BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G62000.1
Length=3515
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg950963 jgi|Araly1|950963|scaffold_802850.1 4218 0.0
> Ahg950963 jgi|Araly1|950963|scaffold_802850.1
Length=2680
Score = 4218 bits (2284), Expect = 0.0
Identities = 2570/2703 (95%), Gaps = 40/2703 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 421 GGATTTGGAGATTTCTTGTTGATATCGTCTGCTTAGAGGCTTATTTGGTACCAGATGAAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GGATTTGGAGATTTCTTGTTGATATCGTCTGCTTAGAGGCTTATTTGGTACCAGATGAAA 60
Query 481 CAGATCTGAGCTTCG-GAAGGTATGGCGAGTTCGGAGGTTTCAATGAAAGGTAATCGTGG 539
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAGATCTGAGCTT-GAGAAGGTATGGCGAGTTCGGAGGTTTCAATGAAAGGTAATCGTGG 119
Query 540 AGGAGATAACTTCTCCTCCTCTGGTTTTAGTGACCCTAAGGAGACTAGAAATGTCTCCGT 599
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 120 AGGAGATAACTTCTCCTCCTCCGCTTTTAGTGACCCTAAAGAGACTAGAAA--------- 170
Query 600 CGCCGGCGAGGGGCAAAAAAGTAATTCTACCCGATCCGCTGCGGCTGAGCGTGCTTTGGA 659
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 171 ---CGGCGAGGGGCAAAAAAGTAATTCTAGCCGACCCGCTGCGGCTGAGCGTGCTGTCGA 227
Query 660 CCCTGAGGCTGCTCTTTACAGAGAGCTATGGCACGCTTGTGCTGGTCCGCTTGTGACGGT 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 228 CCCTGAGGCTGCTCTTTACAGAGAGCTATGGCACGCTTGTGCCGGTCCGCTTGTGACGGT 287
Query 720 TCCTAGACAAGACGACCGAGTCTTCTATTTTCCTCAAGGACACATCGAGCAGGTGGAGGC 779
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 288 TCCTAGACAAGATGACCGAGTCTTCTATTTTCCTCAAGGACACATCGAGCAGGTGGAGGC 347
Query 780 TTCGACGAACCAGGCGGCAGAACAACAGATGCCTCTCTATGATCTTCCGTCAAAGCTTCT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 348 GTCGACGAACCAGGCGGCAGAACAACAGATGCCTCTCTATGATCTTCCATCAAAGCTTCT 407
Query 840 CTGTCGAGTTATTAATGTAGATTTAAAGGCAGAGGCAGATACAGATGAAGTTTATGCGCA 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 408 TTGTCGAGTTATTAATGTAGATTTAAAGGCAGAGGCAGATACAGATGAAGTTTATGCCCA 467
Query 900 GATTACTCTTCTTCCTGAGGCTAATCAAGACGAGAATGCAATTGAGAAAGAAGCGCCTCT 959
|||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 GATTACACTTCTTCCCGAGGCTAACCAAGACGAGAATGCAATTGAGAAAGAAGCGCCTCC 527
Query 960 TCCTCCACCTCCGAGGTTCCAGGTGCATTCGTTCTGCAAAACCTTGACTGCATCCGACAC 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 TCCTCCACCTCCGAGGTTCCAGGTGCATTCGTTCTGCAAAACCTTGACTGCATCCGACAC 587
Query 1020 AAGTACACATGGTGGATTTTCTGTTCTTAGGCGACATGCGGATGAATGTCTCCCACCTCT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||
Sbjct 588 AAGTACACATGGTGGATTTTCTGTTCTTAGGCGACATGCTGATGAATGCCTTCCACCTCT 647
Query 1080 GGATATGTCTCGACAGCCTCCCACTCAAGAGTTAGTTGCAAAGGATTTGCATGCAAATGA 1139
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 GGATATGTCTCGACAACCTCCCACACAAGAGTTAGTTGCAAAGGATTTGCATGCAAATGA 707
Query 1140 GTGGCGATTCAGACATATATTCCGGGGTCAACCACGGAGGCATTTGCTACAGAGTGGGTG 1199
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 708 GTGGCGATTCAGACATATATTCCGAGGTCAACCACGGAGGCATTTGCTTCAGAGTGGGTG 767
Query 1200 GAGTGTGTTTGTTAGCTCCAAAAGGCTAGTTGCAGGCGATGCGTTTATATTTCTAAGGGG 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 GAGTGTGTTTGTTAGCTCCAAAAGGCTAGTTGCAGGCGATGCGTTTATATTTCTAAGGGG 827
Query 1260 CGAGAATGGAGAATTAAGAGTTGGTGTAAGGCGTGCGATGCGACAACAAGGAAACGTGCC 1319
