BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G61990.1
Length=3512
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496372 jgi|Araly1|496372|fgenesh2_kg.8__2188__AT5G61990.1 4680 0.0
> Ahg496372 jgi|Araly1|496372|fgenesh2_kg.8__2188__AT5G61990.1
Length=3396
Score = 4680 bits (2534), Expect = 0.0
Identities = 3086/3348 (92%), Gaps = 56/3348 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCGGTGATGATGGGATCGATGTTGTTCAGGAAGAGAACTTTGGTCACGAGAGCGAATTT 60
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1 ATCGGAGATGATGGGATCGACGTTGTTCAGGAAGAGATGTTTGGTCAAGAGAGCGAATTG 60
Query 61 TTTACTTTTCCGGTCGTTTTCCGTTAACGTTGAGAAACTTTCCGACGCATCAGCTGAAAT 120
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 61 TTTACTTTTCCGGTCGTTTTCCGTTAACAATGAGAAACTTCCCGAAGCATCAGCTGAAAT 120
Query 121 AGCGGGAATTCTCAAGCAAGAGAACTGGCGTGACACTCTGGTATCTTCGAATCTTTCAAT 180
|||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGCGCGAATTCTCAACCAAGGGAACTGGCGTGAGACTCTGGTATCTTCGAATCTTTCAAT 180
Query 181 CGAGATAAATCCAGAAGTAGTTCTCTCCGTTTTACGATCCAAACGCGTCGATGATCCCTC 240
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 181 CGAGATAAACCCAGAAGTAGTTCTCTCCGTTTTACGATCCAAACGCGTCGATGATCCTTC 240
Query 241 TAAGCTTTTGAGTTTCTTCAACTGGGTCGATTCTCAAAAAGTCACAGAGCAGAAATTGGA 300
||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 241 TAAGCTTTTGAGTTTCTTCAATTTGGTTGATTCTCAAAAAGTCACGGAGCAGAAATTGGA 300
Query 301 TTCGTTTTCGTTTCTCGCTTTGGATTTGTGTAATTTCGGTAGTTTTGAGAAAGCTCTTAG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 301 TTCGTTTTCGTTTCTCGCTTTGGATTTGTGTAATTTCGGTAGTATTGAGAAAGCTCATAG 360
Query 361 TGTTGTAGA-ACGGATGATTGAGAGAAATTGGCCTGTAGCTGAGGTTTGGAGTTCGATTG 419
||||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TGTTGTA-ATCCGGATGATTGAGAGGAAGTGGCCTGTAGCTGAGGTTTGGAGTTCGATTG 419
Query 420 TGAGATGTTCACAAGAGTTTGTGGGAAAGAGTGATGATGGAG---TTCTATTTGGGATAT 476
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |
Sbjct 420 TGAGATGTTCACGAGAGTTTGTGGGAAAGAGTGATGATAGAGTTCTTCTATTTGGGATCT 479
Query 477 TGTTTGATGGATACATTGCAAAAGGGTATATAGAAGAAGCTGTGTTTGTGTTTTCTAGCT 536
|| |||||||||||| || |||||| | | ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 480 TGATTGATGGATACACTGAAAAAGGTTTTTTAGAAGAAGCTGTATTTGTGTTTTCTAGCA 539
Query 537 CT----A--TGGGTTTGGAATTGGTTCCTCGTTTGTCACGATGTAAAGTTTTGTTGGATG 590
|| | ||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 540 CTAAGGATTTGGATTTGGATTTGGTTCCTAGTTTGGCACGATGTAATCATTTGTTGGATG 599
Query 591 CGTTGTTGAGGTGGAACCGGCTGGATTTGTTTTGGGATGTGTATAAGGGGATGGTTGAGA 650
||||||||| | || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CGTTGTTGAAGAGGGATCGTCTGGATTTGTTTTGGGATGTGTATAAGGGGATGGTTGAGA 659
Query 651 GAAATGTAGTATTTGATGTTAAGACCTATCATATGTTGATTATTGCTCATTGTAGGGCTG 710
|||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||| ||||| |||| |||||||||| ||
Sbjct 660 GAAATGTAGTATCTGATGTTCAGAGTTATGAGATGCTGATTGTTGCACATTGTAGGGATG 719
Query 711 GGAATGTTCAGTTGGGGAAAGATGTTCTTTTTAAAACGGAAAAAGAATTCAGGACGGCTA 770
||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||| |||||||| ||||||| |
