BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G62310.1
Length=3557
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg332465 jgi|Araly1|332465|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001808 5718 0.0
> Ahg332465 jgi|Araly1|332465|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001808
Length=3501
Score = 5718 bits (3096), Expect = 0.0
Identities = 3374/3510 (96%), Gaps = 12/3510 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 51 ATGTCTACGACGGAACCGTCGCCTGAGAATGATCGGGATCCACAACCGACCACCATATCT 110
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||
Sbjct 1 ATGTCTACGTCGGAACCGTCGCCTGAGAATGATCGGGATCCGCAAAAGACCACCGCCTCT 60
Query 111 ACTCCGACTTCCACCAATGCGAAGCTTCTGAAGAAGATCCCTGCGATTCCTTTCCGCCAT 170
|| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACGCCGACTTCCACCAACGCGAAACATCTGAAGAAGATCCCTGCGATTCCTTTCCGCCAT 120
Query 171 TCGGATAAGGAAGGAGAAGATGAACAAGCGAAGAC---GGACGAGGTTACTACGGAATTA 227
|| || | || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 121 TC------GG-A-GA-AAGATGAACAAGCGAAGACGTTGGACGAGGTTACGCCGGAATTA 171
Query 228 GCTGGGGAAGGTCCGATGAGTCACGATTCGCCGGAAATTCTTGCTCCTTCTTCCTTAGGT 287
|||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 172 GCTGCGGAAGGTTCGACGAGTCACGATTCGCCGGAAATTCTTGCTCCTTCTTCCTTAGGT 231
Query 288 TTGAATCATATCAGAACGAAATCGTCTCCTGCGCCGTCTCCTTTGAGATTTTCATCTGCC 347
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 232 TTGAATCATATCAGAACGAAATCGTCTCCTGCGCCGTCTCCTTTGAGATTTTCATCGGCT 291
Query 348 ACGCCTTTGATATCTCCGGGTCAAGATGATAAAGACGTCGCCAAGGAGAAACCGAGGGTT 407
|| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 292 ACACCGTTGATTTCTCCGGGTCAAGATGACAAAGACGTCGCCAAGGAGAAACCTAGGCTT 351
Query 408 GGTGTTGTTGATGCTCGTGCTGATGCTCGTGCCAGATGGCCGATTCCTCCACATCAACCC 467
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 GGGGTTGTTGATGCTCGTGCTGATGCTCGCGCCAGATGGCCGATTCCTCCACATCAACCC 411
Query 468 GATCAAGGGAAAAAAGTTCAGTGGAGTCAATCAAAATCTCAACGAGTGCCTGCAAATTCA 527
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 412 GATCAAGGGAAAAAAGTTCAGTGGAGCCAATCAAAATCTCAACGAGTGCCTGCAAATTCC 471
Query 528 AATCCAGGGGTAGAGAGTACTCATGTAGGTCTTGCCAAGGAAACACAATCTCCACGTTTT 587
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 AATCCAGGGTTAGAGAGTACTCATGTAGGTCTTGCTAAGGAAACACAATCTCCACGTTTT 531
Query 588 CAGGCGATATTGCGTGTCACAAGTGGAAGGAAGAAGAAAGCTCATGACATTAAGAGCTTC 647
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 532 CAGGCGATATTGCGTGTCACAAGTGGAAGGAAGAAGAAAGCTCATGACATCAAGAGCTTT 591
Query 648 TCTCATGAACTTAATTCTAAAGGTGTGCGACCTTTTCCCGTGTGGAGATCTCGCGCAGTT 707
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 TCTCATGAACTTAATTCTAAAGGTGTGCGGCCTTTTCCCGTGTGGAGATCTCGCGCAGTT 651
Query 708 GGTCACATGGAGGAGATTATGGCGGCGATCAGAACGAAGTTTGATAAGCAAAAGGAAGAT 767
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 652 GGTCACATGGAGGAGATAATGGCGGCAATCAGAACGAAGTTTGATAAACAAAAGGAAGAT 711
Query 768 GTTGATGCTGATTTAGGAGTTTTTGCTGGCTATTTAGTGACAACTCTAGAGAGCACACCA 827
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 GTTGATGCTGATTTAGGCGTTTTTGCTGGCTATTTAGTGACAACTCTAGAGAGCACACCA 771
