BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G61380.1
Length=2707
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496297 jgi|Araly1|496297|fgenesh2_kg.8__2113__AT5G61380.1 3751 0.0
> Ahg496297 jgi|Araly1|496297|fgenesh2_kg.8__2113__AT5G61380.1
Length=2645
Score = 3751 bits (2031), Expect = 0.0
Identities = 2338/2480 (94%), Gaps = 46/2480 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATTGATTGACAAAACAAAACAATGAGtcttctttctcttctcac-tcttcttgtcggaaa 59
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1 ATTGATTGACAAAACAAAACTATGAGTCTTCTTTCTCTTCTCACTTC-TCTTGTCGGAAA 59
Query 60 ttcaccttctctctctctcctcctcatctcaCCGCCGGCGTTACGCCGGATCTCCGGTGA 119
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 60 TTCACCTTCTCTCTCTCTCCTCTTCATCTCACCGCCGGCGTTACGCTGGATCTCCGGTGA 119
Query 120 CTTTTGTTGAGCTTTTTTGTTGATTCATGATTCGATATAGAGAA-AAAAGAATTTCCTAT 178
||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| || ||||| | ||
Sbjct 120 CTTTTGTTGAGCTGTTTTGTCGATTCTTGATTCGATTTAG-CAACAAAAG-A------AT 171
Query 179 TTCAGCTCTTTGTTCTTAGATTTATCTT-T-TTGTTTGTTCTTATGGATAAAGG-ATTAG 235
|||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||| |||||| |||| |||||
Sbjct 172 TTCAGCTCTTTGTTCTTAGATTTAGCTTATCTTTTTTGTTCTCATGGAT-AAGGAATTAG 230
Query 236 GTTGGGGGATTAAAAGAGTAGTTTTTGTTTGGTTGTGAGATTACTTGAC-TTTGTTAAGG 294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||
Sbjct 231 GTTGGGGGATTAAAAGAGTAGTTTTTGTTTGGTTGTGAGATTACTTGACTTTTG-T-AGA 288
Query 295 GGATAAATTAGGCGACTTTGTAGGGACACTGTACCGAAAAACCCTAGTTCTGATTTGGCC 354
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 289 GGATAAATTAGGTGACTTTGTAGGGACAGTGTACCGAAAAACCCTTGTTCTGATTTGGCC 348
Query 355 ATGGAAGTATCATAGCACTTACTATTGTCGGCTTTACTTCTTCTACTTTTGTATAATCCt 414
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| |
Sbjct 349 ATGGAAGTATCATAGCACTTACTATTGTCGGTTTTATTTGTTCTACTTTTGTATAATCTT 408
Query 415 tttttttC---------TTAGGTTCTGTGATTAGATAttttttttGTGTGGGTTTAGTTG 465
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||
Sbjct 409 TTTTTTTCTTTTTTGTGTTAGGTTCTGTGATTAGATA-TTTTTTTG-GTGGGTTTAGCTG 466
Query 466 TTAATCTGATCATGGATTTGAACGGTGAGTGTAAAGGAGGAGATGGGTTTATTGATAGAA 525
||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 TTAATCTTATCATGGATCTGAACGGTGAGTGTAAGGGAGGAGATGGGTTTATTGATAGAA 526
Query 526 GCAGAGTCAGGATTTTGCTTTGTGACAATGATTCCACGAGTTTGGGAGAGGTTTTTACTC 585
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||
Sbjct 527 GCAGAGTTAGGATTTTGCTTTGTGACAATGATTCCAAGAGCTTGGGAGAAGTTTTCACTC 586
Query 586 TCCTTTCAGAGTGTTCTTATCAAGTGACTGCAGTGAAATCAGCAAGGCAGGTGATTGATG 645
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 587 TCCTTTCAGAGTGTTCTTATCAAGTGACTTCAGTGAAATCAGCAAGGCAAGTGATTGATG 646
Query 646 CACTTAATGCAGAGGGACCTGATATCGATATAATACTGGCGGAAATTGATCTCCCAATGG 705
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 647 CACTTAATGCAGAGGGACCTGATATCGATATCATACTGGCAGAAATCGATCTCCCAATGG 706
Query 706 CTAAGGGTATGAAGATGCTGAGGTACATCACACGAGACAAAGATCTTCGCAGAATCCCTG 765
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 707 CCAAGGGTATGAAGATGCTGAGGTACATCACACGAGACAAAGATCTTCGGAGAATCCCTG 766
Query 766 TGATAATGATGTCGAGGCAAGACGAAGTCCCTGTCGTTGTAAAGTGCTTGAAGCTAGGTG 825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 TGATAATGATGTCGAGGCAAGACGAAGTCCCTGTCGTTGTAAAGTGCTTGAAGCTAGGTG 826
Query 826 CAGCTGACTACCTTGTGAAGCCTCTTCGCACCAACGAGCTTCTGAACTTGTGGACACACA 885
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 827 CAGCTGACTACCTTGTGAAGCCTCTTCGGACCAACGAGCTTCTAAACTTGTGGACACACA 886