Sbjct 720 GGAATGTTCAGTTGGCAAAAGATGTTCTTCTCAAAACCGAAGAAGAATTCGGGACGGCAA 779
Query 771 CTTTGAATGTGGATGGAGCACTTAAGCTTAAGGAGTCGATGATTTGCAAAGGATTGGTGC 830
| ||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 780 CGTTGAATGTGGATGAAGCACTTGAGCTGAAGAAGTCGATGAGTTGCAAAGGATTGGTGG 839
Query 831 CATTGAAG-TATACATACGATGTACTTATAGATGGGTTGTGTAAGATAAAGAGACTAGAA 889
||| || | || ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 840 CATCGAGGCAAT-CATACAATTTACTTATAGATGGGTTGTGTAAGCGAAAGAGACTAGAA 898
Query 890 GATGCTAAATCGTTGCTGGTAGAGATGGATAGT-TTAGGTGTGTCTCTTGATAATCATAC 948
||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||| || |||| || | |
Sbjct 899 GATGCTAAATCGTTGCTGGTAGAGATGAATAGTGTT-GGTTTGTTTCCTGATGATTTTTC 957
Query 949 TTATAGTTTACTGATTGATGGCTTACTGAAGGGTAGAAATGCAGATGCTGCGAAAGGACT 1008
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 958 TTATAGTTTACTGATTGATGGTTTACTGAAGGGTAGAAATGCAGATGCTGCGAAGGGACT 1017
Query 1009 AGTCCATGAGATGGTTTCACATGGTA-TTAACATCAAACCTTATATGTATGATTGTTGTA 1067
|||||||||||||||||||||||| | ||| |||| | ||| | |||||||||| || ||
Sbjct 1018 AGTCCATGAGATGGTTTCACATGG-ATTTAGCATCGATCCTAAGATGTATGATTATTTTA 1076
Query 1068 TTTGTGTGATGTCAAAGGAAGGGGTGATGGAGAAGGCAAAGGCTCTCTTTGATGGAATGA 1127
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TTTGTGTGATGTCAAAGGAAGGGGCGATGGAGAAGGCAAAGGCTCTCTTTGATGGAATGA 1136
Query 1128 TCGCATCCGGACTGATACCACAG-GCTCAGGCTTATGCTAGTCTGATCGAAGGATACTGT 1186
||||||||||| ||| |||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||| || |
Sbjct 1137 TCGCATCCGGAGTGACACCA-GGTGCTCGGGCTTATGCTAGTTTGATCGAAGGATTCTTT 1195
Query 1187 CGAGAAAAGAATGTACGTCAGGGTTATGAGTTACTTGTTGAAATGAAAAAGAGGAACATT 1246
|||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 CGAGAAAAGAATGTACTTAAGGGTTATGAGTTACTTGTTGAAATGAAAAAGAGGAACATT 1255
Query 1247 GTCATATCTCCATATACTTATGGTACAGTGGTGAAAGGCATGTGCTCTTCTGGGGATCTC 1306
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1256 GTCATATCTCCATATACTTATGGTACAGCGGTGAAAGGCATGTGTTCTTCTGGGGATCTC 1315
Query 1307 GATGGAGCTTATAACATTGTGAAGGAAATGATTGCAAGTGGTTGCAGACCCAATGTGGTT 1366
||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GATGGAGCTTATAACATCGTGAAGGAAATGGGTGCAAGTGGTTGCAGACCCAATGTGGTT 1375
Query 1367 ATATATACCACATTGATCAAAACCTTTCTCCAGAATAGTAGGTTTGGAGATGCAATGAGG 1426
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1376 ATATATACCACATTGATCAAAACCTTTCTCCAGAAAAGTAGGTTTGGAGATGCAGTGAGG 1435
Query 1427 GTGTTAAAAGAAATGAAAGAACAAGGAATCGCACCAGACATATTTTGCTACAATTCCCTT 1486
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1436 GTGTTAAAAGAAATGAAAGAACAAGGAATCGCACCTGACACCTTTTGCTACAATTCCCTT 1495
Query 1487 ATAATTGGCCTTTCAAAAGCTAAAAGAATGGACGAAGCAAGGTCTTTTCTGGTTGAAATG 1546
|||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1496 ATAATTGGTCTTTCAAAGGCTAAAAAAATGGATGAAGCAAGGTCGTTTCTGCTTGAAATG 1555
Query 1547 GTCGAGAACGGATTAAAGCCTAATGCTTTCACCTATGGGGCTTTTATCAGTGGATATATA 1606
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 GTCGAGAACGGATTAAAGCCTGATGCTTTCACCTATGGGGCTTTTATCAGTGGATATATA 1615