Query 828 GAATCTAACAAAGAATTAAGAGTGGGTCTAGAGGATTTGTTAGTTGAGGCTCGGCAATGT 887
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 772 GAATCTAACAAAGAATTAAGAATGGGTCTAGAGGATCTGTTAGTTGAGGCTCGACAATGT 831
Query 888 GCAACCATGCCAGCTAGTGAGTTTTGGTTGAAATGTGAAGGTATTGTTCAGAAGCTTGAT 947
||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 GCAACCATGCCAGCTAGCGAGTTCTGGTTAAAATGTGAAGGTATTGTTCAGAAGCTTGAT 891
Query 948 GATAAACGTCAGGAGCTACCCATGGGAGGACTGAAACAGGCTCATAATCGTCTTCTTTTC 1007
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 GATAAACGTCAGGAGCTACCGATGGGAGGGCTGAAACAGGCTCATAATCGTCTTCTTTTC 951
Query 1008 ATTCTTACTCGTTGCAATAGGCTTGTGCAATTTCGTAAAGAGAGTGGTTATGTTGAAGAA 1067
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 ATCCTTACTCGTTGCAATAGGCTTGTGCAGTTTCGTAAAGAGAGTGGTTATGTTGAAGAA 1011
Query 1068 CACATTCTGGGAATGCACCAGCTAAGTGATCTTGGAGTTTATCCTGAACAGATGGTGGAA 1127
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1012 CACATTCTGGGAATGCACCAGCTAAGTGATCTCGGTGTTTATCCAGAACAGATGGTGGAA 1071
Query 1128 ATCTCGCGACAACAGGACCTTCTTCGAGAGAAGGAAATCCAAAAGATAAATGAAAAGCAA 1187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 ATCTCGCGACAACAGGACCTTCTTCGAGAGAAGGAAATCCAAAAGATAAATGAAAAGCAA 1131
Query 1188 AATCTAGCTGGTAAACAAGATGATCAGAACTCGAACAGCGGAGCTGATGGAGTGGAAGTA 1247
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1132 AATCTAGCTGGTAAACAAGATGATCAGAACTCGAACAGCGGAGCTGATGGAGCGGAAGTA 1191
Query 1248 AATACTGCTAGAAGTACTGATTCAACTTCGAGCAATTTTCGGATGTCATCTTGGAAGAAG 1307
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 AATACTGCTAGAAGTACTGATTCAGCTTCGAGCAATTTTCGGATGTCATCTTGGAAGAAG 1251
Query 1308 CTTCCATCTGCTGCCGAGAAAAACCGTAGTCTTAATAACACTCCCAAGGCTAAGGGGGAG 1367
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CTTCCATCTGCTGCCGAGAAAAACCGTAGTGTTAATAACACTCCCAAGGCTAAGGGGGAG 1311
Query 1368 AGCAAAATCCAACCAAAAGTTTATGGTGATGAAAACGCTGAAAACTTGCATAGCCCGTCA 1427
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 AGCAAACTCCAACCAAAAGTTTATGGTGATGAAAACGCTGAAAACTTGCATAGCCCGTCA 1371
Query 1428 GGCCAGCCTGCATCTGCAGACAGAAGTGCTTTGTGGGGTTTCTGGGCGGACCATCAATGT 1487
||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 GGCCAACCTGCATCTGCCGACAAAAGTGCTTTGTGGGGTTTCTGGGCGGACCATCAATGT 1431
Query 1488 GTGACATACGATAATTCTATGATTTGTCGTATCTGTGAAGTTGAAATACCAGTTGTACAT 1547
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 GTGACATACGATAACTCCATGATTTGCCGTATCTGTGAAGTTGAAATACCAGTTGTACAT 1491
Query 1548 GTAGAAGAGCACTCTCGAATATGCACAATCGCTGATAGATGTGACTTGAAGGGAATAAAT 1607
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1492 GTAGAAGAGCACTCCCGAATATGCACAATCGCTGATAGATGTGATTTGAAGGGAATTAAT 1551
Query 1608 GTAAACTTAAGACTTGAAAGAGTAGCTGAAAGTCTTGAGAAAATTCTGGAGTCATGGACG 1667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 GTAAACTTAAGACTTGAAAGAGTAGCTGAAAGTCTTGAGAAAATTCTGGAGTCATGGACG 1611
Query 1668 CCAAAGAGCAGCGTAACTCCAAGAGCAGTTGCTGATAGCGCAAGATTATCAAATTCCAGT 1727
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 CCAAAGAGCAGCGTAACTCCAAGAGCAGTTGCTGATAGTGCAAGATTATCAAATTCCAGT 1671
Query 1728 AGACAAGAAGATCTGGATGAAATCTCTCAGAGATGTTCAGATGACATGCTTGATTGCGTT 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 AGACAAGAAGATCTGGATGAAATCTCTCAGAGATGTTCAGATGACATGCTTGATTGCGTT 1731
