BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G61790.1
Length=2034
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496347 jgi|Araly1|496347|fgenesh2_kg.8__2163__AT5G61790.1 3044 0.0
Ahg358384 jgi|Araly1|358384|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002171 2575 0.0
> Ahg496347 jgi|Araly1|496347|fgenesh2_kg.8__2163__AT5G61790.1
Length=1913
Score = 3044 bits (1648), Expect = 0.0
Identities = 1797/1866 (96%), Gaps = 21/1866 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 55 TTCACGAGGGATTTTTGTTCCGATCTACTTCTCCGGCTTA-TCACCGATTTAGATCTAAG 113
||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 42 TTCACGAAGGA-TTTT-TTCCGATCTAGTTCTCCGG-TTATTCACCGATTTAGATCTAAT 98
Query 114 CCTGAGGTTTCCTTTTGCAT-TTTAGAGATTCCGAGAATGAGACAACGGCAACTATTTTC 172
||||||||||||||| || | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 99 CCTGAGGTTTCCTTTGGCCTATTGAG-GATTCCGAGAATGAGACAACGGCAACTATTTTC 157
Query 173 CGTG-TTTTTGCTTCTCTTAGCTTTCGTTTCGTTCCAGAAGCTTTGCTACTGTGACGATC 231
|| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 158 CG-GCTTTTTGCTTCTCTTAGCTTTCGTTTCCTTCCAGAAGCTTTGCTACTGTGACGATC 216
Query 232 AAACGGTTCTGTATGAATCGTTCGATGAGCCTTTTGATGGCCGCTGGATCGTTTCGAAGA 291
|||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 217 AAACGGTTCTTTATGAGTCTTTCGATGAGCCTTTTGATGGTCGCTGGATCGTTTCGAAGA 276
Query 292 ATAGTGATTACGAAGGTGTATGGAAGCATGCAAAGAGTGAAGGACATGAGGATTATGGAC 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 277 ATAGTGATTACGAAGGTGTATGGAAGCATGCAAAGAGTGAAGGACATGAAGATTATGGAC 336
Query 352 TTCTCGTGAGTGAGAAGGCTAGGAAGTATGGAATTGTGAAAGAGCTTGACGAGCCTCTAA 411
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 TTCTCGTGAGTGAGAAGGCTAGAAAGTATGGGATTGTGAAAGAGCTTGACGAGCCTCTAA 396
Query 412 ACCTCAAGGAAGGAACTGTTGTTCTTCAGTACGAGGTTCGTTTCCAGGAAGGACTTGAGT 471
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 397 ACCTCAAGGAGGGAACTGTTGTTCTTCAGTACGAGGTTCGTTTCCAGGAAGGACTTGAGT 456
Query 472 GTGGTGGTGCTTACTTGAAGTACCTCCGTCCTCAGGAAGCTGGATGGACACCTCAGGGAT 531
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 457 GTGGAGGTGCTTACTTGAAGTACCTCCGTCCTCAAGAAGCTGGATGGACACCTCAGGGAT 516
Query 532 TCGATAGTGAATCCCCTTACTCTATCATGTTTGGGCCTGACAAGTGTGGAGGTACGAACA 591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 517 TCGATAGTGAATCCCCTTACTCTATCATGTTTGGGCCTGACAAGTGTGGAGCTACAAACA 576
Query 592 AAGTGCATTTCATCTTGAAGCACAAGAATCCCAAGAGTGGCGAGTACGTTGAACACCATC 651
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 577 AAGTGCATTTCATCTTAAAGCACAAGAATCCCAAGAGTGGCGAGTACGTTGAACACCATC 636
Query 652 TGAAGTTCCCTCCCTCTGTTCCTTATGACAAGCTTTCCCATGTCTACACCGCCATCTTGA 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 637 TGAAGTTCCCTCCCTCTGTTCCTTATGACAAGCTTTCCCATGTCTACACCGCCATCTTGA 696
Query 712 AACCCGACAACGAGGTTAGAATTTTGGTTGATGGAGAGGAGAAGAAAAAGGCCAATTTAC 771
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 697 AACCCGACAACGAGGTTAGGATTTTGGTTGATGGAGAGGAGAAGAAAAAGGCCAATTTAC 756
Query 772 TCTCTGGTGAAGACTTTGAGCCTGCATTGATCCCTGCCAAGACCATCCCTGACCCTGAAG 831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 757 TCTCTGGTGAAGACTTTGAGCCTGCATTGATCCCTGCCAAGACCATCCCTGACCCTGAAG 816
