTAGTTGTAGAAAGAGTCATT 1857
Query 1858 GAGTCACTTGGCCTGCAACATGTTCGAGACTCTCTTGTAGGGACTGTGGAAAAGAGAGGA 1917
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1858 GAGTCACTTGGTCTGCAACATGTTCGAGACTCTCTTGTTGGGACTGTGGAAAAAAGAGGA 1917
Query 1918 ATATCAGGAGGTCAGAGGAAAAGAGTCAATGTGGGTCTTGAAATGGTGATGGAACCATCA 1977
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1918 ATCTCTGGAGGTCAGAGGAAAAGAGTCAATGTGGGTCTTGAAATGGTTATGGAACCATCA 1977
Query 1978 CTTCTGATATTAGATGAACCAACTTCAGGCCTTGACAGTTCATCTTCTCAGTTACTTCTC 2037
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 CTTCTGATATTAGATGAACCAACTTCAGGTCTTGACAGTTCATCTTCTCAGTTACTTCTC 2037
Query 2038 AGAGCTTTACGTCGTGAAGCTCTTGAAGGAGTAAACATATGTATGGTTGTCCACCAACCC 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 AGAGCTTTACGTCGTGAAGCTCTTGAAGGAGTAAACATATGTATGGTTGTCCACCAACCC 2097
Query 2098 AGCTATACTCTTTTTCGGATGTTTGACGATCTGATACTTCTAGCAAAAGGTGGACTAATA 2157
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2098 AGCTATACTCTTTTTCGGATGTTTGATGATCTAATACTTCTAGCAAAAGGGGGACTAATA 2157
Query 2158 TGTTATCAAGGACCAGTCAAGAAAGTTGAAGAATACTTCTCAAGTCTCGGGATCGTTGTC 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2158 TGTTATCAAGGACCAGTCAAGAAAGTTGAAGAATACTTCTCGAGTCTTGGGATCGTTGTT 2217
Query 2218 CCTGAACGTGTGAATCCGCCTGATTACTACATTGACATATTGGAAGGTATACTAAAGCCA 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 CCTGAACGTGTGAATCCGCCTGATTACTACATTGACATATTGGAAGGTATACTAAAGCCA 2277
Query 2278 AGCACAAGTTCAGGAGTTACTTATAAGCAGCTTCCAGTTAGATGGATGCTTCATAATGGG 2337
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 AGCACAAGCTCAGGAGTTACTTATAAGCAGCTTCCAGTTAGATGGATGCTTCATAATGGG 2337
Query 2338 TATCCAGTTCCTATGGACATGCTTAAAAGCATTGAAGGGATGGCTTCTTCTGCTTCCGGT 2397
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2338 TATCCAGTTCCTATGGACATGCTTAAAAGCATTGAAGGGATGGCTTCTTCTGCTTCCGCT 2397
Query 2398 GAGAACTCTGCTCATGGAGGAAGCGCTCACGGGAGCGTTGTAGGAGATGACGGAACATCT 2457
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2398 GAGAACTCTGCTCACGGAGGAAGCGCTCATGGGAGCGTTGTAGGAGAAGACGGAACATCT 2457
Query 2458 TTCGCTGGAGAGTTCTGGCAAGATGTCAAGGCAAATGTTGAAATCAAGAAAGATAACTTG 2517
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 TTCGCTGGAGAGTTCTGGCAAGATGTCAAAGCAAATGTTGAAATCAAGAAAGATAACTTG 2517
Query 2518 CAGAATAACTTCAGTAGTTCAGGTGACTTATCCGAAAGAGAAGTTCCTGGTGTGTATCAG 2577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2518 CAGAATAACTTCAGTAGTTCAGGTGACTTATCCGAAAGAGAAGTTCCCGGTGTGTATCAG 2577
Query 2578 CAATACAGATACTTCTTAGGAAGGTTAGGTAAACAAAGACTACGAGAAGCAAGGACACTA 2637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2578 CAATACAGATACTTCTTAGGAAGGTTAGGTAAACAAAGACTGCGAGAAGCAAGGACACTA 2637
Query 2638 GCTGTAGATTACCTAATACTTTTACTTGCTGGTATCTGCTTAGGAACGCTTGCTAAAGTG 2697
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 GCTGTAGACTACCTAATACTTTTACTTGCTGGTATCTGCTTAGGAACGCTTGCTAAAGTG 2697
Query 2698 AGCGATGAAACGTTTGGTGCCATGGGATATACATATACAGTTATTGCTGTTTCTCTCTTG 2757
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2698 AGCGATGAAACATTTGGTGCCATGGGATATACATATACAGTCATTGCTGTTTCTCTCTTG 2757
Query 2758 TGTAAGATTACTGCATTAAGATCTTTCTCTCTGGATAAACTACACTATTGGAGAGAAAGC 2817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 TGTAAGATTACTGCATTAAGATCTTTCTCTCTGGATAAACTACACTATTGGAGAGAAAGC 2817
Query 2818 CGAGCCGGAATGAGCAGCCTGGCTTACTTCCTAGCGAAAGACACAGTTGATCACTTCAAC 2877
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 CGAGCCGGAATGAGTAGCCTGGCTTACTTCCTAGCGAAAGACACAGTTGATCACTTCAAC 2877
Query 2878 ACCATCGTTAAGCCGCTTGTTTATCTATCCATGTTCTACTTCTTCAACAATCCAAGATCA 2937
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 ACCATTGTTAAGCCGCTTGTTTATCTATCCATGTTCTACTTCTTCAACAATCCAAGATCA 2937
Query 2938 ACAGTTACAGACAATTATGTTGTCCTCATCTGTCTTGTATACTGTGTGACTGGTATAGCT 2997
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2938 ACAGTTACAGACAATTATGTTGTCCTAATCTGTCTTGTATACTGTGTGACTGGCATAGCT 2997
Query 2998 TATACCCTGGCCATACTTTTCGAACCTGGTCCAGCTCAACTATGGTCAGTGTTACTTCCA 3057
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 TATGCCCTGGCCATACTTTTCGAACCTGGTCCAGCTCAACTATGGTCAGTGTTACTTCCA 3057
Query 3058 GTGGTTCTGACTCTAATTGCCACCAGTACAAACGACAACAAAATCGTAGATTCAATCTCA 3117
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 GTGGTGCTGACTCTAATTGCCACCAGTACAAACGACAACAAAATCGTAGATTCAATCTCA 3117
Query 3118 GAGTTGTGCTACACGAGATGGGCTCTAGAAGCATTTGTGGTATCAAACGCTCAAAGATAT 3177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3118 GAGTTGTGCTACACGAGATGGGCTCTAGAAGCATTTGTGGTATCAAACGCTCAAAGATAT 3177
Query 3178 AAAGGAGTTTGGCTTATCACTCGGTGTGGATCACTGATGGAGAATGGATATAACATCAAG 3237
|||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3178 AAAGGAGTGTGGCTTATCACTCGATGTGGATCGCTGATGGAGAATGGATACAACATCAAG 3237
Query 3238 CACTTCCCTCGTTGCCTCGTCTTCCTGACATTAACCGGTATCTTGAGCCGCTGTGCAGCT 3297
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3238 CACTTCCCTCGTTGCCTCATCTTCCTGACATTAACCGGTATCTTGAGCCGCTGTGCAGCT 3297
Query 3298 TTCTTTTGTATGGTAACTTTCCAAAAGAAGTAG 3330
||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3298 TTCTTTTGTATGGTAACCTTCCAAAAGAAGTAG 3330
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126236969641
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5