BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G62370.1
Length=2949
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496414 jgi|Araly1|496414|fgenesh2_kg.8__2230__AT5G62370.1 4748 0.0
> Ahg496414 jgi|Araly1|496414|fgenesh2_kg.8__2230__AT5G62370.1
Length=2952
Score = 4748 bits (2571), Expect = 0.0
Identities = 2828/2954 (96%), Gaps = 10/2954 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTAAAGGCGAAAGCTTTATGTTATCGCTTCTTCAAATCCAGAAAAGCTACAACTTGT 60
||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4 ATGTTCAAGGCGAAAGCTTTATGTTATCGCTTCGTGAAATCCAGAAAAGCTACAAGTTGT 63
Query 61 GCTCTTTCTTCGGAACTATTTCCCTCCACTTCCGCCGCCGTCTTCTCCGCCGCTTCTGGT 120
|||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 64 GCTCTTTCATCGGAACTATCTCCCTCCACTTCCGCCGCCGTCGTCTCCGCCGCTTCTGGT 123
Query 121 GACCACCGGTCTCGATGTTTGTCGTTGATAGTCAAACTTGGTCGGAGAGGTCTCTTAGAC 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 124 GACCACCGGTCTCGATGTTTGTCGTTGATAGTCAAACTTGGTCGGAGAGGTCTCGTAGAC 183
Query 181 TCTGCTCGGGAAGTGATTCGCCGTGTTATTGATGGTTCTTCTTCTATTTCAGAGGCAGCT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 184 TCTGCTCGGGAAGTGATTCGCCGTGTTATTGATGGTTGTTCTTCTATTTCAGAGGCAGCT 243
Query 241 TTAGTTGCTGATTTTGCAGTCGATAATGGAATAGAACTTGATTCGTCTTGCTACGGTGCA 300
| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 244 TCAGTTGCTGATTTTGCAGTCAATAATGGAATAGAACTTGATTCGTGTTGCTGCGGTGCA 303
Query 301 TTGATAAGGAAGCTTACGGAGATGGGTCAGCCTGGAGTGGCCGAAACTTTCTACAATCAA 360
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 304 TTGATAAGGAAGCTTACGGAGATGGGTCAACCTGGATTGGCTGAAACTTTCTACAATCAA 363
Query 361 CGTGTTATCGGAAACGGTATTGTTCCTGATTCGTCGGTTTTAGATTCAATGGTTTTTTGT 420
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 364 CGTGTAATCGGAAATGGTATTGTTCCTGATTCGTCGGTTTTAGATTCAATGGTTTTTTGT 423
Query 421 TTGGTTAAGTTAAGGAGATTTGATGAAGCTAGAGCACATTTAGATAGAATTATAGCTTCT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 424 TTGGTTAAGTTAAGGAGATTTGATGAAGCTAGAGCACATTTAGATAGAATTATAGCTTCT 483
Query 481 GGTTATGCTCCTAGTAGAAACTCCTCTAGCTTAGTAGTTGATGAGCTTTGTAATCAAGAT 540
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 GGTTATGCTCCTAGTAGAGACTCCTCTAGCTTAGTAGTTGATGAGCTTTGTAATCAAGAC 543
Query 541 CGGTTTCTCGAGGCGTTTCATTGCTTTGAACAAGTCAAAGAGAGAGGCAGTGGTTTATGG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 544 CGGTTTCTCGAGGCGTTTCATTGCTTTGAACAAGTCAAAGAGAGAGGCAGTGGTTTATGG 603
Query 601 CTTTGGTGTTGTAAGAGATTGTTTAAGGGATTGTGCGGTCACGGTCACTTGAATGAAGCA 660
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 604 CTTTCGTGTTGTAAGAGATTGTTTAAGGGATTGTGCGGTCACGGTCACTTGGATGAAGCA 663