Query 832 ACAAGAAACCAGAGGATTGGGACGAAAGAGCCAAGATTCCTGATCCAAATGCCGTGAAGC 891
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 817 ACAAGAAACCAGAAGACTGGGACGAAAGAGCCAAGATTCCCGATCCAAATGCCGTGAAAC 876
Query 892 CTGAGGACTGGGATGAGGATGCACCTATGGAGATTGAAGATGAGGAAGCTGAGAAACCCG 951
|||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 877 CTGATGACTGGGATGAGGATGCACCCATGGAGATCGAAGATGAGGAAGCTGAGAAACCCG 936
Query 952 AAGGATGGTTAGATGATGAGCCTGAGGAGGTCGACGACCCCGAAGCGACCAAGCCTGAAG 1011
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 AAGGATGGTTAGATGATGAGCCTGAGGAGGTCGATGACCCCGAAGCGACCAAGCCTGAAG 996
Query 1012 ATTGGGATGATGAGGAAGATGGTATGTGGGAGGCTCCTAAAATTGACAACCCCAAGTGTG 1071
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 997 ATTGGGATGATGAGGAAGATGGTATGTGGGAGGCTCCTAAGATTGACAACCCCAAATGTG 1056
Query 1072 AAGCAGCACCTGGTTGTGGTGAATGGAAGAGACCAATGAAGAGGAATCCTGCTTACAAGG 1131
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1057 AAGCAGCACCAGGTTGTGGTGAATGGAAGAGACCAATGAAGAGGAATCCTGCTTACAAGG 1116
Query 1132 GCAAATGGAGCTCACCTCTTATTGATAACCCGGCTTACAAGGGAATCTGGAAACCCAGAG 1191
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1117 GAAAATGGAGTTCACCTCTTATTGATAACCCGGCTTACAAGGGAATCTGGAAACCCAAAG 1176
Query 1192 ATATCCCTAACCCTGACTACTTTGAGCTAGACAGACCCGATTACGAACCCATTGCAGCCA 1251
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 ATATTCCTAACCCTGACTACTTTGAGCTAGACAGACCCGATTACGAACCCATTGCAGCCA 1236
Query 1252 TCGGTATTGAGATCTGGACAATGCAAGATGGTATCTTGTTTGACAACATCTTGATAGCGA 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1237 TCGGTATTGAGATCTGGACAATGCAAGATGGTATCTTGTTTGACAACATCTTGATAGCGA 1296
Query 1312 AAGACGAGAAGGTCGCTGAGACTTACAGACAGACCACTTGGAAGCCCAAATTCGATGTTG 1371
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1297 AGGACGAGAAGGTCGCTGAGACTTACAGACAGACCACTTGGAAGCCCAAATTCGATGTTG 1356
Query 1372 AGAAAGAGAAACAAAAGGCAGAAGAGGAAGCTGCTGGCTCTGCAGATGGTCTCAAGAGCT 1431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1357 AGAAAGAGAAACAAAAGGCAGAAGAGGAAGCTGCTGGCTCTGCAGATGGTCTCAAGAGCT 1416
Query 1432 ACCAGAAGGTTGTATTCGACCTCTTGAACAAGGTTGCAGATTTATCTTTCCTAAGTGCCT 1491
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1417 ACCAGAAGGTTGTTTTCGACCTCTTGAACAAGGTTGCAGATTTATCTTTCCTAAGTGCCT 1476
Query 1492 ACAAGTCTAAGATCACGGAACTGATTGAGAAAGCCGAGCAACAACCAAACTTAACCATTG 1551
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477 ACAAGTCTAAGATCACGGAACTGATTGAGAAAGCTGAGCAACAACCAAACTTAACCATTG 1536
Query 1552 GTGTCCTCGTCGCCATTGTGGTTGTATTCTTCTCGCTCTTCCTCAAGCTTATCTTTGGTG 1611
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1537 GTGTCCTCGTCTCCATTGTGGTTGTATTCTTCTCGCTCTTCCTCAAGCTTATCTTTGGTG 1596
Query 1612 GCAAAAAGGCGGCGGCACCTGTGGAAAAGAAGAAACCAGAAGTAGCGGAGAGTTCAAAGA 1671
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1597 GCAAAAAGGCGGC---ACCTGTGGAAAAGAAGAAACCAGAAGTAGCAGAGAGTTCAAAGA 1653
Query 1672 GTGGGGATGAGGCGGAGAAGAAGGAAGAAACCGCGGCACCACGCAAAAGGCAACCGAGAC 1731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1654 GTGGGGATGAGGCGGAGAAGAAGGAAGAAACCGCGGCACCACGCAAAAGGCAACCGAGAC 1713
