BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G61980.1 Length=3282 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg496371 jgi|Araly1|496371|fgenesh2_kg.8__2187__AT5G61980.1 3190 0.0 Ahg496372 jgi|Araly1|496372|fgenesh2_kg.8__2188__AT5G61990.1 265 2e-69 > Ahg496371 jgi|Araly1|496371|fgenesh2_kg.8__2187__AT5G61980.1 Length=2571 Score = 3190 bits (1727), Expect = 0.0 Identities = 1834/1885 (97%), Gaps = 9/1885 (0%) Strand=Plus/Plus Query 612 GGGATATGAACTACTACATCAAATGGAGCCTTTTATTAATCAGGTGTTGGCTTATGCACA 671 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 687 GGGATATGAACTACTACATCAAATGGAGCCTTTTATCAATCAGGTGTTGGCTTATGCACA 746 Query 672 CCAGTCTAGAGAATGTGCAAACTATGAGATGGCATCACTTAATGAAAGGATGCAGGAATA 731 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 747 CCAATCTAGAGAATGTGCAAACTATGAGATGGCATCACTTAATGAAAGGATGCAGGAATA 806 Query 732 CCAAAGGCAAGTTGATCGTGAAACTAGAAACTCCTGTGTTTCTCCAACAGGGGATGGCAT 791 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| Sbjct 807 CCAAAGGCAAGTTGATCGTGAAACTAGAAACTCCAGTGGTTCTCCGACAGGGGATGGCAT 866 Query 792 GAGACATAACTCAAGAAACTCCCAGAAAGTCATCGAGGCCGTGATGCAATCTGCTGCAAA 851 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 867 GAGACATAACTCAAGAAACTCACAGAAAGTCATCGAGGCCGTCATGCAATCTGCTGCAAA 926 Query 852 AGGAAAGGTTCAGACTATCAGACAAGGGTATCTGTCTAAACGTTCCTCAAACTTGAGAGG 911 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 927 AGGAAAGGTTCAGACTATCAGACAAGGGTATCTGTCTAAACGTTCCTCAAACTTGAGAGG 986 Query 912 TGACTGGAAAAGAAGATTCTTTATCCTTGATAGCCGTGGGATGCTATACTATTACCGCAA 971 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 987 TGACTGGAAAAGAAGATTCTTTATCCTTGATAGCCGTGGGATGCTATACTATTACCGCAA 1046 Query 972 GCCATGGAATTGGTCTTCAGGAAATGGAAGTCGCTCTGTTGTTCACAGGAATATGGCTTC 1031 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| Sbjct 1047 GCCATGGAATTGGTCTTCAGGAAATGGAAGTCGCTCTGTTGTTCATAGGAATATGACTTC 1106 Query 1032 AGAAAACAGTCCTGGGCTGCTAAGTCGGTGGCTGTCTTCTCATTATCATGGTGGTGTGCA 1091 ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1107 AGACAACAGTCCTGGGCTGCTAAGTCGGTGGTTGTCTTCTCATTATCATGGTGGTGTGCA 1166 Query 1092 CGATGAAAAACCAGTGGCACGTCACACCGTCAATCTGCTGACCTCAACGATCAAAGTTGA 1151 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1167 CGATGAAAAACCAGTTGCACGTCACACCGTCAATCTGCTGACCTCAACGATCAAAGTAGA 1226 Query 1152 TGCAGATCAGACCGATCTAAGATTCTGCTTTAGAATAATTTCACCAACAAAAGTTTATAC 1211 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1227 TGCAGATCAGACCGATCTAAGATTCTGCTTTAGAATAATTTCACCAACGAAAGTTTATAC 1286 Query 1212 ATTGCAGGCAGAGAATGCACAGGATCAGATGGACTGGATCGAAAAAATAACTGGAGTAAT 1271 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1287 ATTGCAGGCAGAGAACGCACAGGATCAGATGGACTGGATCGAAAAAATAACTGGAGTAAT 1346 Query 1272 TGCTTCTTTGTTGAGTTTCCAAACACCTGAAAGAGCAATCATGCGTCTCTCTACTGTGGA 1331 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 1347 TGCTTCTTTGTTGAGTTTCCAAACACCTGAAAGAGCAATCATGCGACTGTCTACTGTGGA 1406 Query 1332 CGGAGGTGATACTTTCTCTGCAAGTGATTCTGGTTCTTTAGCAGATCCTTATGATATCGA 1391 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1407 CGGAGGTGATACTTTCTCTGCAAGTGATTCTGGTTCTTTAGCAGATCCTTATGATATCGA 1466 Query 1392 ACAGGCAGAAAGTGGAGAATCCACAGTGGAACATCCCATGACAGGAGGAAACCGTTCGAG 1451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1467 ACAGGCAGAAAGTGGAGAATCCACAGTGGAACATCCCATGACAGGAGGAAACCGTTCGAG 1526 Query 1452 