Query 1607 GAGGCAAGTGAATTTGCATCTGCAGATAAGTATGTGAAAGAGATGCG-GGAATGTGGCGT 1665
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1616 GAGGCAGGGGAATTTGCATCTGCAGATAAGTATGTGAAAGAGATG-GTGGAATGTGGCGT 1674
Query 1666 ACTTCCAAATAAGGTTCTTTGCACGGGTTTGATCAATGAGTATTGCAAAAAGGGGAAAGT 1725
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AATTCCAAATAAGGTTCTTTGCACGGGTTTGATCAATGAGTATTGCAAAAAGGGGAAAGT 1734
Query 1726 AATAGAGGCGTGTTCAGCATAT-AGATCCATGGTTGACCAAGGGATCCTGGGGGATGCTA 1784
||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1735 AATAGAGGCATGTTCAGCAT-TCAGATCCATGGTTGAACAAGGGATCCAGGGGGATGCTA 1793
Query 1785 AAACATACACTGTTCTTATGAATGGTCTTTTTAAAAATGATAAAGTAGATGATGCCGAGG 1844
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| |
Sbjct 1794 AAACATACACTGTTCTTATGAATGGTCTTGTTAAAAATGGTAAAGTAAATGATGCCGAAG 1853
Query 1845 AGATTTTCCGCGAAATGCGTGGGAAGGGTATTGCACCTGATGTATTCTCTTATGGTGTTC 1904
||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1854 AGATTTTCCACGAAATGCGTGGAAAGGGTATTGCACCTGATGTATTCTCTTATGGTACTC 1913
Query 1905 TCATTAATGGATTTTCTAAGTTGGGAAATATGCAGAAGGCTTCTAGTATTTTTGATGAGA 1964
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 TCATTGATGGATTTTCTAAGTTGGGAAATATGCAGAAGGCTTCTAGTATTTTTGATGAGA 1973
Query 1965 TGGTTGAAGAAGGTTTGACTCCTAATGTTATCATATACAACATGTTACTTGGTGGCTTTT 2024
||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1974 TGGTTCAAGCAGGTTTGACTTCTAATGTTATCATATACAACATGTTACTTGGTGGCTTCT 2033
Query 2025 GCAGATCTGGTGAAATTGAAAAAGCTAAGGAACTGCTTGATGAAATGTCAGTTAAAGGTC 2084
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2034 GCAGATCTGGTGAAATCGAAAAAGCTAAGGAACTGCTTGATGAAATGTCAGGTAAAGGTT 2093
Query 2085 TTCACCCGAATGCAGTGACCTACTGTACAATTATAGATGGATATTGCAAATCTGGGGATC 2144
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2094 TTCCCCCGAATGCAGTGACCTACTGTACAATGATAGATGGATATTGCAAATCTGGGGATC 2153
Query 2145 TAGCTGAGGCTTTTCGGTTATTTGATGAGATGAAACTAAAGGGATTAGTTCCTGATAGTT 2204
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 TGGCTGAGGCTTTTCGGTTATTTGATGAGATGAAACTAAAGGGATTAGTTCCTGATAGTT 2213
Query 2205 TTGTGTACACAACACTCGTGGATGGGTGTTGCAGATTGAACGATGTGGAAAGAGCTATAA 2264
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2214 TTGTGTACACAACACTCGTGGATGGGTGTTGCAGATTGAACGATGTCGAAAGAGCTATAA 2273
Query 2265 CCATCTTTGGGACAAACAAGAAGGGCTGTGCTTCTAGTACCGCCCCTTTCAATGCTTTGA 2324
||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2274 CCATCTTTGAGACAAACGAGAAGGGTTGTGCTTCTAGTTCCGCCCCTTTCAATGCATTGA 2333
Query 2325 TCAATTGGGTTTTTAAGTTTGGAAAAACAGAATTAAAAACAGA-AGTGTTAAATCGGCTA 2383
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||
Sbjct 2334 TGAATTGGGTTTTTAAGTTTGGAAAAACAGAATTAACAACAGACA-TGATAAATCGGCTA 2392
Query 2384 ATGGATGGGTCGTTTGATAGGTTTGGCAAGCCCAATGACGTAACATACAACATTATGATT 2443
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 ATGGATGGGTCGTTTGATAGGTTTGGCAAGCCCAATGATGTAACATACAACATTATGATT 2452
Query 2444 GATTATCTATGCAAGGAAGGAAACTTGGAAGCTGCAAAGGAGCTCTTTCACCAGATGCAG 2503
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2453 GATTATCTATGTAAGGAAGGAAACTTGGAAGCTGCAAAGGAGCTCTTTCACCACATGCAG 2512
