BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G62090.1
Length=3229
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg950974 jgi|Araly1|950974|scaffold_802861.1 3951 0.0
> Ahg950974 jgi|Araly1|950974|scaffold_802861.1
Length=2491
Score = 3951 bits (2139), Expect = 0.0
Identities = 2378/2493 (95%), Gaps = 17/2493 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 504 TTGGGACCTACCCTTTAATGGCTTCTTCAACTTCTGGGATTTTCTTTCAAGGAGATGATG 563
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7 TTGGGACCTACCCTTAAATGGCTTCTTCAACTTCTGGGATTTTCTTTCAAGGAGATGATG 66
Query 564 AATCTCAAAGCTTCATTAACTCTCACTTGACTTCCTCTTATGGGAATTCATCTAACTCTG 623
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 67 AATCTCAAAGTTTCATTAACTCTCACTTGACTTCCTCTTATGGGAATTCATCTAACTCTG 126
Query 624 CT-CCTGGATGTGGTGGACCTACTGGTGGCTATCACAATCTCAGTATGGTTTCTGGTGAT 682
| |||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 -TCCCTGGA--T-GTGGACCTACTGGTGGTTATCATAATCTCAGTATGGTTTCTGGTGAT 182
Query 683 ATGCATAATCCGGTTATGATGAGTGTTTCAACACCC-GGTCCAAGCGCAGGAGCTAGTTC 741
|||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 183 ATGCATAATCCGGTTATGATGACTGTTTCGAC-CCCGGGTCCAAGCGCTGGAGCTAGTTC 241
Query 742 GCTTGTCACAGATGCTAATTCAGGGCTCTCTGGAGGTGGTCCTCATTTGCAGCGTAGTGC 801
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 GCTTGTCACAGATGCTAATTCTGGGCTCTCTGGAGGTGGTCCTCATTTGCAGCGTAGTGC 301
Query 802 TAGTATCAATAATGAGTCATATATGCGTTTACCGGCGTCTCCTATGTCGTTCTCTTCTAA 861
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 302 TAGTATCAATAATGAGTCGTATATGCGTTTACCGGCGTCTCCAATGTCGTTTTCCTCTAA 361
Query 862 TAATATCAGCATATCTGGTTCATCAGTTGTAGATGGGTCGACTGTGGTACAACGGCATGA 921
|||||||| || ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 362 CAATATCAGTATTTCTGGGTCATCAGCTGTAGACGGGTCAACTGTGGTACAACGGCATGA 421
Query 922 TCCTAGTGTTCAGCTAGGTGGCTCTAGTGCTACATCACTGCCTACATCACAAACTAATCA 981
||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 TCCAAGTGTTCAGCTAGGAGGTTCCAGTGCTACATCACTGCCTACATCACAAACTAATCA 481
Query 982 AATCCCGCTTTCTATGGCTCGGCGTGCTTCTGAATCGTTCTTTCAGGATCCAAACAACTT 1041
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 482 AATCCCGCTTTCCATGGCTCGTCGTGCTTCTGAATCGTTCTTTCAGGACCCAAACAACTT 541
Query 1042 AACTCAAGCACGGAAAAAACCTAGATTAGATTCAAAGCAGGATGATGCTTTGCAGCAGCA 1101
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 AAATCAAGCACGGAAAAAACCTAGATTAGATTCAAAGCAGGATGATGCTTTGCAGCAGCA 601
Query 1102 GATTTTACGTCAGTGGCTTCAGAGACAGGATATATTGCAGCAGCAGCAGCAACAACAACA 1161
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 602 GATTTTACGTCAGTGGCTTCAGAGACAGGATATATTGCAGCAGCAGCAACATCAACAACA 661
Query 1162 ACAAGGCCAAAATCCACAGTTCCAAATCTTGCTTCAGCAACAAAAGCTGAGGCAACAGCA 1221
||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 ACAAGGCCAAAATCCACAGTTCCAACTTTTGCTTCAACAACAAAAGCTGAGGCAACAGCA 721
Query 1222 ACAATATCTCCAGTCCCTCCCACCATTGCAACGGGTTCAACTgcagcagcagcaacaagt 1281
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 722 ACAATATCTTCAGTCCCTCCCACCATTGCAACGGGTTCAGCTGCAGCACCAGCAACAAGT 781