Query 1788 CCTCGTTCACAGAATACATTTTCTTTGGATGAACTGAATATCTTGAATGAAATGTCTATG 1847
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 CCTCGTTCAGAGAAAACATTTTCTTTGGATGAACTGAATATCTTGAATGAAATGTCTATG 1791
Query 1848 ACCAATGGAACAAAGGACTCGTCAGCAGGAAGCTTGACACCGCCATCACCAGCAACACCA 1907
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1792 GCCAATGGAACAAAGGACTCGTCAGCCGGAAGCTTGACACCACCATCACCAGCAACTCCA 1851
Query 1908 AGGAATAGCCAAGTAGATTTGCTACTAAGTGGTCGAAAAACAATATCAGAGCTTGAGAAT 1967
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 AGGAATAGCCAAGTAGATTTACTTCTAAGTGGTCGAAAAACAATATCAGAGCTTGAGAAT 1911
Query 1968 TATCAGCAGATAAACAAGTTGCTTGATATTGCTCGTTCGGTGGCAAATGTGAATGTATGT 2027
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 TATCAGCAGATAAACAAGTTGCTTGAGATTGCTCGTTCTGTGGCAAATGTGAATGTATGT 1971
Query 2028 GGATACAGTTCACTGGACTTCATGATTGAGCAGTTGGATGAGCTCAAGTACGTCATTCAG 2087
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1972 GGATACAGTTCGTTGGACTTCATGATTGAGCAGTTGGATGAGCTCAAATACGTCATTCAG 2031
Query 2088 GATAGGAAGGCTGATGCCCTTGTGGTAGAAACGTTTGGAAGACGAATCGAGAAGCTACTG 2147
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2032 GATAGGAAAGCTGATGCCCTTGTGGTAGAAACGTTTGGAAGACGTATAGAGAAGCTACTG 2091
Query 2148 CAGGAGAAGTACATTGAACTCTGTGGACTGATAGATGATGAAAAAGTAGACTCATCCAAT 2207
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 CAGGAGAAGTACATTGAACTTTGTGGACTGATAGATGATGAAAAAGTAGACTCATCCAAC 2151
Query 2208 GCCATGCCGGATGAAGAAAGCTCAGCAGATGAGGATACAGTACGAAGCTTACGGGCAAGC 2267
|||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 GCCATGGTGGATGAAGAAAGCTCAGCAGATGATGATACAGTACGAAGCTTACGGGCAAGC 2211
Query 2268 CCACTTAATCCACGTGCTAAAGATCGAACATCAATAGAAGATTTTGAAATTATAAAACCA 2327
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 CCACTTAATCCACGCGCTAAAGATCGAACATCAATAGAAGATTTTGAAATTATAAAACCA 2271
Query 2328 ATTAGCCGTGGTGCATTTGGAAGAGTTTTTCTTGCAAAAAAGAGAGCTACCGGTGATTTG 2387
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 ATTAGCCGTGGTGCATTTGGAAGAGTATTTCTTGCAAAAAAGAGAGCTACCGGTGATTTG 2331
Query 2388 TTCGCCATAAAGGTTTTAAAGAAGGCTGATATGATCCGTAAGAATGCTGTTGAAAGTATT 2447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2332 TTCGCCATAAAGGTTTTAAAGAAGGCTGATATGATCCGTAAGAATGCTGTTGAAAGTATT 2391
Query 2448 TTAGCTGAGCGTAACATCCTTATATCAGTTCGTAACCCATTCGTGGTTCGTTTTTTCTAT 2507
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2392 TTAGCTGAGCGTAACATCCTTATATCAGTTCGTAACCCATTCGTGGTTCGGTTTTTCTAT 2451
Query 2508 TCTTTCACATGCCGGGAAAATCTCTATCTGGTCATGGAGTACTTGAATGGTGGAGATCTC 2567
||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 TCTTTCACATGTCGGGAAAATCTTTATTTGGTCATGGAGTACTTGAATGGTGGAGATCTC 2511
Query 2568 TTTTCCTTGTTGAGAAATCTTGGTTGCTTGGACGAAGACATGGCCCGCATTTATATTGCT 2627
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2512 TTCTCCTTGTTGAGAAACCTTGGTTGCTTGGACGAAGACATGGCCCGTATTTATATTGCT 2571
Query 2628 GAAGTGGTGCTTGCTCTGGAGTATCTGCATTCTGTAAATATCATTCACAGAGACTTAAAG 2687
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572 GAAGTTGTGCTTGCTCTGGAGTATCTGCATTCTGTAAATATCATTCACAGAGACTTAAAG 2631