Query 886 TGTGGAGAAGAAGACGCATGCTAGGACTTGCTGAGAAGAATATGTTGAGCTATGATTTTG 945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 TGTGGAGAAGAAGACGCATGCTAGGACTTGCTGAGAAGAATATGTTGAGCTATGATTTTG 946
Query 946 ATCTTGTGGGATCTGATCAAAGTGATCCAAACACAAATAGTACCAACCTGTTCTCTGACG 1005
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 ATCTCGTGGGATCTGATCCAAGTGATCCAAACACAAATAGTACCAACCTGTTCTCTGACG 1006
Query 1006 ACACAGATGATAGAAGTCTTAGGTCCACCAACCCACAGAGAGGAAATTTAAGTCACCAGG 1065
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 ACACAGATGATAGAAGTCTTAGGTCCACCAACCCGCAGAGAGGAAATTTAAGTCACCAGG 1066
Query 1066 AAAATGAGTGGTCTGTTGCTACTGCTCCTGTTCATGCTCGTGATGGTGGTCTTGGTGCTG 1125
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 AAAATGAGTGGTCTGTTGCTACTGCTCCTGTTCATGCTGGTGATGGTGGTCTTGGTGCTG 1126
Query 1126 ATGGAACAGCCACTTCTTCTCTTGCTGTTACTGCTATAGAGCCTCCATTGGATCATCTTG 1185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 ATGGAACAGCCACTTCTTCTCTTGCTGTTACTGCTATAGAGCCTCCATTGGATCATCTTG 1186
Query 1186 CTGGGTCTCACCATGAGCCAATGAAAAGAAATAGTAATCCAGCGCAATTTTCTTCAGCAC 1245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 CTGGGTCTCACCATGAGCCAATGAAAAGAAATAGTAATCCAGCGCAATTTTCTTCAGCAC 1246
Query 1246 CGAAGAAAAGTAGATTGAAGATCGGAGAGTCCTCTGCTTTCTTTACATATGTCAAATCTA 1305
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1247 CAAAGAAAAGTAGATTGAAGATCGGAGAGTCCTCTGCTTTCTTTACATATGTCAAATCTA 1306
Query 1306 CTGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATCCTCCTCTTGTCGATGGAAATGGCTCACTTCATC 1365
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 CTGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATCCTCCTCTTGTCAATGGAAATGGCTCACTTCATC 1366
Query 1366 TTCATCGGGGTTTGGCGGAGAAGTTTCAAGTGGTGGCTAGTGAAGGGATCAACAACACCA 1425
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 TTCATCGAGGTTTGGCGGAGAAGTTTCAAGCGGTGGCTAGTGAAGGGATCAACAACACCA 1426
Query 1426 AACAAGCACGCAGAGCAACACCAAAATCTACTGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATCCTC 1485
||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1427 AACAAGCACGCGGAACAACACCAAAATCTACAGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATGCTC 1486
Query 1486 CTCTTGTCAATGGAAATGGCTCACATCATCTTCATCGGGGTGCGGCGGAAAAGTTTCAAG 1545
|||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1487 CTCTTGTCAATGGATATGGCTCACTTCATCTTCATCGAGGTTTGGCGGAAAAGTTTCAAG 1546
Query 1546 TGGTGGCTAGTGAAGGGATCAACAACACCAAACAAGCACACAGAAGTAGAGGGACCGAGC 1605
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||| |||
Sbjct 1547 CGGTGGCTAGTGAAGGGATCAACAACACTAAACAAGCACGCGGAAGTAGAGAGACTGAGA 1606
Query 1606 AATACCATTCTCAAGGAGAGACCTTGCAGAATGGCGCCAGCTATCCACATTCCCTTGAGC 1665
||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1607 AATACCATTCTCAAGGAGAGAACTTACAGAAGGGTGCCAGCTATCCATATTCCCTTGAGC 1666
Query 1666 GGTCACGCACGCTTCCCACATCAATGGAATCTCATGGTAGGAACTACCAAGAGGGCAATA 1725
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1667 GGTCACGCACGCTTCCCACATCAATGGAATCTCATGGTAGGAACTACCAAGAAGGAAATA 1726
Query 1726 TGAATATTCCCCAAGTTGCTATGAACAGAAGTAAAGATTCGTCTCAAGTTGATGGATCGG 1785
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 TGAATACTCCCCAAGTTGCTATGAACAGAAGTAAAGATTCGTCTCAAGTTGATGGATCGG 1786
Query 1786 GTTTCTCTGCACCAAATGCCTATCCTTACTATATGCATGGGGTCATGAACCAAGTTATGA 1845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 GTTTCTCTGCACCAAATGCCTATCCTTACTATATGCATGGGGTCATGAACCAAGTTATGA 1846
Query 1846 TGCAATCAGCAGCCATGATGCCT-C-AA-T-AT------GG--TCATCAAATTCCTCATT 1893
|||||||||||||||||||||| | || | || || ||||||| |||||||||
Sbjct 1847 TGCAATCAGCAGCCATGATGCCAACCAAATCATCCCCATGGGGTCATCAACTTCCTCATT 1906
