BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G62260.1
Length=1577
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496402 jgi|Araly1|496402|fgenesh2_kg.8__2218__AT5G62260.1 2161 0.0
Ahg358424 jgi|Araly1|358424|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002211 1801 0.0
> Ahg496402 jgi|Araly1|496402|fgenesh2_kg.8__2218__AT5G62260.1
Length=1546
Score = 2161 bits (1170), Expect = 0.0
Identities = 1455/1584 (92%), Gaps = 54/1584 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 AAGCTCTGGCATTTCTCTGCTACAGTGTTGGTTTTCAGCTGCAGAATTGGTGAAAAAAGT 68
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1 AAGCTCTGGCATTTCTCTGCTACAGTGTTGGGTTTCAGCTGCAGAATTGTTGAAGAAAGT 60
Query 69 TTGGTGAATTTCAGGAGCAGAGTATTTAAGTAATTTTGGGGAATTAGTGAGAAAATGGAG 128
|||||||||||||||||| || || || || | |||||||||||
Sbjct 61 TTGGTGAATTTCAGGAGC--AG------AG-----TT------TT--T-AGAAAATGGAG 98
Query 129 GAGAAAGGTGAAATAAGTCCAAGTGGGGTCGTCACAGTTAAGGGAGATGAAGCTTTGGTT 188
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 99 GAGAAGGGTGGAATAAGTCCAAGTGGGGTCGTCACAGTTAAGGAAGATGAAGCTTTGGTT 158
Query 189 CCAAGAACAGAGTTTCAACAAAACCCTAGTTTTCTCCAATTCGTGAGTCCCACAACGGTA 248
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 159 CCAAGAACAGAGTTTCAACAAAACCCTAGCTTTCTCCAATTCGTGAGTCCCACGACGGTA 218
Query 249 GTGACTCCTCTCCCTCCTCCACCAGCTCCGTCTTCGGCTCCGGTACCAACCACCGTGACT 308
||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 219 GTGTCTCCTCTGCCTCTTCCACCAGCTCCGTCTCCGGCTCCGGTACCAGCCACCGTGACT 278
Query 309 CCTGGCTCAGCCACAGCATCAACCGGATCAGATCCGACGAAAAAGAAGAGAGGAAGACCG 368
|||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 279 CCTGACTCAGCCGCAGCATCGACCGGATCAGATCCGACGAAGAAGAAGAGAGGAAGACCG 338
Query 369 AGGAAGTACGCACCAGACGGAAGCCTGAACCCTAGGTTTTTGCGACCAACTCTGTCTCCA 428
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 339 AGGAAGTACGCACCAGATGGAAGCCTGAACCCTAGGTTTTCGAGACCAACTCTGTCTCCA 398
Query 429 ACTCCAATCTCATCTTCGATTCCATTGTCTGGAGATTATCAATGGAAACGAGGCAAAGCT 488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 399 ACTCCAATCTCATCTTCGATTCCATTGTCTGGAGATTATCAATGGAAACGAGGCAAAGCT 458
Query 489 CAGCAGCAGCATCAGCCTCTTGAGTTCGTCAAGAAATCTCACAAATTCGAGTATGGAAGC 548
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 459 CAGCAGCAGCATCAGCCTCTTGAATTCGTCAAGAAATCTCACAAATTTGAGTATGGAAGT 518
Query 549 CCAGCTCCTACTCCTCCTCTTCCTGGGCTCTCATGCTATGTGGGTGCAAATTTTACGACC 608
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||
Sbjct 519 CCAGCTCCTACTCCTCCTCCTCCTGGGCTCTCATGTTACGTGGGTGCAAATTTTACAACC 578
Query 609 CATCAATTTACTGTCAATGGCGGTGAGGATGTGACAATGAAGGTTATGCCGTATTCGCAA 668
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 579 CATCAATTTACTGTCAATGCCGGTGAGGATGTAACAATGAAGGTTATGCCGTATTCGCAA 638
Query 669 CAAGGATCTCGAGCTATCTGCATTCTTTCTGCAACTGGTTCGATCTCTAATGTCACTCTT 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 639 CAAGGATCTCGAGCTATCTGCATTCTTTCTGCAACTGGTTCGATCTCTAATGTCACTCTT 698
Query 729 GGTCAACCTACCAATGCAGGTGGCACTCTTACATATGAGGGTCGGTTTGAGATACTATCG 788
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 699 GGTCAGCCTACCAATGCAGGTGGCACTCTTACATATGAGGGTCGATTTGAGATACTATCG 758
Query 789 CTATCTGGTTCCTTTATGCCTACTGAAAATGGAGGAACAAAAGGTCGGGCTGGTGGGATG 848
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 759 CTATCTGGTTCCTTTATGCCTACTGAGAATGGAGGAACAAAAGGTCGGACTGGTGGGATG 818
Query 849 AGCATTTCTTTAGCCGGACCAAATGGCAATATATTTGGTGGTGGCCTTGCCGGTATGCTT 908
|||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 819 AGCATTTCTTTAGCTGGACCAAATGGCAAAATCTTCGGTGGTGGCCTTGCCGGTATGCTT 878