Query 1282 gcagcaacagcaacagttgcagcagcagcaccaacagcaacagcaacagttgcaacaaca 1341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 GCAGCAACAGCAACAGTTGCAGCAGCAGCACCAACAGCAACAGCAACAGTTGCAACAACA 841
Query 1342 aggaatgcaaatgcaacTAACCGGTGGGCCAAGACCTTATGAAAATAGCGTTTGCGCTCG 1401
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 842 AGGAATGCAACTGCAACTAACCGGTGGGCCAAGACCTTACGAAAATAGCGTTTGCGCTCG 901
Query 1402 AAGATTGATGCAGTACCTATATCATCAGCGACAAAGGCCTTCTGAGAGCAGTATTGTTTA 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 AAGATTGATGCAGTACCTATATCATCAGCGACAGAGGCCTTCTGAGAGCAGTATTGTTTA 961
Query 1462 CTGGAGGAAATTTGTGACGGAGTATTTTTCTCCCCGGGCAAAGAAAAGATGGTGTCTTTC 1521
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 TTGGAGGAAATTTGTGACGGAGTATTTTTCTCCCCGTGCAAAGAAAAGATGGTGTCTTTC 1021
Query 1522 TCATTATGATAATGTGGGGCATAGTGCACTTGGTGTTTCTCCTCAGGCAGCCACGGATGA 1581
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 TCATTATGATAATGTGGGGCATAGCGCACTTGGTGTTTCTCCTCAGGCAGCCACGGATGA 1081
Query 1582 ATGGCAGTGTGATCTATGTGGTTCTAAATCGGGAAGAGGATTTGAAGCAACTTTTGATGT 1641
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 ATGGCAGTGTGATCTTTGCGGTTCTAAATCGGGAAGAGGATTTGAAGCAACTTTTGATGT 1141
Query 1642 CTTGCCAAGGCTTAACGAAATCAAATTCGCAAGTGGTGTCCTGGACGAGCTTCTTTATCT 1701
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1142 CTTACCAAGGCTTAACGAAATCAAATTCGCAAGTGGTGTCCTTGACGAGCTTCTTTATCT 1201
Query 1702 GGGTGTACCGTCTGAACGCAGATATGGATCTGGAATTATGGTGTTAGAGTATGGAAAAGC 1761
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1202 GGGCGTACCGTCTGAACGCAGATATGGTTCTGGAATTATGGTGTTAGAGTACGGAAAAGC 1261
Query 1762 AGTTCAGGAGAGTGTGTACGAACATATCCGTGTTGTTCGCGAAGGCCATCTTCGGATTAT 1821
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 AGTTCAGGAGAGTGTGTATGAACATATCCGTGTTGTTCGTGAAGGCCATCTTCGGATTAT 1321
Query 1822 ATTCTCCCAAGAGCTGAAGATTCTCTCATGGGAGTTCTGTACTCGTCGACATGAAGAACT 1881
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1322 ATTCTCCCAAGAGCTGAAGATTATCTCATGGGAGTTCTGTACTCGCCGACATGAAGAGCT 1381
Query 1882 ACTTCCTCGTCGCCTAGTAGCTCCACAGGTGAACCAATTGCTTCAGGTTGCAGAGAAATG 1941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 ACTTCCTCGTCGCCTAGTAGCTCCACAGGTGAACCAACTGCTTCAGGTTGCAGAGAAATG 1441
Query 1942 TCAGAGCACAATTGATCAAAGTGGATCAGATGGGATTCATCAACAAGATTTGCAAGCTAA 2001
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1442 TCAGAGCACAATCGATCAAAGTGGATCAGATGGGATTCATCAGCAGGATTTGCAAGCTAA 1501
Query 2002 TAGCAACATGGTCATGGCTGCTGGACGTCAACTAGCAAAAAGCTTGGAGTCACATTCACT 2061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 TAGCAACATGGTCATGGCTGCTGGACGTCAACTAGCAAAAAGCTTGGAGTCACATTCACT 1561
Query 2062 CAATGACTTAGGCTTCTCAAAACGATATGTTCGGTGTCTGCAGATTTCTGAGGTTGTCAG 2121
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 CAATGACTTAGGCTTCTCCAAACGATATGTTCGGTGTTTGCAGATTTCTGAGGTTGTCAG 1621
Query 2122 CAGCATGAAAGATATGATTGACTTTTGCCGTGACCAAAAAGTGGGTCCAATCGAGGCTTT 2181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 CAGCATGAAAGATATGATTGACTTTTGCCGTGACCAAAAAGTGGGTCCAATCGAGGCTTT 1681