Query 2504 AACGCTAATCTGATGCCTACTGTTATAACTTACACATCTCTTCTAAACGGGTATGATAAA 2563
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 AAAGCTAATCTGATGCCTACTGTTATAACTTACACATCTCTTCTAAACGGGTATGATAAA 2572
Query 2564 ATGGGTAGAAGAGCTGAAATGTTTCCTGTATTTGATGAGGCGATTGCTGCAGGAATTGAA 2623
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 ATGGGTAGAAGATCTGAAATGTTTTCTGTATTTGATGAGGCGATTGCTGCAGGAATTGAA 2632
Query 2624 CCAGACCACATAATGTATAGTGTTATCATCAATGCTTTCCTGAAAGAAGGGATGACGACA 2683
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 CCAGACAACGTAATGTATAGTGTTATCATCAATGCTTTCCTGAAAGAAGGGATGACGACA 2692
Query 2684 AAAGCACTTGTGCTTGTGGATCAAATGTTTGCTAAGAACGCTGTTGATGATGGGTGTAAG 2743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 AAAGCACTTGTGCTTGTGGATCAAATGTTTGCTAAGAACGCTGTTGATGATGGGTGTAAG 2752
Query 2744 CTAAGTATTTCAACATGCCGGGCTCTACTCTCTGGTTTTGCTAAAGTGGGAGAAATGGAG 2803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2753 CTAAGTATTTCAACATGCCGGGCTCTACTCTCTGGTTTTGCCAAAGTGGGAGAAATGGAG 2812
Query 2804 GTAGCTGAGAAGGTTATGGAGAACATGGTTCGACTCCAA-TATATTCCTGATTCTGCGAC 2862
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||
Sbjct 2813 GTAGCTGAGAAGGTTGTGGAGAACATGGTTCGACTC-AAGTATATTCCTGATTCTTCGAC 2871
Query 2863 TGTTATTGAGTTAATCAATGAAAGTTGCATTTCCTCAAACCAAAGAGTGGAAGCTGATGC 2922
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||
Sbjct 2872 TGTTATTGAGTTAATCAATGAAAGTTGCATTTCCTCAAACCAGAGAATGGCAGCTGATGC 2931
Query 2923 AGTTCCATAG-TTTTCTAGACGGAAAGCTAGAGCAGATAAACTTCCTTCTTTTTCTTTGT 2981
|| ||| ||| |||| |||||||||||| | | | | || ||| | ||||
Sbjct 2932 AGCTCCTTAGATTTT-TAGACGGAAAGC-----C---T----T-C-TT-TTT--CGTTGT 2973
Query 2982 GGCTAAAAACGGA-G-TCTGCTGCT--TTTAGTTTGGTTTACG-GCAAATTTCTGATGGG 3036
||||||||| | | | | |||| ||| || || || | ||||| |||| ||
Sbjct 2974 GGCTAAAAA-GTTTGGTTTACTGCCAATTTC-TT-GGCCAACATGAAAATTGCTGAAGGT 3030
Query 3037 CTGCAATTGTGGCAAAATTTACAAGCTTTATCATCTCACTTTTGATGATCTCTACTCAGT 3096
|||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 3031 TTGCAATTGTGTCAAAAGTTACAAGCTTTATCCTCTCACGTTTGATGATCTCTACGCAGT 3090
Query 3097 CTCAATCTTCTGATATGTCATTGTATATTTTTTCAGTTACCATTAAGAATCTGGAGGTGC 3156
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 3091 CGCAATCTTCTGATATGTCATTGTATATTTTTTCAGTTACCATTAAGAATTTGGAGTTGC 3150
Query 3157 TGTTCCTGAAACAATTTGTGTCTGCTCATAAACTCTTCTGGACCAATTCATTTACTTCAG 3216
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 3151 TGTTCCTGAAACAACTTGTGTCTGCTCATAAACTCTTCTGGACCAATTCATTTGCTCCAG 3210
Query 3217 AACGG-TTTGCCTTCAGCTAGACATGTTGGATCCCATTGATTT-ACATGGGAGCAGTTTC 3274
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||
Sbjct 3211 AACGGATTTGCCTTCAGCTAGACATGTTGGATCTCATTGATTTTACATGGCAGTAGTTTC 3270
Query 3275 CATTACGATGACGACAATCAGAAGTTGACGATGAAAAGGAGACGCATG 3322
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3271 CATTATGATGACGACAATCAGAAGTTGACGATGAAAGGGAGACGCATG 3318
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132630641905
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5