BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G61020.1
Length=1870
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496255 jgi|Araly1|496255|fgenesh2_kg.8__2071__AT5G61020.1 2791 0.0
> Ahg496255 jgi|Araly1|496255|fgenesh2_kg.8__2071__AT5G61020.1
Length=1842
Score = 2791 bits (1511), Expect = 0.0
Identities = 1719/1818 (95%), Gaps = 20/1818 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 46 tctcattctctcCTACAACAAGTTTCCGCCGCTAAGCCACTCACTACGCAGCCATGGCAA 105
|||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 30 TCTC-TTCTCTCCAACAAGTAGTTTCCGCCGCTAAGCCACTCACTACGCAGCCATGGCAA 88
Query 106 ATCCTGACCATGTTTCAGATGTGCTACATAATTTGTCGATTGATCCAACAACCAAGGCTT 165
||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| || ||||||||| ||
Sbjct 89 ATCCTGATCATGTTTCAGATGTGCTCCACAATTTGTCTATTGATTCAGCAACCAAGGTTT 148
Query 166 TAGCTCCTGATTCTGAAACAAAGTTGCAGGGGGCTTATGGCGGAAACGGTAATGACTTCT 225
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 TAGCTCCTGATTCTGAAACTAAGTTGCAGGGGGCTTTTGGCGGAAACGGTAATGACTTCT 208
Query 226 TGCTCAATGATGAGTTAGTGGAGGCTACCAAAATTGGTAAACCTAGTCTTTTGTCTAAAG 285
||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 209 TGCTCAATGGTGACTTAGTGGAGGCTACCAAAAATGGTAAACCTAGTCTTTTGTCTAAAG 268
Query 286 ATGGAGGTGTGACCAAAGACAAGGGATCCAACCTTAAGAAACTCGGGTACCAAAGTGCAG 345
|||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 269 ATGGAGGTTTGACCAAAGACAAGGGATCAAACCTGAAGAAACTCGGGTACCAAAGTTCAG 328
Query 346 CTTATAACGCAAAGGGTTCATATGGGAAGGGTGCCTA-TGCTTATGGGTACTATCCCCCA 404
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||
Sbjct 329 CTTATAACGCAAAGGGTTCGTATGGGAAGGGTGCCTACT-CTTATGGGTACTATTCCCCA 387
Query 405 GCATATCAGTACCCAAGACATGGTTACACTGGGAGCTATGCTTCAGGGAAAACCAATCTT 464
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 388 GCATATCAGTACCCAAGATATGGTTACAGTGGGAGCTATGCTTCTGGAAAAACCAATCTT 447
Query 465 CAGTATCAGTACCTGACTCAGCAGGGAAGATCAGCTGGTA-ATGGTCAATCTTATGGAGG 523
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 448 CAGTATCAGTACCTGACTCAGCATGGAAGATCAGCTGGTACA-GGTCAATCTTATGGAGG 506
Query 524 ATACATGGACAACATTTACTCCAATTATGGGATGTGTGGACCTTACACGAATGGCTATGG 583
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 507 ATACATGGACAACATTTACTCGAATTATGGGATGTGTGGACCTTACACGAATGGCTATGG 566
Query 584 GTATGGCTCTTACGGTTATGACTCATGGAAATACATGCCCAATTGGTATGCGGTTAACAA 643
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 567 GTATGGCTCCTACGGTTATGACTCATGGAAATACATGCCCAACTGGTATGCGGTTAACAA 626
Query 644 TACCTACAAGCCAAGAAACGGGTATCATGGATATGGCAAAGAAAACATTGAGGGGTTAAA 703
|||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 627 TACCTACAAGACTAGAAATGGGTTTCATGGATATGGCAAAGAAAACATTGAGGGATTAAA 686
Query 704 TGAGATGAATAGAGGTCCACGAGCTAAGGGTTTCAACAGCCAAGATGGTTCCAAGGTGAT 763
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 687 TGAGCTGAATAGAGGTCCACGAGCTAAGGGTTTCAGCAGCCAAGATGGTTCCAAGGTGAT 746
Query 764 GGCTGTGTCTTTGAAGGAGCAGAGAGTGACTGAGACTGAGAAACTCAGTGAAGATGTGTC 823
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 747 AACTGTGTCTTCGAAGGAGCAGAGAGTGACTGAGGCTGAGAAACTCAGTGAAGATGTGTC 806
Query 824 TCTTTTAGATCCCAAGGACTACAATAAGATAGATTTCCCTGAGACCTACACAGAAGCAAA 883
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 807 TCTTTTAGATCCCAAGGACTACAACAAGATAGATTTCCCTGAGACCTACTCAGAAGCAAA 866
Query 884 GTTTTATGTAATCAAATCGTACAGTGAAGATGATATTCATAAAAGTATCAAATACAGTGT 943