Query 661 ATTGGGATGTTAGATACTCTATGTGGGATGACAAGAATGCCTCTGCCAGTTAATCTGTAT 720
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 664 ATTGGGATGTTAGATACTCTGTGTGAGATGACAAGAATGCCTCTGCCAGTTAATCTGTAT 723
Query 721 AAGTCTCTCTTTTACTGTTTTTGTAAAAGAGGATGTGCTGCTGAAGCAGAGGCTCTGTTT 780
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 AAGTCTCTCTTTTACTGTTTTTGTACAAGAGGATGTGCTGCTGAAGCAGAGGCTCTGTTT 783
Query 781 GATCATATGGAAGTTGATGGTTACTATGTGGATAAGGTCATGTACACTTGTTTGATGAAA 840
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 784 GATCATATGGAAGTTGACGGTTACTTTGTGGATAAGGTTATGTACACTTGTTTGATGAGA 843
Query 841 GAATATTGTAAGGACAATAATATGACGATGGCAATGCGGCTTTACTTGCGGATGGTCGAG 900
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 844 GAATATTGCAAGGACAATAATATGACAATGGCAATGCGGCTTTACTTGCGGATGGTCGAG 903
Query 901 AGAAGTTTTGAGCTTGATCCTTGTATTTTTAACACTTTGATTCATGGGTTCATGAAGTTG 960
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 AGAAGTTGTGAGCTTGATCCTTGTATTTTCAACACTTTGATTCATGGGTTCATGAAGTTG 963
Query 961 GGTATGCTTGATAAAGGAAGGGTAATGTTTAGTCAAATGATAAAAAAGGGTGTGCAGTCG 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 964 GGTATGCTTGATAAAGGAAGGGTAATGTTTAGTCAAATGATAAAAAGGGGTGTACAGTCG 1023
Query 1021 AATGTTTTCACTTACCATATAATGATCGGAAGCTACTGCAAGGAAGGGAATGTAGATTAT 1080
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 AATGTTTTCACATACCATATAATGATCGGAAGCTACTGCAAGGAAGGGAATGTAGATTAT 1083
Query 1081 GCTTTGAGGCTTTTCGTGAACAACACAGGGAGT-GAAGATATATCCCGCAACGTGCATTG 1139
|||||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 GCTTTGAGGCTTTTTGAGAACAACACAGGG-GTCGAAGATATATCCCGCAACGTGCATTG 1142
Query 1140 TTATACAAATCTTATATTCGGGTTTTACAAGAAGGGAGGAATGGATAAAGCTGTTGACTT 1199
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 TTATACAACTCTTATATCCGGGTTTTACAAGAAGGGCGGAATGGATAAAGCTGTTGACTT 1202
Query 1200 GTTAATGAGGATGTTAGACAATGGAATTGTCCCAGACCATATTACTTACTTTGTTCTCTT 1259
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 GTTGATGAGGATGTTAGACAATGGAATTGTCCCAGACCATATTACTTACTTTGTTCTCTT 1262
Query 1260 GAAGATGCTCCCAAAATGCCACGAGCTTAAGTATGCTATGGTGATCTTACAATCAATTTT 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 GAAGATGCTCCCAAAATGCCACGAGCTTAAGTATGCGATGGTGATCTTACAATCAATTTT 1322
Query 1320 AGATAACGGATGTGGGATTAATCCACCAGTTATTGATGATCTTGGAAATATTGAGGTAAA 1379
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 AGATAACGGATGTGGGATTGATCCACCAGTTATTGATGATCTTGGAAATATTGAGGTAAA 1382
Query 1380 GGTTGAGTCTTTGCTTGGGGAGATTGCTAGAAAAGATGCGAACCTAGCTGCTGTGGGACT 1439
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 GGTTGAGTCTTTGCTTGAGGAGATTGCTAGAAAAGATGCGAACCTAGCTGCTGTGGGACT 1442
Query 1440 TGCTGTTGTCACAACTGCGTTGTGTTCGCAAAGAAATTATATCGCAGCTTTATCTCGTAT 1499