GTTCTCAGGGTGCTTGCAGCAACATGATATGGTAAAGACTGAAAAGCCAATTGATGTCTT 1511 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1527 GTTTTCAGGGTGCTTGCAGCAACATGATATGGTAAAGACTGAAAAGCCAATTGATGTCTT 1586 Query 1512 GACAAGGGTATTGGGTAATGAGAGATGTGCAGACTGCGGTGCTCCTGAACCTGATTGGGC 1571 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1587 GACAAGAGTATTGGGTAATGAGAGATGTGCAGACTGTGGTGCTCCTGAACCTGATTGGGC 1646 Query 1572 CTCTTTGAACCTCGGTGTCCTTATTTGTATCGAGTGTTCTGGTATCCATCGTAACCTTGG 1631 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1647 CTCTTTGAACCTCGGTGTCCTTATTTGTATTGAGTGTTCTGGTATCCATCGTAACCTTGG 1706 Query 1632 TGTTCACATTTCAAAGGTCAGATCGCTCACTCTTGATGTCAAAGTATGGGAACCATCGGT 1691 |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1707 TGTTCATATTTCAAAGGTCAGATCACTCACTCTTGATGTTAAAGTATGGGAACCATCGGT 1766 Query 1692 CTTGACGTTATTCCAATCGTTAGGTAATGTATATGTAAACTCAGTGTGGGAGGAGCTGTT 1751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1767 GTTGACGTTATTCCAATCGTTAGGTAATGTATATGTAAACTCAGTGTGGGAGGAGTTGTT 1826 Query 1752 GAACTCGGAGAGTAGAACTTCCAGTGCTAGTAGATCTTCGGGCACTCCCAAGTCAGATCG 1811 |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1827 GAACTCGGAGAGTAGATCTTCCAGTGCTAGTAGGTCTTCAGGCACTCCCAAGTCAGATCG 1886 Query 1812 ACCAAGAAAGTTGCTTGTAAGGAAGCCTGGTTTCAATGATCCCATTTCGGTGAAAGAGTT 1871 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1887 ACCAAGAAAATTGCTTGTAAGGAAGCCTGGTTTCAATGATCCCATTTCTGTGAAAGAGTT 1946 Query 1872 GTTCATCCACGCAAAGTACTCAGAGAGGATTTTTGTCCGCAAAGCAATAGACAGTCAGCA 1931 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1947 GTTCATTCACGCAAAGTACTCAGAGAGGATTTTTGTCCGCAAAGCAATAGACAGTCAGCA 2006 Query 1932 TTTTCAGGCAGTTTTCCAAGAGATATGGGAGAATGTCCGTGCCAACGACAAGAAATCAGT 1991 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2007 TTTTCAGGCAGTTTTCCAAGAGATATGGGAGAATGTCCGTGCCAACGACAAGAAATCAGT 2066 Query 1992 TTACAGGCACATTGTCTGCTCTGAAGCAGATGTGAATGCTCTACGTGGTCAAGCATCATA 2051 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2067 TTACAGGCACATTGTCTGCTCTGAAGCAGATGTGAATGCTCTACGTGGACAAGCATCATA 2126 Query 2052 CACTGTGTCTTTGCCCTTATCAAAGATGATGCAAATGGA-G-GAA--A-----CCCTTGA 2102 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| | ||||| | Sbjct 2127 CACTGTGTCTTTGCCCTTAGCAAAGATGATGCAAATGGAAGCGAAGGAGGAAACCCTTCA 2186 Query 2103 AGCGAAATTCAAGAGCATTGAAGAGGAGTTTCAAGAGAATCCAGCGGGATATTCTAACTC 2162 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 2187 AGCGAAATTCAAGAGCATTGAAGAGGAGTTTCAAGAGAATCCAGAGGGATATTCTAGCTC 2246 Query 2163 AAGAGGTGACGGGGAAAGTATGGTCAGAGAAGAAACTTCAAACGACTGTTCTTTGCTTCA 2222 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2247 AAGAGGTGAGGGGGAAAGTATGGTCAGAGAAGAAACTTCAAACGACTGTTCTTTGCTTCA 2306 Query 2223 CCTTGCTTGTCTTTCTGCGGATATCGGTATGGTAGAACTATTGCTTCAATATGGCGCAAA 2282 |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2307 CCTTGCTTGTCTTTGTGCGGATATCGGTATGGTGGAACTATTGCTTCAATATGGCGCAAA 2366 Query 2283 AATAAATGCAACAGATTCAAAAGGTCGGACTCCACTTCATCATTGTATCATCAGCAGGAG 2342 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2367 AATAAATGCGACAGATTCAAAAGGTCGGACTCCACTTCATCATTGTATCATCAGCAGGAG 2426 Query 2343 ATATGCAATTGCAAGGTTGCTACTTATGAGGGGAGGAGATCCAAATGCTGTGGATAAAGA 2402 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2427 ATATGCAATTGCAAGGTTGCTACTTATGAGGGGAGGAGATCCAAATGCTGTTGATAAAGA 2486 Query 2403 CAGTAACATACCAGTCAAATATGCTTCACAGACAGACCTCAATGATAGCGAACTGATTGC 2462 