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 867 GTTTTTTGTAATCAAGTCGTACAGTGAAGATGATATTCATAAAAGTATCAAATACAGTGT 926
Query 944 TTGGTCCAGCACTCCTAATGGTAACAAGAAGCTGGATGCCTCATATAACGAGGCAAAACA 1003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 927 TTGGTCCAGCACTCCTAATGGTAACAAGAAGCTGGATGCTTCATATAACGAGGCAAAACA 986
Query 1004 GAAGTCAGATGGCTGTCCCGTGTTTCTACTTTTCTCTGTAAACACTAGTGGACAATTTGT 1063
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 987 GAAGTTAGATGGCTGCCCCGTGTTTCTACTTTTCTCTGTAAACACGAGTGGACAATTTGT 1046
Query 1064 TGGTTTAGCCGAGATGGTAGGCCCTGTTGATTTCAATAAGACTGTTGAATACTGGCAACA 1123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1047 TGGTTTAGCCGAGATGGTAGGCCCTGTTGATTTCAATAAGACTGTCGAATACTGGCAACA 1106
Query 1124 GGACAAATGGATTGGTTGCTTCCCTGTTAAGTGGCATTTCGTTAAAGATATCCCTAATAG 1183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 GGACAAATGGATTGGTTGCTTCCCTGTTAAGTGGCATTTCGTTAAAGATATCCCTAATAG 1166
Query 1184 CTCCTTGAGGCATATAACTCTGGAGAACAATGAGAACAAGCCGGTTACTAATAGCAGAGA 1243
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1167 CTCCTTGAGGCATATAACTCTGGAGAACAATGAGAACAAGCCGGTTACAAATAGCAGAGA 1226
Query 1244 CACACAGGAAGTAAAGCTCGAGCAAGGCATTAAAGTCATCAAGATTTTCAAGGACCACGC 1303
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1227 CACACAGGAAGTAAAGCTAGAGCAAGGCGTTAAAGTCATCAAGATTTTCAAGGACCATGC 1286
Query 1304 AAGCAAGACATGCATCCTCGATGATTTTGAGTTCTATGAGAATCGTCAAAAGATTATCCA 1363
|||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1287 GAGCAAGGCATGCATCCTCGATGATTTTGTGTTCTATGAGAATCGTCAAAAGATTATCCA 1346
Query 1364 AGAAAGGAAAAGCAAACACCTGCAGATCAAAAAACAGACATTGGTGGCCAATGCAGACAA 1423
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1347 AGAGAGGAAAAGCAAACACCTGCAGATCAAAAAACAGACGCTGGTGGCCAATGCAGACAA 1406
Query 1424 A-G-G-------TGTAATGTCAAAAATTAATCTTGTGAAACCTCAAGAGTCTACTACAGC 1474
| | | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 AAGAGACAACAGTGTAATGCCAAAAATTAATATTGTGAAACCTCAAGAGTCTACTACAGC 1466
Query 1475 CTCAGAAGATGCAGCAGCACTAGGAGTTGCGGCTGAAGTGACTAAAGAATCGAAAGTGGT 1534
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1467 CTCAGAAGATACAGCAGCACTAGGAGTTGCGACTGAAGTGACTAGAGAATCGAAAGTGGT 1526
Query 1535 GAAAGAGACCGAGTTACCTGTGGAGAAAAATGCTGTTGCTACTGCCTGCTGAACCAACCT 1594
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1527 GAAAGAAAACGAGTTACCTGTGGAGAAAAATGCTGTTGCTACTGCCTGCTGAACCAACCT 1586
Query 1595 TTGGTTTTAAGTGGG-AACTGGGTGGGCTGTTTTAGGCTATTTAGAGCGTTTCTCTAGTT 1653
|||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1587 TTGGTTGTAAGAGGGGAACTGGGTGGGCTGTTTTAGGCGATTTAGAGTGTTTCCCTAGTT 1646
Query 1654 TTGTTTCCATTCCTGAATTTGCAGACttttttttttttttt-tttGGAACCGAGTTG-AG 1711
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1647 TTGTT-CCATTCCTGAATTTGCAGACTTTTTGTTTTGTTTTGTTTGGAACCGAGTTGCA- 1704
Query 1712 AGGGTAGTGGCTTAGTAGATGAAGTTTTGGCATGAGCATTCATCATCTTGCAGTTATTCT 1771
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1705 AGGGTAGTGGCTTAGTAGATGAAGTTTTGGCATGAGCATTCATCATCTTGCAGTTAATCT 1764
Query 1772 CTATCCCTTTAGTAATGGTCCAACATATGAGGATATGGGTAAAAGATTGGTATTGAATC- 1830
||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1765 CTATCCCTTGGGTAGTGGTCCAATATATGAGGATATGGGTAAAAGATTGATATTGAATCC 1824
Query 1831 AGCTTATTCAGTTTTATA 1848
||||||||||||||||||
Sbjct 1825 AGCTTATTCAGTTTTATA 1842
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70238411780
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5