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 TGCTGTTGTCACAACTGCTTTGTGTTCGCAAAGAAATTATATCGCAGCTTTATCTCGTAT 1502
Query 1500 AGAAAAAATGGTCAATCTGGGATGCACACCCTTACCCTTTTCATACAATTCAGTGATCAA 1559
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 CGAAAAAATGGTTAATCTGGGATGCACACCCTTACCCTTTTCATACAATTCAGTGATCAA 1562
Query 1560 ATGTCTATTTCAGGAAAATATCATTGAAGATTTGGCGTCTTTAGTCAATATTATCCAAGA 1619
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1563 ATGTCTATTTCAGGAAAATATCATCGAAGATTTGGGGTCTTTAGTCAATCTTATCCAAGA 1622
Query 1620 GTTAGACTTTGTTCCGGATGTTGATACTTATTTGATAGTGGTGAATGAGTTATGCAAGAA 1679
|| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 ATTGGACTTTGTCCCGGATGTTGATACGTATTTGATAGTGGTGAATGAGTTATGCAAGAA 1682
Query 1680 GAATGACAGAGATGCTGCATTTGCTATTATAGATGCAATGGAGGAGCTTGGATTGAGACC 1739
||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1683 TAATGACAGAGACGCTGCACTTGCTGTTATAGATGTAATGGAAGAGCTTGGATTGAGACC 1742
Query 1740 TACTGTAGCTATTTACAGTTCAATTATTGGTTCTCTTGGCAAACAGGGAAGGGTTGTTGA 1799
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 TACTGTCGCTATTTACAGTTCAATTATTGGTTCTCTTGGCAAACAGGGAAGGGTTGTTGA 1802
Query 1800 AGCAGAAGAGACTTTTGCTAAGATGCTTGAGTCTGGGATTCAACCTGATGAGATTGCTTA 1859
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1803 AGCAGAAGAGACGTTTGCCAAGATGCTTGAGTCTGGGATTCAACCTGATGAAATTGCGTA 1862
Query 1860 CATGATTATGATCAATACTTACGCGAGAAACGGAAGAATTGACGAAGCAAATGAGTTAGT 1919
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 CATGATTATGATCAATGCTTATGCGAGAAACGGAAGAATTGACGAAGCAAATGAGTTAGT 1922
Query 1920 TGAAGAAGTCGTCAAACATTTTC-TTCGACCTAGCTCTTTTACTTACACTGTATTGATCA 1978
||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1923 TGAAGAAGTCGTCAAACATTT-CGTTCGGCCTAGCTCTTTTACTTACACGGTATTGATCA 1981
Query 1979 GCGGGTTTGTGAAGATGGGTATGATGGAGAAAGGATGTCAGTATCTCGATAAGATGCTTG 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 GCGGGTTTGTGAAGATGGGTATGATGGAGAAAGGATGTCAGTATCTCGATAAGATGCTTG 2041
Query 2039 AAGATGGGTTATCACCAAACGTAGTTCTGTATACTGCGCTCATCGGTCATTTCCTTAAGA 2098
|||| || ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042 AAGACGGATTATCTCCAAACGCGGTGCTGTATACTTCGCTCATCGGTCATTTCCTTAAGA 2101
Query 2099 AGGGAGATTTCAAGTTTTCTTTTACATTGTTCGGGTTAATGGGCGAAAATGATATCAAAC 2158
|||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2102 AGGGAGATTTTAAGTTTTCTTTTACATTGTTTGGTTTAATGGGCGAAAATGGGATTAAAC 2161
Query 2159 ATGATCACATCGCTTACATTACACTACTTAGCGGTTTATGGAGAGCTATGGCACGAAAGA 2218
| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 ACGATCACATAGCTTACATCACACTACTTAGCGGTTTATGGAGAGCTATGGCACGAAAGA 2221
Query 2219 AGAAGAGGCAGGTTATTGTTGAGCCAGGGAAAGAAAAGCTTCTTCAACGTCT-CATTCGC 2277
