BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G61580.1
Length=1849
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496324 jgi|Araly1|496324|fgenesh2_kg.8__2140__AT5G61580.1 2948 0.0
> Ahg496324 jgi|Araly1|496324|fgenesh2_kg.8__2140__AT5G61580.1
Length=1818
Score = 2948 bits (1596), Expect = 0.0
Identities = 1754/1829 (96%), Gaps = 16/1829 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 23 ATTCTAAAAATCTTTCAATCCCACAGATTCGGATTTGTACTCCAT-ACTCATGGAAGCTT 81
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||
Sbjct 1 ATTCTAAAAATCTTTCAATCCCACAAATTCGGATTTGTTCTCCATAAC-AATGGAAGCTT 59
Query 82 CGATTTCGTTTCTGGGGTCAACAAAACCCAATATTTCCTTGTTTAACCCTTCTTCAAACG 141
|||||||||| || |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||| ||||
Sbjct 60 CGATTTCGTTACTTGGGTCAACAAAACCCAGTCTTTCCTCACTTATCCCTTCTTCCAACG 119
Query 142 TCCTTCCTCGTAGAGATTTCCCTCTTCCTGCTTTGAAATTGAAGAAAGTTTCAGTGCTGC 201
|||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 120 TCCTTCATCGTCGAGACTTCCCTCTTCCTGCTTTGAAATTGAAGAAAGTTTCAGTGTTGC 179
Query 202 CTCGAATCTTGCACCAGAAACGACTCATCAGAGCTCAGTGCTCTGATGGATTCAAACCAG 261
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CTCGAATCTTGCAACAGAAACGACTCATCAGAGCTCAGTGCTCTGATGGATTCAAACCAG 239
Query 262 AGGAAGACGATGGGTTTGTCCTAGAAGACGTTCCTCACTTGACCAAATTTCTCCCTGATT 321
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 240 AGGAAGACGATGGGTTTGTGCTAGAAGACGTCCCTCACTTGACCAAATTTCTCCCCGATT 299
Query 322 TACCGTCATATCCAAATCCATTGAAAGAAAGCCAAGCATATGCCATTGTTAAGCGAACTT 381
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 300 TACCGTCGTATCCAAATCCATTGAAAGAAAGCCAAGCATATGCCATTGTTAAGCGAACCT 359
Query 382 TTGTCAGTTCCGAAGATGTGGTTGCGCAAAATATTGTAGTCCAGAAGGGAAGTAAGCGAG 441
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TTGTCAGTTCCGAAGATGTGGTTGCACAAAATATTGTAGTCCAGAAGGGAAGTAAGCGAG 419
Query 442 GAGTACACTTTAGGCGAGCAGGGCCTCGAGAAAGAGTGTACTTCAGATCAGATGAAGTAA 501
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GAGTACACTTTAGGCGAGCAGGGCCTCGAGAAAGGGTGTACTTCAGATCAGATGAAGTAA 479
Query 502 AAGCTTGCATAGTGACTTGTGGGGGCTTGTGCCCTGGAATCAATACTGTTATACGGGAAA 561
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 480 AAGCTTGCATAGTGACTTGTGGGGGCTTGTGCCCAGGAATCAATACAGTTATACGGGAAA 539
Query 562 TTGTATGTGGATTGAACAATATGTATGGTGTTAATAACATTCTCGGCATTCAGGGAGGAT 621
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 540 TTGTATGTGGATTGAACAATATGTATGGTGTCAATAACATTCTTGGTATTCAGGGAGGAT 599
Query 622 ATAGAGGCTTTTACTCCAAAAACACTATGAACCTGACACCTAAAGTAGTTAACGATATTC 681
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 600 ATAGAGGCTTTTACTCCAAAAACACTATGACCCTGACACCTAAAGTAGTTAATGATATTC 659
Query 682 ATAAACGCGGTGGCACTTTTCTTCAAACCTCAAGAGGAGGACATGATACAGCGAAGATTG 741
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 660 ATAAACGCGGTGGCACGTTTCTTCAAACCTCAAGAGGAGGACATGATACAGTGAAGATTG 719
Query 742 TTGATAATATTCAAGATAGAGGAATAAATCAGGTATATATTATTGGAGGTGGTGGGACGC 801
||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 720 TTGATAACATTCAAGATAGAGGAATAAACCAGGTGTATATTATTGGAGGTGATGGGACGC 779
Query 802 AAAAGGGTGCAGAGAAGATATACGAGGAAGTTGAGAGGCGTGGTCTTCAAGTGGCGGTTT 861
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AAAAGGGTGCAGAGAAAATATACCAGGAAGTTGAGAGGCGTGGTCTTCAAGTGGCGGTTT 839
Query 862 CTGGCATTCCTAAGACAATTGATAATGATATTGCTGTGATTGACAAATCATTTGGCTTTG 921
