BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G61980.1
Length=3282
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496371 jgi|Araly1|496371|fgenesh2_kg.8__2187__AT5G61980.1 3190 0.0
Ahg496372 jgi|Araly1|496372|fgenesh2_kg.8__2188__AT5G61990.1 265 2e-69
> Ahg496371 jgi|Araly1|496371|fgenesh2_kg.8__2187__AT5G61980.1
Length=2571
Score = 3190 bits (1727), Expect = 0.0
Identities = 1834/1885 (97%), Gaps = 9/1885 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 612 GGGATATGAACTACTACATCAAATGGAGCCTTTTATTAATCAGGTGTTGGCTTATGCACA 671
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 687 GGGATATGAACTACTACATCAAATGGAGCCTTTTATCAATCAGGTGTTGGCTTATGCACA 746
Query 672 CCAGTCTAGAGAATGTGCAAACTATGAGATGGCATCACTTAATGAAAGGATGCAGGAATA 731
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 747 CCAATCTAGAGAATGTGCAAACTATGAGATGGCATCACTTAATGAAAGGATGCAGGAATA 806
Query 732 CCAAAGGCAAGTTGATCGTGAAACTAGAAACTCCTGTGTTTCTCCAACAGGGGATGGCAT 791
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 807 CCAAAGGCAAGTTGATCGTGAAACTAGAAACTCCAGTGGTTCTCCGACAGGGGATGGCAT 866
Query 792 GAGACATAACTCAAGAAACTCCCAGAAAGTCATCGAGGCCGTGATGCAATCTGCTGCAAA 851
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 867 GAGACATAACTCAAGAAACTCACAGAAAGTCATCGAGGCCGTCATGCAATCTGCTGCAAA 926
Query 852 AGGAAAGGTTCAGACTATCAGACAAGGGTATCTGTCTAAACGTTCCTCAAACTTGAGAGG 911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 927 AGGAAAGGTTCAGACTATCAGACAAGGGTATCTGTCTAAACGTTCCTCAAACTTGAGAGG 986
Query 912 TGACTGGAAAAGAAGATTCTTTATCCTTGATAGCCGTGGGATGCTATACTATTACCGCAA 971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 987 TGACTGGAAAAGAAGATTCTTTATCCTTGATAGCCGTGGGATGCTATACTATTACCGCAA 1046
Query 972 GCCATGGAATTGGTCTTCAGGAAATGGAAGTCGCTCTGTTGTTCACAGGAATATGGCTTC 1031
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1047 GCCATGGAATTGGTCTTCAGGAAATGGAAGTCGCTCTGTTGTTCATAGGAATATGACTTC 1106
Query 1032 AGAAAACAGTCCTGGGCTGCTAAGTCGGTGGCTGTCTTCTCATTATCATGGTGGTGTGCA 1091
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 AGACAACAGTCCTGGGCTGCTAAGTCGGTGGTTGTCTTCTCATTATCATGGTGGTGTGCA 1166
Query 1092 CGATGAAAAACCAGTGGCACGTCACACCGTCAATCTGCTGACCTCAACGATCAAAGTTGA 1151
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1167 CGATGAAAAACCAGTTGCACGTCACACCGTCAATCTGCTGACCTCAACGATCAAAGTAGA 1226
Query 1152 TGCAGATCAGACCGATCTAAGATTCTGCTTTAGAATAATTTCACCAACAAAAGTTTATAC 1211
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1227 TGCAGATCAGACCGATCTAAGATTCTGCTTTAGAATAATTTCACCAACGAAAGTTTATAC 1286
Query 1212 ATTGCAGGCAGAGAATGCACAGGATCAGATGGACTGGATCGAAAAAATAACTGGAGTAAT 1271
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1287 ATTGCAGGCAGAGAACGCACAGGATCAGATGGACTGGATCGAAAAAATAACTGGAGTAAT 1346
Query 1272 TGCTTCTTTGTTGAGTTTCCAAACACCTGAAAGAGCAATCATGCGTCTCTCTACTGTGGA 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1347 TGCTTCTTTGTTGAGTTTCCAAACACCTGAAAGAGCAATCATGCGACTGTCTACTGTGGA 1406
Query 1332 CGGAGGTGATACTTTCTCTGCAAGTGATTCTGGTTCTTTAGCAGATCCTTATGATATCGA 1391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 CGGAGGTGATACTTTCTCTGCAAGTGATTCTGGTTCTTTAGCAGATCCTTATGATATCGA 1466
Query 1392 ACAGGCAGAAAGTGGAGAATCCACAGTGGAACATCCCATGACAGGAGGAAACCGTTCGAG 1451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1467 ACAGGCAGAAAGTGGAGAATCCACAGTGGAACATCCCATGACAGGAGGAAACCGTTCGAG 1526