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 828 CGAGAATGGAGAATTAAGAGTGGGTGTAAGGCGTGCGATGCGACAACAAGGAAATGTGCC 887
Query 1320 GTCTTCTGTTATATCTAGCCATAGCATGCATCTTGGAGTACTGGCCACCGCATGGCATGC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 888 GTCTTCTGTTATATCTAGCCATAGCATGCATCTTGGAGTACTGGCTACCGCATGGCATGC 947
Query 1380 CATTTCAACAGGGACTATGTTTACAGTCTACTACAAACCCAGGACGAGCCCATCTGAGTT 1439
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 948 CATTTCAACGGGGACTATGTTTACAGTGTACTACAAACCAAGGACCAGCCCATCTGAGTT 1007
Query 1440 TATTGTTCCGTTCGATCAGTATATGGAGTCTGTTAAGAATAACTACTCTATTGGCATGAG 1499
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1008 TATTGTTCCGTTTGATCAGTATATGGAGTCTGTGAAGAATAACTACTCCATTGGCATGAG 1067
Query 1500 ATTCAAAATGAGATTTGAAGGCGAAGAGGCTCCTGAGCAGAGGTTTACTGGCACAATCGT 1559
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1068 ATTTAAAATGAGATTTGAAGGCGAAGAGGCTCCTGAGCAGAGGTTTACTGGCACAATTGT 1127
Query 1560 TGGGATTGAAGAGTCTGATCCT-ACTAGGTGGCCAAAATCAAAGTGGAGATCCCTCAAGG 1618
|||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 TGGGATTGAAGACTCTGA-CATCACTAGGTGGCCAAAATCAAAGTGGAGATCCCTCAAGG 1186
Query 1619 TGAGATGGGATGAGACTTCTAGTATTCCTCGACCTGATAGAGTATCTCCGTGGAAAGTAG 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1187 TGAGATGGGATGAGACTTCTAGTATTCCTCGACCTGATAGAGTATCTCCGTGGAAAATAG 1246
Query 1679 AGCCAGCTCTTGCTCCTCCTGCTTTGAGTCCTGTTCCAATGCCTAGGCCTAAGAGGCCCA 1738
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1247 AGCCAGCTCTTGCTCCTCCTGCGTTGAGTCCTGTTCCAATGCCTAGGCCTAAGAGGCCCA 1306
Query 1739 GATCAAATATAGCACCTTCATCTCCTGACTCTTCGATGCTTACCAGAGAAGGTACAACTA 1798
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1307 GATCTAATATAGCACCTTCATCTCCTGACTCTTCAATGCTTACTAGAGAAGGCACAACTA 1366
Query 1799 AGGCAAACATGGACCCTTTACCAGCAAGCGGACTTTCAAGGGTCTTGCAAGGTCAAGAAT 1858
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 AAACAAACATGGACCCTTTACCAGCAAGCGGACTTTCAAGGGTCTTGCAAGGTCAAGAAT 1426
Query 1859 ACTCGACCTTGAGGACGAAACATACTGAGAGTGTAGAGTGTGATGCTCCTGAGAATTCTG 1918
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 ACCCGACCTTGAGGACGAAACATACTGAGAGTGTAGAGTGTGATGCTCCTGAGAATTCTG 1486
Query 1919 TTGTCTGGCAATCTTCAGCGGATGATGATAAGGTTGACGTGGTTTCGGGTTCTAGAAGAT 1978
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 TTGTTTGGCAATCCTCAGCGGATGATGATAAGGTTGACGTGGTTTCGGGTTCTAGAAGAT 1546
Query 1979 ATGGATCTGAGAACTGGATGTCCTCAGCCAGGCATGAACCTACTTACACAGATTTGCTCT 2038
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1547 ATGGATCTGAGAACTGGATGCCCTCAGCCAGGCATGAACCTACTTACACGGATTTGCTTT 1606
Query 2039 CCGGCTTTGGGACTAACATAGATCCATCCCATGGTCAGCGGATACCTTTTTATGACCATT 2098
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 CCGGCTTTGGGGCTAACATAGAACCATCCCATGGTCAGCGGATACCTTTTTATGACCATT 1666
Query 2099 CATCATCACCTTCTATGCCTGCAAAGAGA-ATCTTGAGTGATTCAGAAGGCAAGTTCGAT 2157
||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 1667 CATCATCACCTTCTATGCCTGCAAAGA-ATATATTGAGTGATCCGGAGGGCAAGTTCGAT 1725
Query 2158 TATCTTGCTAACCAGTGGCAGATGATACACTCTGGTCTCTCCCTGAAGTTACATGAATCT 2217
| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1726 TTTCTTGCTAACCAGTGGCAGATGATGCACTCTGGCCTCTCCCTGAAGTTACATGAATCT 1785