Query 909 ATAGCAGCTGGTCCTGTTCAGGTGGTAATGGGAAGTTTCATTGTGATGCATCAAGCAGAA 968
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 879 ATAGCAGCCGGTCCTGTTCAGGTGGTAATGGGAAGTTTCATTGTGATGCATCAAGCAGAA 938
Query 969 CAAAATCAGAAGAAGAAACCTAGAGTTATGGAGGCTTTTGCTccaccacaaccacaagca 1028
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | |||| |
Sbjct 939 CAAAATCAGAAGAAGAAACCGCGAGTTATGGAAGCTTTTGCTCCACCACCGCAACAA-C- 996
Query 1029 ccaccacaactgcaacaacaacaacctcctacttttaccataacaaccGTGAATTCAACT 1088
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||
Sbjct 997 C-ACCACAACTGCAACAACAACAACCTCCTACTTTCACCATAACCACTGTGAATTCAACT 1055
Query 1089 TCTCCTTCGGTGAACACCGTAGAGGAGCAGAAACCACAAGCTTATGGTGGTGGTATAGTG 1148
||||| || | | | |||||||||| ||||| |||| | || |||||||||||||||
Sbjct 1056 TCTCCAGCG---A-C-C-GTAGAGGAGCCGAAACAACAACCCTACGGTGGTGGTATAGTG 1109
Query 1149 AGACCGATGGCTCAAATGCCTTCTTCTTTCCAAAACGACAATTCAACTATGAACAATTTC 1208
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1110 AGACCGATGGCTCAAATGTCTTCTTCTTTCCAAAACGAGAATTCAACTATGAACAATTTC 1169
Query 1209 ACACCGGCCTATCATGGATACGGGAATATGAACACTGGTACTACTCACAAAGAAGAACAT 1268
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||
Sbjct 1170 ACACCGCCCTATCACGGATACGGGAATATGAACACGGGCACTA---ACAAAGACGAACAT 1226
Query 1269 GAAGACGAAGATGGTGGTGATGATGATGATGATTCAGGCGATACTAGGAGCCAATCTCAT 1328
|||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1227 GAAGACGACGATGGTGGTGA--A-GATGATGATTCGGGCGATACTAGGAGCCAATCTCTT 1283
Query 1329 AGTGGTTGAGCAATTCTCTGA-TCAAAGTCAGAAAGTTTTCTTGTGTAGAAAGGAAGGGA 1387
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1284 AGTGGTTGAGCAATTCTC-GAATCAAAGTCAGAAAGTTTTCTTGTGTAGAAAGGAAGGGA 1342
Query 1388 GCTTAAAGGAGT--GCtttt-ttt--t-----agagggttgttttagttgtgtgagggtt 1437
|||||||||| | |||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1343 GCTTAAAGGATTCAGCTTTTCTTTGGTTTTTTAGAGGTTTGTTTTAGTTGTGTGAGGGTT 1402
Query 1438 ttcttcttttgtgtgctttt-ctaatttctAGG-GTTATT--CTT-CTTTGTGATCGGTT 1492
||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||| || ||| || |||||||||||
Sbjct 1403 TTCTTCTTTTGAGTGTTTTTTCTAATTTCTAGCAGTTTTTTTCTTTCTCTGTGATCGGTT 1462
Query 1493 TAGATTTAATCATGTCGAAGTCATAGACTAAACGATGTTCTTATTGTTGAGGTCATTGGG 1552
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1463 TAGATTTAATTATGTCGAATTCATAGACTAAACGATGTTCTTATTGTTGAGGTCATTGGG 1522
Query 1553 ATTCAAATTTAGTAAGACTTTTGT 1576
||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1523 ATTAAAATTTAGTAAGACTATTGT 1546
> Ahg358424 jgi|Araly1|358424|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002211
Length=2316
Score = 1801 bits (975), Expect = 0.0
Identities = 1135/1211 (94%), Gaps = 15/1211 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 123 ATGGAGGAGAAAGGTGAAATAAGTCCAAGTGGGGTCGTCACAGTTAAGGGAGATGAAGCT 182
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGGAGAAGGGTGGAATAAGTCCAAGTGGGGTCGTCACAGTTAAGGAAGATGAAGCT 60
Query 183 TTGGTTCCAAGAACAGAGTTTCAACAAAACCCTAGTTTTCTCCAATTCGTGAGTCCCACA 242
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTGGTTCCAAGAACAGAGTTTCAACAAAACCCTAGCTTTCTCCAATTCGTGAGTCCCACG 120
Query 243 ACGGTAGTGACTCCTCTCCCTCCTCCACCAGCTCCGTCTTCGGCTCCGGTACCAACCACC 302
||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 121 ACGGTAGTGTCTCCTCTGCCTCTTCCACCAGCTCCGTCTCCGGCTCCGGTACCAGCCACC 180
Query 303 GTGACTCCTGGCTCAGCCACAGCATCAACCGGATCAGATCCGACGAAAAAGAAGAGAGGA 362
|||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 GTGACTCCTGACTCAGCCGCAGCATCGACCGGATCAGATCCGACGAAGAAGAAGAGAGGA 240