Query 1732 GTGATAATTAGAACAAGATTT-TAAAGTAGTTTTCGAAGATGTGAAAGAAAAGTTCAGAt 1790
||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |
Sbjct 1714 GTGATAATTAGAACAAG-TTTATAA-GTAGTTTTCGAAGATGTGAAAGGAAAGTTGAG-T 1770
Query 1791 ttatttttctgtttttggttttgggttgaatgttgttttCTGCTGTAGCCTATAATGGTG 1850
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771 TTCT----CTGTTTTTGGTTTTGGGTTGAATGTTGTTTTCTGCTGTAGCCTATAATGGTG 1826
Query 1851 TAACACCAAGTTTGAGAAATTTTTGTCTTTGGGCGAAGAAAAGAAAGGA-GGAATATGTA 1909
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||
Sbjct 1827 TAACACCAAGTTTGGGAATTTTTTGTCTTTGGGCGAAGAAAAGTA-GGAAGGAATATGTA 1885
Query 1910 TGTGAA 1915
|||||
Sbjct 1886 AGTGAA 1891
> Ahg358384 jgi|Araly1|358384|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002171
Length=4206
Score = 2575 bits (1394), Expect = 0.0
Identities = 1470/1507 (98%), Gaps = 3/1507 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 236 GGTTCTGTATGAATCGTTCGATGAGCCTTTTGATGGCCGCTGGATCGTTTCGAAGAATAG 295
|||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 GGTTCTTTATGAGTCTTTCGATGAGCCTTTTGATGGTCGCTGGATCGTTTCGAAGAATAG 2762
Query 296 TGATTACGAAGGTGTATGGAAGCATGCAAAGAGTGAAGGACATGAGGATTATGGACTTCT 355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2763 TGATTACGAAGGTGTATGGAAGCATGCAAAGAGTGAAGGACATGAAGATTATGGACTTCT 2822
Query 356 CGTGAGTGAGAAGGCTAGGAAGTATGGAATTGTGAAAGAGCTTGACGAGCCTCTAAACCT 415
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2823 CGTGAGTGAGAAGGCTAGAAAGTATGGGATTGTGAAAGAGCTTGACGAGCCTCTAAACCT 2882
Query 416 CAAGGAAGGAACTGTTGTTCTTCAGTACGAGGTTCGTTTCCAGGAAGGACTTGAGTGTGG 475
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883 CAAGGAGGGAACTGTTGTTCTTCAGTACGAGGTTCGTTTCCAGGAAGGACTTGAGTGTGG 2942
Query 476 TGGTGCTTACTTGAAGTACCTCCGTCCTCAGGAAGCTGGATGGACACCTCAGGGATTCGA 535
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2943 AGGTGCTTACTTGAAGTACCTCCGTCCTCAAGAAGCTGGATGGACACCTCAGGGATTCGA 3002
Query 536 TAGTGAATCCCCTTACTCTATCATGTTTGGGCCTGACAAGTGTGGAGGTACGAACAAAGT 595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 3003 TAGTGAATCCCCTTACTCTATCATGTTTGGGCCTGACAAGTGTGGAGCTACAAACAAAGT 3062
Query 596 GCATTTCATCTTGAAGCACAAGAATCCCAAGAGTGGCGAGTACGTTGAACACCATCTGAA 655
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3063 GCATTTCATCTTAAAGCACAAGAATCCCAAGAGTGGCGAGTACGTTGAACACCATCTGAA 3122
Query 656 GTTCCCTCCCTCTGTTCCTTATGACAAGCTTTCCCATGTCTACACCGCCATCTTGAAACC 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3123 GTTCCCTCCCTCTGTTCCTTATGACAAGCTTTCCCATGTCTACACCGCCATCTTGAAACC 3182
Query 716 CGACAACGAGGTTAGAATTTTGGTTGATGGAGAGGAGAAGAAAAAGGCCAATTTACTCTC 775
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 CGACAACGAGGTTAGGATTTTGGTTGATGGAGAGGAGAAGAAAAAGGCCAATTTACTCTC 3242
Query 776 TGGTGAAGACTTTGAGCCTGCATTGATCCCTGCCAAGACCATCCCTGACCCTGAAGACAA 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3243 TGGTGAAGACTTTGAGCCTGCATTGATCCCTGCCAAGACCATCCCTGACCCTGAAGACAA 3302
Query 836 GAAACCAGAGGATTGGGACGAAAGAGCCAAGATTCCTGATCCAAATGCCGTGAAGCCTGA 895
||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3303 GAAACCAGAAGACTGGGACGAAAGAGCCAAGATTCCCGATCCAAATGCCGTGAAACCTGA 3362