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CTGGCATTCCCAAGACAATTGATAATGATATTGCTGTGATTGACAAATCATTTGGCTTTG 899
Query 922 ATACGGCGGTTGAGGAAGCACAACGAGCTATTAATGCTGCACATGTAGAGGTCGAGAGCG 981
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ATACCGCGGTTGAGGAAGCACAACGAGCTATTAATGCTGCACATGTAGAGGTCGAGAGCG 959
Query 982 TGGAAAATGGAGTTGGTATCGTTAAACTCATGGGCAGATACAGTGGTTTTATTGCCATGA 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TGGAAAATGGAGTTGGTATCGTTAAACTCATGGGCAGATACAGTGGTTTTATTGCCATGA 1019
Query 1042 TTGCAACTTTAGCGAATCGTGATGTGGATTGTTGCTTGATTCCAGAGTCTCCATTTTTTC 1101
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TTGCAACTTTAGCGAACCGTGATGTGGATTGTTGCTTGATTCCAGAGTCTCCATTTTTTC 1079
Query 1102 TTGAAGGAAAGGGTGGGCTCTTTGAGTTTATTGAAGAACGACTCAAAGAGAATAGGCACA 1161
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1080 TTGAAGGAAAGGGTGGGCTCTTTGAGTTTATTGAACAACGACTCAAAGAGAACAGGCACA 1139
Query 1162 TGGTTATTGTGATAGCTGAAGGAGCTGGACAGGATTATGTTGCTCAAAGCATGCGTGCAT 1221
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1140 TGGTTATTGTGATAGCCGAAGGAGCTGGACAGGATTATGTTGCTCAAAGCATGCGTGTAT 1199
Query 1222 CTGAAACTAAAGACGCCTCAGGAAATAGACTCTTGCTTGATGTTGGTCTATGGTTGACTC 1281
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CTGAAACCAAAGACGCCTCAGGAAATAGACTCTTGCTTGATGTTGGTCTATGGTTGACTC 1259
Query 1282 AACAGATAAAGGATCACTTTACAAATGTTCGGAAAATGATGATAAATATGAAGTACATAG 1341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AACAGATAAAGGATCACTTTACAAATGTTCGGAAAATGATGATAAATATGAAGTACATAG 1319
Query 1342 ACCCAACGTATATGATAAGAGCAATACCGAGTAACGCATCAGACAATGTCTATTGCACTC 1401
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 ACCCGACGTATATGATAAGAGCAATACCGAGTAACGCATCAGACAATGTCTATTGCACTC 1379
Query 1402 TTCTTGCCCAAAGTGCAGTTCATGGAGCAATGGCTGGGTACTCAGGTTTCACTGTAGGAC 1461
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TTCTTGCCCAAAGTGCAGTTCATGGAGCAATGGCTGGGTATTCAGGTTTCACTGTAGGAC 1439
Query 1462 CAGTTAACAGTAGACATGCTTACATCCCAATTTCTCAG-GTGACGGAAGTGACAAATACG 1520
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1440 CAGTTAATAGTAGACATGCTTACATCCCAATTTCTC-GCGTGACTGAAATGACAAATACG 1498
Query 1521 GTGAAGTTAACTGATAGGATGTGGGCTAGACTCCTTGCATCGACAAATCAACCGAGTTTC 1580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 GTGAAGTTAACTGATAGGATGTGGGCTAGACTCCTTGCATCGACAAATCAACCGAGTTTC 1558
Query 1581 TTGACTGGTGAAGGAGCATTGCAGAATGTGATCGACATGGAAACTCAAGAAAAGATCGAT 1640
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTGACTGGTGAAAGAGCATTGCAGAATGTGATCGACATGGAAACTCAAGAAAAGATCGAT 1618
Query 1641 AACATGAAGATCTCTTCTATCTAAGAAACAGGTCAGTTGATATTCATCAACTGTTCCAAA 1700
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AACATGAAGATCTCTTCTATCTAAGAAAC-GGTCAGTTGATATTCATCAACTGTTCCAAA 1677
Query 1701 TGTATACTAGATATATATGCATAGGAGATATCTTTATCAAAAAACCATGAAGTAATTTCA 1760
||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1678 TGTATACTAGACATATATGCATAGAAGATATATTTATCATAAAACCATGAAGTA-TTTCA 1736
Query 1761 TTGTTATAACTTATAAGAATTCTTTGGTTTTAGTTATTCCTAATAATAATAAT-C--AAC 1817
||| | || | | | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 1737 TTGGT-TA--T-A-A-GAATTCTTTGGTTT-AGTTATTCCTAATAATAATAATACTCAAC 1789
Query 1818 ATCCATCTCAACGATGAGGTTGAGATGTT 1846
|||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1790 ATCCATCTCAACGATGAGATTGAGATGTT 1818
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69438516635
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5