BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G60790.1
Length=2387
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg332329 jgi|Araly1|332329|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001672 2767 0.0
> Ahg332329 jgi|Araly1|332329|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001672
Length=1785
Score = 2767 bits (1498), Expect = 0.0
Identities = 1694/1790 (95%), Gaps = 7/1790 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 98 ATGGTGTCTGACGCTAGCAAGAAGAAGGCAGCTCAGAAGAAAGCTGCTGCCGCCGCTAAA 157
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGGTGTCTGACGCTAGCAAGAAGAAGGCAGCTCAAAAGAAAGCTGCTGCCGCCGCCAAA 60
Query 158 AGAGGTGGTAAAGCTGCTGCTCCATCCAAATCCGCCGCTACTTCTTCCAACGGTGTTGAT 217
||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 61 AGAGGTGGTAAAGCTGCTGCTTCTTCTAAATCCGCCGCTACTTCCTCCAATGGAGTTGAT 120
Query 218 AGCTTGTCAAGCGGTGTCGATGCTCTTCAAATTTCTGATCGGACTTGTACCGGAGTTCTC 277
||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGCTTATCGAGCGGAGTCGACGCTCTTCAAATTTCTGATCGGACTTGTACCGGAGTTCTC 180
Query 278 TGTTCTCATCCTCAATCTAGAGATATCCGAATAGAATCTCTGTCTGTGACGTTTCATGGT 337
||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 TGTTCTCATCCCCAATCTAGGGATATTCGAATAGAATCTCTGTCTGTTACGTTTCATGGT 240
Query 338 TATGACCTTATTGTTGATTCAATGTTGGAGCTTAACTATGGAAGGCGTTATGGTCTCCTT 397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TATGACCTTATTGTTGATTCAATGTTGGAGCTTAACTATGGAAGGCGTTATGGTCTCCTT 300
Query 398 GGGTTGAATGGTTGTGGAAAGTCCACTCTTTTAACTGCAATCGGACGCAGAGAGATACCG 457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGGTTGAATGGTTGTGGAAAGTCCACTCTTTTAACTGCAATCGGACGCAGAGAGATACCG 360
Query 458 ATTCCGGATCAAATGGATATCTACCAT-TTGTCTCACGAGATTGAAGCTACTGACATGTC 516
||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATTCCGGATCACATGGATATCTATCATCTT-TCTCATGAGATTGAAGCTACTGACATGTC 419
Query 517 TTCCCTGGAGGCTGTTGTTAGCTGTGATGAGGAGAGGTTGAGGTTAGAGAAAGAAGTTGA 576
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||
Sbjct 420 TTCCCTTGAGGCTGTTGTTAGCTGTGATGAGGAGAGGTTGAGGTTGGAGAAGGAAATTGA 479
Query 577 AATTCTTGTACAGCAGGATGATGG-AGGCGGAGAGCGTCTTCAATCTATCTATGAGAGGT 635
||||||||| |||||||| ||| || || || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AATTCTTGTTGAGCAGGATTCTGGTAG-CG-AG--CGTCTTCAATCTATCTATGAGAGGT 535
Query 636 TAGACGCCATGGATGCAGAAACCGCTGAGAAACGTGCTGCTGAAATTCTGTTTGGACTTG 695
|||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 TAGATGCCATGGATGCTGCAACCGCTGAGAAGCGTGCTGCTGAAATTCTGTTTGGACTTG 595
Query 696 GTTTCGACAAGGAAATGCAGGCGAAGAAGACAAAAGATTTCTCTGGTGGTTGGAGGATGA 755
||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 596 GTTTCGACAAGGAAATGCAAGCTAAGAAGACGAAAGATTTTTCCGGTGGTTGGAGGATGA 655
Query 756 GAATTGCATTGGCAAGAGCACTCTTCATTATGCCGACAATCCTTTTGCTTGATGAGCCGA 815
|||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 GAATTGCATTAGCAAGAGCTCTCTTCATAATGCCAACTATCCTTTTGCTTGATGAGCCGA 715
Query 816 CTAATCATTTAGATTTGGAAGCTTGTGTGTGGCTAGAAGAGAGCCTGAAGAATTTTGATC 875
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 CAAATCATTTAGATTTGGAAGCTTGTGTGTGGTTAGAAGAGAGCCTGAAGAATTTTGATC 775
Query 876 GCATCCTTGTTGTGGTATCCCACTCACAGGATTTCTTGAATGGAGTGTGTACAAACATCA 935
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 776 GCATCCTTGTTGTGGTATCACACTCGCAGGATTTCTTGAATGGAGTTTGTACAAACATCA 835