Query 1452 GTTCTCAGGGTGCTTGCAGCAACATGATATGGTAAAGACTGAAAAGCCAATTGATGTCTT 1511
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1527 GTTTTCAGGGTGCTTGCAGCAACATGATATGGTAAAGACTGAAAAGCCAATTGATGTCTT 1586
Query 1512 GACAAGGGTATTGGGTAATGAGAGATGTGCAGACTGCGGTGCTCCTGAACCTGATTGGGC 1571
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587 GACAAGAGTATTGGGTAATGAGAGATGTGCAGACTGTGGTGCTCCTGAACCTGATTGGGC 1646
Query 1572 CTCTTTGAACCTCGGTGTCCTTATTTGTATCGAGTGTTCTGGTATCCATCGTAACCTTGG 1631
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1647 CTCTTTGAACCTCGGTGTCCTTATTTGTATTGAGTGTTCTGGTATCCATCGTAACCTTGG 1706
Query 1632 TGTTCACATTTCAAAGGTCAGATCGCTCACTCTTGATGTCAAAGTATGGGAACCATCGGT 1691
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1707 TGTTCATATTTCAAAGGTCAGATCACTCACTCTTGATGTTAAAGTATGGGAACCATCGGT 1766
Query 1692 CTTGACGTTATTCCAATCGTTAGGTAATGTATATGTAAACTCAGTGTGGGAGGAGCTGTT 1751
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1767 GTTGACGTTATTCCAATCGTTAGGTAATGTATATGTAAACTCAGTGTGGGAGGAGTTGTT 1826
Query 1752 GAACTCGGAGAGTAGAACTTCCAGTGCTAGTAGATCTTCGGGCACTCCCAAGTCAGATCG 1811
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1827 GAACTCGGAGAGTAGATCTTCCAGTGCTAGTAGGTCTTCAGGCACTCCCAAGTCAGATCG 1886
Query 1812 ACCAAGAAAGTTGCTTGTAAGGAAGCCTGGTTTCAATGATCCCATTTCGGTGAAAGAGTT 1871
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1887 ACCAAGAAAATTGCTTGTAAGGAAGCCTGGTTTCAATGATCCCATTTCTGTGAAAGAGTT 1946
Query 1872 GTTCATCCACGCAAAGTACTCAGAGAGGATTTTTGTCCGCAAAGCAATAGACAGTCAGCA 1931
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947 GTTCATTCACGCAAAGTACTCAGAGAGGATTTTTGTCCGCAAAGCAATAGACAGTCAGCA 2006
Query 1932 TTTTCAGGCAGTTTTCCAAGAGATATGGGAGAATGTCCGTGCCAACGACAAGAAATCAGT 1991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2007 TTTTCAGGCAGTTTTCCAAGAGATATGGGAGAATGTCCGTGCCAACGACAAGAAATCAGT 2066
Query 1992 TTACAGGCACATTGTCTGCTCTGAAGCAGATGTGAATGCTCTACGTGGTCAAGCATCATA 2051
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2067 TTACAGGCACATTGTCTGCTCTGAAGCAGATGTGAATGCTCTACGTGGACAAGCATCATA 2126
Query 2052 CACTGTGTCTTTGCCCTTATCAAAGATGATGCAAATGGA-G-GAA--A-----CCCTTGA 2102
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| | ||||| |
Sbjct 2127 CACTGTGTCTTTGCCCTTAGCAAAGATGATGCAAATGGAAGCGAAGGAGGAAACCCTTCA 2186
Query 2103 AGCGAAATTCAAGAGCATTGAAGAGGAGTTTCAAGAGAATCCAGCGGGATATTCTAACTC 2162
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2187 AGCGAAATTCAAGAGCATTGAAGAGGAGTTTCAAGAGAATCCAGAGGGATATTCTAGCTC 2246
Query 2163 AAGAGGTGACGGGGAAAGTATGGTCAGAGAAGAAACTTCAAACGACTGTTCTTTGCTTCA 2222
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2247 AAGAGGTGAGGGGGAAAGTATGGTCAGAGAAGAAACTTCAAACGACTGTTCTTTGCTTCA 2306
Query 2223 CCTTGCTTGTCTTTCTGCGGATATCGGTATGGTAGAACTATTGCTTCAATATGGCGCAAA 2282
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2307 CCTTGCTTGTCTTTGTGCGGATATCGGTATGGTGGAACTATTGCTTCAATATGGCGCAAA 2366
Query 2283 AATAAATGCAACAGATTCAAAAGGTCGGACTCCACTTCATCATTGTATCATCAGCAGGAG 2342
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2367 AATAAATGCGACAGATTCAAAAGGTCGGACTCCACTTCATCATTGTATCATCAGCAGGAG 2426
Query 2343 ATATGCAATTGCAAGGTTGCTACTTATGAGGGGAGGAGATCCAAATGCTGTGGATAAAGA 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2427 ATATGCAATTGCAAGGTTGCTACTTATGAGGGGAGGAGATCCAAATGCTGTTGATAAAGA 2486