Query 2688 CCAGACAATTTGTTGATCAATCAGGATGGTCACATCAAGTTGACAGATTTCGGGCTTTCC 2747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2632 CCAGACAATTTGTTGATCAATCAGGATGGTCACATCAAGTTGACAGATTTCGGGCTTTCC 2691
Query 2748 AAGGTTGGTCTTATCAATAGCACAGATGACTTATCAGGTGAATCATCATTGGGAAACAGT 2807
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2692 AAGGTTGGTCTTATCAACAGCACAGATGACTTATCAGGTGAATCATCATTGGGAAATAGT 2751
Query 2808 GGATTTTTCGCAGAAGATGGATCAAAAGCTCAACATTCACAAGGCAAAGATAGTCGTAAG 2867
||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2752 GGATTTTTCGCAGAAGATGGAACAAACGCTCAACATTCACAAGGCAGAGATAGTCGTAAA 2811
Query 2868 AAACATGCAGTTGTTGGAACCCCTGATTATCTAGCACCTGAAATACTTCTTGGAATGGGT 2927
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2812 AAACATGCAGTTGTTGGAACTCCTGATTATCTTGCACCTGAAATACTTCTTGGAATGGGT 2871
Query 2928 CATGGTAAAACCGCTGATTGGTGGTCAGTAGGTGTTATTCTCTTTGAGGTTCTCGTTGGT 2987
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2872 CATGGTAAAACCGCTGATTGGTGGTCAGTCGGTGTTATTCTCTTTGAGCTTCTCGTGGGT 2931
Query 2988 ATTCCTCCTTTCAATGCAGAAACCCCACAGCAAATTTTTGAAAATATAATCAACAGAGAT 3047
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2932 ATACCTCCTTTCAATGCAGAAACCCCACAGCAAATTTTTGAAAATATAATCAACAGAGAT 2991
Query 3048 ATACCATGGCCAAATGTGCCAGAGGAGATATCTTATGAAGCACATGATCTGATCAACAAG 3107
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2992 ATACCATGGCCTAATGTGCCAGAGGAGATATCTTATGAAGCACATGATCTGATCAACAAG 3051
Query 3108 CTGCTAACTGAAAATCCTGTCCAAAGACTAGGGGCTACGGGAGCTGGAGAGGTGAAACAA 3167
|| | ||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 3052 CTTTTGACTGAAAATCCTGTCCAGAGACTAGGGGCAACAGGTGCTGGAGAGGTGAAACAA 3111
Query 3168 CATCATTTTTTCAAAGATATTAACTGGGACACACTTGCTCGGCAAAAGGCTATGTTTGTA 3227
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3112 CATCATTTTTTCAAAGATATTAACTGGGACACGCTTGCACGGCAAAAGGCTATGTTTGTA 3171
Query 3228 CCATCAGCTGAACCACAAGACACTAGTTATTTCATGAGCCGATATATATGGAACCCGGAA 3287
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3172 CCATCAGCTGAACCACAAGACACTAGTTACTTCATGAGCCGATATATATGGAACCCGGAA 3231
Query 3288 GACGAAAATGTTCATGGAGGCAGCGATTTTGATGACCTTACAGACACATGCAGTAGCAGC 3347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3232 GACGAAAATGTTCATGGAGGCAGCGATTTTGATGACCTTACAGACACATGCAGCAGCAGC 3291
Query 3348 TCCTTTAATACACAGGAAGAAGATGGTGATGAGTGTGGTAGCTTAGCAGAATTTGGAAAT 3407
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3292 TCCTTCAATACACAGGACGAAGATGGTGATGAGTGTAGTAGCTTAGCAGAATTTGGAAAT 3351
Query 3408 GGACCAAATCTTGCTGTGAAGTATTCCTTCAGCAATTTTTCGTTCAAGAACCTCTCACAA 3467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3352 GGACCAAATCTTGCTGTGAAGTATTCCTTCAGCAATTTTTCGTTCAAGAACCTCTCACAA 3411
Query 3468 CTGGCTTCGATCAACTACGATCTTGTCCTAAAGAACGCAAAGGAATCAGTAGAAGCTTCG 3527
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3412 CTGGCTTCGATCAACTACGATCTTGTCCTAAAGAACGCGAAGGAATCAGTAGAAGCTTCG 3471
Query 3528 AACCAGTCAGCCCCTCGACCCGAAACATGA 3557
||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3472 AACCAATCAGCCCCTCGACCCGAAACATGA 3501
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134343232690
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5