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |
Sbjct 2222 AGAAGAGGCAGGTTATTGTTGAGCCAGGAAAAGAAAAGCTTCTTCAACGTCTTC-TTCAC 2280
Query 2278 ACAAAGCCTTTAGTATCAATCCCCTCTTCTTTAGGCAACTACGGATCAAAAAGCTTTGCA 2337
||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2281 ACAAAGCCTATAGTATCAATCTCCTCTTCTTTATGCAACTACGGATCAAAAAGCTTCGCA 2340
Query 2338 ATGGAAGTGATTGGGAAAGTGAAAAAGTCTATAATCCCCAATTTATACCTCCACAACACA 2397
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 ATGGAAGTAATTGGGAAAGTGAAAAAGTCTATAATCCCCAATTTATACCTCCACAACACG 2400
Query 2398 ATTATAACCGGATACTGCGCTGCAGGAAGGCTAGACGAAGCATATAACCATCTCGAATCG 2457
|||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2401 ATTATAACCGGATATTGCGCTGCAGGAAGACTTGACGAAGCATATAACCATCTGGAATCA 2460
Query 2458 ATGCAAAAGGAAGGCATTGTTCCAAATCTAG-TAACTTACACTATTCTGATGAAATCTCA 2516
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2461 ATGCAAAAGGAAGGCATTGTTCCAAATC-AGGTAACTTACACTATTCTGATGAAGTCTCA 2519
Query 2517 TATTGAAGCAGGTGATATCGAGTCTGCTATAGATTTGTTTGAGGGAACAAATTGCGAGCC 2576
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2520 TATCGAAGCAGGTGATATCGAGTCTGCTATAGATTTGTTTGAGGAAACAAAATGCGAGCC 2579
Query 2577 GGATCAAGTTATGTACAGTACTCTGCTTAAGGGCCTATGTGATTTTAAAAGACCTCTTGA 2636
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||
Sbjct 2580 GGATCAAGTTATGTGCAGTACTCTGCTTAAGGGCCTATGTGAATCTGAAAGACCTCTTGA 2639
Query 2637 TGCTTTGGCTCTGATGTTAGAAATGCAGAAGAGTGGGAT-TAATCCTAATAAAGACTCTT 2695
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||
Sbjct 2640 TGCTTTGGCTCTGATGTTAGAAATGCAGAAGAAAGGGATATA-TCCGAATAAAGACTCTT 2698
Query 2696 ATGAGAAGCTGCTTCAATGTCTCTGTTACTCTAGATTGACCATGGAAGCGGTTAAGGTGG 2755
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2699 ATGAAAAGCTGCTTCAATGTCTCTGTTACTCTAGATTGACCATGGAAGCGTTTAAGGTGG 2758
Query 2756 TTAAAGACATGGCTGCTCTTGATATCTGGCCTCGTTCAATAAACCACACTTGGTTGATTT 2815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 TTAAAGACATGGCTGCTCTTGATATCTGGCCTCGTTCGATAAACCACACTTGGTTGATTT 2818
Query 2816 ATATTTTGTGTGAAGAGAAGAAGTTGAGAGAGGCTCGTGCTTTGTTTGCTATTATGGTTC 2875
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 ATATTCTGTGTGAAGAGAAGAAGTTGAGAGAGGCTCGTGCTTTGTTTGCTATTATGGTTC 2878
Query 2876 AATCTGGAAGATCTTTGTTGAATTGTACTAAACCTGGTTTGTTGAAAATGCTTAACCAGA 2935
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 AATCTGGAAGATCTTTATTGAATTGTACTAAACCCGGTTTGTTGAAAATGCTTAACCAGA 2938
Query 2936 ATCAACAACTTTAG 2949
||||||||||||||
Sbjct 2939 ATCAACAACTTTAG 2952
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111337786135
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5