Query 2182 GAAGAGCTATCCATATCGAATGAAGGCTGGTAAACCTCAGATGCAGGAGATGGAGCAACT 2241
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 GAAGAGCTATCCATATCGAATGAAGGCTGGTAAACCGCAGATGCAGGAGATGGAGCAACT 1741
Query 2242 AGCG---GCTGCCCGAGGGCTTCCACCTGATAGGAACAGTCTCAACAAGCTAATGGCCTT 2298
||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 AGCAAATGCTGCTCGAGGACTTCCACCTGATAGGAGCAGTCTCAACAAGCTAATGGCCTT 1801
Query 2299 GCGCAATTCCGGGATAAACATACCAATGAACAACATGAGCGGTCAAGG-ATCTCTTCCCG 2357
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||| ||||
Sbjct 1802 ACGCAATTCCGGGATAAACATACCGATGAACAATATGAGCGGTCAAGGTA-CTCTACCCG 1860
Query 2358 GCTCTGCACAAGCTGCCGCTTTTGCGCTTACCAACTACCAGAGCATGCTCATGAAACAAA 2417
||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1861 GCTCTGCACAAGCCGCTGCCTTTGCGCTTACCAATTACCAGACCATGCTCATGAAACAAA 1920
Query 2418 ACCATCTGAATTCAGACCTAAACAACACCACAATCCAGCAAGAACCATCAAGAAACCGGA 2477
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1921 ACCATCTGAATTCAGACCCGAACAACACCACAATCCAACAAGAACCATCAAGAAACCGAA 1980
Query 2478 GTGCATCCCCGAGCTATCAAGGAACTAGTCCCTTGTTACCTGGTTTTGTGCATAGCCCAT 2537
|||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GTGCATCCCCTAACTATCAAGGAACTAGTCCTTTGTTACCTGGTTTTGTGCATAGCCCAT 2040
Query 2538 CAATAAGTGGTGTATCTTCCCATCTATCTCCTCAGCGGCAAATGCCAAGCTCCAGTTATA 2597
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CAATAAGTGGTGTTTCTTCCCATTTATCTCCTCAGCGGCAAATGCCAAGCTCCAGTTATA 2100
Query 2598 ATGGCTCAACCCAGCAATACCACCAACAGCCACCTTCCTGTAGTAGCGGTAACCAAACAT 2657
|| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2101 ATAGCTCAGCCCAGCAATACCACCAACAACCACCTTCATGTAGTAGCGGTAATCAAACAT 2160
Query 2658 TGGAACAACAAATGATTCATCAAATATGGCAACAGATGGCAAACAGCAATGGAGGCTCCG 2717
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2161 TGGAACAACAAATGATTCACCAAATATGGCAACAGATGGCAAACAGCAATGGAGGCACCG 2220
Query 2718 GTCAACAACAACAGTCACTTTCTGGTCAGAACATGATGAATTGCAATACCAACATGGGAA 2777
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2221 GTCAACAACATCAGTCACTTTCTGGTCAGAACATGATGAATTGCAATGCCAACATGGGAA 2280
Query 2778 GAAACAGAACAGATTATGTTCCCGCAGCAGCTGAAACACCAAGCACCTCCAACAGATTCA 2837
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 GAAACAGAACTGATTATGTTCCCGCAGCAGCTGAAACACCAAGCACCTCCAACAGATTCA 2340
Query 2838 GAGGCATCAAGGGGTTAGACCAAAGCCAAAACCTGGAAGGTATTATCTCTAATACATCGC 2897
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2341 GAGGCATCAAGGGGTTAGACCAGAGCCAAAATCTGGAAGGTATTATCTCGAATACATCGC 2400
Query 2898 TCAACTTTGGGAATAACGGGGTTTTTAGCAATGAGGTTGATGAAAGCATGGGAGGATATT 2957
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2401 TCAACTTTGGGACTAACGGGTTTTTTAGCAATGAGGTTGATGAAAACATGGGA---TATT 2457
Query 2958 CTTGGAAGTCATGAGAGG-CATTTTGATAGTTA 2989
|||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2458 CTTGGAAGTCATGAGAGGTC-TTTTGATAGTTA 2489
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121860348746
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5