Query 363 AGACCGAGGAAGTACGCACCAGACGGAAGCCTGAACCCTAGGTTTTTGCGACCAACTCTG 422
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 241 AGACCGAGGAAGTACGCACCAGATGGAAGCCTGAACCCTAGGTTTTCGAGACCAACTCTG 300
Query 423 TCTCCAACTCCAATCTCATCTTCGATTCCATTGTCTGGAGATTATCAATGGAAACGAGGC 482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCTCCAACTCCAATCTCATCTTCGATTCCATTGTCTGGAGATTATCAATGGAAACGAGGC 360
Query 483 AAAGCTCAGCAGCAGCATCAGCCTCTTGAGTTCGTCAAGAAATCTCACAAATTCGAGTAT 542
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 361 AAAGCTCAGCAGCAGCATCAGCCTCTTGAATTCGTCAAGAAATCTCACAAATTTGAGTAT 420
Query 543 GGAAGCCCAGCTCCTACTCCTCCTCTTCCTGGGCTCTCATGCTATGTGGGTGCAAATTTT 602
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 421 GGAAGTCCAGCTCCTACTCCTCCTCCTCCTGGGCTCTCATGTTACGTGGGTGCAAATTTT 480
Query 603 ACGACCCATCAATTTACTGTCAATGGCGGTGAGGATGTGACAATGAAGGTTATGCCGTAT 662
|| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ACAACCCATCAATTTACTGTCAATGCCGGTGAGGATGTAACAATGAAGGTTATGCCGTAT 540
Query 663 TCGCAACAAGGATCTCGAGCTATCTGCATTCTTTCTGCAACTGGTTCGATCTCTAATGTC 722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCGCAACAAGGATCTCGAGCTATCTGCATTCTTTCTGCAACTGGTTCGATCTCTAATGTC 600
Query 723 ACTCTTGGTCAACCTACCAATGCAGGTGGCACTCTTACATATGAGGGTCGGTTTGAGATA 782
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 601 ACTCTTGGTCAGCCTACCAATGCAGGTGGCACTCTTACATATGAGGGTCGATTTGAGATA 660
Query 783 CTATCGCTATCTGGTTCCTTTATGCCTACTGAAAATGGAGGAACAAAAGGTCGGGCTGGT 842
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 661 CTATCGCTATCTGGTTCCTTTATGCCTACTGAGAATGGAGGAACAAAAGGTCGGACTGGT 720
Query 843 GGGATGAGCATTTCTTTAGCCGGACCAAATGGCAATATATTTGGTGGTGGCCTTGCCGGT 902
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 721 GGGATGAGCATTTCTTTAGCTGGACCAAATGGCAAAATCTTCGGTGGTGGCCTTGCCGGT 780
Query 903 ATGCTTATAGCAGCTGGTCCTGTTCAGGTGGTAATGGGAAGTTTCATTGTGATGCATCAA 962
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATGCTTATAGCAGCCGGTCCTGTTCAGGTGGTAATGGGAAGTTTCATTGTGATGCATCAA 840
Query 963 GCAGAACAAAATCAGAAGAAGAAACCTAGAGTTATGGAGGCTTTTGCTccaccacaacca 1022
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | |
Sbjct 841 GCAGAACAAAATCAGAAGAAGAAACCGCGAGTTATGGAAGCTTTTGCTCCACCACCGCAA 900
Query 1023 caagcaccaccacaactgcaacaacaacaacctcctacttttaccataacaaccGTGAAT 1082
||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 901 CAA-C-C-ACCACAACTGCAACAACAACAACCTCCTACTTTCACCATAACCACTGTGAAT 957
Query 1083 TCAACTTCTCCTTCGGTGAACACCGTAGAGGAGCAGAAACCACAAGCTTATGGTGGTGGT 1142
||||||||||| || | | | |||||||||| ||||| |||| | || |||||||||
Sbjct 958 TCAACTTCTCCAGCG---A-C-C-GTAGAGGAGCCGAAACAACAACCCTACGGTGGTGGT 1011
Query 1143 ATAGTGAGACCGATGGCTCAAATGCCTTCTTCTTTCCAAAACGACAATTCAACTATGAAC 1202
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1012 ATAGTGAGACCGATGGCTCAAATGTCTTCTTCTTTCCAAAACGAGAATTCAACTATGAAC 1071
Query 1203 AATTTCACACCGGCCTATCATGGATACGGGAATATGAACACTGGTACTACTCACAAAGAA 1262
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||
Sbjct 1072 AATTTCACACCGCCCTATCACGGATACGGGAATATGAACACGGGCACTA---ACAAAGAC 1128
Query 1263 GAACATGAAGACGAAGATGGTGGTGATGATGATGATGATTCAGGCGATACTAGGAGCCAA 1322
|||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1129 GAACATGAAGACGACGATGGTGGTGA--A-GATGATGATTCGGGCGATACTAGGAGCCAA 1185
Query 1323 TCTCATAGTGG 1333
|||| ||||||
Sbjct 1186 TCTCTTAGTGG 1196
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 59077969995
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5