Query 896 GGACTGGGATGAGGATGCACCTATGGAGATTGAAGATGAGGAAGCTGAGAAACCCGAAGG 955
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3363 TGACTGGGATGAGGATGCACCCATGGAGATCGAAGATGAGGAAGCTGAGAAACCCGAAGG 3422
Query 956 ATGGTTAGATGATGAGCCTGAGGAGGTCGACGACCCCGAAGCGACCAAGCCTGAAGATTG 1015
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3423 ATGGTTAGATGATGAGCCTGAGGAGGTCGATGACCCCGAAGCGACCAAGCCTGAAGATTG 3482
Query 1016 GGATGATGAGGAAGATGGTATGTGGGAGGCTCCTAAAATTGACAACCCCAAGTGTGAAGC 1075
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3483 GGATGATGAGGAAGATGGTATGTGGGAGGCTCCTAAGATTGACAACCCCAAATGTGAAGC 3542
Query 1076 AGCACCTGGTTGTGGTGAATGGAAGAGACCAATGAAGAGGAATCCTGCTTACAAGGGCAA 1135
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3543 AGCACCAGGTTGTGGTGAATGGAAGAGACCAATGAAGAGGAATCCTGCTTACAAGGGAAA 3602
Query 1136 ATGGAGCTCACCTCTTATTGATAACCCGGCTTACAAGGGAATCTGGAAACCCAGAGATAT 1195
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3603 ATGGAGTTCACCTCTTATTGATAACCCGGCTTACAAGGGAATCTGGAAACCCAAAGATAT 3662
Query 1196 CCCTAACCCTGACTACTTTGAGCTAGACAGACCCGATTACGAACCCATTGCAGCCATCGG 1255
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3663 TCCTAACCCTGACTACTTTGAGCTAGACAGACCCGATTACGAACCCATTGCAGCCATCGG 3722
Query 1256 TATTGAGATCTGGACAATGCAAGATGGTATCTTGTTTGACAACATCTTGATAGCGAAAGA 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3723 TATTGAGATCTGGACAATGCAAGATGGTATCTTGTTTGACAACATCTTGATAGCGAAGGA 3782
Query 1316 CGAGAAGGTCGCTGAGACTTACAGACAGACCACTTGGAAGCCCAAATTCGATGTTGAGAA 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3783 CGAGAAGGTCGCTGAGACTTACAGACAGACCACTTGGAAGCCCAAATTCGATGTTGAGAA 3842
Query 1376 AGAGAAACAAAAGGCAGAAGAGGAAGCTGCTGGCTCTGCAGATGGTCTCAAGAGCTACCA 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3843 AGAGAAACAAAAGGCAGAAGAGGAAGCTGCTGGCTCTGCAGATGGTCTCAAGAGCTACCA 3902
Query 1436 GAAGGTTGTATTCGACCTCTTGAACAAGGTTGCAGATTTATCTTTCCTAAGTGCCTACAA 1495
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3903 GAAGGTTGTTTTCGACCTCTTGAACAAGGTTGCAGATTTATCTTTCCTAAGTGCCTACAA 3962
Query 1496 GTCTAAGATCACGGAACTGATTGAGAAAGCCGAGCAACAACCAAACTTAACCATTGGTGT 1555
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3963 GTCTAAGATCACGGAACTGATTGAGAAAGCTGAGCAACAACCAAACTTAACCATTGGTGT 4022
Query 1556 CCTCGTCGCCATTGTGGTTGTATTCTTCTCGCTCTTCCTCAAGCTTATCTTTGGTGGCAA 1615
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4023 CCTCGTCTCCATTGTGGTTGTATTCTTCTCGCTCTTCCTCAAGCTTATCTTTGGTGGCAA 4082
Query 1616 AAAGGCGGCGGCACCTGTGGAAAAGAAGAAACCAGAAGTAGCGGAGAGTTCAAAGAGTGG 1675
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4083 AAAGGCGGC---ACCTGTGGAAAAGAAGAAACCAGAAGTAGCAGAGAGTTCAAAGAGTGG 4139
Query 1676 GGATGAGGCGGAGAAGAAGGAAGAAACCGCGGCACCACGCAAAAGGCAACCGAGACGTGA 1735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4140 GGATGAGGCGGAGAAGAAGGAAGAAACCGCGGCACCACGCAAAAGGCAACCGAGACGTGA 4199
Query 1736 TAATTAG 1742
|||||||
Sbjct 4200 TAATTAG 4206
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76485211960
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5