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2487 CAGTAACATACCAGTCAAATATGCTTCACAGACAGACCTCAATGATAGCGAACTGATTGC 2546 Query 2463 TTTATTAACAGACTCCAAAAGATGA 2487 ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2547 TTTATTAACAGACTCCAAAAGATGA 2571 Score = 1011 bits (547), Expect = 0.0 Identities = 591/613 (96%), Gaps = 0/613 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGCATTTCGCCAAGCTCGATGATTCTCCCATGTTTCGCCAACAGATGCAATCTATGGAA 60 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGCATTTCGCTAAGCTCGATGATTCTCCCATGTTTCGCCAACAGATGCAATCTATGGAA 60 Query 61 GAGAGTGCGGAGTTGCTCCGACTGCGATGCTTAAGGTTCTATAAAGGTTGCAGAAAATAC 120 ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 61 GAGAGTGCGGAGTTGCTGCGATTGCGTTGCTTAAGGTTCTATAAAGGATGCAGAAAATAC 120 Query 121 ACGGAGGGGCTTGGAGAAGGGTATGATGCAGATATTGGCTTTGTAAATGCACTTGAATCT 180 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 ACGGAGGGGCTTGGAGAAGGCTATGATGCAGATATTGGCTTTGTAAATGCACTTGAATCT 180 Query 181 TTCGGAGGAGGCCATAATGATCCTGTTTGTGTTGCTTTTGGAGGTCCTGTAATGACAAAA 240 |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TTCGGAGGCGGCCATAATGATCCTATTTGTGTTGCTTTTGGAGGTCCTGTAATGACAAAA 240 Query 241 TTCACTATTGCTCTACGAGAAATCGGGACATACAAGGAAGTACTTCGTTCTCAGGTAGAA 300 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TTCACTATCGCTCTACGAGAAATCGGGACATACAAGGAAGTACTTCGTTCTCAGGTAGAA 300 Query 301 CACATGCTGAGTGATCGGTTGCTTCAATTTGTGAATGGTGATGTCCACGAAGTTAAGGAA 360 |||| | ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 301 CACACGTTGAATGACCGGTTGCTTCAATTTGTGAACGGTGATGTCCATGAAGTTAAGGAA 360 Query 361 GCTCGTAAACGGTTTGACAAAGCTACCATTACATATGATCAGGCACGAGAAAAATATCTT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 361 GCTCGTAAACGGTTTGACAAAGCTACCATTACATATGATCAGGCACGAGAGAAATATCTT 420 Query 421 TCATTAAGGAAGAGCACACGATTGGATGTGGCTGCCACAATTGAGGAGGACCTACATAGC 480 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TCATTAAGGAAGAGCACACGACTGGATGTGGCTGCCACAATTGAGGAGGACCTACATAGC 480 Query 481 GCAAGAACGACATTTGAGCAAGCCCGGTTTCATCTGGTTAGTGCACTCTCTAATGCAGAG 540 |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 481 GCAAGAACGACATTCGAGCAAGCACGGTTCCATCTGGTTAGTGCACTCTCTAATGCGGAG 540 Query 541 TCTAAAAAGAGATTTGAGTTTTTGGAAGCAGTCAGCGGGACTATGGATGCTCATCTCCGT 600 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GCTAAAAAGAGATTTGAGTTTTTGGAAGCAGTCAGCGGGACTATGGATGCTCATCTCCGT 600 Query 601 TTCTTCAAACAGG 613 ||||||||||||| Sbjct 601 TTCTTCAAACAGG 613 > Ahg496372 jgi|Araly1|496372|fgenesh2_kg.8__2188__AT5G61990.1 Length=3396 Score = 265 bits (143), Expect = 2e-69 Identities = 166/177 (94%), Gaps = 2/177 (1%) Strand=Plus/Minus Query 3105 CATGCGTCTCCTTTTCATCGTCAACTTCTGATTGTCGTCATCGTAATGGAAACTGCTCCC 3164 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || Sbjct 3318 CATGCGTCTCCCTTTCATCGTCAACTTCTGATTGTCGTCATCATAATGGAAACTACTGCC 3259 Query 3165 ATGTAAA-TCAATGGGATCCAACATGTCTAGCTGAAGGCAAA-CCGTTCTGAAGTAAATG 3222 ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| Sbjct 3258 ATGTAAAATCAATGAGATCCAACATGTCTAGCTGAAGGCAAATCCGTTCTGGAGCAAATG 3199 Query 3223 AATTGGTCCAGAAGAGTTTATGAGCAGACACAAATTGTTTCAGGAACAGCACCTCCA 3279 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 3198 AATTGGTCCAGAAGAGTTTATGAGCAGACACAAGTTGTTTCAGGAACAGCAACTCCA 3142 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 123877400115 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5