Query 1894 GCCAACCAAATCATCCGAATGGAATGACGGGATATCCTTACTACCACCACCCAATGAACA 1953
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1907 GCCAACCAAATCATCCGAATGGAATGACGGGATATCCTTATTACCACCACCCAATGAACA 1966
Query 1954 CATCTTTGCAGCATAGTCAGATGTCTTTACAGAATGGTCAGATGTCTATGGTTCATCATT 2013
|||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 CATCACTGCAGCATAGTCATATGTCTTTACAGAATGGTCAGATGTCTATGGTTCATCATT 2026
Query 2014 CTTGGTCACCGGCAGGAAATCCGCCTTCTAATGAGGTGAGGGTAAATAAACTTGACAGAA 2073
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2027 CTTGGTCACCGGTAGGAAATCCGTCTTCTAATGAGGTGAGGGTAAGTAAACTTGACAGAA 2086
Query 2074 GAGAGGAAGCTCTGCTGAAATTCAGACGTAAAAGGAACCAACGTTGTTTTGATAAGAAGA 2133
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2087 GAGAGGAAGCTCTGCTGAAATTTAGACGTAAAAGGAACCAACGGTGTTTTGATAAGAAGA 2146
Query 2134 TTAGGTATGTGAATAGGAAACGCCTTGCTGAGAGGAGACCCCGCGTTAAGGGTCAGTTTG 2193
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2147 TTAGGTATGTGAATAGAAAACGCCTTGCTGAGAGGAGACCGCGTGTTAAGGGTCAGTTTG 2206
Query 2194 TTAGGAAGATGAACGGCGTGAATGTTGATTTAAATGGACAGCCTGACTCTGCTGACTATG 2253
|||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2207 TTAGGAAGATAAACGGGGTGAATGTTGATCTAAATGGACAGCCTGACTCTGCTGACTATG 2266
Query 2254 ATGACgaggaagaggaggaagaagaagaaga--a-gaggagaaCCGGGATTCATCTCCTC 2310
||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2267 ATGACGAGGAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAGAACCACAATTCATCTCCTC 2326
Query 2311 AGGATGATGCTTTGGGAACTTGAAGATACACCAAGAACTGAAAACCGT-T-GTGTTATAC 2368
||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 2327 AGGATGATGCTCTGGGAACTTGAAGAAACATCAAGAACTGAAAACCGTGTTGTGTTATAC 2386
Query 2369 GTATTTGCTTGCATCTTATCAAACAACAGAAGATGTTGATCGACTGACACGAAAAAGATG 2428
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2387 CTATTTGCTTGCATCTTATCAAACAACACAAGATGTTGATCGACTGACACGAAAAGGATG 2446
Query 2429 ATACTGCTACAGCCaaaaaa 2448
|| |||||||||||||||||
Sbjct 2447 ATGCTGCTACAGCCAAAAAA 2466
Score = 243 bits (131), Expect = 7e-63
Identities = 167/183 (91%), Gaps = 7/183 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2480 GTTGGCTCTTGC-GGCTCAACTTTTTGACAGAGCATTGAAAAGCTCTCATTGGGTTTAGC 2538
|||||||||| | |||||||| |||| | |||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2467 GTTGGCTCTT-CTGGCTCAAC--TTTGGCGGAGCATTGAAAAGCTCTC-GTGAGTTTAGC 2522
Query 2539 TTAGTTCGTTGATAAACATATAATGT-ATTTTATCATGTTCACTCACATTCTCTCAGTAA 2597
|||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2523 TTAGTTCGTTGATAAATATATAATGTGTTTTTATCATGTTCACTCACATTCTCTCAGTAA 2582
Query 2598 GTA-CTCAGATGTATTAACCTTTCTTCTCCTTCCAGTATCATTTACTTGAATCTTGTTTT 2656
| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2583 GAAACTAAGATGTATTAACCTTTCTTCTCCTTCCAGCATCATTTACTTGAATCTTGTTTT 2642
Query 2657 TCC 2659
|||
Sbjct 2643 TCC 2645
Score = 219 bits (118), Expect = 1e-55
Identities = 130/136 (96%), Gaps = 0/136 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1449 AAATCTACTGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATCCTCCTCTTGTCAATGGAAATGGCTCA 1508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1300 AAATCTACTGTCCTTAGAACTAACGGTCAGGATCCTCCTCTTGTCAATGGAAATGGCTCA 1359
Query 1509 CATCATCTTCATCGGGGTGCGGCGGAAAAGTTTCAAGTGGTGGCTAGTGAAGGGATCAAC 1568
| |||||||||||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1360 CTTCATCTTCATCGAGGTTTGGCGGAGAAGTTTCAAGCGGTGGCTAGTGAAGGGATCAAC 1419
Query 1569 AACACCAAACAAGCAC 1584
||||||||||||||||
Sbjct 1420 AACACCAAACAAGCAC 1435
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102119946845
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5