Query 2403 CAGTAACATACCAGTCAAATATGCTTCACAGACAGACCTCAATGATAGCGAACTGATTGC 2462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2487 CAGTAACATACCAGTCAAATATGCTTCACAGACAGACCTCAATGATAGCGAACTGATTGC 2546
Query 2463 TTTATTAACAGACTCCAAAAGATGA 2487
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2547 TTTATTAACAGACTCCAAAAGATGA 2571
Score = 1011 bits (547), Expect = 0.0
Identities = 591/613 (96%), Gaps = 0/613 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCATTTCGCCAAGCTCGATGATTCTCCCATGTTTCGCCAACAGATGCAATCTATGGAA 60
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCATTTCGCTAAGCTCGATGATTCTCCCATGTTTCGCCAACAGATGCAATCTATGGAA 60
Query 61 GAGAGTGCGGAGTTGCTCCGACTGCGATGCTTAAGGTTCTATAAAGGTTGCAGAAAATAC 120
||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 GAGAGTGCGGAGTTGCTGCGATTGCGTTGCTTAAGGTTCTATAAAGGATGCAGAAAATAC 120
Query 121 ACGGAGGGGCTTGGAGAAGGGTATGATGCAGATATTGGCTTTGTAAATGCACTTGAATCT 180
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACGGAGGGGCTTGGAGAAGGCTATGATGCAGATATTGGCTTTGTAAATGCACTTGAATCT 180
Query 181 TTCGGAGGAGGCCATAATGATCCTGTTTGTGTTGCTTTTGGAGGTCCTGTAATGACAAAA 240
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTCGGAGGCGGCCATAATGATCCTATTTGTGTTGCTTTTGGAGGTCCTGTAATGACAAAA 240
Query 241 TTCACTATTGCTCTACGAGAAATCGGGACATACAAGGAAGTACTTCGTTCTCAGGTAGAA 300
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTCACTATCGCTCTACGAGAAATCGGGACATACAAGGAAGTACTTCGTTCTCAGGTAGAA 300
Query 301 CACATGCTGAGTGATCGGTTGCTTCAATTTGTGAATGGTGATGTCCACGAAGTTAAGGAA 360
|||| | ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 301 CACACGTTGAATGACCGGTTGCTTCAATTTGTGAACGGTGATGTCCATGAAGTTAAGGAA 360
Query 361 GCTCGTAAACGGTTTGACAAAGCTACCATTACATATGATCAGGCACGAGAAAAATATCTT 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 361 GCTCGTAAACGGTTTGACAAAGCTACCATTACATATGATCAGGCACGAGAGAAATATCTT 420
Query 421 TCATTAAGGAAGAGCACACGATTGGATGTGGCTGCCACAATTGAGGAGGACCTACATAGC 480
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TCATTAAGGAAGAGCACACGACTGGATGTGGCTGCCACAATTGAGGAGGACCTACATAGC 480
Query 481 GCAAGAACGACATTTGAGCAAGCCCGGTTTCATCTGGTTAGTGCACTCTCTAATGCAGAG 540
|||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 481 GCAAGAACGACATTCGAGCAAGCACGGTTCCATCTGGTTAGTGCACTCTCTAATGCGGAG 540
Query 541 TCTAAAAAGAGATTTGAGTTTTTGGAAGCAGTCAGCGGGACTATGGATGCTCATCTCCGT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCTAAAAAGAGATTTGAGTTTTTGGAAGCAGTCAGCGGGACTATGGATGCTCATCTCCGT 600
Query 601 TTCTTCAAACAGG 613
|||||||||||||
Sbjct 601 TTCTTCAAACAGG 613
> Ahg496372 jgi|Araly1|496372|fgenesh2_kg.8__2188__AT5G61990.1
Length=3396
Score = 265 bits (143), Expect = 2e-69
Identities = 166/177 (94%), Gaps = 2/177 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 3105 CATGCGTCTCCTTTTCATCGTCAACTTCTGATTGTCGTCATCGTAATGGAAACTGCTCCC 3164
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 3318 CATGCGTCTCCCTTTCATCGTCAACTTCTGATTGTCGTCATCATAATGGAAACTACTGCC 3259
Query 3165 ATGTAAA-TCAATGGGATCCAACATGTCTAGCTGAAGGCAAA-CCGTTCTGAAGTAAATG 3222
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 3258 ATGTAAAATCAATGAGATCCAACATGTCTAGCTGAAGGCAAATCCGTTCTGGAGCAAATG 3199
Query 3223 AATTGGTCCAGAAGAGTTTATGAGCAGACACAAATTGTTTCAGGAACAGCACCTCCA 3279
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3198 AATTGGTCCAGAAGAGTTTATGAGCAGACACAAGTTGTTTCAGGAACAGCAACTCCA 3142
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123877400115
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5