Query 2218 CCTAAGGTACCTGCAGCAACTGATGCGTCTCT-CCAAGGGCGATGCAATGTTAAATACAG 2276
|||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1786 CCTAAGGTACCTGCGGCAACTGATGCCTCT-TGCCAAGGGCGAGGCAATGTTAAATACAG 1844
Query 2277 CGAATATCCTGTTCTTAATGGTCTATCGACTGAGAATGCTGGTGGTAACTGGCCAATACG 2336
|||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1845 TGAATATCCAGTGCTTAATGGTCTATCGACTGAAAATGCTGGCGGTAACTGGCCAATACG 1904
Query 2337 TCCACGTGCTTTGAATTATTATGAGGAAGTGGT-CAATGCTCAAGC----GC--A----- 2384
|||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| || |
Sbjct 1905 TCCACGTGCTTTGAATTATTTTGAGGAAGTGGTTCA-TGCTCAAGCACAAGCTCAGGCGC 1963
Query 2385 A-GCTCAGGCTAGGGAGCAAGTAACAAAACAACCCTTCACGATACAAGAGGAGACAGCAA 2443
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1964 AAGCTCAGGCTAGGGAGCAAGTAACAAAACAACCCGTCACAATACAAGAGGAGACAGCAA 2023
Query 2444 AGTCAAGAGAAGGGAACTGCAGGCTCTTTGGCATTCCTCTGACCAACAACATGAATGGGA 2503
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2024 AGTCAAGAGAAGGGAACTGCAGACTTTTTGGCATTCCTCTGTCCAACAACATGAATGGGA 2083
Query 2504 CAGACTCAACCATGTCTCAGAGAAACAACTTGAATGATGCTGCGGGGCTTACACAGATAG 2563
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2084 CAGACTCAACCATGTCTCAGAGAAGCAACTTGAATGATGCTGCGGGGCTTGCACAGATAG 2143
Query 2564 CATCACCAAAGGTTCAGGACCTTTCAGATCAGTCAAAAGGGTCAAAATCAACAAACGATC 2623
|||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2144 CATCACCAAAGGTTCAAGACCTTCCCGATCAGTCAAAAGGGTCAAAATCGACAAACGATC 2203
Query 2624 ATCGTGAACAGGGAAGACCATTCCAGACTAATAATCCTCATCCGAAGGATGCTCAAACGA 2683
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2204 ATCGTGAACAGGGAAGACCGTTCCAGACTAATAATTCTCATCCGAAGGATGCTCATACGA 2263
Query 2684 AAACCAACTCAAGTAGGAGTTGCACAAAGGTTCACAAGCAGGGAATTGCACTTGGCCGTT 2743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 AAACCAACTCAAGTAGGAGTTGCACAAAGGTTCACAAGCAGGGAATTGCACTTGGCCGTT 2323
Query 2744 CAGTGGATCTTTCAAAGTTCCAAAACTATGAGGAGTTAGTCGCTGAGCTGGACAGGCTGT 2803
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2324 CAGTGGATCTTTCAAAGTTCCAAAACTATGAGGAGTTAATCGCGGAGCTGGACAGGCTGT 2383
Query 2804 TTGAGTTCAATGGAGAGTTGATGGCTCCTAAGAAAGATTGGTTGATAGTTTACACAGATG 2863
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2384 TTGAGTTTAATGGAGAGTTGATGGCTCCTAAGAAAGATTGGCTGATAGTTTACACAGATG 2443
Query 2864 AAGAGAATGATATGATGCTTGTTGGTGACGATCCTTGGCAGGAGTTTTGTTGCATGGTTC 2923
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2444 ATGAGAATGATATGATGCTTGTTGGAGACGATCCTTGGCAGGAGTTTTGTTGCATGGTTC 2503
Query 2924 GCAAAATCTTCATATACACGAAAGAGGAAGTGAGGAAGATGAACCCGGGGACTTTAAGCT 2983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 GCAAAATCTTCATATACACGAAAGAGGAAGTGAGGAAGATGAACCCGGGGACTTTAAGCT 2563
Query 2984 GTAGGAGCGAGGAAGAAGCAGTTGTTGGGGAAGGATCAGATGCAAAGGACGCCAAGTCTG 3043
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2564 GTAGGAGCGAGGAAG--G-AGTTGTTGGGGAAGGATCAGATGCAAAGGACGCCAAGTCTG 2620
Query 3044 CATCAAATCCTTCATTGTCCAGCGCTGGGAACTCTTAAACAAACAAAATAACCAACAACC 3103
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2621 CATCAAATCCTTCATTGTCCAGTGCCGGGAACTCTTAAACAAACAAAA---CCAGCAACC 2677
Query 3104 CTT 3106
|||
Sbjct 2678 CTT 2680
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132744814624
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5