Query 936 TCCACATGCAGAGCAAACAGCTCAAGTACTACACTGGTAACTTTGATCAGTATTGCCAGA 995
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 TCCACATGCAGAGCAAGCAGCTCAAGTACTACACTGGTAACTTTGATCAGTATTGCCAGA 895
Query 996 CTCGTTCTGAACTTGAAGAGAACCAGATGAAACAATACAGATGGGAGCAGGAGCAGATTT 1055
|||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 CTCGTTCTGAGCTAGAAGAGAATCAGATGAAACAATACAGATGGGAGCAGGAGCAGATTT 955
Query 1056 CTCACATGAAGGAGTACATTGCTCGGTTTGGTCACGGTTCAGCCAAACTTGCTCGTCAAG 1115
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 CTCACATGAAGGAGTACATTGCTAGGTTTGGTCACGGTTCAGCCAAACTTGCTCGTCAAG 1015
Query 1116 CACAGAGTAAGGAGAAAACATTGGCAAAGATGGAGAGAGGTGGGCTCACTGAAAAGGTTG 1175
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 CACAGAGTAAAGAGAAAACATTGGCAAAGATGGAGAGAGGTGGGCTCACTGAAAAGGTTG 1075
Query 1176 CTAGAGACAGTGTTCTCGTTTTCCGTTTTGCTGATGTTGGGAAGCTTCCACCGCCAGTGC 1235
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 CCAGAGACAGCGTTCTCGTTTTCCGTTTTGCTGATGTTGGGAAGCTTCCACCGCCAGTGC 1135
Query 1236 TTCAGTTTGTTGAAGTGTCTTTTGGTTACACACCGGACTATCTTATTTACAAGAACATTG 1295
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1136 TTCAGTTTGTGGAAGTGTCTTTTGGGTACACACCGGACTATCTCATTTACAAGAACATCG 1195
Query 1296 ACTTTGGTGTCGACTTGGACTCGAGGGTTGCCCTTGTGGGACCTAATGGAGCTGGAAAGA 1355
|||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 ACTTTGGTGTCGACTTGGACTCTAGGGTCGCTCTCGTGGGACCTAATGGAGCTGGAAAGA 1255
Query 1356 GTACACTTTTGAAGCTCATGACTGGTGAATTGCACCCAACTGAAGGAATGGTGCGACGTC 1415
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 GTACACTTTTGAAGCTCATGACTGGTGAACTGCACCCAACTGAAGGAATGGTGCGACGTC 1315
Query 1416 ACAACCACTTGAAGATTGCTCAGTACCATCAGCATCTGGCTGAGAAGCTAGACTTGGAAT 1475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1316 ACAACCACTTGAAGATTGCTCAGTACCATCAGCATCTGGCTGAGAAGCTAGACCTGGAAT 1375
Query 1476 TGCCTGCACTTCTCTACATGATGAGGGAGTTCCCGGGTACTGAAGAGGAGAAAATGAGAG 1535
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TGCCTGCACTTCTCTACATGATGAGGGAGTTCCCGGGTACCGAAGAGGAGAAAATGAGAG 1435
Query 1536 CTGCGATTGGTAGGTTTGGTCTAACTGGTAAGGCTCAAGTGATGCCAATGAAGAATCTAT 1595
||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 1436 CTGCGATTGGTAGATTTGGTCTTACTGGTAAGGCCCAAGTAATGCCTATGAAAAATCTAT 1495
Query 1596 CTGACGGACAAAGGAGCAGAGTGATCTTTGCGTGGTTAGCTTATAAGCAGCCTAACATGC 1655
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 CTGATGGACAAAGGAGCAGAGTCATCTTTGCGTGGTTAGCTTATAAGCAGCCTAACATGC 1555
Query 1656 TTCTTCTTGATGAGCCTACTAACCATTTGGATATCGAGACAATCGACTCGCTTGCTGAGG 1715
|||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||
Sbjct 1556 TTCTACTGGACGAGCCAACTAACCATTTGGATATCGAGACAATTGACTCACTCGCTGAGG 1615
Query 1716 CATTGAATGAGTGGGATGGTGGTTTGGTTCTGGTTAGTCACGACTTCAGGTTGATCAACC 1775
||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1616 CATTGAACGAGTGGGATGGTGGTCTGGTTCTGGTGAGTCACGACTTCAGGCTGATCAACC 1675
Query 1776 AAGTGGCTCATGAGATATGGGTTTGCGAGAAACAATGCATCACTAAATGGAATGGTGACA 1835
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 1676 AAGTGGCTCATGAGATATGGGTTTGTGAGAAACAATGCATTACGAAATGGAACGGTGACA 1735
Query 1836 TTATGGACTTCAAGAGGCACCTTAAGGCTAAAGCCGGACTTGAAGATTGA 1885
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TTATGGACTTCAAGAGGCACCTCAAGGCTAAAGCCGGACTTGAAGATTGA 1785
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89931068445
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5